BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-235N15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 118,511,571 - 118,615,622
singlet/doubletdoublet
Overlap genePak6, Gm1337, Plcb2, LOC100043272, A430105I19Rik, Disp2
Upstream geneThbs1, Fsip1, Gpr176, 1700054M17Rik, Eif2ak4, Srp14, LOC668859, Bmf, LOC640461, Bub1b
Downstream geneD2Ertd750e, Ivd, Bahd1, Chst14, LOC677379, Ccdc32, Rpusd2, Casc5, Rad51, 1200015F23Rik, Gchfr, Dnajc17, OTTMUSG00000015762, LOC545640, Zfyve19, Ppp1r14d, Spint1, Rhov, Vps18, LOC100043609, Dll4, Chac1, Inoc1, LOC100043612, Exdl1, 1500003O03Rik, LOC100043307, Oip5, Nusap1, Ndufaf1, LOC625328, LOC100043622, Rtf1, Itpka, Ltk, Rpap1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-235N15.bB6Ng01-235N15.g
ACCGA047223GA047224
length1,0831,128
definitionB6Ng01-235N15.b B6Ng01-235N15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(118,614,549 - 118,615,622)(118,511,571 - 118,512,693)
sequence
gaattcatagaccacgttgcttccggtacacttggcaggaacttgggcac
aaaacgggggtttgtcctggctagaccccacacaagcaggcaccaggaca
ccacgatggtagaaggtggcacagaaccgtagcagggccaatgtgcggtc
tgtatcggcttgggtagtgtcttggcaggaggagcggttagacagcacgg
ccagatagttgcccaaggaccagctggggcagcactcattggctgctgat
cgctggcacagagccccaaaactgatgtgagagcggatctgtagggcaca
caggagtgggggagtgaagctcagagggaaatccaggggcccaggttacc
ttaaccctgtcttgagctctctcacctcttgtcatgctgaagggcagaga
gcaagtattttgactacccaaaggaaatactttgtctcaaagctgtcttt
gcacctcacctagcttctagtaactctatcttggctttatcaaaggcaag
cctggggaggtttccccagacctttcccagaggctaccagaagggctcct
gcagcccctccctgccagctttgcaacttcctaagtcaggaatgggaata
gatgtgacaagccacatatagggcaaggtcaagagaccagggagctggaa
gcaagcagtagaagacattccagggtcagggtcgtggagaacccccagcc
cttctttccctgggttactgaaggcctcttaaggccagaacttcctcttg
ccaccgtgtgcctcctttcctttttaaccccgctgtccccatcacaacag
ctggtgtggggcaaagctcccacctgggagtcagatgccccactctgcca
ttaaccacatgtctagttgacagcgacactgatacttatacactttatca
agtcattcctagtgccagaattatgtcagattcttccaaattcaatctca
tttcacagtcactttccctttaaagggcatactattgtccctatttcata
ttttacagggctgaggatgtagctcagtattagagcattgttacttagtc
attcaagtattttaagtttgattcccagccccc
gaattcctgatcctcctgcctcatctggtattacaggtgtgagctactat
gcacagctttatttcattttatatcgtaattcaattaacttttacttact
gtgaccttgatttcagaactttctaaattaatttggttgttgcagatttt
tctgacttttccactttcacaaacatgctgtcccaagcacagttggcctg
gccatgttttggatgagccctagtggccttcctgtaagtcagatttccca
ttgtttaaatggttccccgatttcttaaatcttgatccgatctcctaccc
gaagctccactgaccactctgttagcccccagcctctgtaatcccctggc
tggtggtctttctccccagatctctctgctgcctctggggggatcttgtc
aagggattgctgttcgggtgaactctggaaggaaggtatggggtccctga
caccacttgatgccttctctccccatggaggaggtgaagaaatcagggct
ttcagaggaaggcctcaggcagttcttttgtgactctagatgtatttgca
cctctagaagatttcccagctacagaggaagcaagcagttgggatttcta
ttgctatggtgaaacaatgtaaccaaaagcaagtcggggaggaaagggtt
aattcagcttctagttccagctaacagtctgttactgagggaagtcagga
cagaagctggtgcagaggccatggaagagtgctactaactgacttactct
tcatcgcaaacagcctgctctcttatagaacccaggaccatccagcccag
ggatggtactaaccacaatgggctgggtcctccccatcaatcatttgaga
aaatgctctacagccagatcttacggaggcactttctcaattgtggttcc
ctcctttcagatgactctggctttatgttgacataaaaactagcccacag
agtctgctgaacaatccagggggaggtttgcctgaagaggctggtggaag
actggcccctactgaacaagccagaagccgagccttaagcagttcaaaga
ggctgcataacagagtggtgaagttatctgtctgcgtcggacttagagtc
ctagtcatgactctttgagagaaaatga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_118614549_118615622
seq2: B6Ng01-235N15.b_46_1124 (reverse)

seq1  GCTGGGGATCAAACTT-AGATACTTGAATGGACTAAGTA--CATGCTCTA  47
      |||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||||   ||||||||
seq2  GCTGGGAATCAAACTTAAAATACTTGAAT-GACTAAGTAACAATGCTCTA  49

seq1  TTACTGAGCTACATCCTCAGCCCTGT-AAATATGAAATAGGGACAATAGT  96
       ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTGAGCTACATCCTCAGCCCTGTAAAATATGAAATAGGGACAATAGT  99

seq1  ATGCCCTTTATAGGGAAAGTGACTGTGAAATGAGATTGAATTTGGAAGAA  146
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCCTTTAAAGGGAAAGTGACTGTGAAATGAGATTGAATTTGGAAGAA  149

seq1  TCTGACATAATTCTGGCACTAGGAATGACTTGAT-AAGTGTAT-AGTATC  194
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||
seq2  TCTGACATAATTCTGGCACTAGGAATGACTTGATAAAGTGTATAAGTATC  199

seq1  AGTGTCGCTGTCAACTAGACATGTGGTTAATGGCAGAGTGGGGCATCTGA  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTCGCTGTCAACTAGACATGTGGTTAATGGCAGAGTGGGGCATCTGA  249

seq1  CTCCCAGGTGGGAGCTTTGCCCCACACCAGCTGTTGTGATGGGGACAGCG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCAGGTGGGAGCTTTGCCCCACACCAGCTGTTGTGATGGGGACAGCG  299

seq1  GGGTTAAAAAGGAAAGGAGGCACACGGTGGCAAGAGGAAGTTCTGGCCTT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTAAAAAGGAAAGGAGGCACACGGTGGCAAGAGGAAGTTCTGGCCTT  349

seq1  AAGAGGCCTTCAGTAACCCAGGGAAAGAAGGGCTGGGGGTTCTCCACGAC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGCCTTCAGTAACCCAGGGAAAGAAGGGCTGGGGGTTCTCCACGAC  399

seq1  CCTGACCCTGGAATGTCTTCTACTGCTTGCTTCCAGCTCCCTGGTCTCTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGACCCTGGAATGTCTTCTACTGCTTGCTTCCAGCTCCCTGGTCTCTT  449

seq1  GACCTTGCCCTATATGTGGCTTGTCACATCTATTCCCATTCCTGACTTAG  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCTTGCCCTATATGTGGCTTGTCACATCTATTCCCATTCCTGACTTAG  499

seq1  GAAGTTGCAAAGCTGGCAGGGAGGGGCTGCAGGAGCCCTTCTGGTAGCCT  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTTGCAAAGCTGGCAGGGAGGGGCTGCAGGAGCCCTTCTGGTAGCCT  549

seq1  CTGGGAAAGGTCTGGGGAAACCTCCCCAGGCTTGCCTTTGATAAAGCCAA  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGAAAGGTCTGGGGAAACCTCCCCAGGCTTGCCTTTGATAAAGCCAA  599

seq1  GATAGAGTTACTAGAAGCTAGGTGAGGTGCAAAGACAGCTTTGAGACAAA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAGTTACTAGAAGCTAGGTGAGGTGCAAAGACAGCTTTGAGACAAA  649

seq1  GTATTTCCTTTGGGTAGTCAAAATACTTGCTCTCTGCCCTTCAGCATGAC  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTCCTTTGGGTAGTCAAAATACTTGCTCTCTGCCCTTCAGCATGAC  699

seq1  AAGAGGTGAGAGAGCTCAAGACAGGGTTAAGGTAACCTGGGCCCCTGGAT  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGGTGAGAGAGCTCAAGACAGGGTTAAGGTAACCTGGGCCCCTGGAT  749

seq1  TTCCCTCTGAGCTTCACTCCCCCACTCCTGTGTGCCCTACAGATCCGCTC  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCTGAGCTTCACTCCCCCACTCCTGTGTGCCCTACAGATCCGCTC  799

seq1  TCACATCAGTTTTGGGGCTCTGTGCCAGCGATCAGCAGCCAATGAGTGCT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACATCAGTTTTGGGGCTCTGTGCCAGCGATCAGCAGCCAATGAGTGCT  849

seq1  GCCCCAGCTGGTCCTTGGGCAACTATCTGGCCGTGCTGTCTAACCGCTCC  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCCAGCTGGTCCTTGGGCAACTATCTGGCCGTGCTGTCTAACCGCTCC  899

seq1  TCCTGCCAAGACACTACCCAAGCCGATACAGACCGCACATTGGCCCTGCT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGCCAAGACACTACCCAAGCCGATACAGACCGCACATTGGCCCTGCT  949

seq1  ACGGTTCTGTGCCACCTTCTACCATCGTGGTGTCCTGGTGCCTGCTTGTG  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGTTCTGTGCCACCTTCTACCATCGTGGTGTCCTGGTGCCTGCTTGTG  999

seq1  TGGGGTCTAGCCAGGACAAACCCCCGTTTTGTGCCCAAGTTCCTGCCAAG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTCTAGCCAGGACAAACCCCCGTTTTGTGCCCAAGTTCCTGCCAAG  1049

seq1  TGTACCGGAAGCAACGTGGTCTATGAATTC  1074
      ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCGGAAGCAACGTGGTCTATGAATTC  1079

seq1: chr2_118511571_118512693
seq2: B6Ng01-235N15.g_69_1196

seq1  GAATTCCTGATCCTCCTGCCTCATCTGGTATTACAGGTGTGAGCTACTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGATCCTCCTGCCTCATCTGGTATTACAGGTGTGAGCTACTAT  50

seq1  GCACAGCTTTATTTCATTTTATATCGTAATTCAATTAACTTTTACTTACT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACAGCTTTATTTCATTTTATATCGTAATTCAATTAACTTTTACTTACT  100

seq1  GTGACCTTGATTTCAGAACTTTCTAAATTAATTTGGTTGTTGCAGATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACCTTGATTTCAGAACTTTCTAAATTAATTTGGTTGTTGCAGATTTT  150

seq1  TCTGACTTTTCCACTTTCACAAACATGCTGTCCCAAGCACAGTTGGCCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACTTTTCCACTTTCACAAACATGCTGTCCCAAGCACAGTTGGCCTG  200

seq1  GCCATGTTTTGGATGAGCCCTAGTGGCCTTCCTGTAAGTCAGATTTCCCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATGTTTTGGATGAGCCCTAGTGGCCTTCCTGTAAGTCAGATTTCCCA  250

seq1  TTGTTTAAATGGTTCCCCGATTTCTTAAATCTTGATCCGATCTCCTACCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTAAATGGTTCCCCGATTTCTTAAATCTTGATCCGATCTCCTACCC  300

seq1  GAAGCTCCACTGACCACTCTGTTAGCCCCCAGCCTCTGTAATCCCCTGGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTCCACTGACCACTCTGTTAGCCCCCAGCCTCTGTAATCCCCTGGC  350

seq1  TGGTGGTCTTTCTCCCCAGATCTCTCTGCTGCCTCTGGGGGGATCTTGTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGGTCTTTCTCCCCAGATCTCTCTGCTGCCTCTGGGGGGATCTTGTC  400

seq1  AAGGGATTGCTGTTCGGGTGAACTCTGGAAGGAAGGTATGGGGTCCCTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGATTGCTGTTCGGGTGAACTCTGGAAGGAAGGTATGGGGTCCCTGA  450

seq1  CACCACTTGATGCCTTCTCTCCCCATGGAGGAGGTGAAGAAATCAGGGCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACTTGATGCCTTCTCTCCCCATGGAGGAGGTGAAGAAATCAGGGCT  500

seq1  TTCAGAGGAAGGCCTCAGGCAGTTCTTTTGTGACTCTAGATGTATTTGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGAGGAAGGCCTCAGGCAGTTCTTTTGTGACTCTAGATGTATTTGCA  550

seq1  CCTCTAGAAGATTTCCCAGCTACAGAGGAAGCAAGCAGTTGGGATTTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTAGAAGATTTCCCAGCTACAGAGGAAGCAAGCAGTTGGGATTTCTA  600

seq1  TTGCTATGGTGAAACAATGTAACCAAAAGCAAGTCGGGGAGGAAAGGGTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTATGGTGAAACAATGTAACCAAAAGCAAGTCGGGGAGGAAAGGGTT  650

seq1  AATTCAGCTTCTAGTTCCAGCTAACAGTCTGTTACTGAGGGAAGTCAGGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCAGCTTCTAGTTCCAGCTAACAGTCTGTTACTGAGGGAAGTCAGGA  700

seq1  CAGAAGCTGGTGCAGAGGCCATGGAAGAGTGCTACTAACTGACTTACTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGCTGGTGCAGAGGCCATGGAAGAGTGCTACTAACTGACTTACTCT  750

seq1  TCATCGCAAACAGCCTGCTCTCTTATAGAACCCAGGACCA-CCAGCCCAG  799
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCATCGCAAACAGCCTGCTCTCTTATAGAACCCAGGACCATCCAGCCCAG  800

seq1  GGATGGTACTAACCACAATGGGCTGGGTCCTCCCCATCAATCA-TTGAGA  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  GGATGGTACTAACCACAATGGGCTGGGTCCTCCCCATCAATCATTTGAGA  850

seq1  AAATGCTCTACAGCCAGATCTTACGGAGGCACTTTCTCAATTGTGGTTCC  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCTCTACAGCCAGATCTTACGGAGGCACTTTCTCAATTGTGGTTCC  900

seq1  CTCCTTTCAGATGACTCTGGC-TTATGTTGACAT-AAAACTAGCCCACAG  946
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  CTCCTTTCAGATGACTCTGGCTTTATGTTGACATAAAAACTAGCCCACAG  950

seq1  AGTCTGCTG-ACAATCCAGGGGGAGGGTTTGCCTG-AGAGGCT-GTGG-A  992
      ||||||||| |||||||||||||| |||||||||| ||||||| |||| |
seq2  AGTCTGCTGAACAATCCAGGGGGA-GGTTTGCCTGAAGAGGCTGGTGGAA  999

seq1  GACTGG-CCCTACTGACCAAAGCAAGAGCCGAGGCCTAAGCAGTCCAAAG  1041
      |||||| ||||||||| |||  ||  ||||||| | |||||||| |||||
seq2  GACTGGCCCCTACTGAACAAGCCAGAAGCCGAGCCTTAAGCAGTTCAAAG  1049

seq1  AGGCTGCATAACAGAGGTGTGAAG-TATCTTGTCTGCGTCCGGGACCTAG  1090
      ||||||||||||||||  |||||| |||| ||||||||||  |||| |||
seq2  AGGCTGCATAACAGAGTGGTGAAGTTATC-TGTCTGCGTC--GGACTTAG  1096

seq1  AGTTCTAGTCATGACCCCTTGAGAAGGAAATGA  1123
      ||| ||||||||||| | ||||| || ||||||
seq2  AGTCCTAGTCATGACTCTTTGAG-AGAAAATGA  1128