BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-241K21
Chromosome2 (Build37)
Map Location 7,108,086 - 7,270,733
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC634939, Echdc3, 1700014B07Rik, Usp6nl, LOC100040387, Cugbp2, LOC100040659
Downstream geneLOC100040648, LOC672230
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-241K21.bB6Ng01-241K21.g
ACCGA051532GA051533
length1,0561,092
definitionB6Ng01-241K21.b B6Ng01-241K21.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(7,269,670 - 7,270,733)(7,108,086 - 7,109,174)
sequence
gaattccatacttgcatgtcatcttgatatttctgacaagtgcgtgtaga
gatttttgacagtagggaagtttccaatgtatttttactatataaaaaat
aaatgtaaaatacataactgtgtttctaaattgcttctgtttattttaag
aaataaaacattcatcgtcataaacccctgcacttctgagcactgattgc
tctgtgctgggagcaaggggagcagcaaattctagtcgactctgcagaga
gagaatgcagctgtttttagttctgcttctgcaacatccatggtggaatt
cagaatttacagagagctggcttttctcattttactagcaaaggaattgt
gagcttaattgccctcaagggtcttctgtaaattatttccatagatctag
agaaagaagatggcaaaaaataaacattcagcatcattttttttaaggca
gaaaaaaatttatctccactgaactgtgttctccacctccaccccaacct
ctttgggggatctgaaaggagaagaagcctttctagttctttgcacacct
tgctcatctatcagaatcttacctctctctcctttctcccactctcttcc
tgatatattcactcaccctgactgagcaggcctgacccttacagttcctt
tctctctccatctcctccacaccactggcatctgcatgcttagagagaga
ccccatgaccttccaccttgccttgatttggtgatgaacatcgaagctac
tggaataatcgtggcgacaactgttagtgattaattcttatcccccccat
gaagcaaagaccagtagcacaatcacatctgacatttattgactgtttgc
cctgccattatatttcattgagacccctttcacatactgcaagaaggcat
cactacaagtattcctaatgcagacctggtctgatagcccgaagtgacag
cagcttccagccagactcagctgtctgagctcagagctcaccactttacc
caatttagcatgtttaccttcatagattgggtctggggagaggggagaat
agtagt

gaattcagttctgggactggtgagtgcttgattttaagggggattccaat
ctctcagcctgtttagtacacttaatgaaatacatacagacccagttcct
ggtgctctgcaattatgtatatttaggctacacatacaatttatctaaga
agactgtggacatttcccacataaagaaaaacagccaaaaatcatcacat
tattccttttagcctgttccttgacctcttaaaatagttgtcagttctaa
gaatgtggcacatttggtgagagctttaaaatatagatgttacaatgttg
tcacagtaagataaaaagcaactttaaattgccacttaactttataagtt
atcagatatgatatattaacttttaaatataacctaaagactacttgtct
tgaaactattagagtttgatgctaatgtccatgggtatgaataatagaaa
atattttgatgtcttgtcattgaatagaacagtctaaataagtcaaagaa
gcagtttggcaacaaatttgcctcactgtttagctcaatgggggagacac
ttttagactgaagagcgcaacttactagcttatattttcagtgactgtct
ttaaaaagtaacctagatagactatcaacccctgccactgtattacacag
tttcatgtgactccatgtctatctagtcctatgcaatcaaatcagtttgt
ggcttctctggtcaacagaatgactcaatcaattgatgatgaacagtttg
gttcattgtttaacagtgaacagatgggaataccccaaaatccaagtcag
cttttggggggtcattttaaagtacggcaatacatgttccttatggataa
tacatccagagggatgaatccgctctctcattttaggaatctatcagcac
acactgaggatttcagttcttggtgtgggctagcagtcactcgatggacc
tttaataaactctgaatccaggtctaatttcggaaggtgttaatcagtgg
tttcattggtgggggctttgggtaataaggtattatttattatttatctg
gtaataggcttttgtatcaaatacttccccggagggcacatg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_7269670_7270733
seq2: B6Ng01-241K21.b_44_1099 (reverse)

seq1  ACTACTTATTCTCCCCTCTCCCAAGACCCCAAATTCTTATTGAAGGTAAA  50
      ||||| |||||||||||||||| ||||||   | |||   ||||||||||
seq2  ACTAC-TATTCTCCCCTCTCCCCAGACCC---AATCT--ATGAAGGTAAA  44

seq1  CATGCTAAATTGGGTAAAAGTGTGAGCTCTGAGCTCAGACAGCTTGAGTC  100
      ||||||||||||||||||   |||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  CATGCTAAATTGGGTAAAGTGGTGAGCTCTGAGCTCAGACAGC-TGAGTC  93

seq1  TGGCTGGAAGCTGCTGTCACTTCGGGCTTATCAGACCAGGTCTGCATTAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTGGAAGCTGCTGTCACTTCGGGC-TATCAGACCAGGTCTGCATTAG  142

seq1  GAATACTTGTAGTGATGCCTTCTTGCAGTATGTGAAAGGGGTCTCAATGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATACTTGTAGTGATGCCTTCTTGCAGTATGTGAAAGGGGTCTCAATGA  192

seq1  AATATAATGGCAGGGCAAACAGTCAATAAATGTCAGATGTGATTGTGCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATATAATGGCAGGGCAAACAGTCAATAAATGTCAGATGTGATTGTGCTA  242

seq1  CTGGTCTTTGCTTCATGGGGGGGATAAGAATTAATCACTAACAGTTGTCG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTCTTTGCTTCATGGGGGGGATAAGAATTAATCACTAACAGTTGTCG  292

seq1  CCACGATTATTCCAGTAGCTTCGATGTTCATCACCAAATCAAGGCAAGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGATTATTCCAGTAGCTTCGATGTTCATCACCAAATCAAGGCAAGGT  342

seq1  GGAAGGTCATGGGGTCTCTCTCTAAGCATGCAGATGCCAGTGGTGTGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGGTCATGGGGTCTCTCTCTAAGCATGCAGATGCCAGTGGTGTGGAG  392

seq1  GAGATGGAGAGAGAAAGGAACTGTAAGGGTCAGGCCTGCTCAGTCAGGGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATGGAGAGAGAAAGGAACTGTAAGGGTCAGGCCTGCTCAGTCAGGGT  442

seq1  GAGTGAATATATCAGGAAGAGAGTGGGAGAAAGGAGAGAGAGGTAAGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAATATATCAGGAAGAGAGTGGGAGAAAGGAGAGAGAGGTAAGATT  492

seq1  CTGATAGATGAGCAAGGTGTGCAAAGAACTAGAAAGGCTTCTTCTCCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATAGATGAGCAAGGTGTGCAAAGAACTAGAAAGGCTTCTTCTCCTTT  542

seq1  CAGATCCCCCAAAGAGGTTGGGGTGGAGGTGGAGAACACAGTTCAGTGGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATCCCCCAAAGAGGTTGGGGTGGAGGTGGAGAACACAGTTCAGTGGA  592

seq1  GATAAATTTTTTTCTGCCTTAAAAAAAATGATGCTGAATGTTTATTTTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAATTTTTTTCTGCCTTAAAAAAAATGATGCTGAATGTTTATTTTTT  642

seq1  GCCATCTTCTTTCTCTAGATCTATGGAAATAATTTACAGAAGACCCTTGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCATCTTCTTTCTCTAGATCTATGGAAATAATTTACAGAAGACCCTTGA  692

seq1  GGGCAATTAAGCTCACAATTCCTTTGCTAGTAAAATGAGAAAAGCCAGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAATTAAGCTCACAATTCCTTTGCTAGTAAAATGAGAAAAGCCAGCT  742

seq1  CTCTGTAAATTCTGAATTCCACCATGGATGTTGCAGAAGCAGAACTAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGTAAATTCTGAATTCCACCATGGATGTTGCAGAAGCAGAACTAAAA  792

seq1  ACAGCTGCATTCTCTCTCTGCAGAGTCGACTAGAATTTGCTGCTCCCCTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGCATTCTCTCTCTGCAGAGTCGACTAGAATTTGCTGCTCCCCTT  842

seq1  GCTCCCAGCACAGAGCAATCAGTGCTCAGAAGTGCAGGGGTTTATGACGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCCAGCACAGAGCAATCAGTGCTCAGAAGTGCAGGGGTTTATGACGA  892

seq1  TGAATGTTTTATTTCTTAAAATAAACAGAAGCAATTTAGAAACACAGTTA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATGTTTTATTTCTTAAAATAAACAGAAGCAATTTAGAAACACAGTTA  942

seq1  TGTATTTTACATTTATTTTTTATATAGTAAAAATACATTGGAAACTTCCC  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATTTTACATTTATTTTTTATATAGTAAAAATACATTGGAAACTTCCC  992

seq1  TACTGTCAAAAATCTCTACACGCACTTGTCAGAAATATCAAGATGACATG  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTGTCAAAAATCTCTACACGCACTTGTCAGAAATATCAAGATGACATG  1042

seq1  CAAGTATGGAATTC  1064
      ||||||||||||||
seq2  CAAGTATGGAATTC  1056


seq1: chr2_7108086_7109174
seq2: B6Ng01-241K21.g_66_1157

seq1  GAATTCAGTTCTGGGACTGGTGAGTGCTTGATTTTAAGGGGGATTCCAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTTCTGGGACTGGTGAGTGCTTGATTTTAAGGGGGATTCCAAT  50

seq1  CTCTCAGCCTGTTTAGTACACTTAATGAAATACATACAGACCCAGTTCCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCAGCCTGTTTAGTACACTTAATGAAATACATACAGACCCAGTTCCT  100

seq1  GGTGCTCTGCAATTATGTATATTTAGGCTACACATACAATTTATCTAAGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCTCTGCAATTATGTATATTTAGGCTACACATACAATTTATCTAAGA  150

seq1  AGACTGTGGACATTTCCCACATAAAGAAAAACAGCCAAAAATCATCACAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTGTGGACATTTCCCACATAAAGAAAAACAGCCAAAAATCATCACAT  200

seq1  TATTCCTTTTAGCCTGTTCCTTGACCTCTTAAAATAGTTGTCAGTTCTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTCCTTTTAGCCTGTTCCTTGACCTCTTAAAATAGTTGTCAGTTCTAA  250

seq1  GAATGTGGCACATTTGGTGAGAGCTTTAAAATATAGATGTTACAATGTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGTGGCACATTTGGTGAGAGCTTTAAAATATAGATGTTACAATGTTG  300

seq1  TCACAGTAAGATAAAAAGCAACTTTAAATTGCCACTTAACTTTATAAGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTAAGATAAAAAGCAACTTTAAATTGCCACTTAACTTTATAAGTT  350

seq1  ATCAGATATGATATATTAACTTTTAAATATAACCTAAAGACTACTTGTCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATATGATATATTAACTTTTAAATATAACCTAAAGACTACTTGTCT  400

seq1  TGAAACTATTAGAGTTTGATGCTAATGTCCATGGGTATGAATAATAGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAACTATTAGAGTTTGATGCTAATGTCCATGGGTATGAATAATAGAAA  450

seq1  ATATTTTGATGTCTTGTCATTGAATAGAACAGTCTAAATAAGTCAAAGAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATTTTGATGTCTTGTCATTGAATAGAACAGTCTAAATAAGTCAAAGAA  500

seq1  GCAGTTTGGCAACAAATTTGCCTCACTGTTTAGCTCAATGGGGGAGACAC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTTGGCAACAAATTTGCCTCACTGTTTAGCTCAATGGGGGAGACAC  550

seq1  TTTTAGACTGAAGAGCGCAACTTACTAGCTTATATTTTCAGTGACTGTCT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTAGACTGAAGAGCGCAACTTACTAGCTTATATTTTCAGTGACTGTCT  600

seq1  TTAAAAAGTAACCTAGATAGACTATCAACCCCTGCCACTGTATTACACAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAGTAACCTAGATAGACTATCAACCCCTGCCACTGTATTACACAG  650

seq1  TTTCATGTGACTCCATGTCTATCTAGTCCTATGCAATCAAATCAGTTTGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATGTGACTCCATGTCTATCTAGTCCTATGCAATCAAATCAGTTTGT  700

seq1  GGCTTCTCTGGTCAACAGAATGACTCAATCAATTGATGATGAACAGTTTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTCTCTGGTCAACAGAATGACTCAATCAATTGATGATGAACAGTTTG  750

seq1  GTTCATTGTTTAACAGTGAACAGATGGGAATACCCCAAAATCCAAGTCAG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCATTGTTTAACAGTGAACAGATGGGAATACCCCAAAATCCAAGTCAG  800

seq1  CTTTTGGGGGGTCATTTTAAAGTACGGCAATACATGTTCCTTATGGATAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTGGGGGGTCATTTTAAAGTACGGCAATACATGTTCCTTATGGATAA  850

seq1  TACATCCAGAGGGATGAATCCGCTCTCTCATTTTAGGAATCTATCAGCCA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  TACATCCAGAGGGATGAATCCGCTCTCTCATTTTAGGAATCTATCAG-CA  899

seq1  CACACTGAGGATTTCAGTTCTTGTGTTGGGCTAGCAGTCACTCGATGGAC  950
      |||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGAGGATTTCAGTTCTTGGTGTGGGCTAGCAGTCACTCGATGGAC  949

seq1  CTTTAATAAACTCTGAATCCCAGGTCTAATTTCGGAA-GTGTTAATCAGT  999
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  CTTTAATAAACTCTGAAT-CCAGGTCTAATTTCGGAAGGTGTTAATCAGT  998

seq1  -GTTTCATTGGT-GGGGCTTT-GGTAATAAGTATTTATTTATTTATTTAT  1046
       ||||||||||| |||||||| |||||||||   ||||||| ||||||| 
seq2  GGTTTCATTGGTGGGGGCTTTGGGTAATAAGGTATTATTTA-TTATTTA-  1046

seq1  TTTGGTTATA-GTTTTTGTATCAAATACTTCCCCG--AGGCACATG  1089
      | |||| ||| | ||||||||||||||||||||||   ||||||||
seq2  TCTGGTAATAGGCTTTTGTATCAAATACTTCCCCGGAGGGCACATG  1092


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |