BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235E08
Chromosome2 (Build37)
Map Location 42,447,629 - 42,619,711
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrp1b
Upstream geneLOC625094
Downstream geneLOC100041228, LOC100041245, Kynu, Arhgap15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235E08.bB6Ng01-235E08.g
ACCGA046787GA046788
length1,0371,049
definitionB6Ng01-235E08.b B6Ng01-235E08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(42,447,629 - 42,448,666)(42,618,681 - 42,619,711)
sequence
gaattcaagagacaattatgtgacgcaatgatgacatttgaagagaatgt
ctatctttcatacactgaattaattcctttagatgtaacatccctgatgt
cttcccaggctctgggaggtaactctttgcatgtgatttcatgtcctctc
tcccactttaactcttgaactaccaaattatcttcatataaacataaagt
gaaatggaggatcaatgagttaggtaattgtccagtactgagaagatgat
caagaacaaaactgagacttcttggacatctgacctcaagctgtgggtca
gtggggagtgatggaaagtcaaggcaacgagtaaagaaaagatgagtttt
ccccaataaaatctatgtctaccacttttatatgagataaggacctgtaa
ttttttaaacatcaaaagtcttaatcgttgctttgattttgaaattggaa
gagccaccaactacaaatatcagccataattaactcaagcttatttggta
cattttgtatggaacagtttatactttggacctatttctttttttattag
gtattttctttatttacattccaaatgctgtcccaaaaggtccctatacc
ctccccttgccatgctcccctatccacccactcccacatcttggccctgg
cattcccctgtactggggcatataaagtttgcaagaccaaggggcctctc
ttcccaatgatggccaaatcggccatcttctgctacatatgcagctagag
aatcgagctctgggggtactggttagttcatattgttgttccacctatag
ggttgcagaccccttcagatccttgggtactttctctagctcttccattg
ggggcccctgtgttccatcttgtagatgactgtgaacatccacttctgta
tttaccacgcacttgcatagcctcactaaagatagttttatcaggtcctt
tcagcaaaatcttgctggcatctgctaaagtgactgggtttggtggctga
ttacgggatggatccccgggtgggattgtctctggat

gaattctgaatgctaatggataggtacttaatctaagaaaatcactggac
aggtctgagccagtaccctgagagcccttggccactagctccacaccaag
tcctacaacacccagggaagctcaaatcccaggtgctctaacatgcccag
gggcataggatcataggatcacaggatctcaggagcttggtcacaccagg
atttcaggatcccagagacagattgacttccaggagctcttacacaaagg
atctcagaaacacagagacatcaagaccctgaggagttctgacacaacta
agacaacaggagggacagactcacatagagacagtgagtgcaagcagcac
tagagataaccagagggcaagaggcaagttcaagaatataagcaacagaa
aacaaagttacttggcatcatcagaacccagttctcccactatagcaagt
cctggataacccattacactagaaaagcaagattcagatttaaaatcact
tctcatgatgatgatagaagacttttttttttaactgttcaagaaagttg
tttttaatatttgggcaactgttttctctgctgcactatccagtgggaag
aaaattcctatttgattatacttttatagaaaccataaagaaatcaaatt
aggtaattgacatttggacacctgtattgttttctagaagagaagagcct
ctgaaaaatgtcctgtggaactgtgttcatcaataccacttcattggtcc
attcaattcaatgatgggcaaagcactcacattttgacacatttttaaag
cttccataaagttaaaagaagataataaataactcccttaaagaaataca
ggagaacacagtttaaacaggtagaagctctctttaagaggaaacataaa
catcccaaaaggattacaagaaaacacaatgaaacagtgaaggaattgaa
caaaagcctccaggatctaaatatggaagtagaacataagatcatgaaga
gactacctcagagatagaaaactagaaagagatcaggagtcatagatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_42447629_42448666
seq2: B6Ng01-235E08.b_44_1080

seq1  GAATTCAAGAGACAATTATGTGACGCAATGATGACATTTGAAGAGAATGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGAGACAATTATGTGACGCAATGATGACATTTGAAGAGAATGT  50

seq1  CTATCTTTCATACACTGAATTAATTCCTTTAGATGTAACATCCCTGATGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCTTTCATACACTGAATTAATTCCTTTAGATGTAACATCCCTGATGT  100

seq1  CTTCCCAGGCTCTGGGAGGTAACTCTTTGCATGTGATTTCATGTCCTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCCAGGCTCTGGGAGGTAACTCTTTGCATGTGATTTCATGTCCTCTC  150

seq1  TCCCACTTTAACTCTTGAACTACCAAATTATCTTCATATAAACATAAAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCACTTTAACTCTTGAACTACCAAATTATCTTCATATAAACATAAAGT  200

seq1  GAAATGGAGGATCAATGAGTTAGGTAATTGTCCAGTACTGAGAAGATGAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGGAGGATCAATGAGTTAGGTAATTGTCCAGTACTGAGAAGATGAT  250

seq1  CAAGAACAAAACTGAGACTTCTTGGACATCTGACCTCAAGCTGTGGGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGAACAAAACTGAGACTTCTTGGACATCTGACCTCAAGCTGTGGGTCA  300

seq1  GTGGGGAGTGATGGAAAGTCAAGGCAACGAGTAAAGAAAAGATGAGTTTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGAGTGATGGAAAGTCAAGGCAACGAGTAAAGAAAAGATGAGTTTT  350

seq1  CCCCAATAAAATCTATGTCTACCACTTTTATATGAGATAAGGACCTGTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCAATAAAATCTATGTCTACCACTTTTATATGAGATAAGGACCTGTAA  400

seq1  TTTTTTAAACATCAAAAGTCTTAATCGTTGCTTTGATTTTGAAATTGGAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTAAACATCAAAAGTCTTAATCGTTGCTTTGATTTTGAAATTGGAA  450

seq1  GAGCCACCAACTACAAATATCAGCCATAATTAACTCAAGCTTATTTGGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCACCAACTACAAATATCAGCCATAATTAACTCAAGCTTATTTGGTA  500

seq1  CATTTTGTATGGAACAGTTTATACTTTGGACCTATTTCTTTTTTTATTAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTGTATGGAACAGTTTATACTTTGGACCTATTTCTTTTTTTATTAG  550

seq1  GTATTTTCTTTATTTACATTCCAAATGCTGTCCCAAAAGGTCCCTATACC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTCTTTATTTACATTCCAAATGCTGTCCCAAAAGGTCCCTATACC  600

seq1  CTCCCCTTGCCATGCTCCCCTATCCACCCACTCCCACATCTTGGCCCTGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCTTGCCATGCTCCCCTATCCACCCACTCCCACATCTTGGCCCTGG  650

seq1  CATTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGACCAAGGGGCCTCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCCCCTGTACTGGGGCATATAAAGTTTGCAAGACCAAGGGGCCTCTC  700

seq1  TTCCCAATGATGGCCAAATCGGCCATCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCAATGATGGCCAAATCGGCCATCTTCTGCTACATATGCAGCTAGAG  750

seq1  AATCGAGCTCTGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCGAGCTCTGGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTATAG  800

seq1  GGTTGCAGACCCCTTCAGATCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCTTCCATTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTGCAGACCCCTTCAGATCCTTGGGTACTTTCTCTAGCTCTTCCATTG  850

seq1  GGGGCCCCTGTGTTCCATCTTGTAGATGACTGTGAACATCCACTTCTGTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCCCCTGTGTTCCATCTTGTAGATGACTGTGAACATCCACTTCTGTA  900

seq1  TTTACCACGCACTTGCATAGCCTCACTAAAGATAGTTTTATCAGGGTCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTACCACGCACTTGCATAGCCTCACTAAAGATAGTTTTATCA-GGTCCT  949

seq1  TTCAGCAAAATCTTGCTGGCATCTGCTAAAGTGACTGGGTTTGGTGGCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCAAAATCTTGCTGGCATCTGCTAAAGTGACTGGGTTTGGTGGCTG  999

seq1  ATTACGGGATGGATCCCCGGGTGGGATTGTCTCTGGAT  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACGGGATGGATCCCCGGGTGGGATTGTCTCTGGAT  1037


seq1: chr2_42618681_42619711
seq2: B6Ng01-235E08.g_95_1115 (reverse)

seq1  GCATCTATGACTCCTGATCTCTTTCCTAGGTTTTTCTATCTCTGGGGTAG  50
      |||||||||||||||||||||||| ||||  ||||||||||||| |||||
seq2  GCATCTATGACTCCTGATCTCTTT-CTAG--TTTTCTATCTCTGAGGTAG  47

seq1  TCTTCTTTCATGATTCCTTTATTGTTTCTACTTCCATATTTAGATCCTGG  100
      |||   ||||||||    ||||   |||||||||||||||||||||||||
seq2  TCT--CTTCATGAT---CTTAT--GTTCTACTTCCATATTTAGATCCTGG  90

seq1  AGGCTTTTGTTCAATTCCTTCACCTGTTTCATTGTGTTTTCTTGTAATCC  150
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTTTTGTTCAATTCCTTCA-CTGTTTCATTGTGTTTTCTTGTAATCC  139

seq1  TTTTGGGATGTTTATGTTTCCTCTTAAAGAGAGCTTCTACCTGTTT-AAC  199
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTTGGGATGTTTATGTTTCCTCTTAAAGAGAGCTTCTACCTGTTTAAAC  189

seq1  TGTGTTCTCCTGTATTTCTTTAAGGGAGTTATTTATTATCTTCTTTTAAC  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCTCCTGTATTTCTTTAAGGGAGTTATTTATTATCTTCTTTTAAC  239

seq1  TTTATGGAAGCTTTAAAAATGTGTCAAAATGTGAGTGCTTTGCCCATCAT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATGGAAGCTTTAAAAATGTGTCAAAATGTGAGTGCTTTGCCCATCAT  289

seq1  TGAATTGAATGGACCAATGAAGTGGTATTGATGAACACAGTTCCACAGGA  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTGAATGGACCAATGAAGTGGTATTGATGAACACAGTTCCACAGGA  339

seq1  CATTTTTCAGAGGCTCTTCTCTTCTAGAAAACAATACAGGTGTCCAAATG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTTCAGAGGCTCTTCTCTTCTAGAAAACAATACAGGTGTCCAAATG  389

seq1  TCAATTACCTAATTTGATTTCTTTATGGTTTCTATAAAAGTATAATCAAA  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATTACCTAATTTGATTTCTTTATGGTTTCTATAAAAGTATAATCAAA  439

seq1  TAGGAATTTTCTTCCCACTGGATAGTGCAGCAGAGAAAACAGTTGCCCAA  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGAATTTTCTTCCCACTGGATAGTGCAGCAGAGAAAACAGTTGCCCAA  489

seq1  ATATTAAAAACAACTTTCTTGAACAGTTAAAAAAAAAAGTCTTCTATCAT  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTAAAAACAACTTTCTTGAACAGTTAAAAAAAAAAGTCTTCTATCAT  539

seq1  CATCATGAGAAGTGATTTTAAATCTGAATCTTGCTTTTCTAGTGTAATGG  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCATGAGAAGTGATTTTAAATCTGAATCTTGCTTTTCTAGTGTAATGG  589

seq1  GTTATCCAGGACTTGCTATAGTGGGAGAACTGGGTTCTGATGATGCCAAG  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCCAGGACTTGCTATAGTGGGAGAACTGGGTTCTGATGATGCCAAG  639

seq1  TAACTTTGTTTTCTGTTGCTTATATTCTTGAACTTGCCTCTTGCCCTCTG  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTTGTTTTCTGTTGCTTATATTCTTGAACTTGCCTCTTGCCCTCTG  689

seq1  GTTATCTCTAGTGCTGCTTGCACTCACTGTCTCTATGTGAGTCTGTCCCT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATCTCTAGTGCTGCTTGCACTCACTGTCTCTATGTGAGTCTGTCCCT  739

seq1  CCTGTTGTCTTAGTTGTGTCAGAACTCCTCAGGGTCTTGATGTCTCTGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTGTCTTAGTTGTGTCAGAACTCCTCAGGGTCTTGATGTCTCTGTG  789

seq1  TTTCTGAGATCCTTTGTGTAAGAGCTCCTGGAAGTCAATCTGTCTCTGGG  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGAGATCCTTTGTGTAAGAGCTCCTGGAAGTCAATCTGTCTCTGGG  839

seq1  ATCCTGAAATCCTGGTGTGACCAAGCTCCTGAGATCCTGTGATCCTATGA  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTGAAATCCTGGTGTGACCAAGCTCCTGAGATCCTGTGATCCTATGA  889

seq1  TCCTATGCCCCTGGGCATGTTAGAGCACCTGGGATTTGAGCTTCCCTGGG  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTATGCCCCTGGGCATGTTAGAGCACCTGGGATTTGAGCTTCCCTGGG  939

seq1  TGTTGTAGGACTTGGTGTGGAGCTAGTGGCCAAGGGCTCTCAGGGTACTG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTAGGACTTGGTGTGGAGCTAGTGGCCAAGGGCTCTCAGGGTACTG  989

seq1  GCTCAGACCTGTCCAGTGATTTTCTTAGATTA  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGACCTGTCCAGTGATTTTCTTAGATTA  1021


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |