BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-234C03
Chromosome2 (Build37)
Map Location 77,785,907 - 77,931,704
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC667920
Upstream geneTtn, 2610301F02Rik, Sestd1, LOC623706, LOC667906, Zfp533, BC003993
Downstream geneOTTMUSG00000016703, LOC383717, LOC100040476, LOC100040494, 4930401B11Rik, Ube2e3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-234C03.bB6Ng01-234C03.g
ACCGA045980GA045981
length1,0321,114
definitionB6Ng01-234C03.b B6Ng01-234C03.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(77,785,907 - 77,786,926)(77,930,581 - 77,931,704)
sequence
gaattctatatctagatccacagacagcaggagaagacgttcaaacactg
gccaggcgtgggcatctgagaagcccacctcagtgacacacttccttcca
ctgcaccaagtctacctcaacaaagccacacctcctaattcctgtgagtc
tatgtgggccatttttattcaaacccccacagggtgtaaacaaaataaaa
atcctgggctaggcactttaatcccataatttaagaggcagacctgtgtt
caagtgttcaaggccagcctgatctatatagtcagttctcagccagccaa
ggctacgtagtgagcttttaatactagtacttgggaagcagaggcagata
gctctctaagagtttgaggctagcctggtatacagagtgagtttcaagcc
agccaaggctacatagcaagaccatgtcaaaagcagaaagaaaacaaggc
aaatcaaaccagcaacaacaatatcaataaagcaaagggaataataaaat
tctagagctggtcctcactgtgtattagagtttctaaaagagcagttttg
atagaatgaatatataataagagatgtatcaggctggcttaaaagatgtg
gtatgaataattatcttagttaggtttttattgctgtgaagagacactgt
gaccatggcaactcttatgaaggaaaagatttattggggctggtttacag
tttcagaagtttagtctgttatcacaatggacaggaaaaatggtggcact
tgggcagacatggtgctagagaaggagttgagagttctacatcttgatct
gcaggcaccaaggagattatgtgccacactgggcatagcttgagcatagg
agatgccaacaatgacacacttcctccaactaggtcatacttcctaatag
tgtcactccctatggaccaagcattgattaggtctctgtgggcataccta
tttaaaacaccaaaatagtccaaggacagctgcctcacagtggaaggggc
aagaattctgttgttcctcagtccatgagact

gaattcatctgtcaaagagacacctacaggcccttgtttgttgtaaatct
gtctctctcaatagccaagaaaaaaacgtaagaaatacctaaatgaagtg
gattaaaaataatgtgctacacacactggactgttatttggtcgtaaaat
gataacaatcctgtcatttgtgatagaatgaataaaactggagatcattg
tgttatgtgaaataagccaacagtaggaaaacaaatacaatacaatgtca
cttatgtggatcccaaagaacttaagagtagaatcccaagagagaagaaa
ggggggatggtgttcagggaaacacttatagtgattagtgagctataatt
agatgcaaaaaggaagggcttttaaagcaattggctgcccatcaatgatg
atatgaaccatatttttaaagttagaggaaaggacagtttatgttttcat
cataaagaagtgataattgcttgaggaaatgtatgtttagtcttatttgc
tatcaatactagggaaacagacccaatatttacaatctaacaaaagtcac
tgctcaccatttgtagaactaaagaattcatagatccacgagttccatac
ttatgagtgcaggaaataaagacagtcatttgcctgattttcttactttt
tctaaggtataagaaaatttatttgatacagtgctttctgtgcaagccta
aggaccttagcttagatccccgtgcccatataaaaagccacgtgtggtgg
tgcccattaataaacctcctctatagaagcagagacaagagggtttcaga
tattttctggctagttaaatctttctaaattggtgaacatcaggttcact
gcgacaccttgtctcaaaaataagatggtgggctcatttggtaagatgcc
aggctgccaagcctgataacttgagttgggtcctgcagatggaagagtag
aaacaattgctaagaattgccttctgctctccatgtctcagtcaatggtc
agtcaatagataaacaaatataatgtagatattaataaaatgggaaacaa
tagagtaagacctcaacataatctgcttccaatttcacatgtacatatgg
actttaacacatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_77785907_77786926
seq2: B6Ng01-234C03.b_43_1062

seq1  GAATTCTATATCTAGATCCACAGACAGCAGGAGAAGACGTTCAAACACTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTATATCTAGATCCACAGACAGCAGGAGAAGACGTTCAAACACTG  50

seq1  GCCAGGCGTGGGCATCTGAGAAGCCCACCTCAGTGACACACTTCCTTCCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAGGCGTGGGCATCTGAGAAGCCCACCTCAGTGACACACTTCCTTCCA  100

seq1  CTGCACCAAGTCTACCTCAACAAAGCCACACCTCCTAATTCCTGTGAGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCACCAAGTCTACCTCAACAAAGCCACACCTCCTAATTCCTGTGAGTC  150

seq1  TATGTGGGCCATTTTTATTCAAACCCCCACAGGGTGTAAACAAAATAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGGCCATTTTTATTCAAACCCCCACAGGGTGTAAACAAAATAAAA  200

seq1  ATCCTGGGCTAGGCACTTTAATCCCATAATTTAAGAGGCAGACCTGTGTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGGGCTAGGCACTTTAATCCCATAATTTAAGAGGCAGACCTGTGTT  250

seq1  CAAGTGTTCAAGGCCAGCCTGATCTATATAGTCAGTTCTCAGCCAGCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTGTTCAAGGCCAGCCTGATCTATATAGTCAGTTCTCAGCCAGCCAA  300

seq1  GGCTACGTAGTGAGCTTTTAATACTAGTACTTGGGAAGCAGAGGCAGATA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTACGTAGTGAGCTTTTAATACTAGTACTTGGGAAGCAGAGGCAGATA  350

seq1  GCTCTCTAAGAGTTTGAGGCTAGCCTGGTATACAGAGTGAGTTTCAAGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTCTAAGAGTTTGAGGCTAGCCTGGTATACAGAGTGAGTTTCAAGCC  400

seq1  AGCCAAGGCTACATAGCAAGACCATGTCAAAAGCAGAAAGAAAACAAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAAGGCTACATAGCAAGACCATGTCAAAAGCAGAAAGAAAACAAGGC  450

seq1  AAATCAAACCAGCAACAACAATATCAATAAAGCAAAGGGAATAATAAAAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAACCAGCAACAACAATATCAATAAAGCAAAGGGAATAATAAAAT  500

seq1  TCTAGAGCTGGTCCTCACTGTGTATTAGAGTTTCTAAAAGAGCAGTTTTG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGAGCTGGTCCTCACTGTGTATTAGAGTTTCTAAAAGAGCAGTTTTG  550

seq1  ATAGAATGAATATATAATAAGAGATGTATCAGGCTGGCTTAAAAGATGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAATGAATATATAATAAGAGATGTATCAGGCTGGCTTAAAAGATGTG  600

seq1  GTATGAATAATTATCTTAGTTAGGTTTTTATTGCTGTGAAGAGACACTGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGAATAATTATCTTAGTTAGGTTTTTATTGCTGTGAAGAGACACTGT  650

seq1  GACCATGGCAACTCTTATGAAGGAAAAGATTTATTGGGGCTGGTTTACAG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCATGGCAACTCTTATGAAGGAAAAGATTTATTGGGGCTGGTTTACAG  700

seq1  TTTCAGAAGTTTAGTCTGTTATCACAATGGACAGGAAAAATGGTGGCACT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCAGAAGTTTAGTCTGTTATCACAATGGACAGGAAAAATGGTGGCACT  750

seq1  TGGGCAGACATGGTGCTAGAGAAGGAGTTGAGAGTTCTACATCTTGATCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCAGACATGGTGCTAGAGAAGGAGTTGAGAGTTCTACATCTTGATCT  800

seq1  GCAGGCACCAAGGAGATTATGTGCCACACTGGGCATAGCTTGAGCATAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGCACCAAGGAGATTATGTGCCACACTGGGCATAGCTTGAGCATAGG  850

seq1  AGATGCCAACAATGACACACTTCCTCCAACTAGGTCATACTTCCTAATAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCCAACAATGACACACTTCCTCCAACTAGGTCATACTTCCTAATAG  900

seq1  TGTCACTCCCTATGGACCAAGCATTGATTAGGTCTCTGTGGGCATACCTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTCCCTATGGACCAAGCATTGATTAGGTCTCTGTGGGCATACCTA  950

seq1  TTTAAAACACCAAAATAGTCCAAGGACAGCTGCCTCACAGTGGAAGGGGC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAACACCAAAATAGTCCAAGGACAGCTGCCTCACAGTGGAAGGGGC  1000

seq1  AAGAATTCTGTTGTTCCTCA  1020
      ||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATTCTGTTGTTCCTCA  1020


seq1: chr2_77930581_77931704
seq2: B6Ng01-234C03.g_65_1178 (reverse)

seq1  GCATGTGTTAAAGCCCATATGTACATGTGAAAATTGAAGCCAGAATTTAA  50
      ||||||||||||| |||||||||||||||||| | |||| ||||   | |
seq2  GCATGTGTTAAAGTCCATATGTACATGTGAAATTGGAAG-CAGA---TTA  46

seq1  TGTTGAATGTCTTACTCTA-TGTTTCCCATTTTATTTAAATATCTTACAT  99
      ||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||| |||| 
seq2  TGTTG-AGGTCTTACTCTATTGTTTCCCATTTTATT--AATATC-TACA-  91

seq1  TTATATTTTGTTTATCTATTGACTGACCATTGACTGAGACATGGAGAGCA  149
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATA-TTTGTTTATCTATTGACTGACCATTGACTGAGACATGGAGAGCA  140

seq1  GAAGGCAATTCTTAGCAATTGTTTCTACTCTTCCATCTGCAGGGACCAAA  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||
seq2  GAAGGCAATTCTTAGCAATTGTTTCTACTCTTCCATCTGCA-GGACCCAA  189

seq1  CTCAAGTTATCAGGCTTGGCAGCCTGGCATCTTACCAAATGAGCCCACCA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGTTATCAGGCTTGGCAGCCTGGCATCTTACCAAATGAGCCCACCA  239

seq1  TCTTATTTTTGAGACAAGGTGTCGCAGTGAACCTGATGTTCACCAATTTA  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTATTTTTGAGACAAGGTGTCGCAGTGAACCTGATGTTCACCAATTTA  289

seq1  GAAAGATTTAACTAGCCAGAAAATATCTGAAACCCTCTTGTCTCTGCTTC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATTTAACTAGCCAGAAAATATCTGAAACCCTCTTGTCTCTGCTTC  339

seq1  TATAGAGGAGGTTTATTAATGGGCACCACCACACGTGGCTTTTTATATGG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGAGGAGGTTTATTAATGGGCACCACCACACGTGGCTTTTTATATGG  389

seq1  GCACGGGGATCTAAGCTAAGGTCCTTAGGCTTGCACAGAAAGCACTGTAT  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGGGGATCTAAGCTAAGGTCCTTAGGCTTGCACAGAAAGCACTGTAT  439

seq1  CAAATAAATTTTCTTATACCTTAGAAAAAGTAAGAAAATCAGGCAAATGA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATAAATTTTCTTATACCTTAGAAAAAGTAAGAAAATCAGGCAAATGA  489

seq1  CTGTCTTTATTTCCTGCACTCATAAGTATGGAACTCGTGGATCTATGAAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTTATTTCCTGCACTCATAAGTATGGAACTCGTGGATCTATGAAT  539

seq1  TCTTTAGTTCTACAAATGGTGAGCAGTGACTTTTGTTAGATTGTAAATAT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTAGTTCTACAAATGGTGAGCAGTGACTTTTGTTAGATTGTAAATAT  589

seq1  TGGGTCTGTTTCCCTAGTATTGATAGCAAATAAGACTAAACATACATTTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCTGTTTCCCTAGTATTGATAGCAAATAAGACTAAACATACATTTC  639

seq1  CTCAAGCAATTATCACTTCTTTATGATGAAAACATAAACTGTCCTTTCCT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAGCAATTATCACTTCTTTATGATGAAAACATAAACTGTCCTTTCCT  689

seq1  CTAACTTTAAAAATATGGTTCATATCATCATTGATGGGCAGCCAATTGCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAACTTTAAAAATATGGTTCATATCATCATTGATGGGCAGCCAATTGCT  739

seq1  TTAAAAGCCCTTCCTTTTTGCATCTAATTATAGCTCACTAATCACTATAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAGCCCTTCCTTTTTGCATCTAATTATAGCTCACTAATCACTATAA  789

seq1  GTGTTTCCCTGAACACCATCCCCCCTTTCTTCTCTCTTGGGATTCTACTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTCCCTGAACACCATCCCCCCTTTCTTCTCTCTTGGGATTCTACTC  839

seq1  TTAAGTTCTTTGGGATCCACATAAGTGACATTGTATTGTATTTGTTTTCC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGTTCTTTGGGATCCACATAAGTGACATTGTATTGTATTTGTTTTCC  889

seq1  TACTGTTGGCTTATTTCACATAACACAATGATCTCCAGTTTTATTCATTC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTTGGCTTATTTCACATAACACAATGATCTCCAGTTTTATTCATTC  939

seq1  TATCACAAATGACAGGATTGTTATCATTTTACGACCAAATAACAGTCCAG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACAAATGACAGGATTGTTATCATTTTACGACCAAATAACAGTCCAG  989

seq1  TGTGTGTAGCACATTATTTTTAATCCACTTCATTTAGGTATTTCTTACGT  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTAGCACATTATTTTTAATCCACTTCATTTAGGTATTTCTTACGT  1039

seq1  TTTTTTCTTGGCTATTGAGAGAGACAGATTTACAACAAACAAGGGCCTGT  1099
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTCTTGGCTATTGAGAGAGACAGATTTACAACAAACAAGGGCCTGT  1089

seq1  AGGTGTCTCTTTGACAGATGAATTC  1124
      |||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTGTCTCTTTGACAGATGAATTC  1114


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |