BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236D13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 43,984,556 - 44,083,595
singlet/doubletdoublet
Overlap geneArhgap15
Upstream geneLOC100041228, LOC100041245, Kynu
Downstream geneGtdc1, Zeb2
LinkOpen Mouse BAC browser

no map image available.



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236D13.bB6Ng01-236D13.g
ACCGA047492GA047493
length1,1421,080
definitionB6Ng01-236D13.b B6Ng01-236D13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,984,556 - 43,985,711)(44,082,518 - 44,083,595)
sequence
gaattcactcctagcccctggatatagctgtagtacatgcatcctttgcc
ctctcttagaactttaattgacctcagccagttcacaaagagtacttcat
ctaaaatcgactcttatgggaaaacataaagggtcatagacatcattctc
cctgttcaaaagacacttccaactgaggtctccatcccacttctatagca
ctttcacatcccagtaagaaatcctgttgcctgggtctgaagagcagcct
tgacccagaaaatgtgcaagatacaaaatggcctctcccaataggttgcc
tagtcatactgttttgtgggtaaatttggggtagattaggtatctttgaa
ttgtcagtttctgcagtgaaagctgaaaaatgagaaacaaacaccatttg
actagaaatcccccaaaagaaaacttgttttgagaatgctaatttataat
cataatctcttccctccaattacattgctgaaacagaatttccacttatt
tacacagaataactagtgagcttcaaacaacctactaagaatgggaattt
ctaagcatagcttacactcaacctaccaagctacccaatgctccacagag
ccacatgactctcaggctcttaatatggtttattataaaatcctttacct
gcctcaaagcacttctcatcaaagccacttctaagccaaagctgaggact
aaagaatgcctttaacagaatcctaaaatagcttttaacccggggctgag
agagaaagtgcttttaacctaaagtgctttcctcttacgtacttcagcgc
atacctagtgctcagccttagtggcttgaagaacacccttaagacccaaa
tgaaagagactccattatagatattcaaacctgttatattaatacattac
aagcaatatttgaaatcattaagcagttttactcctactgactttgagtc
ttttcttattgaactctacattcatgcaaataaattgaagtctttaccac
ttgggattctaacaaatctatgctgatatagagagaatacagctcctact
tagacttgcttattctgcagtaaatgtctggtgctctcccacgaaaagaa
tctttgatcttatcactgaatatgttttcatcttagtcctat

gaattccttaagacacaagtaagttacaaaggctccgcactttgggttgg
attattgcctgtcttagttagggtcagtatttctatggcgaaacatcatg
accaaaaccaagctggagagcaaagaatttatttatgtatttatttatgt
gtttatttatttatatatatgtatagctatatatacatgtatatatatgt
tttatttacttacttgatttcttacttatttacactttctacatcactgt
tttttattaaaagaaatcagggcaggaactcaaacagaataagaatctgg
aggcagtaggtgatgcagcagactcagaggggttctatttactggcttag
tcctcatgactagctgctttcttatagaccatgcatcccatgcaggagtg
gtactacccacaatgtctgagttctaccccaaataatcattaattaggaa
aacgccctacaggctggtctaattagttgaggttccctcctcagatgact
ctagtttgtgtctagttgacataaaactagtcagcacactgacattgtaa
aagagcaccctgtttcccattttgctttctacttgcccttttggattgca
tgtgatcatgtaaaatgacccagccaaggtggtggtgccttgctgtttga
cttctaacctttagtcctgagctaatacatttctgctcatttgaatcttc
cccgtctatggtattttttttttttatagaagaacaacatggagaaagac
atttagaccctttactagtgttaccaccagaaagcatattcttcctgcta
ctgacagatgaaatgttctttcttctaagactctcgtgatgtatatgcct
ttgatggactgagatgagtaagaatcatatgctaaacctgagttattaag
atgtggtctggcgtcagtttagatgtaccacataagacattattcaaatt
aaaaattattgaagctttcatccattttactgagtctgggaatctctgtg
aatatggtgggcttctggtgtacagtctttcttggcaattggatgcacat
caatagtcagagaactgcttgttgtcaagt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_43984556_43985711
seq2: B6Ng01-236D13.b_47_1188

seq1  GAATTCACTCCTAGCCCCTGGATATAGCTGTAGTACATGCATCCTTTGCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCCTAGCCCCTGGATATAGCTGTAGTACATGCATCCTTTGCC  50

seq1  CTCTCTTAGAACTTTAATTGACCTCAGCCAGTTCACAAAGAGTACTTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCTTAGAACTTTAATTGACCTCAGCCAGTTCACAAAGAGTACTTCAT  100

seq1  CTAAAATCGACTCTTATGGGAAAACATAAAGGGTCATAGACATCATTCTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAATCGACTCTTATGGGAAAACATAAAGGGTCATAGACATCATTCTC  150

seq1  CCTGTTCAAAAGACACTTCCAACTGAGGTCTCCATCCCACTTCTATAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTTCAAAAGACACTTCCAACTGAGGTCTCCATCCCACTTCTATAGCA  200

seq1  CTTTCACATCCCAGTAAGAAATCCTGTTGCCTGGGTCTGAAGAGCAGCCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCACATCCCAGTAAGAAATCCTGTTGCCTGGGTCTGAAGAGCAGCCT  250

seq1  TGACCCAGAAAATGTGCAAGATACAAAATGGCCTCTCCCAATAGGTTGCC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCAGAAAATGTGCAAGATACAAAATGGCCTCTCCCAATAGGTTGCC  300

seq1  TAGTCATACTGTTTTGTGGGTAAATTTGGGGTAGATTAGGTATCTTTGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATACTGTTTTGTGGGTAAATTTGGGGTAGATTAGGTATCTTTGAA  350

seq1  TTGTCAGTTTCTGCAGTGAAAGCTGAAAAATGAGAAACAAACACCATTTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCAGTTTCTGCAGTGAAAGCTGAAAAATGAGAAACAAACACCATTTG  400

seq1  ACTAGAAATCCCCCAAAAGAAAACTTGTTTTGAGAATGCTAATTTATAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAGAAATCCCCCAAAAGAAAACTTGTTTTGAGAATGCTAATTTATAAT  450

seq1  CATAATCTCTTCCCTCCAATTACATTGCTGAAACAGAATTTCCACTTATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATCTCTTCCCTCCAATTACATTGCTGAAACAGAATTTCCACTTATT  500

seq1  TACACAGAATAACTAGTGAGCTTCAAACAACCTACTAAGAATGGGAATTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGAATAACTAGTGAGCTTCAAACAACCTACTAAGAATGGGAATTT  550

seq1  CTAAGCATAGCTTACACTCAACCTACCAAGCTACCCAATGCTCCACAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAGCATAGCTTACACTCAACCTACCAAGCTACCCAATGCTCCACAGAG  600

seq1  CCACATGACTCTCAGGCTCTTAATATGGTTTATTATAAAATCCTTTACCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACATGACTCTCAGGCTCTTAATATGGTTTATTATAAAATCCTTTACCT  650

seq1  GCCTCAAAGCACTTCTCATCAAAGCCACTTCTAAGCCAAAGCTGAGGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTCAAAGCACTTCTCATCAAAGCCACTTCTAAGCCAAAGCTGAGGACT  700

seq1  AAAGAATGCCTTTAACAGAATCCTAAAATAGCTTTTAACCCGGGGCTGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGAATGCCTTTAACAGAATCCTAAAATAGCTTTTAACCCGGGGCTGAG  750

seq1  AGAGAAAGTGCTTTTAACCTAAAGTGCTTTCCTCTTACGTACTTCAGCGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAAGTGCTTTTAACCTAAAGTGCTTTCCTCTTACGTACTTCAGCGC  800

seq1  ATACCTAGTGCTCAGCCTTAGTGGCTTGAAGAACACCCTTAAGACCCAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCTAGTGCTCAGCCTTAGTGGCTTGAAGAACACCCTTAAGACCCAAA  850

seq1  TGAAAGAGACTCCATTATAGATATTCAAACCTGTTATATTAATACATTAC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAGAGACTCCATTATAGATATTCAAACCTGTTATATTAATACATTAC  900

seq1  AAGCAATATTTGAAATCATTAAGCAGTTTTACTCCTACTGACTTTGAGTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAATATTTGAAATCATTAAGCAGTTTTACTCCTACTGACTTTGAGTC  950

seq1  TTTTCTTATTGAACTCTACATTCATGCAAATAAATTGAAGTCTTTACCAC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTATTGAACTCTACATTCATGCAAATAAATTGAAGTCTTTACCAC  1000

seq1  TTGGGATTCTAACAAATCTATGCTGATATTAGAGAGAATACAGCCTTCTT  1050
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  || |
seq2  TTGGGATTCTAACAAATCTATGCTGATA-TAGAGAGAATACAGC--TCCT  1047

seq1  ACCTAGACTTTGCTTAATTCTGCAGTAAAATGTCT-GTGCTCTCCCCAAC  1099
      || ||||| |||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||    
seq2  ACTTAGAC-TTGCTT-ATTCTGCAGT-AAATGTCTGGTGCTCTCCC---A  1091

seq1  CAAAAAGAATCTTTTGATTCTTAATCACTGGATAATGTTTTCATCTTTAG  1149
      | ||||||||| ||||| |||| ||||||| || ||||||||||| ||||
seq2  CGAAAAGAATC-TTTGA-TCTT-ATCACTGAAT-ATGTTTTCATC-TTAG  1136

seq1  TCTCTAT  1156
      || ||||
seq2  TC-CTAT  1142


seq1: chr2_44082518_44083595
seq2: B6Ng01-236D13.g_70_1149 (reverse)

seq1  ACCTGACAAC-AGCAGTTCTCTGACTA-TGATGTGCATCCAAATTGCCCA  48
      || ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |
seq2  ACTTGACAACAAGCAGTTCTCTGACTATTGATGTGCATCC-AATTGCCAA  49

seq1  G-AAGACTGTTACACCAG-AGCCCACCATTATTCCACAGAGATT-CCAGA  95
      | ||||||| |||||||| ||||||||| |||| |||||||||| |||||
seq2  GAAAGACTG-TACACCAGAAGCCCACCA-TATT-CACAGAGATTCCCAGA  96

seq1  CTCAGTAAAATGGATGAAAGCTTC-ATAATTTTTATTTTGAATAATGTCT  144
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||
seq2  CTCAGTAAAATGGATGAAAGCTTCAATAATTTTTAATTTGAATAATGTCT  146

seq1  TATGTGGTACATCTAAACTGACGCCAGACCACATCTTAATAACTCAGGTT  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGTACATCTAAACTGACGCCAGACCACATCTTAATAACTCAGGTT  196

seq1  TAGCATATGATTCTTACTCATCTCAGTCCATCAAAGGCATATACATCACG  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCATATGATTCTTACTCATCTCAGTCCATCAAAGGCATATACATCACG  246

seq1  AGAGTCTTAGAAGAAAGAACATTTCATCTGTCAGTAGCAGGAAGAATATG  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTTAGAAGAAAGAACATTTCATCTGTCAGTAGCAGGAAGAATATG  296

seq1  CTTTCTGGTGGTAACACTAGTAAAGGGTCTAAATGTCTTTCTCCATGTTG  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGGTGGTAACACTAGTAAAGGGTCTAAATGTCTTTCTCCATGTTG  346

seq1  TTCTTCTATAAAAAAAAAAAATACCATAGACGGGGAAGATTCAAATGAGC  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTCTATAAAAAAAAAAAATACCATAGACGGGGAAGATTCAAATGAGC  396

seq1  AGAAATGTATTAGCTCAGGACTAAAGGTTAGAAGTCAAACAGCAAGGCAC  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATGTATTAGCTCAGGACTAAAGGTTAGAAGTCAAACAGCAAGGCAC  446

seq1  CACCACCTTGGCTGGGTCATTTTACATGATCACATGCAATCCAAAAGGGC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCACCTTGGCTGGGTCATTTTACATGATCACATGCAATCCAAAAGGGC  496

seq1  AAGTAGAAAGCAAAATGGGAAACAGGGTGCTCTTTTACAATGTCAGTGTG  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAGAAAGCAAAATGGGAAACAGGGTGCTCTTTTACAATGTCAGTGTG  546

seq1  CTGACTAGTTTTATGTCAACTAGACACAAACTAGAGTCATCTGAGGAGGG  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACTAGTTTTATGTCAACTAGACACAAACTAGAGTCATCTGAGGAGGG  596

seq1  AACCTCAACTAATTAGACCAGCCTGTAGGGCGTTTTCCTAATTAATGATT  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTCAACTAATTAGACCAGCCTGTAGGGCGTTTTCCTAATTAATGATT  646

seq1  ATTTGGGGTAGAACTCAGACATTGTGGGTAGTACCACTCCTGCATGGGAT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGGGGTAGAACTCAGACATTGTGGGTAGTACCACTCCTGCATGGGAT  696

seq1  GCATGGTCTATAAGAAAGCAGCTAGTCATGAGGACTAAGCCAGTAAATAG  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATGGTCTATAAGAAAGCAGCTAGTCATGAGGACTAAGCCAGTAAATAG  746

seq1  AACCCCTCTGAGTCTGCTGCATCACCTACTGCCTCCAGATTCTTATTCTG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCCCTCTGAGTCTGCTGCATCACCTACTGCCTCCAGATTCTTATTCTG  796

seq1  TTTGAGTTCCTGCCCTGATTTCTTTTAATAAAAAACAGTGATGTAGAAAG  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAGTTCCTGCCCTGATTTCTTTTAATAAAAAACAGTGATGTAGAAAG  846

seq1  TGTAAATAAGTAAGAAATCAAGTAAGTAAATAAAACATATATATACATGT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAATAAGTAAGAAATCAAGTAAGTAAATAAAACATATATATACATGT  896

seq1  ATATATAGCTATACATATATATAAATAAATAAACACATAAATAAATACAT  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATATAGCTATACATATATATAAATAAATAAACACATAAATAAATACAT  946

seq1  AAATAAATTCTTTGCTCTCCAGCTTGGTTTTGGTCATGATGTTTCGCCAT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAATTCTTTGCTCTCCAGCTTGGTTTTGGTCATGATGTTTCGCCAT  996

seq1  AGAAATACTGACCCTAACTAAGACAGGCAATAATCCAACCCAAAGTGCGG  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAATACTGACCCTAACTAAGACAGGCAATAATCCAACCCAAAGTGCGG  1046

seq1  AGCCTTTGTAACTTACTTGTGTCTTAAGGAATTC  1078
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTTGTAACTTACTTGTGTCTTAAGGAATTC  1080


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |