BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-241I21
Chromosome2 (Build37)
Map Location 164,642,882 - 164,791,386
singlet/doubletdoublet
Overlap geneZswim3, Zswim1, 1700020C07Rik, Neurl2, Ctsa, Pltp, F730014I05Rik, Zfp335, LOC629777, Mmp9
Upstream geneWisp2, Kcnk15, Rims4, Ywhab, LOC381404, Tomm34, Stk4, Kcns1, Wfdc5, Wfdc12, Wfdc15a, Wfdc15b, Svs2, Svs3b, Svs4, Svs3a, Svs6, Svs5, Slpi, Matn4, Rbpjl, Sdc4, 2610042O14Rik, 1700126L10Rik, Dbndd2, Pigt, LOC670507, Wfdc2, OTTMUSG00000016288, Wfdc6a, Spinlw1, Wfdc8, Wfdc6b, Wfdc16, OTTMUSG00000001088, Wfdc10, LOC629761, Wfdc13, Spint4, OTTMUSG00000016293, Wfdc3, Dnttip1, Ube2c, Tnnc2, Snx21, Acot8
Downstream geneSlc12a5, Ncoa5, Cd40, Cdh22, Slc35c2, Elmo2, Gm1008, Zfp334, 4833422F24Rik, Slc13a3, 2810408M09Rik, Slc2a10, Eya2, Prkcbp1, LOC546780
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-241I21.bB6Ng01-241I21.g
ACCGA051439GA051440
length1,1421,100
definitionB6Ng01-241I21.b B6Ng01-241I21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(164,790,230 - 164,791,386)(164,642,882 - 164,643,990)
sequence
gaattctgcttattcctggtcaaaatctagtccctctctctggtcttcag
catctgcatccataaaataaaggagagattccttcctgtcttctatgagt
cttagattaagaccatagctctgtgggtgagagcttgtctaatatgcaca
aggctccatgttcaatccccaataccacaaaagtatttgggggtacctag
ctgagggtaggggtgcacacctattaggagttgcaagcagggctctcaag
acaagtttgaagctagcatggtctacacatgagtgccaagccagacagaa
cactgcaaagtgagtaggtctttctgggacgtacagaccaagcaagggta
gagtcccaaaggaagaccctaagcccttcaactgatgccactcaaggagg
ctgggtcacctccctcaccttcctaatgaggtcttcagaaaagagaaaac
tcattgtaagcacctcctactcagccagccttggccaataagaagtggct
ttccactctgaggcccaggaacaagaccaccactcagcccccctccctat
gcagggggtgaggagggacccaaagccctaggaagatggagcagcagagg
aaaactggatagaacagcttaagggacagccaagcagggtcctatttttg
aattcagagtctctaaaattcatacgccctcccaccttgtgtctctcaga
agctcagtgaagctgcctccctgcaggaggactggggtgctagaaaggac
ttcataaattatttttttccatttaccacttatggtgaaattggagtcta
gaaatggaatggaaatgggaggctgagttacaaatggagactagaatcca
gtacctaacccctaggcaggcccttgccactaagctgaagacccatctgc
atcttgtttcacaggcagagtattcaattcagctccctcactccccattc
ttattacccatgactacccactcctgtcacagagctaagctcacccagac
tctctccacctctcatgctctctcttcagaccagatccagcagtggagtg
agtcagtgcatagccacacccccacaccacacaggccttgcggcgagcac
gtcaaccaatcaccgtctcttggcaatgggtctttaattaac
gaattcaaagaatgcccaggactccaagctgactgtgtagtagagttagg
aatagggaaaaaaagctttgtggttggcaatggcttccggaaactgtcac
taaatacacagcaatcgatgtaatcagatgactagaggggggctaagatg
ttgagctagcagaagggtaggacctggctttctagaaaagatgatggctc
cgtgcatcctgaacggtgaatgtgctctgagatgaagagtgggagggtct
ttcaaacaaagggacaaacataagccactgccagaagacactttatagtg
ggcaccagaagccatgggcagtgtgttgtcctaagacacaagaaggcgga
gaagggtgggaactaagattctttggtccttacgtgctggcctggactgc
tccaagcccttcctgaccaaaactagagatggcgccacctctgcactgtg
ctcataacagacacagatgttctcagccccaggcccctccaccttgttat
cataagactgacatatcctgttttcctaaacttgccccacagggtgggcg
aactggaccagctggatgagtgtttggaaaagagtaggcggagctcccag
gctgcctgtcaagctagaggctgagagttcttttcccttctccttggggt
ttcagctgggccactccctgaggaggcaggggtgtggcccatcccaccca
ctggtggcccttgactcattcatccactatatctctgataagcatcttct
aaaggtgcagcattgtgttaagtctgaggagcacattgaggaatgattta
gtcttggcacatgagacatccccactaaatgttgctgggtatgggaactg
caaaagcagctggctttagctctagcataaacaaaagcccaaaggcaggc
tctgggctagatgttttagctgtggttcattagtcttacgataagcctaa
ttgagcttgtccgttttacaatgggcatactgtattccacaggaggtgag
agcttcctggtgcagcagggatttaaaaaactcaacctggctgcatgttt
tccattacttacttgattgataatcggtcagtctgtagactcttaatcaa

quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_164790230_164791386
seq2: B6Ng01-241I21.b_43_1184 (reverse)

seq1  GTTAATTAAGCCCCCGGTTGCCACGGAGACGGTG-GTGGTTGACGTGCTC  49
      |||||||||   |||  ||||||  |||||||||  ||||||||||||||
seq2  GTTAATTAAAGACCC-ATTGCCA-AGAGACGGTGATTGGTTGACGTGCTC  48

seq1  TGCGGCAAGCCCTGTGT-GTGT-GGGGTGT-GCTATGCACTGGACTCAAC  96
       || ||||| ||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||||  
seq2  -GCCGCAAGGCCTGTGTGGTGTGGGGGTGTGGCTATGCACT-GACTCACT  96

seq1  TCACTGCTGGGATCTGGGTCTGGAGGAGAGAGCATGGAGGAAGGGTGGAG  146
       ||||||| |||||| ||||| || ||||||||||    ||  |||||||
seq2  CCACTGCT-GGATCT-GGTCT-GAAGAGAGAGCAT----GAGAGGTGGAG  139

seq1  AGAGGTCTTGGGTGGAGCCTTAGCTCTGTGACAGGAGGTGGGTAGGTCAT  196
      ||| ||| ||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  AGA-GTC-TGGGT-GAG-CTTAGCTCTGTGACAGGA-GTGGGTA-GTCAT  183

seq1  GGGGTAATAAGAATGGGGAGTGAGGGAGCTGAATTGGAATACTCTGCCTG  246
       |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  -GGGTAATAAGAATGGGGAGTGAGGGAGCTGAATT-GAATACTCTGCCTG  231

seq1  TGGAAACAAGATGCAGATGGGTCTTCAGCTTAGTGGCAAGGGCCTGCCTA  296
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-GAAACAAGATGCAGATGGGTCTTCAGCTTAGTGGCAAGGGCCTGCCTA  280

seq1  GGGGTTAGGTACTGGATTCTAGTCTCCATTTGTAACTCAGCCTCCCA-TT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GGGGTTAGGTACTGGATTCTAGTCTCCATTTGTAACTCAGCCTCCCATTT  330

seq1  CCATTCCATTTCTAGACTCCAATTTCACCATAAGTGGTAAATGGAAAAAA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTCCATTTCTAGACTCCAATTTCACCATAAGTGGTAAATGGAAAAAA  380

seq1  ATAATTTATGAAGTCCTTTCTAGCACCCCAGTCCTCCTGCAGGGAGGCAG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATTTATGAAGTCCTTTCTAGCACCCCAGTCCTCCTGCAGGGAGGCAG  430

seq1  CTTCACTGAGCTTCTGAGAGACACAAGGTGGGAGGGCGTATGAATTTTAG  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCACTGAGCTTCTGAGAGACACAAGGTGGGAGGGCGTATGAATTTTAG  480

seq1  AGACTCTGAATTCAAAAATAGGACCCTGCTTGGCTGTCCCTTAAGCTGTT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCTGAATTCAAAAATAGGACCCTGCTTGGCTGTCCCTTAAGCTGTT  530

seq1  CTATCCAGTTTTCCTCTGCTGCTCCATCTTCCTAGGGCTTTGGGTCCCTC  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCCAGTTTTCCTCTGCTGCTCCATCTTCCTAGGGCTTTGGGTCCCTC  580

seq1  CTCACCCCCTGCATAGGGAGGGGGGCTGAGTGGTGGTCTTGTTCCTGGGC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACCCCCTGCATAGGGAGGGGGGCTGAGTGGTGGTCTTGTTCCTGGGC  630

seq1  CTCAGAGTGGAAAGCCACTTCTTATTGGCCAAGGCTGGCTGAGTAGGAGG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGAGTGGAAAGCCACTTCTTATTGGCCAAGGCTGGCTGAGTAGGAGG  680

seq1  TGCTTACAATGAGTTTTCTCTTTTCTGAAGACCTCATTAGGAAGGTGAGG  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTACAATGAGTTTTCTCTTTTCTGAAGACCTCATTAGGAAGGTGAGG  730

seq1  GAGGTGACCCAGCCTCCTTGAGTGGCATCAGTTGAAGGGCTTAGGGTCTT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGACCCAGCCTCCTTGAGTGGCATCAGTTGAAGGGCTTAGGGTCTT  780

seq1  CCTTTGGGACTCTACCCTTGCTTGGTCTGTACGTCCCAGAAAGACCTACT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTTGGGACTCTACCCTTGCTTGGTCTGTACGTCCCAGAAAGACCTACT  830

seq1  CACTTTGCAGTGTTCTGTCTGGCTTGGCACTCATGTGTAGACCATGCTAG  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTGCAGTGTTCTGTCTGGCTTGGCACTCATGTGTAGACCATGCTAG  880

seq1  CTTCAAACTTGTCTTGAGAGCCCTGCTTGCAACTCCTAATAGGTGTGCAC  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAACTTGTCTTGAGAGCCCTGCTTGCAACTCCTAATAGGTGTGCAC  930

seq1  CCCTACCCTCAGCTAGGTACCCCCAAATACTTTTGTGGTATTGGGGATTG  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTACCCTCAGCTAGGTACCCCCAAATACTTTTGTGGTATTGGGGATTG  980

seq1  AACATGGAGCCTTGTGCATATTAGACAAGCTCTCACCCACAGAGCTATGG  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATGGAGCCTTGTGCATATTAGACAAGCTCTCACCCACAGAGCTATGG  1030

seq1  TCTTAATCTAAGACTCATAGAAGACAGGAAGGAATCTCTCCTTTATTTTA  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAATCTAAGACTCATAGAAGACAGGAAGGAATCTCTCCTTTATTTTA  1080

seq1  TGGATGCAGATGCTGAAGACCAGAGAGAGGGACTAGATTTTGACCAGGAA  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATGCAGATGCTGAAGACCAGAGAGAGGGACTAGATTTTGACCAGGAA  1130

seq1  TAAGCAGAATTC  1157
      ||||||||||||
seq2  TAAGCAGAATTC  1142

seq1: chr2_164642882_164643990
seq2: B6Ng01-241I21.g_65_1164

seq1  GAATTCAAAGAATGCCCAGGACTCCAAGCTGACTGTGTAGTAGAGTTAGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAAGAATGCCCAGGACTCCAAGCTGACTGTGTAGTAGAGTTAGG  50

seq1  AATAGGGAAAAAAAGCTTTGTGGTTGGCAATGGCTTCCGGAAACTGTCAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGGGAAAAAAAGCTTTGTGGTTGGCAATGGCTTCCGGAAACTGTCAC  100

seq1  TAAATACACAGCAATCGATGTAATCAGATGACTAGAGGGGGGCTAAGATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATACACAGCAATCGATGTAATCAGATGACTAGAGGGGGGCTAAGATG  150

seq1  TTGAGCTAGCAGAAGGGTAGGACCTGGCTTTCTAGAAAAGATGATGGCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAGCTAGCAGAAGGGTAGGACCTGGCTTTCTAGAAAAGATGATGGCTC  200

seq1  CGTGCATCCTGAACGGTGAATGTGCTCTGAGATGAAGAGTGGGAGGGTCT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGCATCCTGAACGGTGAATGTGCTCTGAGATGAAGAGTGGGAGGGTCT  250

seq1  TTCAAACAAAGGGACAAACATAAGCCACTGCCAGAAGACACTTTATAGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAACAAAGGGACAAACATAAGCCACTGCCAGAAGACACTTTATAGTG  300

seq1  GGCACCAGAAGCCATGGGCAGTGTGTTGTCCTAAGACACAAGAAGGCGGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCACCAGAAGCCATGGGCAGTGTGTTGTCCTAAGACACAAGAAGGCGGA  350

seq1  GAAGGGTGGGAACTAAGATTCTTTGGTCCTTACGTGCTGGCCTGGACTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGGTGGGAACTAAGATTCTTTGGTCCTTACGTGCTGGCCTGGACTGC  400

seq1  TCCAAGCCCTTCCTGACCAAAACTAGAGATGGCGCCACCTCTGCACTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAGCCCTTCCTGACCAAAACTAGAGATGGCGCCACCTCTGCACTGTG  450

seq1  CTCATAACAGACACAGATGTTCTCAGCCCCAGGCCCCTCCACCTTGTTAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATAACAGACACAGATGTTCTCAGCCCCAGGCCCCTCCACCTTGTTAT  500

seq1  CATAAGACTGACATATCCTGTTTTCCTAAACTTGCCCCACAGGGTGGGCG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAGACTGACATATCCTGTTTTCCTAAACTTGCCCCACAGGGTGGGCG  550

seq1  AACTGGACCAGCTGGATGAGTGTTTGGAAAAGAGTAGGCGGAGCTCCCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGACCAGCTGGATGAGTGTTTGGAAAAGAGTAGGCGGAGCTCCCAG  600

seq1  GCTGCCTGTCAAGCTAGAGGCTGAGAGTTCTTTTCCCTTCTCCTTGGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCCTGTCAAGCTAGAGGCTGAGAGTTCTTTTCCCTTCTCCTTGGGGT  650

seq1  TTCAGCTGGGCCACTCCCTGAGGAGGCAGGGGTGTGGCCCATCCCACCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGCTGGGCCACTCCCTGAGGAGGCAGGGGTGTGGCCCATCCCACCCA  700

seq1  CTGGTGGCCCTTGACTCATTCATCCACTATATCTCTGATAAGCATCTTCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGGCCCTTGACTCATTCATCCACTATATCTCTGATAAGCATCTTCT  750

seq1  AAAGGTGCAGCATTGTGTTAAGTCTGAGGAGCACATTGAGGAATGATTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTGCAGCATTGTGTTAAGTCTGAGGAGCACATTGAGGAATGATTTA  800

seq1  GTCTTGGCACATGAGACATCCCCACTAAATGTTGCTGGGTATGGGAACTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTTGGCACATGAGACATCCCCACTAAATGTTGCTGGGTATGGGAACTG  850

seq1  CAAAAGCAGCTGGCTTTAGCTCTAGCATAAACAAAAGCCC-AAGGCAGGC  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  CAAAAGCAGCTGGCTTTAGCTCTAGCATAAACAAAAGCCCAAAGGCAGGC  900

seq1  TCTGGGCTAGATGTTTTAGCTGTGGTTCATTTAGTCTTACGATAAGCCTA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGGCTAGATGTTTTAGCTGTGGTTCA-TTAGTCTTACGATAAGCCTA  949

seq1  A-TGAGCTTGTCCCGTTTTACAATGGGCATACTGTA-TCCACA-GAGGTG  996
      | ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||
seq2  ATTGAGCTTGT-CCGTTTTACAATGGGCATACTGTATTCCACAGGAGGTG  998

seq1  AAGAGGCTTCCTGGTGGCAGCCAGGATTTAAAAAACTCAACTTGGCCTGC  1046
       ||| |||||||||| |||||  |||||||||||||||||| ||| ||||
seq2  -AGA-GCTTCCTGGT-GCAGCAGGGATTTAAAAAACTCAACCTGG-CTGC  1044

seq1  AGTGTTTCCCATTTTACCTTTACTTGTATTGAT-ATC-GTCAGGTCTGTA  1094
      | ||||| |||  ||||  ||||||| |||||| ||| |||| |||||| 
seq2  A-TGTTTTCCA--TTAC--TTACTTG-ATTGATAATCGGTCA-GTCTGT-  1086

seq1  AGACCTCTTAATCAA  1109
      ||| |||||||||||
seq2  AGA-CTCTTAATCAA  1100