BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-240E15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 144,958,141 - 145,072,916
singlet/doubletdoublet
Overlap geneSlc24a3
Upstream geneLOC627160, EG433481, Snx5, 8430406I07Rik, Ovol2, Ppia-ps2_1789.1, LOC635097, Csrp2bp, LOC100043552, 6330439K17Rik, Polr3f, Rbbp9, Sec23b, Gm561, Dtd1, 1700010M22Rik
Downstream geneLOC627312, OTTMUSG00000015643, LOC433482, LOC100043810, Rin2, Nat5, Crnkl1, 4930529M08Rik, LOC100043563, Insm1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-240E15.bB6Ng01-240E15.g
ACCGA050498GA050499
length1,1671,176
definitionB6Ng01-240E15.b B6Ng01-240E15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(145,071,759 - 145,072,916)(144,958,141 - 144,959,194)
sequence
gaattcaaacttatgtgtgactccaagatctaggttaggaggttggaaat
ggagatcacagatacacacatccatccttcattcttgagctgtctgaaag
tgaattagtaagacagaaaatatgtccagagaccattggaagtcttagat
cagcctgtccaataatctcttctatgctgataaacatgatgcaggatctg
tgctgcccagctataacagctgccaatcacatacagtaattgaatatctg
acagatagatgatacaactgtgcatctggagcatctgcatgttttatgtt
actttgattcatttgatttaattttaatgaattttatgtgcatgagtatt
tttatctacatgtacacctctataccatagatagttctgatacatgcaaa
gaccagaggaaggcactgaatttccagaactggagttacaggcatgtgag
tggcgggaattaaaacgatggtcctctagaagaataaccggcagtcttca
tcactgagccacctcactggctctattcatctgatttgaattgtcattga
atgttatcatccaaggtgcagttagagacatttcacaacagcagcattca
ggaaagggcgtggtccccacagtttggagaaggaggggctcttgaagaat
gcaagtcccaacaagctataatgtgaacaggactctctgccttataccaa
tttgctcattttacctatactttggttttgagtcaaggtttcaaattgaa
tcctagtcctttttagtctacagttgagtaaagtaagagtgtcaattttg
gcaccatattcctttgcaaccattatttttaaggttttgttaacatatta
atcgtacctagtagtggctttaataatgacatttccacacatgcatacca
tagtcttctctgtacagtgtgcctgagctctctttcactgctacctaccc
accttcatcctaaaacctttcatctcttcttctctgtaccctcctttagc
aactccactagatgataagctgtgtttgtttgtttttaatttgtctatca
aaccagaaatttttattgctacccatgaagtcaatcatttcttcattggg
aaatggtttccacggtaccctgaaggtttctctgccgctatactctctgt
aagaaaagtgaattgct
gaattcccaagagagtcgaagctacattgagcaaatgagcagagcaggag
ttagcaggatgtctgctttcaaatcatactggagagccagagtacaagaa
tagatatatagagcaatagtataaaatacagaacacatacatatacaggc
cacgtggctacatctacttaattcttgattaaggttccaaaagcactcat
tggagaaagatggcctcttcagtaaatggtactagggaaattggttatcc
aaaagaaaatgatgaaaccagatctgtatctctcatcctgtacacagatc
aactctgaaaaatcaaaatccttcatgtaaaacctgaaactctgcaactc
ttagagaaaaatagagtgaaaagtacttcaacatatagtcattaggtaag
gactttcaaaaaagggttctgggaataataataataataataataataat
aattgagagattagacagcatttaagtaaaaggtttttgcacagcagagg
aaaccattgagtgaagagataaactgcaatgggagagaatctgtgctaac
tgtataccagactaagggttgatattttctagagcacaacagaaactcaa
aacactacatggcaatgagtcacagacaacaaggaggcgaatgaaaaggg
ggtgcgaattagtccaaccactgtgaactcattacagtggtccccccaaa
cccaaaaatatgtctaccatgtgacccagatttcctgatcactctcccag
aggactctaatgagcatatcacaacagcacttgaactttgatgtacattg
tagcactgcttgtgacacccaagttatagaaccatcctgaatgtctgaca
agagagaaatggacaaaaatgtggtatctaatggaatttttcttccatat
agaagaatgaaattaagttgtttgcaggaaaatgcaactaaggattatta
tgataagcaaagtaaagacagagtcaaattgttgatagtccatgcttttt
tttctcattgtggaatctatgtttttatatgcttatgcaatttttatgta
ttctggtgggcataaaaatggaaaaatgttctagaacatcatggcaatga
aggggtactcatggactagaatgagaatgtgaaataatgtgattaaattg
tccaattgctcgcgcataaaataccg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_145071759_145072916
seq2: B6Ng01-240E15.b_40_1206 (reverse)

seq1  AGCAA-TCAC-TTCCTTACAGAGA-TA-AGC-GCAG---AAACTTCA-GG  41
      ||||| |||| || |||||||||| || ||| ||||   || ||||| ||
seq2  AGCAATTCACTTTTCTTACAGAGAGTATAGCGGCAGAGAAACCTTCAGGG  50

seq1  TACGTTGAAAACCATT--CCAATGGAAGAAATGATTTGACTTCATGGGTA  89
      |||  || ||||||||  ||||| |||||||||| |||||||||||||||
seq2  TACCGTGGAAACCATTTCCCAAT-GAAGAAATGA-TTGACTTCATGGGTA  98

seq1  GCAAT-AAAATTTCTGGGTTGATAGAACAAATAAAAAACAAACAAACACA  138
      ||||| ||||||||||| ||||||| |||||| |||||||||||||||||
seq2  GCAATAAAAATTTCTGGTTTGATAG-ACAAATTAAAAACAAACAAACACA  147

seq1  GCTTATCATCTAGTGGAGTTGCTAAAGGAGGGTACAGAGAAGAAGAGATG  188
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTATCATCTAGTGGAGTTGCTAAAGGAGGGTACAGAGAAGAAGAGATG  197

seq1  AAAGGTTTTAGGATGAAGGTGGGTAGGTAGCAGTGAAAGAGAGCTCAGGC  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTTTAGGATGAAGGTGGGTAGGTAGCAGTGAAAGAGAGCTCAGGC  247

seq1  ACACTGTACAGAGAAGACTATGGTATGCATGTGTGGAAATGTCATTATTA  288
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGTACAGAGAAGACTATGGTATGCATGTGTGGAAATGTCATTATTA  297

seq1  AAGCCACTACTAGGTACGATTAATATGTTAACAAAACCTTAAAAATAATG  338
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCCACTACTAGGTACGATTAATATGTTAACAAAACCTTAAAAATAATG  347

seq1  GTTGCAAAGGAATATGGTGCCAAAATTGACACTCTTACTTTACTCAACTG  388
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCAAAGGAATATGGTGCCAAAATTGACACTCTTACTTTACTCAACTG  397

seq1  TAGACTAAAAAGGACTAGGATTCAATTTGAAACCTTGACTCAAAACCAAA  438
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACTAAAAAGGACTAGGATTCAATTTGAAACCTTGACTCAAAACCAAA  447

seq1  GTATAGGTAAAATGAGCAAATTGGTATAAGGCAGAGAGTCCTGTTCACAT  488
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATAGGTAAAATGAGCAAATTGGTATAAGGCAGAGAGTCCTGTTCACAT  497

seq1  TATAGCTTGTTGGGACTTGCATTCTTCAAGAGCCCCTCCTTCTCCAAACT  538
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGCTTGTTGGGACTTGCATTCTTCAAGAGCCCCTCCTTCTCCAAACT  547

seq1  GTGGGGACCACGCCCTTTCCTGAATGCTGCTGTTGTGAAATGTCTCTAAC  588
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGACCACGCCCTTTCCTGAATGCTGCTGTTGTGAAATGTCTCTAAC  597

seq1  TGCACCTTGGATGATAACATTCAATGACAATTCAAATCAGATGAATAGAG  638
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACCTTGGATGATAACATTCAATGACAATTCAAATCAGATGAATAGAG  647

seq1  CCAGTGAGGTGGCTCAGTGATGAAGACTGCCGGTTATTCTTCTAGAGGAC  688
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGAGGTGGCTCAGTGATGAAGACTGCCGGTTATTCTTCTAGAGGAC  697

seq1  CATCGTTTTAATTCCCGCCACTCACATGCCTGTAACTCCAGTTCTGGAAA  738
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCGTTTTAATTCCCGCCACTCACATGCCTGTAACTCCAGTTCTGGAAA  747

seq1  TTCAGTGCCTTCCTCTGGTCTTTGCATGTATCAGAACTATCTATGGTATA  788
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGCCTTCCTCTGGTCTTTGCATGTATCAGAACTATCTATGGTATA  797

seq1  GAGGTGTACATGTAGATAAAAATACTCATGCACATAAAATTCATTAAAAT  838
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGTACATGTAGATAAAAATACTCATGCACATAAAATTCATTAAAAT  847

seq1  TAAATCAAATGAATCAAAGTAACATAAAACATGCAGATGCTCCAGATGCA  888
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCAAATGAATCAAAGTAACATAAAACATGCAGATGCTCCAGATGCA  897

seq1  CAGTTGTATCATCTATCTGTCAGATATTCAATTACTGTATGTGATTGGCA  938
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTATCATCTATCTGTCAGATATTCAATTACTGTATGTGATTGGCA  947

seq1  GCTGTTATAGCTGGGCAGCACAGATCCTGCATCATGTTTATCAGCATAGA  988
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGTTATAGCTGGGCAGCACAGATCCTGCATCATGTTTATCAGCATAGA  997

seq1  AGAGATTATTGGACAGGCTGATCTAAGACTTCCAATGGTCTCTGGACATA  1038
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTATTGGACAGGCTGATCTAAGACTTCCAATGGTCTCTGGACATA  1047

seq1  TTTTCTGTCTTACTAATTCACTTTCAGACAGCTCAAGAATGAAGGATGGA  1088
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTGTCTTACTAATTCACTTTCAGACAGCTCAAGAATGAAGGATGGA  1097

seq1  TGTGTGTATCTGTGATCTCCATTTCCAACCTCCTAACCTAGATCTTGGAG  1138
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTATCTGTGATCTCCATTTCCAACCTCCTAACCTAGATCTTGGAG  1147

seq1  TCACACATAAGTTTGAATTC  1158
      ||||||||||||||||||||
seq2  TCACACATAAGTTTGAATTC  1167

seq1: chr2_144958141_144959194
seq2: B6Ng01-240E15.g_183_1239

seq1  TATAAAATACAGAACACATACATATACAGGCCACGTGGCTACATCTACTT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAAATACAGAACACATACATATACAGGCCACGTGGCTACATCTACTT  50

seq1  AATTCTTGATTAAGGTTCCAAAAGCACTCATTGGAGAAAGATGGCCTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCTTGATTAAGGTTCCAAAAGCACTCATTGGAGAAAGATGGCCTCTT  100

seq1  CAGTAAATGGTACTAGGGAAATTGGTTATCCAAAAGAAAATGATGAAACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTAAATGGTACTAGGGAAATTGGTTATCCAAAAGAAAATGATGAAACC  150

seq1  AGATCTGTATCTCTCATCCTGTACACAGATCAACTCTGAAAAATCAAAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATCTGTATCTCTCATCCTGTACACAGATCAACTCTGAAAAATCAAAAT  200

seq1  CCTTCATGTAAAACCTGAAACTCTGCAACTCTTAGAGAAAAATAGAGTGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTCATGTAAAACCTGAAACTCTGCAACTCTTAGAGAAAAATAGAGTGA  250

seq1  AAAGTACTTCAACATATAGTCATTAGGTAAGGACTTTCAAAAAAGGGTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTACTTCAACATATAGTCATTAGGTAAGGACTTTCAAAAAAGGGTTC  300

seq1  TGGGAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTGAGAGATTAGACAGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAATAATAATAATAATAATAATAATAATAATTGAGAGATTAGACAGC  350

seq1  ATTTAAGTAAAAGGTTTTTGCACAGCAGAGGAAACCATTGAGTGAAGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAAGTAAAAGGTTTTTGCACAGCAGAGGAAACCATTGAGTGAAGAGA  400

seq1  TAAACTGCAATGGGAGAGAATCTGTGCTAACTGTATACCAGACTAAGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAACTGCAATGGGAGAGAATCTGTGCTAACTGTATACCAGACTAAGGGT  450

seq1  TGATATTTTCTAGAGCACAACAGAAACTCAAAACACTACATGGCAATGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATATTTTCTAGAGCACAACAGAAACTCAAAACACTACATGGCAATGAG  500

seq1  TCACAGACAACAAGGAGGCGAATGAAAAGGGGGTGCGAATTAGTCCAACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGACAACAAGGAGGCGAATGAAAAGGGGGTGCGAATTAGTCCAACC  550

seq1  ACTGTGAACTCATTACAGTGGTCCCCCCAAACCCAAAAATATGTCTACCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGAACTCATTACAGTGGTCCCCCCAAACCCAAAAATATGTCTACCA  600

seq1  TGTGACCCAGATTTCCTGATCACTCTCCCAGAGGACTCTAATGAGCATAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGACCCAGATTTCCTGATCACTCTCCCAGAGGACTCTAATGAGCATAT  650

seq1  CACAACAGCACTTGAACTTTGATGTACATTGTAGCACTGCTTGTGACACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACAGCACTTGAACTTTGATGTACATTGTAGCACTGCTTGTGACACC  700

seq1  CAAGTTATAGAACCATCCTGAATGTCTGACAAGAGAGAAATGGACAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTATAGAACCATCCTGAATGTCTGACAAGAGAGAAATGGACAAAAA  750

seq1  TGTGGTATCTAATGGAATTTTTCTTCCATATAGAAGAATGAAATTAAGTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGGTATCTAATGGAATTTTTCTTCCATATAGAAGAATGAAATTAAGTT  800

seq1  GTTTGCAGGAAAATGCAACTAAGGATTATTATGATAAGCAAAGTAAAGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCAGGAAAATGCAACTAAGGATTATTATGATAAGCAAAGTAAAGAC  850

seq1  AGAGTCAAATTGTTGAATAGTCCATGCTTTTTTTTCTCATTTGTGGAATC  900
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGAGTCAAATTGTTG-ATAGTCCATGCTTTTTTTTCTCA-TTGTGGAATC  898

seq1  TATG-TTTTATATGCTTATGCAAATTTTTATGTA-TCTG--TGGCATAAA  946
      |||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||   ||||||||
seq2  TATGTTTTTATATGCTTATGC-AATTTTTATGTATTCTGGTGGGCATAAA  947

seq1  AATGGAAAAAATGTCTAGAACATCAGGGAAAGGAAGGGG-ACTCATGGAC  995
      ||||||||||   |||||||||||| || || ||||||| ||||||||||
seq2  AATGGAAAAATGTTCTAGAACATCATGGCAATGAAGGGGTACTCATGGAC  997

seq1  TAAGAAATGAG-ATGTG-AATAATGTGATTAAATATGT-CACATGCTCGC  1042
      ||   |||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||  |||||||
seq2  TA--GAATGAGAATGTGAAATAATGTGATTAAAT-TGTCCAATTGCTCGC  1044

seq1  ATA-AAAATACCG  1054
        | |||||||||
seq2  GCATAAAATACCG  1057