BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-236H18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 111,931,041 - 112,076,187
singlet/doubletdoublet
Overlap geneOlfr1314, Olfr1315-ps1, Olfr1316, Olfr1317, Olfr1318, GA_x5J8B7W3P0G-705890-705633, LOC100043187
Upstream geneLOC668802, LOC623270, LOC623301, 4930430A15Rik, Olfr1275, Olfr1276, Olfr1277, Olfr1278, Olfr1279, Olfr1280, Olfr1281, Olfr1282, Olfr1283, Olfr1284, LOC100043465, Olfr1285, Olfr1286, Olfr1287, Olfr1288, Olfr1289, Olfr1290, GA_x5J8B7W4T2P-95628-96096, Olfr1292-ps1, Olfr1293, Olfr1294, Olfr1295, LOC668822, Olfr1297, Olfr1298, Olfr1299, Olfr1300-ps1, Olfr1301, Olfr1302, Olfr1303, Olfr249-ps1, LOC668825, Olfr1305, Olfr1306, LOC668827, Olfr1307, Olfr1308, Olfr1309, LOC433463, Olfr1310, Olfr1311, Olfr1312, Olfr1313
Downstream geneAgpat7, Nut, Nola3, Slc12a6, Tmem85, EG668839, 2410042D21Rik, 2900064A13Rik, Chrm5, Aven, Ryr3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-236H18.bB6Ng01-236H18.g
ACCGA047691GA047692
length1,1381,149
definitionB6Ng01-236H18.b B6Ng01-236H18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,075,038 - 112,076,187)(111,931,041 - 111,932,200)
sequence
gaattcattctgtagaccaagctggcctcaaactcccagagatccacctg
cctctgccttcatgctaggattaaaggcatgcaccaccaccatccagcct
aattccactgtttttataatctcatttttttgagttaaagcagttcacaa
atgcataaacatcatttgatttttatagccttactattatttttggattt
ttataaaatttttattctacatgaattcatttttgcctgcatatatgtga
gtggaccgtgtgcgtgcttggtgcctgaggaggtagggagaggcatcagg
ttccccagagctggatttctgggtgggtgggaatcaccacatgggtgttg
gtaactgagcctgagtcctctccaagagcagcaagggtttttaatcattg
atccctctctccagccctctgcacttaatcttttaaacataaactagcca
gttcaggaagctttattaaacttgagaatccccttcatagagcacatata
ttaatatacaaattactctaaaaattaagcatacatgcagttaactttca
atgatatacagtttggctatgtgtccatctacaaacaaacaaacaaacca
caaaacaacaacaaacagatcaattctcccagggcctatgatcactccta
ggtgtaggtttctgaccagagttctagtgctaggcatgtattccccacca
gagaggactacaaatccaatcggaatacagtcagttgtccctcacacagg
catgccaccactattgtatcagtgcacagggttcatgactaggtaagacc
atggaaacatttccttcccccagcagcccattccacacactctagcactg
tgaatgaacactgccagcaggtagtgagtttccaactcagttttcgtatg
gttcaagtgttcgatgtcttccttccataataaggtcttaatgatttttg
ggaaatagcatcattcacccatgtgtggtgcttctattccaactcccaac
tctgcttttttttttcttgagaaagtgtttctctatgtagcctggatgtt
cttgcaaacaggctgccttgacttcacgaagattccacctgctctgcctc
caaggttgcttgccccactacgctcaaactctttttgt
gaattccataaggaaaaataaacatgagatggagaccaaagatagttaat
attgtgtctctcaatgcctccaatttcaatggtggggttgatggctagcc
tccatagtgtcaggatgagttagcatatacaatgtgtttatagggtacct
aagtacatacactgtacctactgataaaaaatgctatcacttcacttgca
tctctataatatcatgcaaatattttgtgccaaattctgacattgaaata
taaaatgaaaaaataatatgagaaaacagtaaaaaaagaaaaaacatgaa
taaatttataaatttgactgtcataaggttaactggacagtttatatttg
tgtgtatcaagtgtgtatggttgcagacactaaacactttgaataacatc
acagacaatcaaaagagtggctacagtgtatgcactgtacagaaaataga
aaatatgacccagatgaatgtcaatttgtatattttacatgaagtgctgc
cagtaagccctgtgtgtgtggaatttacgttcccagagagagacagaaag
acagacagactgagacaagaagggaaaacatgtttctctttcttttttag
gctttaaagaacttttccatcttccatacaattcaaagtgtacttcacac
acacacaaaaatattctttgagaattgaattctgcaatattataatcttt
gtttgataaatataaatttcattcctcattgtcaggacaaatttaaatct
ctcctcatagaagacaagtcactgaactatcagtgtaggtagacaaatcc
taccagggaaagtgattgtcactaaacttgatcagcaatgtactgtgttc
agtgatgaatgttcacactgcagtcacttaggagatcttcccatatttta
atagctgtctgcaaactcttttcatagctgtcttcatatcttgattcctc
agtgtgtagatcacagggtttcagaaaggagtaccacagcatcaatatag
ccaggtacttatccaggtgtgtggaggggggaggcatgtttagacaatat
caaaggaccaaagacaggacccaacagagaatatggagcagagtgtggac
aaggcttgggagaacccacttgagaggttctgacgtgactattatgaca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_112075038_112076187
seq2: B6Ng01-236H18.b_46_1183 (reverse)

seq1  ACAAAAAGAGTTTGAGCGGTAGTGGCGCAAGC-ACTTGGGAGGCAGAGGC  49
      ||||||||||||||||| ||||||| |||||| || | ||||||||| ||
seq2  ACAAAAAGAGTTTGAGC-GTAGTGGGGCAAGCAACCTTGGAGGCAGA-GC  48

seq1  AGGTGG-ATCTCTGTGAAGTCAAGGCCAGCCTGGTCTGC-AGGACATCCA  97
      |||||| ||||  |||||||||||| |||||| || ||| || |||||||
seq2  AGGTGGAATCTTCGTGAAGTCAAGG-CAGCCT-GTTTGCAAGAACATCCA  96

seq1  GGGCTACATAGAGAAACACTGTCTCAAAAGAAAAAAAAAAAAAAAAAGCA  147
       ||||||||||||||||||| ||||         || |||||||||||| 
seq2  -GGCTACATAGAGAAACACTTTCTC---------AAGAAAAAAAAAAGC-  135

seq1  AGAGTTGGGAGTTGGAATAGAAGCACCACACATGGGTGAATGATGCTATT  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTTGGGAGTTGGAATAGAAGCACCACACATGGGTGAATGATGCTATT  185

seq1  TCCCAAAAATCATTAAGACCTTATTATGGAAGGAAGACATCGAACACTTG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCAAAAATCATTAAGACCTTATTATGGAAGGAAGACATCGAACACTTG  235

seq1  AACCATACGAAAACTGAGTTGGAAACTCACTACCTGCTGGCAGTGTTCAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATACGAAAACTGAGTTGGAAACTCACTACCTGCTGGCAGTGTTCAT  285

seq1  TCACAGTGCTAGAGTGTGTGGAATGGGCTGCTGGGGGAAGGAAATGTTTC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTGCTAGAGTGTGTGGAATGGGCTGCTGGGGGAAGGAAATGTTTC  335

seq1  CATGGTCTTACCTAGTCATGAACCCTGTGCACTGATACAATAGTGGTGGC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTCTTACCTAGTCATGAACCCTGTGCACTGATACAATAGTGGTGGC  385

seq1  ATGCCTGTGTGAGGGACAACTGACTGTATTCCGATTGGATTTGTAGTCCT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGTGTGAGGGACAACTGACTGTATTCCGATTGGATTTGTAGTCCT  435

seq1  CTCTGGTGGGGAATACATGCCTAGCACTAGAACTCTGGTCAGAAACCTAC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGTGGGGAATACATGCCTAGCACTAGAACTCTGGTCAGAAACCTAC  485

seq1  ACCTAGGAGTGATCATAGGCCCTGGGAGAATTGATCTGTTTGTTGTTGTT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTAGGAGTGATCATAGGCCCTGGGAGAATTGATCTGTTTGTTGTTGTT  535

seq1  TTGTGGTTTGTTTGTTTGTTTGTAGATGGACACATAGCCAAACTGTATAT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGTTTGTTTGTTTGTTTGTAGATGGACACATAGCCAAACTGTATAT  585

seq1  CATTGAAAGTTAACTGCATGTATGCTTAATTTTTAGAGTAATTTGTATAT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGAAAGTTAACTGCATGTATGCTTAATTTTTAGAGTAATTTGTATAT  635

seq1  TAATATATGTGCTCTATGAAGGGGATTCTCAAGTTTAATAAAGCTTCCTG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATATATGTGCTCTATGAAGGGGATTCTCAAGTTTAATAAAGCTTCCTG  685

seq1  AACTGGCTAGTTTATGTTTAAAAGATTAAGTGCAGAGGGCTGGAGAGAGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGCTAGTTTATGTTTAAAAGATTAAGTGCAGAGGGCTGGAGAGAGG  735

seq1  GATCAATGATTAAAAACCCTTGCTGCTCTTGGAGAGGACTCAGGCTCAGT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAATGATTAAAAACCCTTGCTGCTCTTGGAGAGGACTCAGGCTCAGT  785

seq1  TACCAACACCCATGTGGTGATTCCCACCCACCCAGAAATCCAGCTCTGGG  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAACACCCATGTGGTGATTCCCACCCACCCAGAAATCCAGCTCTGGG  835

seq1  GAACCTGATGCCTCTCCCTACCTCCTCAGGCACCAAGCACGCACACGGTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACCTGATGCCTCTCCCTACCTCCTCAGGCACCAAGCACGCACACGGTC  885

seq1  CACTCACATATATGCAGGCAAAAATGAATTCATGTAGAATAAAAATTTTA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCACATATATGCAGGCAAAAATGAATTCATGTAGAATAAAAATTTTA  935

seq1  TAAAAATCCAAAAATAATAGTAAGGCTATAAAAATCAAATGATGTTTATG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAATCCAAAAATAATAGTAAGGCTATAAAAATCAAATGATGTTTATG  985

seq1  CATTTGTGAACTGCTTTAACTCAAAAAAATGAGATTATAAAAACAGTGGA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTGTGAACTGCTTTAACTCAAAAAAATGAGATTATAAAAACAGTGGA  1035

seq1  ATTAGGCTGGATGGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCTAGCATGAAGGCAG  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGCTGGATGGTGGTGGTGCATGCCTTTAATCCTAGCATGAAGGCAG  1085

seq1  AGGCAGGTGGATCTCTGGGAGTTTGAGGCCAGCTTGGTCTACAGAATGAA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAGGTGGATCTCTGGGAGTTTGAGGCCAGCTTGGTCTACAGAATGAA  1135

seq1  TTC  1150
      |||
seq2  TTC  1138

seq1: chr2_111931041_111932200
seq2: B6Ng01-236H18.g_69_1217

seq1  GAATTCCATAAGGAAAAATAAACATGAGATGGAGACCAAAGATAGTTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATAAGGAAAAATAAACATGAGATGGAGACCAAAGATAGTTAAT  50

seq1  ATTGTGTCTCTCAATGCCTCCAATTTCAATGGTGGGGTTGATGGCTAGCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGTCTCTCAATGCCTCCAATTTCAATGGTGGGGTTGATGGCTAGCC  100

seq1  TCCATAGTGTCAGGATGAGTTAGCATATACAATGTGTTTATAGGGTACCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCATAGTGTCAGGATGAGTTAGCATATACAATGTGTTTATAGGGTACCT  150

seq1  AAGTACATACACTGTACCTACTGATAAAAAATGCTATCACTTCACTTGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTACATACACTGTACCTACTGATAAAAAATGCTATCACTTCACTTGCA  200

seq1  TCTCTATAATATCATGCAAATATTTTGTGCCAAATTCTGACATTGAAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTATAATATCATGCAAATATTTTGTGCCAAATTCTGACATTGAAATA  250

seq1  TAAAATGAAAAAATAATATGAGAAAACAGTAAAAAAAGAAAAAACATGAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAATGAAAAAATAATATGAGAAAACAGTAAAAAAAGAAAAAACATGAA  300

seq1  TAAATTTATAAATTTGACTGTCATAAGGTTAACTGGACAGTTTATATTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATTTATAAATTTGACTGTCATAAGGTTAACTGGACAGTTTATATTTG  350

seq1  TGTGTATCAAGTGTGTATGGTTGCAGACACTAAACACTTTGAATAACATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTATCAAGTGTGTATGGTTGCAGACACTAAACACTTTGAATAACATC  400

seq1  ACAGACAATCAAAAGAGTGGCTACAGTGTATGCACTGTACAGAAAATAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAATCAAAAGAGTGGCTACAGTGTATGCACTGTACAGAAAATAGA  450

seq1  AAATATGACCCAGATGAATGTCAATTTGTATATTTTACATGAAGTGCTGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATGACCCAGATGAATGTCAATTTGTATATTTTACATGAAGTGCTGC  500

seq1  CAGTAAGCCCTGTGTGTGTGGAATTTACGTTCCCAGAGAGAGACAGAAAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAGCCCTGTGTGTGTGGAATTTACGTTCCCAGAGAGAGACAGAAAG  550

seq1  ACAGACAGACTGAGACAAGAAGGGAAAACATGTTTCTCTTTCTTTTTTAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGACAGACTGAGACAAGAAGGGAAAACATGTTTCTCTTTCTTTTTTAG  600

seq1  GCTTTAAAGAACTTTTCCATCTTCCATACAATTCAAAGTGTACTTCACAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTAAAGAACTTTTCCATCTTCCATACAATTCAAAGTGTACTTCACAC  650

seq1  ACACACAAAAATATTCTTTGAGAATTGAATTCTGCAATATTATAATCTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACAAAAATATTCTTTGAGAATTGAATTCTGCAATATTATAATCTTT  700

seq1  GTTTGATAAATATAAATTTCATTCCTCATTGTCAGGACAAATTTAAATCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGATAAATATAAATTTCATTCCTCATTGTCAGGACAAATTTAAATCT  750

seq1  CTCCTCATAGAAGACAAGTCACTGAACTATCAGTGTAGGTAGACAAATCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTCATAGAAGACAAGTCACTGAACTATCAGTGTAGGTAGACAAATCC  800

seq1  TACCAGGGAAAGTGATTGTCACTAAACTTGATCAGCAATGTACTGTGTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGGGAAAGTGATTGTCACTAAACTTGATCAGCAATGTACTGTGTTC  850

seq1  AGTGATGAATGTTCACACTGCAGTCACTTAGGAGATCTTCCCATATTTTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATGAATGTTCACACTGCAGTCACTTAGGAGATCTTCCCATATTTTA  900

seq1  ATAGCTGTCTGCAAACTCTTTTCATAGCTGTCTTCATATCTTGATTCCTC  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGCTGTCTGCAAACTCTTTTCATAGCTGTCTTCATATCTTGATTCCTC  950

seq1  AGTGTGTAGATCACAGGG-TTCAGAAAAGGAGTACCAACAGCATCAAATA  999
      |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||
seq2  AGTGTGTAGATCACAGGGTTTCAG-AAAGGAGTACC-ACAGCATC-AATA  997

seq1  TAGCCAGGTACTTATCCAGGTGTGTGGAGGGGGAAGGCCATGTATAGACA  1049
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||| 
seq2  TAGCCAGGTACTTATCCAGGTGTGTGGAGGGGGGAGG-CATGTTTAGAC-  1045

seq1  AATATCAAAGGACCAAAGAACAGGACCACAACAGAG-ATAT-GAGCAGAA  1097
      |||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||| ||||||  
seq2  AATATCAAAGGACCAAAG-ACAGGACC-CAACAGAGAATATGGAGCAG--  1091

seq1  AGTGTGGACAAAGCTTTGGAGGAACCACTTGAGGAATGTTTCTGGACAGT  1147
      ||||||||||| |||| |||| | |||||||||    | |||| ||| ||
seq2  AGTGTGGACAAGGCTTGGGAGAACCCACTTGAG---AGGTTCT-GAC-GT  1136

seq1  GACTATTATGACA  1160
      |||||||||||||
seq2  GACTATTATGACA  1149