BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242E15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 69,296,520 - 69,421,294
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLrp2
Upstream geneStk39, LOC100039683, Gm1323, 4933409G03Rik, 4932414N04Rik, LOC667443, Lass6, Nostrin, Spc25, G6pc2, Abcb11, Dhrs9
Downstream geneBbs5, Kbtbd10, Fastkd1, Ppig, 4930578N16Rik, Phospho2, LOC433432, Klhl23, Ssb, Mettl5, 4930550G17Rik, Zfp650, Myo3b, LOC100040021, Sp5, 4933404M02Rik, LOC100040068, Gad1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242E15.bB6Ng01-242E15.g
ACCGA051974GA051975
length1,1611,086
definitionB6Ng01-242E15.b B6Ng01-242E15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(69,420,133 - 69,421,294)(69,296,520 - 69,297,588)
sequence
gaattctttttggctgtaactgggttctgcctcaactcttcaatcatctc
gatttgatgtggaaggttttagagctgcagggaacctgagtatctacacc
tgtgtatcattgttttatactgaggatggttaaccccagcgggggtggag
ggaggtcctgaaaagctggaaagaatgtcggtcagctcctggcccgaggg
cgtgtagtgtgatagagccccttggagtcagtttctccgagtttatctcc
tttttttagttgtccccaccctccgtggttgagacttttagattcctttc
aggtgacccatacttatcagatgaagcaaagactaacaagtagatgacct
tggcagactttaacaagattggatgtgccagtcaggccaaagagcaatgg
ttctcaaccttgcggcggatgctgtgactctaggacactcatgctgtggt
gacccccaaccataaaaccgttgtcattcatacttcataatctaacttgg
ctactgtcgtgaattgtaatgtaaatatcccatatggagtataactgata
tgggaccctttacgaaggaatcgtttgagccctataaaggggttgtgacc
cacaggttgagaaccactgccatacagccctggcaggccaaagaggtatt
tataggttaagacagcttcaggacttgagcttccagctttgtctagaact
tatggcacatcagtgccaggtaccccttcagatccattttttaacattct
ttcttttgttgttggttttttgttttgttttgttttccagacagggtttc
tctgtgtagccctggctgttctggaacttactctgtagaccaggctggtc
ttgaactcagaaatccgcctgcctctgcctcccaagtgctgggattaaaa
gcttgcgctaccatgcccagctcattttttaaagtcttgtactattagtg
cacactcgtgacactctggaatttgcagcgtagactgctgcacagctgaa
gctttaggcttagaacaagataatttctagtccttgcctaatcattgtct
ctagacaagccacctaagaaacatttaagtttaaaaaaatcctagtaaat
tgtaatgcattcaaatatttggaatacacagagctagctatctccacgaa
ttttagaaaca
gaattctgtgtggttgtcacagttgtaagcagcagtcactgaaaaggaag
aaatcaagaaatgagagtggaagtaccagtcttgctggaaacagcaccag
aaggctcctcactgtggttatacagaggacttggtgcctggaactaacaa
ttaccacgtaaccattaaacagacccctccattaggtgtgataggtgtga
tgtgttcaatgagcagaacattagagccctaacttcttttgttatctcag
tctcattcattagggttgtgatgtactttagactggaagggatatgtagt
ttgaatgaaaatgactcccaaaggcccataaagagtaccactgtaaggag
gtgtggccttgaagtaggtgtggccttgttagaggaagcgtgtcatggtg
gtaggctttaaggcatcagaagttcaagcctggcccagtgtcactctctc
ttcccgcgacctgaggatccagatatggaacgataagctacttctcaagc
accatgtcctgtatgctgccgtgtgcccctgaaactgtaagcaatcccca
attaaatactttccttatgagagctgctatggtcacagtgtctcttcaca
gcaacaaaagcctgactaaggcagggcatgtacctggtttgaagtaaaat
ccttgagttgcaatgctggttctgtggtaatatgaccatgaacttaacct
gagcctcactttatttacctgcaatgcagaggccttaccttcctgacctc
agtgtttcccatatggatcacgtgagtgttccctatcgtgctctgcatgg
gtggacagctcagtgcctggcatgggaggtgtggccaaggtctggttaca
aatagaaaccactcaactctgctctatgttgtagtgatagagtttgtaag
gaaagacaagaaaggattattttccttcctcttacactggggtagaaagg
acgcgtcccaatctgctttgtctactggcctttggttgtttggcatgggc
ccacccccaaggaaaccttcactgcatttcatgggatggggctcgtcgaa
tagtcctccacagttcaattggctctacgtacactt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_69420133_69421294
seq2: B6Ng01-242E15.b_48_1208 (reverse)

seq1  TGTTTCTAAAATACTGGAAAATAACTAGGTTCTTGGTA-TCAATATTTTT  49
      |||||||||||| |  | | ||| ||| | |||  ||| || | || |||
seq2  TGTTTCTAAAATTCGTGGAGATAGCTA-GCTCTGTGTATTCCAAATATTT  49

seq1  AAATGCAATTAAAAATTTACTAAGAATGTTTTAAACTTTAATG-TTCTTA  98
       ||||||  | | ||||||||| || | |||||||||| |||| ||||||
seq2  GAATGCA--TTACAATTTACTAGGATTTTTTTAAACTTAAATGTTTCTTA  97

seq1  AGGTGCTTGTCTAGAGACAATGATTAGCCAGGACCTAGAAATTATCTTG-  147
       |  ||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||||||| 
seq2  GGTGGCTTGTCTAGAGACAATGATTAGGCAAGGACTAGAAATTATCTTGT  147

seq1  TCTAAGCCTAAAGCTTCAGTTGTGCAGCAGTCTACGCTGCAAATTCCAGA  197
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAGCCTAAAGCTTCAGCTGTGCAGCAGTCTACGCTGCAAATTCCAGA  197

seq1  GTGTCACGAGTGTGCACTAATAGTACAAGACTTTTAAAAAATGAGCTGGG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GTGTCACGAGTGTGCACTAATAGTACAAGAC-TTTAAAAAATGAGCTGGG  246

seq1  CATGGTAGCGCAAGCTTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGTAGCGCAAGCTTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCG  296

seq1  GATTTCTGAGTTCAAGACCAGCCTGGTCTACAGAGTAAGTTCCAGAACAG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTCTGAGTTCAAGACCAGCCTGGTCTACAGAGTAAGTTCCAGAACAG  346

seq1  CCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTGGAAAACAAAACAAAACAAAAAA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTGGAAAACAAAACAAAACAAAAAA  396

seq1  CCAACAACAAAAGAAAGAATGTTAAAAAATGGATCTGAAGGGGTACCTGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAACAACAAAAGAAAGAATGTTAAAAAATGGATCTGAAGGGGTACCTGG  446

seq1  CACTGATGTGCCATAAGTTCTAGACAAAGCTGGAAGCTCAAGTCCTGAAG  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGATGTGCCATAAGTTCTAGACAAAGCTGGAAGCTCAAGTCCTGAAG  496

seq1  CTGTCTTAACCTATAAATACCTCTTTGGCCTGCCAGGGCTGTATGGCAGT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTCTTAACCTATAAATACCTCTTTGGCCTGCCAGGGCTGTATGGCAGT  546

seq1  GGTTCTCAACCTGTGGGTCACAACCCCTTTATAGGGCTCAAACGATTCCT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTCTCAACCTGTGGGTCACAACCCCTTTATAGGGCTCAAACGATTCCT  596

seq1  TCGTAAAGGGTCCCATATCAGTTATACTCCATATGGGATATTTACATTAC  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTAAAGGGTCCCATATCAGTTATACTCCATATGGGATATTTACATTAC  646

seq1  AATTCACGACAGTAGCCAAGTTAGATTATGAAGTATGAATGACAACGGTT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCACGACAGTAGCCAAGTTAGATTATGAAGTATGAATGACAACGGTT  696

seq1  TTATGGTTGGGGGTCACCACAGCATGAGTGTCCTAGAGTCACAGCATCCG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATGGTTGGGGGTCACCACAGCATGAGTGTCCTAGAGTCACAGCATCCG  746

seq1  CCGCAAGGTTGAGAACCATTGCTCTTTGGCCTGACTGGCACATCCAATCT  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGCAAGGTTGAGAACCATTGCTCTTTGGCCTGACTGGCACATCCAATCT  796

seq1  TGTTAAAGTCTGCCAAGGTCATCTACTTGTTAGTCTTTGCTTCATCTGAT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTAAAGTCTGCCAAGGTCATCTACTTGTTAGTCTTTGCTTCATCTGAT  846

seq1  AAGTATGGGTCACCTGAAAGGAATCTAAAAGTCTCAACCACGGAGGGTGG  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTATGGGTCACCTGAAAGGAATCTAAAAGTCTCAACCACGGAGGGTGG  896

seq1  GGACAACTAAAAAAAGGAGATAAACTCGGAGAAACTGACTCCAAGGGGCT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAACTAAAAAAAGGAGATAAACTCGGAGAAACTGACTCCAAGGGGCT  946

seq1  CTATCACACTACACGCCCTCGGGCCAGGAGCTGACCGACATTCTTTCCAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATCACACTACACGCCCTCGGGCCAGGAGCTGACCGACATTCTTTCCAG  996

seq1  CTTTTCAGGACCTCCCTCCACCCCCGCTGGGGTTAACCATCCTCAGTATA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCAGGACCTCCCTCCACCCCCGCTGGGGTTAACCATCCTCAGTATA  1046

seq1  AAACAATGATACACAGGTGTAGATACTCAGGTTCCCTGCAGCTCTAAAAC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAATGATACACAGGTGTAGATACTCAGGTTCCCTGCAGCTCTAAAAC  1096

seq1  CTTCCACATCAAATCGAGATGATTGAAGAGTTGAGGCAGAACCCAGTTAC  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCACATCAAATCGAGATGATTGAAGAGTTGAGGCAGAACCCAGTTAC  1146

seq1  AGCCAAAAAGAATTC  1162
      |||||||||||||||
seq2  AGCCAAAAAGAATTC  1161

seq1: chr2_69296520_69297588
seq2: B6Ng01-242E15.g_69_1154

seq1  GAATTCTGTGTGGTTGTCACAGTTGTAAGCAGCAGTCACTGAAAAGGAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTGTGGTTGTCACAGTTGTAAGCAGCAGTCACTGAAAAGGAAG  50

seq1  AAATCAAGAAATGAGAGTGGAAGTACCAGTCTTGCTGGAAACAGCACCAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCAAGAAATGAGAGTGGAAGTACCAGTCTTGCTGGAAACAGCACCAG  100

seq1  AAGGCTCCTCACTGTGGTTATACAGAGGACTTGGTGCCTGGAACTAACAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCTCCTCACTGTGGTTATACAGAGGACTTGGTGCCTGGAACTAACAA  150

seq1  TTACCACGTAACCATTAAACAGACCCCTCCATTAGGTGTGATAGGTGTGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCACGTAACCATTAAACAGACCCCTCCATTAGGTGTGATAGGTGTGA  200

seq1  TGTGTTCAATGAGCAGAACATTAGAGCCCTAACTTCTTTTGTTATCTCAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTCAATGAGCAGAACATTAGAGCCCTAACTTCTTTTGTTATCTCAG  250

seq1  TCTCATTCATTAGGGTTGTGATGTACTTTAGACTGGAAGGGATATGTAGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATTCATTAGGGTTGTGATGTACTTTAGACTGGAAGGGATATGTAGT  300

seq1  TTGAATGAAAATGACTCCCAAAGGCCCATAAAGAGTACCACTGTAAGGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATGAAAATGACTCCCAAAGGCCCATAAAGAGTACCACTGTAAGGAG  350

seq1  GTGTGGCCTTGAAGTAGGTGTGGCCTTGTTAGAGGAAGCGTGTCATGGTG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCCTTGAAGTAGGTGTGGCCTTGTTAGAGGAAGCGTGTCATGGTG  400

seq1  GTAGGCTTTAAGGCATCAGAAGTTCAAGCCTGGCCCAGTGTCACTCTCTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGGCTTTAAGGCATCAGAAGTTCAAGCCTGGCCCAGTGTCACTCTCTC  450

seq1  TTCCCGCGACCTGAGGATCCAGATATGGAACGATAAGCTACTTCTCAAGC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCGCGACCTGAGGATCCAGATATGGAACGATAAGCTACTTCTCAAGC  500

seq1  ACCATGTCCTGTATGCTGCCGTGTGCCCCTGAAACTGTAAGCAATCCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATGTCCTGTATGCTGCCGTGTGCCCCTGAAACTGTAAGCAATCCCCA  550

seq1  ATTAAATACTTTCCTTATGAGAGCTGCTATGGTCACAGTGTCTCTTCACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAAATACTTTCCTTATGAGAGCTGCTATGGTCACAGTGTCTCTTCACA  600

seq1  GCAACAAAAGCCTGACTAAGGCAGGGCATGTACCTGGTTTGAAGTAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAAAAGCCTGACTAAGGCAGGGCATGTACCTGGTTTGAAGTAAAAT  650

seq1  CCTTGAGTTGCAATGCTGGTTCTGTGGTAATATGACCATGAACTTAACCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAGTTGCAATGCTGGTTCTGTGGTAATATGACCATGAACTTAACCT  700

seq1  GAGCCTCACTTTATTTACCTGCAATGCAGAGGCCTTACCTTCCTGACCTC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCTCACTTTATTTACCTGCAATGCAGAGGCCTTACCTTCCTGACCTC  750

seq1  AGTGTTTCCCATATGGATCACGTGAGTGTTCCCTATCGTGCTCTGCATGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTTTCCCATATGGATCACGTGAGTGTTCCCTATCGTGCTCTGCATGG  800

seq1  GTGGACAGCTCAGTGCCTGGCATGGGAGGTGTGGCCAAGGTCTGGTTACA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGACAGCTCAGTGCCTGGCATGGGAGGTGTGGCCAAGGTCTGGTTACA  850

seq1  AATAGAAACCACTCAACTCTGCTCTATGTTGTAGTGATAGAGTTTGTAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGAAACCACTCAACTCTGCTCTATGTTGTAGTGATAGAGTTTGTAAG  900

seq1  GAAAGACAAGAAAGGAT--ATTTCCTT-CTCTTACACTGGGGTAG-AAGG  946
      |||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||| ||||
seq2  GAAAGACAAGAAAGGATTATTTTCCTTCCTCTTACACTGGGGTAGAAAGG  950

seq1  ACGCGTCCCCATCTGC-TTGTCTACTGGCC-TTGGTTGTTT-GCATGGGC  993
      ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||| ||||||||
seq2  ACGCGTCCCAATCTGCTTTGTCTACTGGCCTTTGGTTGTTTGGCATGGGC  1000

seq1  CCACCCC--AGGGAAC--TCACTGCA-TTCAT-GGAT-GGGCTCGTCGGA  1036
      |||||||  ||| |||  |||||||| ||||| |||| ||||||||| ||
seq2  CCACCCCCAAGGAAACCTTCACTGCATTTCATGGGATGGGGCTCGTC-GA  1049

seq1  ATAGT-CTCCACAGT--CATTG--TCTACGTCACACTT  1069
      ||||| |||||||||   ||||  ||||||| ||||||
seq2  ATAGTCCTCCACAGTTCAATTGGCTCTACGT-ACACTT  1086