BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235J13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 50,528,223 - 50,659,161
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneKif5c, 2310010M24Rik, Lypd6, 2010311D03Rik, LOC666781
Downstream geneLOC227885, Rnd3, LOC666802, LOC666810, LOC100041614, Tas2r134, LOC433426
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235J13.bB6Ng01-235J13.g
ACCGA047032GA047033
length1,1761,191
definitionB6Ng01-235J13.b B6Ng01-235J13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(50,528,223 - 50,529,394)(50,657,978 - 50,659,161)
sequence
gaattctgaagcaatgaagacaaagaattccttggtagggactgttcccc
atgaatttcttaagcattggaaaaccttaactatcatgtcaactaatgta
tgtcttgtcatccactcactggtttataggtgagagagaacccctttctt
ctatactctatttcgggagccaatgtctgagtcaaaccattggaaagaag
attgacagcaactattatttgcttgctaactgaacatgcctgcagaggct
ggtgatggctgaatcaagggcattgctagaattggggtcttagttatgga
tactattgctgaaaaacacaatggccaaagcaactttagaaagatggact
tatttggcttaaactcccacatcactgttcgacattgaaggaactcatga
caggaactcagagagggtagaaatctggaagcaagagctgatgcacaaac
catggagaagtgctgtttactggcttgcttcttgtgccttgctttcttat
agaacccagggatggctggtccatagtctgagccttcatatatcaatcac
taattaagaaaatgccttcaggcttttgtacaaccccgtcttatacagac
attttctcagttgatgcttcattctctctgatgactttagcttgtattag
gttgaggtaaagtcagccagcaaatccaccatccaatcagaggatgatga
acagaactgagcagacagagaaaacaagtagcatctttttaagggtggtg
attttaggatgctggctgagaaatgtgtggtagagatatgtgggtctgtg
ttctggcccaccgctggtgtgtggatgcaccgttggggaggtagacggca
tttaccatgcaccgcagcctctgttgaaagcatggagacaccactcaggg
tgtggaaaaagggagcctaggatgtaggaatccgaagctagggttcccaa
gctccagggcatccagttgccccactggcatgccgcagaggagtcaggaa
caaagtgtcagtggccgcagtgaggcccagtaccagatgcttcctaaacc
tctggacaatgccaggcactgatgtgtctcttagagtgcagaatcaagta
tgactgacagcaagctcctggtctggggtaatgggaagctggctctagct
catcgatagcaaagtccttagcttag

gaattctattgttaacatttatatttctagtcactagtattccaatgaca
atggacagtaacatcacactgtcttttacacccagtccaaatggggcact
tcacatgtagatgacagggtatgctcataaacacgtgctagacatactgt
cctgacccgaattggtaaatattactgactgctgagaatgtgtgaagcac
ttggtccagcagagcagtgcatctcgcatttcctgcagtaacctttctat
ttatttaacccagctcattaataaagatcttctctccgttttcttcatgt
acaaatactccaaaccacaggttcacattttgacagctaattttgtagga
tataattttctcgcttaacccaagagagaaaagagacggatgattgagat
taatcatttgtaaaattataattctgtcacagataataatttgcaagatc
tctcccttttctgaaatccccaaaatgcaccataaattgtcacactttgt
aacaaaacgtgtaacacattaggggcctcctaataaagccagtctgctag
aaaaacaaaccaattgccttccagttggcatgttctcacccacatgactg
cattcctgctaaggaacacgagcattaggtaaagaaggacctaaaaatta
ttattcaggggtggttatccgcatcggatttccgtatgagtcaccccatg
gaagattgttagaacatacagttgtgtgcccagaaggcaaacttatccct
tgtggaaaagtgatcaaattttaaattttttaattaattttcaattaaaa
aaaactatcacagtgggacatggtaaaagtgactttttgaagagatgttg
caaaagtccaagaaggaaagggcttggataattagaactctctgtaaacc
ttcctgtactaagtccatcttattaggcacttaatgttgtttaaacaaca
aagacaaagaaatgtcaacgactccatattgaggttgcccaaagggtaaa
atggccaggtgtgactcttaggtggagcctgactgtatttacccctacct
tatttggtctgcagctaagggatcatatctctgatccatgtcttgttagg
cagaattccgtagttatgcctgtggtctacatggatagactgatcagctc
aatctaccttaatatgccatgggtggacctcgagacaacag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_50528223_50529394
seq2: B6Ng01-235J13.b_47_1222

seq1  GAATTCTGAAGCAATGAAGACAAAGAATTCCTTGGTAGGGACTGTTCCCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGAAGCAATGAAGACAAAGAATTCCTTGGTAGGGACTGTTCCCC  50

seq1  ATGAATTTCTTAAGCATTGGAAAACCTTAACTATCATGTCAACTAATGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATTTCTTAAGCATTGGAAAACCTTAACTATCATGTCAACTAATGTA  100

seq1  TGTCTTGTCATCCACTCACTGGTTTATAGGTGAGAGAGAACCCCTTTCTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGTCATCCACTCACTGGTTTATAGGTGAGAGAGAACCCCTTTCTT  150

seq1  CTATACTCTATTTCGGGAGCCAATGTCTGAGTCAAACCATTGGAAAGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATACTCTATTTCGGGAGCCAATGTCTGAGTCAAACCATTGGAAAGAAG  200

seq1  ATTGACAGCAACTATTATTTGCTTGCTAACTGAACATGCCTGCAGAGGCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGACAGCAACTATTATTTGCTTGCTAACTGAACATGCCTGCAGAGGCT  250

seq1  GGTGATGGCTGAATCAAGGGCATTGCTAGAATTGGGGTCTTAGTTATGGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATGGCTGAATCAAGGGCATTGCTAGAATTGGGGTCTTAGTTATGGA  300

seq1  TACTATTGCTGAAAAACACAATGGCCAAAGCAACTTTAGAAAGATGGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATTGCTGAAAAACACAATGGCCAAAGCAACTTTAGAAAGATGGACT  350

seq1  TATTTGGCTTAAACTCCCACATCACTGTTCGACATTGAAGGAACTCATGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTGGCTTAAACTCCCACATCACTGTTCGACATTGAAGGAACTCATGA  400

seq1  CAGGAACTCAGAGAGGGTAGAAATCTGGAAGCAAGAGCTGATGCACAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGAACTCAGAGAGGGTAGAAATCTGGAAGCAAGAGCTGATGCACAAAC  450

seq1  CATGGAGAAGTGCTGTTTACTGGCTTGCTTCTTGTGCCTTGCTTTCTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAGAAGTGCTGTTTACTGGCTTGCTTCTTGTGCCTTGCTTTCTTAT  500

seq1  AGAACCCAGGGATGGCTGGTCCATAGTCTGAGCCTTCATATATCAATCAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAACCCAGGGATGGCTGGTCCATAGTCTGAGCCTTCATATATCAATCAC  550

seq1  TAATTAAGAAAATGCCTTCAGGCTTTTGTACAACCCCGTCTTATACAGAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTAAGAAAATGCCTTCAGGCTTTTGTACAACCCCGTCTTATACAGAC  600

seq1  ATTTTCTCAGTTGATGCTTCATTCTCTCTGATGACTTTAGCTTGTATTAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTCAGTTGATGCTTCATTCTCTCTGATGACTTTAGCTTGTATTAG  650

seq1  GTTGAGGTAAAGTCAGCCAGCAAATCCACCATCCAATCAGAGGATGATGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGAGGTAAAGTCAGCCAGCAAATCCACCATCCAATCAGAGGATGATGA  700

seq1  ACAGAACTGAGCAGACAGAGAAAACAAGTAGCATCTTTTTAAGGGTGGTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAACTGAGCAGACAGAGAAAACAAGTAGCATCTTTTTAAGGGTGGTG  750

seq1  ATTTTAGGATGCTGGCTGAGAAATGTGTGGTAGAGATATGTGGGTCTGTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTAGGATGCTGGCTGAGAAATGTGTGGTAGAGATATGTGGGTCTGTG  800

seq1  TTCTGGCCCACCGCTGGTGTGTGGATGCACCGTTGGGGAGGTAGACGGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGGCCCACCGCTGGTGTGTGGATGCACCGTTGGGGAGGTAGACGGCA  850

seq1  TTTACCATGCACCGCAGCCTCTGTTGAAAGCATGGAGACACCACTCAGGG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCATGCACCGCAGCCTCTGTTGAAAGCATGGAGACACCACTCAGGG  900

seq1  TGTGGAAAAAGGGAGCCTAGGATGTAGGAATCCGAAGCTAGGGTTCCCAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGAAAAAGGGAGCCTAGGATGTAGGAATCCGAAGCTAGGGTTCCCAA  950

seq1  GCTCCAGGGCATCCAGTTGCCCCACTGGCATGCCGCAGAGGAGTCAGGAA  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCAGGGCATCCAGTTGCCCCACTGGCATGCCGCAGAGGAGTCAGGAA  1000

seq1  CAAAGTGTCAGTGGCCGCAGTGAGG-CCAGGACCAGAGGC-TCCCAAACT  1048
      ||||||||||||||||||||||||| |||| |||||| || ||| |||| 
seq2  CAAAGTGTCAGTGGCCGCAGTGAGGCCCAGTACCAGATGCTTCCTAAACC  1050

seq1  CCTGGAC-ATG-CAAGCACTGATGTGTCTCCTAGAGTGCAGAA-CAAGTA  1095
       |||||| ||| || ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||
seq2  TCTGGACAATGCCAGGCACTGATGTGTCTCTTAGAGTGCAGAATCAAGTA  1100

seq1  TGACTGACAGCAAGCCCCTGGTCCTGGGGAATGGG-AGCTTGGGCT-TAG  1143
      ||||||||||||||| |||||||  ||| |||||| ||||  |||| |||
seq2  TGACTGACAGCAAGCTCCTGGTCTGGGGTAATGGGAAGCT--GGCTCTAG  1148

seq1  CTCATCAGTAGCAAAAGTCCTTAGCTTAG  1172
      ||||||  |||| ||||||||||||||||
seq2  CTCATCGATAGC-AAAGTCCTTAGCTTAG  1176


seq1: chr2_50657978_50659161
seq2: B6Ng01-235J13.g_65_1255 (reverse)

seq1  CTGTTGTCT-GA-GTC--ACCATAGCATATTACAGGGTAGATTTGAGCCT  46
      ||||||||| || |||   |||| |||||||  | |||||| ||||| ||
seq2  CTGTTGTCTCGAGGTCCACCCATGGCATATT--AAGGTAGA-TTGAG-CT  46

seq1  GATCCAGTCTATCCATGTAGA-CACA-GCATAACTAACAGAATACCTGGC  94
      ||| ||||||||||||||||| |||| |||||||| || |||| |   ||
seq2  GAT-CAGTCTATCCATGTAGACCACAGGCATAACT-ACGGAATTC--TGC  92

seq1  CTTAACAGACATGGATCAGAGATATGATCCTTTAGCTGCAGACCAAATAA  144
      || |  |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  CTAACAAGACATGGATCAGAGATATGATCCCTTAGCTGCAGACCAAATAA  142

seq1  -GTTGGGGTAAATACAGGTCAGGGCTCA-CTAAGAGTCACAC--TGCCAT  190
       || |||||||||||| ||||||   || |||||||||||||   |||||
seq2  GGTAGGGGTAAATACA-GTCAGGCTCCACCTAAGAGTCACACCTGGCCAT  191

seq1  TTTACCCTTT-GGCAACCTC-ATATGGAGTCGTTGACATTTCTTTGTCTT  238
      |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTACCCTTTGGGCAACCTCAATATGGAGTCGTTGACATTTCTTTGTCTT  241

seq1  TGTTGTTTAAACAACATTAAGTGCCT-ATAAGATGGACTTAGTACAGGAA  287
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGTTTAAACAACATTAAGTGCCTAATAAGATGGACTTAGTACAGGAA  291

seq1  GGTTTACAGAGAGTTCTAA-TATCCAAGCCCTTTCCTTCTTGGACTTTTG  336
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTTACAGAGAGTTCTAATTATCCAAGCCCTTTCCTTCTTGGACTTTTG  341

seq1  CAACATCTCTTC-AAAAGTCACTTTTACCATGT-CCACTGTGATAGTTTT  384
      |||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  CAACATCTCTTCAAAAAGTCACTTTTACCATGTCCCACTGTGATAGTTTT  391

seq1  TTTTAATTGAAAATTAATTAAAAAATTTAAAATTTGATCACTTTTCCACA  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAATTGAAAATTAATTAAAAAATTTAAAATTTGATCACTTTTCCACA  441

seq1  AGGGATAAGTTTGCCTTCTGGGCACACAACTGTATGTTCTAACAATCTTC  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGATAAGTTTGCCTTCTGGGCACACAACTGTATGTTCTAACAATCTTC  491

seq1  CATGGGGTGACTCATACGGAAATCCGATGCGGATAACCACCCCTGAATAA  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGGTGACTCATACGGAAATCCGATGCGGATAACCACCCCTGAATAA  541

seq1  TAATTTTTAGGTCCTTCTTTACCTAATGCTCGTGTTCCTTAGCAGGAATG  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTTAGGTCCTTCTTTACCTAATGCTCGTGTTCCTTAGCAGGAATG  591

seq1  CAGTCATGTGGGTGAGAACATGCCAACTGGAAGGCAATTGGTTTGTTTTT  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCATGTGGGTGAGAACATGCCAACTGGAAGGCAATTGGTTTGTTTTT  641

seq1  CTAGCAGACTGGCTTTATTAGGAGGCCCCTAATGTGTTACACGTTTTGTT  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGCAGACTGGCTTTATTAGGAGGCCCCTAATGTGTTACACGTTTTGTT  691

seq1  ACAAAGTGTGACAATTTATGGTGCATTTTGGGGATTTCAGAAAAGGGAGA  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAGTGTGACAATTTATGGTGCATTTTGGGGATTTCAGAAAAGGGAGA  741

seq1  GATCTTGCAAATTATTATCTGTGACAGAATTATAATTTTACAAATGATTA  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTTGCAAATTATTATCTGTGACAGAATTATAATTTTACAAATGATTA  791

seq1  ATCTCAATCATCCGTCTCTTTTCTCTCTTGGGTTAAGCGAGAAAATTATA  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCAATCATCCGTCTCTTTTCTCTCTTGGGTTAAGCGAGAAAATTATA  841

seq1  TCCTACAAAATTAGCTGTCAAAATGTGAACCTGTGGTTTGGAGTATTTGT  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTACAAAATTAGCTGTCAAAATGTGAACCTGTGGTTTGGAGTATTTGT  891

seq1  ACATGAAGAAAACGGAGAGAAGATCTTTATTAATGAGCTGGGTTAAATAA  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGAAGAAAACGGAGAGAAGATCTTTATTAATGAGCTGGGTTAAATAA  941

seq1  ATAGAAAGGTTACTGCAGGAAATGCGAGATGCACTGCTCTGCTGGACCAA  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGAAAGGTTACTGCAGGAAATGCGAGATGCACTGCTCTGCTGGACCAA  991

seq1  GTGCTTCACACATTCTCAGCAGTCAGTAATATTTACCAATTCGGGTCAGG  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCTTCACACATTCTCAGCAGTCAGTAATATTTACCAATTCGGGTCAGG  1041

seq1  ACAGTATGTCTAGCACGTGTTTATGAGCATACCCTGTCATCTACATGTGA  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTATGTCTAGCACGTGTTTATGAGCATACCCTGTCATCTACATGTGA  1091

seq1  AGTGCCCCATTTGGACTGGGTGTAAAAGACAGTGTGATGTTACTGTCCAT  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGCCCCATTTGGACTGGGTGTAAAAGACAGTGTGATGTTACTGTCCAT  1141

seq1  TGTCATTGGAATACTAGTGACTAGAAATATAAATGTTAACAATAGAATTC  1184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCATTGGAATACTAGTGACTAGAAATATAAATGTTAACAATAGAATTC  1191


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |