BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235J09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 75,955,615 - 76,056,705
singlet/doubletdoublet
Overlap genePde11a
Upstream geneA330043C09Rik, LOC667739, LOC545423, LOC100040324, LOC667828, Hnrpa3, Nfe2l2, E030042O20Rik, LOC623453, Agps, Ttc30b, Ttc30a2, Ttc30a1
Downstream geneCyct, Drbp1, Osbpl6, Prkra, Dfnb59, Fkbp7, Plekha3, Ttn, 2610301F02Rik, Sestd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235J09.bB6Ng01-235J09.g
ACCGA047026GA047027
length1,2021,114
definitionB6Ng01-235J09.b B6Ng01-235J09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(76,055,513 - 76,056,705)(75,955,615 - 75,956,734)
sequence
gaattctctgtaacctctagaaaatataatattatagcttgttgaaattt
ctgattatttgagccacaaaacattagaactaaaaactaccataaacttg
gtctcgtacaggtaaaaaaatagattcagagtgtctaagtgaattgttaa
atttcatacagaaagccatgaaaaggacaaaaatgatgtgacttaagatt
cggattcctccaggagctagagaggtggctcagcagttcagaacactgac
tgttcttccaaaggacctggatccagttcccagccaccggtaactctagt
tccagaggatctgacacccttttctgacctccctgggtgggcatcagcca
tgtatttggtatatagacttacatgtggacaaacacttcaacttataaaa
taaatctaaaagtatgtaaatcttcagaatttaaaaaattacccatgaag
cctggtaaaaggaactcaatattggcgtgacaaggccagtgaagcgaggc
tttagagaaaagttcccgcgttcattattctacattcttcttccttctcg
ctggacttacaaaccaccttagacatgtcccagaggcaaacataatctga
ataagtgatagagagtaaaataagtagtttccaaggtcaggttgtgcctt
ttaagttaatccatattatgtaagactgggttttcagtttgtctttactg
tataaaacagtatcttgccccaagagactccactttacaattagtctctg
actctgtcttgaagatgtaggatgatccttcagttggacagagctgtgaa
taggacggtctgataccaaccatgaatcagagactgacaagtgacttatt
cttggagttaaatgggagccaccttatacatttattgtggtgcattgaga
acgtgagcacacaggttgcattaaaattgtatcaggaaaaccaagcccaa
gaacttaacagaacatagcaaggtcaagggaaggagcgccatccctacac
cccctattaacaaggtagaccccatccctgaaaatgatgagggcccacca
gcctgacagaagagccacccagtgtgtccatcaggggtggcaaggagaac
atccagtgtctcgggagcttcagctttagtcaaggtcaaggttgataccg
cctcttccaaccttgcagtcttcttgactccaccttaacatccatcagtc
tg
gaattccctaactctcagaatgtcgccatatttggagacaggatctatga
gggggtaattaaggtaaaataggtcctgtgagtacacccagtccaatgtg
aatggtgtgcttacaagcacaggaccttaggacaaaggacacagatgcca
catagagtaaggagggaccatgtaagaacacatgaagaatataaccatct
gtaagtcaaaaacaaaggttgcaaaagagaccaaaccactggtatcttga
ccttgaccttaagactcaagaaatacggtattaatttccagggtcagagc
cctccagcccgtggtattttgttatattataacagtcctcaaaaatgaat
agagccacataacctcattaacctcccatctgtggcagaattgcaggaaa
agatcagaagtaatttctgatgacttccagcccaggcaatcttcaaaaga
aaattatcactgttatacatgcataaaatcatacagcacagttgatgacc
aaaaaaatcaagcaaattcttatagttaagaacagaattcaataacacat
agaagacatatactttaactattagttttgagcatccttgaataagctaa
aggattcgtctacacttctaagctatattaagtttacaatttcctaagct
ttctgttacatagtaaggatcaagatgcaacgtacattttagataatagt
atgtttgatcagataaaaaaatcattaaatgtgttttaatagtttggaag
gaaaaaattgcaaaatgttataataagatccacactgtcttcctgtatga
aaaatgtcggtagcttgtgagagcttggccgcaatatactcagtggttaa
tttttctgacagctaaataaaattagtataaagcttacacaggaaagtaa
acagctgatccctgggacaacttgaactaacatttaactttcacagggaa
acttctaccccagatgggatttatctctgtgtcaccagttaatttacaaa
gtatttagagtggaacctagtaactcagtttgttgatgagctcgacttac
gcattcttgcgttctcatataaatcactactgatgaacccattcacttca
taacttccggactg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_76055513_76056705
seq2: B6Ng01-235J09.b_47_1248 (reverse)

seq1  CAGACTGATGGATGGTGAGGTGGAGGGACAAG-AGACTGCA--GTTTGAA  47
      |||||||||||||| | |||||||  | |||| ||||||||  ||| |||
seq2  CAGACTGATGGATGTTAAGGTGGA--GTCAAGAAGACTGCAAGGTTGGAA  48

seq1  GAGGCCGTATCAACACTGAC--TGACT-AAGCTGAAGCTCCCGAGACACT  94
      ||||| ||||||||  ||||  ||||| ||||||||||||||||||||| 
seq2  GAGGCGGTATCAACCTTGACCTTGACTAAAGCTGAAGCTCCCGAGACAC-  97

seq1  TGGGTGTTCT-CTTGCCACCCCCTGATGGACACACTGGGT-GCTCTTCTG  142
      ||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TGGATGTTCTCCTTGCCA-CCCCTGATGGACACACTGGGTGGCTCTTCTG  146

seq1  TCAGGCTGGTGGGCCCTCATCATTTTCAGGGATGGGGTCTACCTTGTT-A  191
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TCAGGCTGGTGGGCCCTCATCATTTTCAGGGATGGGGTCTACCTTGTTAA  196

seq1  TA-GGGGTGTAGGGATGGCGCT-CTTCCCTTGACC-TGCTATG-TCTGTT  237
      || ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| ||||||
seq2  TAGGGGGTGTAGGGATGGCGCTCCTTCCCTTGACCTTGCTATGTTCTGTT  246

seq1  AAGTTCTTGGGCTTGGTTTTCCTGATACAATTTTAATGCAACCTGTGTGC  287
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTCTTGGGCTTGGTTTTCCTGATACAATTTTAATGCAACCTGTGTGC  296

seq1  TCACGTTCTCAATGCACCACAATAAATGTATAAGGTGGCTCCCATTTAAC  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACGTTCTCAATGCACCACAATAAATGTATAAGGTGGCTCCCATTTAAC  346

seq1  TCCAAGAATAAGTCACTTGTCAGTCTCTGATTCATGGTTGGTATCAGACC  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGAATAAGTCACTTGTCAGTCTCTGATTCATGGTTGGTATCAGACC  396

seq1  GTCCTATTCACAGCTCTGTCCAACTGAAGGATCATCCTACATCTTCAAGA  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCTATTCACAGCTCTGTCCAACTGAAGGATCATCCTACATCTTCAAGA  446

seq1  CAGAGTCAGAGACTAATTGTAAAGTGGAGTCTCTTGGGGCAAGATACTGT  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCAGAGACTAATTGTAAAGTGGAGTCTCTTGGGGCAAGATACTGT  496

seq1  TTTATACAGTAAAGACAAACTGAAAACCCAGTCTTACATAATATGGATTA  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATACAGTAAAGACAAACTGAAAACCCAGTCTTACATAATATGGATTA  546

seq1  ACTTAAAAGGCACAACCTGACCTTGGAAACTACTTATTTTACTCTCTATC  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTAAAAGGCACAACCTGACCTTGGAAACTACTTATTTTACTCTCTATC  596

seq1  ACTTATTCAGATTATGTTTGCCTCTGGGACATGTCTAAGGTGGTTTGTAA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTATTCAGATTATGTTTGCCTCTGGGACATGTCTAAGGTGGTTTGTAA  646

seq1  GTCCAGCGAGAAGGAAGAAGAATGTAGAATAATGAACGCGGGAACTTTTC  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAGCGAGAAGGAAGAAGAATGTAGAATAATGAACGCGGGAACTTTTC  696

seq1  TCTAAAGCCTCGCTTCACTGGCCTTGTCACGCCAATATTGAGTTCCTTTT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAGCCTCGCTTCACTGGCCTTGTCACGCCAATATTGAGTTCCTTTT  746

seq1  ACCAGGCTTCATGGGTAATTTTTTAAATTCTGAAGATTTACATACTTTTA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGCTTCATGGGTAATTTTTTAAATTCTGAAGATTTACATACTTTTA  796

seq1  GATTTATTTTATAAGTTGAAGTGTTTGTCCACATGTAAGTCTATATACCA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATTTTATAAGTTGAAGTGTTTGTCCACATGTAAGTCTATATACCA  846

seq1  AATACATGGCTGATGCCCACCCAGGGAGGTCAGAAAAGGGTGTCAGATCC  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATGGCTGATGCCCACCCAGGGAGGTCAGAAAAGGGTGTCAGATCC  896

seq1  TCTGGAACTAGAGTTACCGGTGGCTGGGAACTGGATCCAGGTCCTTTGGA  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGAACTAGAGTTACCGGTGGCTGGGAACTGGATCCAGGTCCTTTGGA  946

seq1  AGAACAGTCAGTGTTCTGAACTGCTGAGCCACCTCTCTAGCTCCTGGAGG  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACAGTCAGTGTTCTGAACTGCTGAGCCACCTCTCTAGCTCCTGGAGG  996

seq1  AATCCGAATCTTAAGTCACATCATTTTTGTCCTTTTCATGGCTTTCTGTA  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCGAATCTTAAGTCACATCATTTTTGTCCTTTTCATGGCTTTCTGTA  1046

seq1  TGAAATTTAACAATTCACTTAGACACTCTGAATCTATTTTTTTACCTGTA  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAATTTAACAATTCACTTAGACACTCTGAATCTATTTTTTTACCTGTA  1096

seq1  CGAGACCAAGTTTATGGTAGTTTTTAGTTCTAATGTTTTGTGGCTCAAAT  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGAGACCAAGTTTATGGTAGTTTTTAGTTCTAATGTTTTGTGGCTCAAAT  1146

seq1  AATCAGAAATTTCAACAAGCTATAATATTATATTTTCTAGAGGTTACAGA  1187
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCAGAAATTTCAACAAGCTATAATATTATATTTTCTAGAGGTTACAGA  1196

seq1  GAATTC  1193
      ||||||
seq2  GAATTC  1202

seq1: chr2_75955615_75956734
seq2: B6Ng01-235J09.g_66_1179

seq1  GAATTCCCTAACTCTCAGAATGTCGCCATATTTGGAGACAGGATCTATGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCTAACTCTCAGAATGTCGCCATATTTGGAGACAGGATCTATGA  50

seq1  GGGGGTAATTAAGGTAAAATAGGTCCTGTGAGTACACCCAGTCCAATGTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGTAATTAAGGTAAAATAGGTCCTGTGAGTACACCCAGTCCAATGTG  100

seq1  AATGGTGTGCTTACAAGCACAGGACCTTAGGACAAAGGACACAGATGCCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGGTGTGCTTACAAGCACAGGACCTTAGGACAAAGGACACAGATGCCA  150

seq1  CATAGAGTAAGGAGGGACCATGTAAGAACACATGAAGAATATAACCATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGAGTAAGGAGGGACCATGTAAGAACACATGAAGAATATAACCATCT  200

seq1  GTAAGTCAAAAACAAAGGTTGCAAAAGAGACCAAACCACTGGTATCTTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAGTCAAAAACAAAGGTTGCAAAAGAGACCAAACCACTGGTATCTTGA  250

seq1  CCTTGACCTTAAGACTCAAGAAATACGGTATTAATTTCCAGGGTCAGAGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGACCTTAAGACTCAAGAAATACGGTATTAATTTCCAGGGTCAGAGC  300

seq1  CCTCCAGCCCGTGGTATTTTGTTATATTATAACAGTCCTCAAAAATGAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCAGCCCGTGGTATTTTGTTATATTATAACAGTCCTCAAAAATGAAT  350

seq1  AGAGCCACATAACCTCATTAACCTCCCATCTGTGGCAGAATTGCAGGAAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCACATAACCTCATTAACCTCCCATCTGTGGCAGAATTGCAGGAAA  400

seq1  AGATCAGAAGTAATTTCTGATGACTTCCAGCCCAGGCAATCTTCAAAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCAGAAGTAATTTCTGATGACTTCCAGCCCAGGCAATCTTCAAAAGA  450

seq1  AAATTATCACTGTTATACATGCATAAAATCATACAGCACAGTTGATGACC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTATCACTGTTATACATGCATAAAATCATACAGCACAGTTGATGACC  500

seq1  AAAAAAATCAAGCAAATTCTTATAGTTAAGAACAGAATTCAATAACACAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAATCAAGCAAATTCTTATAGTTAAGAACAGAATTCAATAACACAT  550

seq1  AGAAGACATATACTTTAACTATTAGTTTTGAGCATCCTTGAATAAGCTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGACATATACTTTAACTATTAGTTTTGAGCATCCTTGAATAAGCTAA  600

seq1  AGGATTCGTCTACACTTCTAAGCTATATTAAGTTTACAATTTCCTAAGCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATTCGTCTACACTTCTAAGCTATATTAAGTTTACAATTTCCTAAGCT  650

seq1  TTCTGTTACATAGTAAGGATCAAGATGCAACGTACATTTTAGATAATAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTACATAGTAAGGATCAAGATGCAACGTACATTTTAGATAATAGT  700

seq1  ATGTTTGATCAGATAAAAAAATCATTAAATGTGTTTTAATAGTTTGGAAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTGATCAGATAAAAAAATCATTAAATGTGTTTTAATAGTTTGGAAG  750

seq1  GAAAAAATTGCAAAATGTTATAATAAGATCCACACTGTCTTCCTGTATGA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAATTGCAAAATGTTATAATAAGATCCACACTGTCTTCCTGTATGA  800

seq1  AAAATGTCGGTAGCTTGTGAGAGCTTGGCCGCAATATACTCAGTGGTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATGTCGGTAGCTTGTGAGAGCTTGGCCGCAATATACTCAGTGGTTAA  850

seq1  TTTTTCTGACAGCTAAATAAAATTAGTATAAAGCTTACACAGGAAAGTAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTCTGACAGCTAAATAAAATTAGTATAAAGCTTACACAGGAAAGTAA  900

seq1  ACAGCTGATCCCTGGGAC-ACTTGAACTAACATTAAACTTTCACAAGGAA  949
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||
seq2  ACAGCTGATCCCTGGGACAACTTGAACTAACATTTAACTTTCACAGGGAA  950

seq1  ACTTCTACCCCAGAT-GGATTTATCTTCTGTGTCA-CAGTTAATTTACAA  997
      ||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACTTCTACCCCAGATGGGATTTATC-TCTGTGTCACCAGTTAATTTACAA  999

seq1  AGTATTTAGAAGTGGAAACTAGTAACTCAGTTTTGTTGATGAGCTCCGAC  1047
      ||||||||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||
seq2  AGTATTTAG-AGTGGAACCTAGTAACTCAG-TTTGTTGATGAGCT-CGAC  1046

seq1  TTACGCATTCTTTGCCGTTTCTCATATAAATCACTACTGGTGAACCCCAT  1097
      |||||||||| ||||   ||||||||||||||||||||| |||||||  |
seq2  TTACGCATTC-TTGC--GTTCTCATATAAATCACTACTGATGAACCCATT  1093

seq1  CACTTTAATTAACTTCTGGACTG  1120
      ||||| |  ||||||| ||||||
seq2  CACTTCA--TAACTTCCGGACTG  1114