BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242B04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 132,730,328 - 132,847,029
singlet/doubletdoublet
Overlap gene5830467P10Rik, LOC668908
Upstream geneLamr1-ps1, Prnp, Prnd, Rassf2, Slc23a2, LOC626513, LOC100043470, EG329521, 5730494N06Rik, Pcna, Cds2, Prokr2, 1700026D11Rik, Prei4, LOC100043781, LOC383801, LOC668906, Chgb, 3300001M20Rik, Mcm8, Crls1, B430119L13Rik
Downstream geneLOC100043785, A430048G15Rik, Bmp2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242B04.bB6Ng01-242B04.g
ACCGA051822GA051823
length1,1281,044
definitionB6Ng01-242B04.b B6Ng01-242B04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(132,845,903 - 132,847,029)(132,730,328 - 132,731,372)
sequence
gaattccctcttaaaatagaacccgggattaaaagcagaaggagggaagg
cctgagcaaatccattttggcagaagttaaaacactttcaaaacaaatcg
gctgttctctctgccatcaacaacaggaagcagaaagacgtctgcctccc
aaccctgactatcggcgacatcattacttctaataagcatgcattattat
tagaagtatagtgcatgggatatgcacacacatacgtatgcgcatgcttg
cattttctctccctgcatttctgtcttactctctttgtgtgttggtagct
tctttggggggagatttgattgagggtcactccatcctcctctccccatt
tccatgccttgcacacagaaaacgtcctaccaatatttatgagatttatg
agtaaataaaatcagcagatatttaggtaacccactttatgatctgctac
caccctcattaatagtacagtttatcacttagccaactatggaaaacatt
ggaacaagccttcttaacactttaacaccttagggataaatgacttgcca
aaaacaagctgaactgcaaagccttcaggagcaaaagctgttacccagtg
cggttcaatagcaccaagtaattctgaatccagggcaatccgctgagtaa
gggcgccctctgctggaagcagtcatttccactgtttccactaagcaagc
aaaaaaggcagacatctcagttctcatcagaaaaccaaaggcatggtctg
cgatcttaagacacgaggcttacgggttctgaggagcaagctgaggaccc
cattgccctcacgttagctaaaatcaattcaaaatgagcttcaagggaaa
aatacatcttgacagggaagcttggggatgaacgtgctcaagcttcagca
ctaaacacactacaggatggtgtccaatttcatcccgtttgagcagcctt
taaaggcacctttaattgtttagggttcagaagcattatgccagtgccct
ggcctgaattcccatctaatagaaagtatattctagtattttccccccct
tacatttcagtgaaatgattgctctcttctgatcggagcttaccttcgta
acactggacacaagctgctaccactagg
gaattctcatgggcaacatgtaatcaaggtgacatgtaatcaaggaggtc
attgtgaccaggatttggaagatctgtccaggctatagcatgcaaatatt
tttcatttgaaaaattatggagccttggctggcctcagactcacagatgt
ctgcttgcatctgcctcctgagttctgggattaaaggcatgcacactgtg
tgtatactccacccagcctagtgtagtgcacccaggagtatcctgcaccc
tgtctaggccctaaacagcagagcccaggacagcagaggaaaggacagca
ccatggttcctgcagcacttaacatacttgactgtggaaaaacaccccac
attaagttcttgatgatgggaaccagatcttccaaatgcttaaagtattg
ccaaccaaaactgagccccaggaattcagtgggtatctggaaaggctaaa
agaaacctccagaaggttcttctggctcatgtctgtggtctcaggccagg
acagtcttctgagaattgcagaactctcccttcccaggtgaccttgttgg
gaaacaaagcaacagctgaggcttgaaggtctctgggctccatccaaaac
cctaaaacatgccaggttcaaggaaagctcttgctctatctgtgcagtct
gagttcgtgtggaaggagaaggctgtgtatcgacaatagaaaacacctcc
ctttagctctgaggctgcagtccacttactcaaaacccactcattccctc
ctactgaaaaaccagaacatgacattcaggcagctgccaagggcttatgc
ttatagcaggacagggatgatactgcaaaaaacagctcccaagagtctgt
tattgtcttgtgatttacaagctgaaggtgtttagggaaaatggcaagga
tcatagaggcagactccacatccagaatgcagctgagtggtaagaacact
tttttataacccagaccggacatgactttaaaaatagaacttcaacatgg
tggactctgaaaacagaattgcctgccttcttctacttggcttg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_132845903_132847029
seq2: B6Ng01-242B04.b_48_1175 (reverse)

seq1  CCTAGTGGTAGCCAGCTGTGT-TCCAGTGTTACGAAGGTTAGCTCGGATC  49
      ||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||| ||||
seq2  CCTAGTGGTAG-CAGCT-TGTGTCCAGTGTTACGAAGGTAAGCTCCGATC  48

seq1  AGGAAGAGAGCAATTCATTTTCACCTGAAATGTAA-GGGGGGAAAATACT  98
      | ||||||||||| ||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||
seq2  A-GAAGAGAGCAA-TCA-TTTCA-CTGAAATGTAAGGGGGGGAAAATACT  94

seq1  AGAATATACTTTCTA-TAGAT-GGAATTCA-GCCAGGGCACTGGGCATAA  145
      ||||||||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||
seq2  AGAATATACTTTCTATTAGATGGGAATTCAGGCCAGGGCACT-GGCATAA  143

seq1  TGCTTCTG-ACCCTAAACAATT-AAGGTGCCTTTAAAGGCTGCTCAAACG  193
      |||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTGAACCCTAAACAATTAAAGGTGCCTTTAAAGGCTGCTCAAACG  193

seq1  GGATGAAATTGGACACC-TCCTGTAGTGTGTTTAGTGCTGAAGCTTGAGC  242
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGAAATTGGACACCATCCTGTAGTGTGTTTAGTGCTGAAGCTTGAGC  243

seq1  ACGTTCATCCCCAAGCTTCCCTGTCAAGATGTATTTTTCCCTTGAAGCTC  292
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGTTCATCCCCAAGCTTCCCTGTCAAGATGTATTTTTCCCTTGAAGCTC  293

seq1  ATTTTGAATTGATTTTAGCTAACGTGAGGGCAATGGGGTCCTCAGCTTGC  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTGAATTGATTTTAGCTAACGTGAGGGCAATGGGGTCCTCAGCTTGC  343

seq1  TCCTCAGAACCCGTAAGCCTCGTGTCTTAAGATCGCAGACCATGCCTTTG  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCAGAACCCGTAAGCCTCGTGTCTTAAGATCGCAGACCATGCCTTTG  393

seq1  GTTTTCTGATGAGAACTGAGATGTCTGCCTTTTTTGCTTGCTTAGTGGAA  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTGATGAGAACTGAGATGTCTGCCTTTTTTGCTTGCTTAGTGGAA  443

seq1  ACAGTGGAAATGACTGCTTCCAGCAGAGGGCGCCCTTACTCAGCGGATTG  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGAAATGACTGCTTCCAGCAGAGGGCGCCCTTACTCAGCGGATTG  493

seq1  CCCTGGATTCAGAATTACTTGGTGCTATTGAACCGCACTGGGTAACAGCT  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTGGATTCAGAATTACTTGGTGCTATTGAACCGCACTGGGTAACAGCT  543

seq1  TTTGCTCCTGAAGGCTTTGCAGTTCAGCTTGTTTTTGGCAAGTCATTTAT  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCTCCTGAAGGCTTTGCAGTTCAGCTTGTTTTTGGCAAGTCATTTAT  593

seq1  CCCTAAGGTGTTAAAGTGTTAAGAAGGCTTGTTCCAATGTTTTCCATAGT  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAAGGTGTTAAAGTGTTAAGAAGGCTTGTTCCAATGTTTTCCATAGT  643

seq1  TGGCTAAGTGATAAACTGTACTATTAATGAGGGTGGTAGCAGATCATAAA  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCTAAGTGATAAACTGTACTATTAATGAGGGTGGTAGCAGATCATAAA  693

seq1  GTGGGTTACCTAAATATCTGCTGATTTTATTTACTCATAAATCTCATAAA  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGTTACCTAAATATCTGCTGATTTTATTTACTCATAAATCTCATAAA  743

seq1  TATTGGTAGGACGTTTTCTGTGTGCAAGGCATGGAAATGGGGAGAGGAGG  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTGGTAGGACGTTTTCTGTGTGCAAGGCATGGAAATGGGGAGAGGAGG  793

seq1  ATGGAGTGACCCTCAATCAAATCTCCCCCCAAAGAAGCTACCAACACACA  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGTGACCCTCAATCAAATCTCCCCCCAAAGAAGCTACCAACACACA  843

seq1  AAGAGAGTAAGACAGAAATGCAGGGAGAGAAAATGCAAGCATGCGCATAC  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAGTAAGACAGAAATGCAGGGAGAGAAAATGCAAGCATGCGCATAC  893

seq1  GTATGTGTGTGCATATCCCATGCACTATACTTCTAATAATAATGCATGCT  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATGTGTGTGCATATCCCATGCACTATACTTCTAATAATAATGCATGCT  943

seq1  TATTAGAAGTAATGATGTCGCCGATAGTCAGGGTTGGGAGGCAGACGTCT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTAGAAGTAATGATGTCGCCGATAGTCAGGGTTGGGAGGCAGACGTCT  993

seq1  TTCTGCTTCCTGTTGTTGATGGCAGAGAGAACAGCCGATTTGTTTTGAAA  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGCTTCCTGTTGTTGATGGCAGAGAGAACAGCCGATTTGTTTTGAAA  1043

seq1  GTGTTTTAACTTCTGCCAAAATGGATTTGCTCAGGCCTTCCCTCCTTCTG  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTTAACTTCTGCCAAAATGGATTTGCTCAGGCCTTCCCTCCTTCTG  1093

seq1  CTTTTAATCCCGGGTTCTATTTTAAGAGGGAATTC  1127
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTAATCCCGGGTTCTATTTTAAGAGGGAATTC  1128

seq1: chr2_132730328_132731372
seq2: B6Ng01-242B04.g_71_1114

seq1  GAATTCTCATGGGCAACATGTAATCAAGGTGACATGTAATCAAGGAGGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCATGGGCAACATGTAATCAAGGTGACATGTAATCAAGGAGGTC  50

seq1  ATTGTGACCAGGATTTGGAAGATCTGTCCAGGCTATAGCATGCAAATATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTGACCAGGATTTGGAAGATCTGTCCAGGCTATAGCATGCAAATATT  100

seq1  TTTCATTTGAAAAATTATGGAGCCTTGGCTGGCCTCAGACTCACAGATGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATTTGAAAAATTATGGAGCCTTGGCTGGCCTCAGACTCACAGATGT  150

seq1  CTGCTTGCATCTGCCTCCTGAGTTCTGGGATTAAAGGCATGCACACTGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTGCATCTGCCTCCTGAGTTCTGGGATTAAAGGCATGCACACTGTG  200

seq1  TGTATACTCCACCCAGCCTAGTGTAGTGCACCCAGGAGTATCCTGCACCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATACTCCACCCAGCCTAGTGTAGTGCACCCAGGAGTATCCTGCACCC  250

seq1  TGTCTAGGCCCTAAACAGCAGAGCCCAGGACAGCAGAGGAAAGGACAGCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTAGGCCCTAAACAGCAGAGCCCAGGACAGCAGAGGAAAGGACAGCA  300

seq1  CCATGGTTCCTGCAGCACTTAACATACTTGACTGTGGAAAAACACCCCAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGTTCCTGCAGCACTTAACATACTTGACTGTGGAAAAACACCCCAC  350

seq1  ATTAAGTTCTTGATGATGGGAACCAGATCTTCCAAATGCTTAAAGTATTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAGTTCTTGATGATGGGAACCAGATCTTCCAAATGCTTAAAGTATTG  400

seq1  CCAACCAAAACTGAGCCCCAGGAATTCAGTGGGTATCTGGAAAGGCTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACCAAAACTGAGCCCCAGGAATTCAGTGGGTATCTGGAAAGGCTAAA  450

seq1  AGAAACCTCCAGAAGGTTCTTCTGGCTCATGTCTGTGGTCTCAGGCCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCTCCAGAAGGTTCTTCTGGCTCATGTCTGTGGTCTCAGGCCAGG  500

seq1  ACAGTCTTCTGAGAATTGCAGAACTCTCCCTTCCCAGGTGACCTTGTTGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCTTCTGAGAATTGCAGAACTCTCCCTTCCCAGGTGACCTTGTTGG  550

seq1  GAAACAAAGCAACAGCTGAGGCTTGAAGGTCTCTGGGCTCCATCCAAAAC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACAAAGCAACAGCTGAGGCTTGAAGGTCTCTGGGCTCCATCCAAAAC  600

seq1  CCTAAAACATGCCAGGTTCAAGGAAAGCTCTTGCTCTATCTGTGCAGTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAACATGCCAGGTTCAAGGAAAGCTCTTGCTCTATCTGTGCAGTCT  650

seq1  GAGTTCGTGTGGAAGGAGAAGGCTGTGTATCGACAATAGAAAACACCTCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTCGTGTGGAAGGAGAAGGCTGTGTATCGACAATAGAAAACACCTCC  700

seq1  CTTTAGCTCTGAGGCTGCAGTCCACTTACTCAAAACCCACTCATTCCCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGCTCTGAGGCTGCAGTCCACTTACTCAAAACCCACTCATTCCCTC  750

seq1  CTACTGAAAAACCAGAACATGACATTCAGGCAGCTGCCAAGGGCTTATGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGAAAAACCAGAACATGACATTCAGGCAGCTGCCAAGGGCTTATGC  800

seq1  TTATAGCAGGACAGGGATGATACTGCAAAAAACAGCTCCCAAGAGTCTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATAGCAGGACAGGGATGATACTGCAAAAAACAGCTCCCAAGAGTCTGT  850

seq1  TATTGTCTTGTGATTTACAAAGCTGAAGGTGTTTAGGGAAAAATGGCAAG  900
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TATTGTCTTGTGATTTAC-AAGCTGAAGGTGTTTAGGG-AAAATGGCAAG  898

seq1  GATCATAGAGGCAGACTCCACATCCAGAATGCAGCTGAGTGGTAAGAACA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCATAGAGGCAGACTCCACATCCAGAATGCAGCTGAGTGGTAAGAACA  948

seq1  CTTTTTTATAACCCAGACCGGACATGACTTTAAAAATAGAACTTCAACAT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTTTATAACCCAGACCGGACATGACTTTAAAAATAGAACTTCAACAT  998

seq1  GGTGGACTCTG-AAACAGATTTGCCTGCCTTCTCTTACTTGGCTTG  1045
      ||||||||||| ||||||| |||||||||||||  |||||||||||
seq2  GGTGGACTCTGAAAACAGAATTGCCTGCCTTCTTCTACTTGGCTTG  1044