BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242E22
Chromosome2 (Build37)
Map Location 30,263,315 - 30,400,540
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCrat, Ppp2r4, Ier5l
Upstream geneCrsp8, Rapgef1, LOC433415, OTTMUSG00000012686, Trub2, Coq4, Slc27a4, Urm1, LOC100041002, Ceecam1, Odf2, Gle1l, Spna2, LOC665532, Wdr34, Set, Pkn3, Zdhhc12, Zer1, LOC100041114, Tbc1d13, Slc39a1-ps, Endog, D2Wsu81e, Ccbl1, 1700084E18Rik, Lrrc8a, Phyhd1, Dolk, Nup188, Sh3glb2, 5730472N09Rik, Dolpp1
Downstream geneCstad, EG665645, 1700001O22Rik, 2610205E22Rik, Asb6, Prrx2, Ptges, Ppia-ps2_387.1, Tor1b, Tor1a, BC005624, Usp20, Fnbp1, Gpr107, Freq, LOC622345, LOC670182, LOC665700, BC034076, Ass1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242E22.bB6Ng01-242E22.g
ACCGA051988GA051989
length9121,061
definitionB6Ng01-242E22.b B6Ng01-242E22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,399,629 - 30,400,540)(30,263,315 - 30,264,366)
sequence
gaattctacagatgcaggctccgtgccaccagctaccctgagccatgggc
acgtgatcagacagaccctccagttcttcagcttggctatctgtaaacag
ggttggtgtgaggcacccacgactgactcaattatagccaaggttcccag
ccaccctccaggaaataggtgctctttctgaggcaggaaacccatcttat
aaggagtgaggtgaccctgggaccctgtcgaagctggattcagtgtgtct
atcaacgaagtgggaagaggagactggaacctgtcagccaatacaatctg
tccccattgcaataggcaggcagatgtatagctgagcacctctcagtgca
gggggtggaagtcccagtgcccagatctgggagccaggatgcctgtggga
atcgctgcccatcagccagggaccatgatagcatttttgccgctggatca
aaaatgtaactgagaatctgaaacaaggtgatacgggttcttctacggaa
gtccaagaatgttcagtggcagcaaaagcagaagacagactgttcaggag
ggacttggagtctgggaagctagattgccaagtccagcacagggccaggg
acaaacatcctctaggtgggagcttctgttagcctgaatcacttcttcca
tggaggagtctattcactcattcatcctgtaaggttttatgcaggtcagc
tggatgctggcagctctgctaagaactgggttgcagaggtgagccatggc
attgctatctgcaagaagccactatctggtcaggaaacagacattaaaga
aataaacaggcaaacaaatccatacctcaagtacccatgaatacccgaga
aagggaagaacagaagccataacacccagcaagtaaagaggaggctgggg
tgggggtggggg
gaattccatattttctctagctgcacaaagatctgatctgaggtgagcgg
tgttccgtcactgtggtacacatccagctcgaagaactgtgacgcccaga
cagggagagaagggctgacctcaggcagagaaggaccactagcctctcct
ggccttggcaatggaggtcacaactagtgcagcacgggccagggaggagc
tggagttgggctcgggctggggctggggctagagcccctcagacagggca
gtggtgcccacctggtagttatgcaccacggttatatgcgtgggtggtct
ctttgactttaagaagttcaccactgagtcctgcttggggccgggcacac
ggcaagaagacaggatctgataatactggttcatgcacagcggctgtcct
cccaggaactcaactggcagcgtctcactgtgggtggacacaggaagggg
ccactgggcagggtgaatggggaagaggccagggtggacagacaccttct
atactactttgatctgggtgagggacttattccttggtgtcaccattgcc
accagcaagagcaggtgttattagggtgtaaaggtgaaactacaggtctt
gaggcctggacttttcagggattagagtcctgtttatgagtcacccgcaa
actgcctccttctcccttatctgggcttcagtttgttacaggtaactgtg
atccattttgcctgggatgtcaatgtcactaggagaagtcccgggagctg
aagcagaggacttaaatgtctccactctcactgatcactgtcctcaaccc
cttccaaagctgggccaacaggaagtgaaaatgacgtgggcccgctaagt
gcctgcactgacacagtgggtgtaagagacagggtggctatggtattatg
taggtgtgggcaagggtggtattcaaggttcagggtgggctactcactgt
caatcatggacttgaaattccaatacacccctcgatgagtttggcagcca
aacctgaaggtatggatgctagaagatctgaagccattatggacatccac
tgtaaggaccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_30399629_30400540
seq2: B6Ng01-242E22.b_44_955 (reverse)

seq1  CCCCCACCCCCACCCCAGCCTCCTCCTTACTTGCTGGGTGTTATGGCTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCACCCCCACCCCAGCCTCCTCTTTACTTGCTGGGTGTTATGGCTTC  50

seq1  TGTTCTTCCC-TTCTCGGGTATTCATGGGTACTTGAGGTATGGATTTGTT  99
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTCCCTTTCTCGGGTATTCATGGGTACTTGAGGTATGGATTTGTT  100

seq1  TGCCTGTTTATTTCTTTAATGTCTGTTTCCCTGACCAGATAGTGGCTTCT  149
      |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  TGCCTGTTTATTTCTTTAATGTCTGTTT-CCTGACCAGATAGTGGCTTCT  149

seq1  TGCAGATAGCAATGCCATGGCTCACCTCTGCAACCCAGTTCTTAGCAGAG  199
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGATAGCAATGCCATGGCTCACCTCTGCAACCCAGTTCTTAGCAGAG  199

seq1  CTGCCAGCATCCAGCTGACCTGCATAAAACCTTACAGGATGAATGAGTGA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCAGCATCCAGCTGACCTGCATAAAACCTTACAGGATGAATGAGTGA  249

seq1  ATAGACTCCTCCATGGAAGAAGTGATTCAGGCTAACAGAAGCTCCCACCT  299
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACTCCTCCATGGAAGAAGTGATTCAGGCTAACAGAAGCTCCCACCT  299

seq1  AGAGGATGTTTGTCCCTGGCCCTGTGCTGGACTTGGCAATCTAGCTTCCC  349
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGATGTTTGTCCCTGGCCCTGTGCTGGACTTGGCAATCTAGCTTCCC  349

seq1  AGACTCCAAGTCCCTCCTGAACAGTCTGTCTTCTGCTTTTGCTGCCACTG  399
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCCAAGTCCCTCCTGAACAGTCTGTCTTCTGCTTTTGCTGCCACTG  399

seq1  AACATTCTTGGACTTCCGTAGAAGAACCCGTATCACCTTGTTTCAGATTC  449
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACATTCTTGGACTTCCGTAGAAGAACCCGTATCACCTTGTTTCAGATTC  449

seq1  TCAGTTACATTTTTGATCCAGCGGCAAAAATGCTATCATGGTCCCTGGCT  499
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTACATTTTTGATCCAGCGGCAAAAATGCTATCATGGTCCCTGGCT  499

seq1  GATGGGCAGCGATTCCCACAGGCATCCTGGCTCCCAGATCTGGGCACTGG  549
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGCAGCGATTCCCACAGGCATCCTGGCTCCCAGATCTGGGCACTGG  549

seq1  GACTTCCACCCCCTGCACTGAGAGGTGCTCAGCTATACATCTGCCTGCCT  599
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTTCCACCCCCTGCACTGAGAGGTGCTCAGCTATACATCTGCCTGCCT  599

seq1  ATTGCAATGGGGACAGATTGTATTGGCTGACAGGTTCCAGTCTCCTCTTC  649
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGCAATGGGGACAGATTGTATTGGCTGACAGGTTCCAGTCTCCTCTTC  649

seq1  CCACTTCGTTGATAGACACACTGAATCCAGCTTCGACAGGGTCCCAGGGT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTTCGTTGATAGACACACTGAATCCAGCTTCGACAGGGTCCCAGGGT  699

seq1  CACCTCACTCCTTATAAGATGGGTTTCCTGCCTCAGAAAGAGCACCTATT  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCACTCCTTATAAGATGGGTTTCCTGCCTCAGAAAGAGCACCTATT  749

seq1  TCCTGGAGGGTGGCTGGGAACCTTGGCTATAATTGAGTCAGTCGTGGGTG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGGAGGGTGGCTGGGAACCTTGGCTATAATTGAGTCAGTCGTGGGTG  799

seq1  CCTCACACCAACCCTGTTTACAGATAGCCAAGCTGAAGAACTGGAGGGTC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCACACCAACCCTGTTTACAGATAGCCAAGCTGAAGAACTGGAGGGTC  849

seq1  TGTCTGATCACGTGCCCATGGCTCAGGGTAGCTGGTGGCACGGAGCCTGC  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGATCACGTGCCCATGGCTCAGGGTAGCTGGTGGCACGGAGCCTGC  899

seq1  ATCTGTAGAATTC  912
      |||||||||||||
seq2  ATCTGTAGAATTC  912

seq1: chr2_30263315_30264366
seq2: B6Ng01-242E22.g_68_1128

seq1  GAATTCCATATTTTCTCTAGCTGCACAAAGATCTGATCTGAGGTGAGCGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCATATTTTCTCTAGCTGCACAAAGATCTGATCTGAGGTGAGCGG  50

seq1  TGTTCCGTCACTGTGGTACACATCCAGCTCGAAGAACTGTGACGCCCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCCGTCACTGTGGTACACATCCAGCTCGAAGAACTGTGACGCCCAGA  100

seq1  CAGGGAGAGAAGGGCTGACCTCAGGCAGAGAAGGACCACTAGCCTCTCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAGAGAAGGGCTGACCTCAGGCAGAGAAGGACCACTAGCCTCTCCT  150

seq1  GGCCTTGGCAATGGAGGTCACAACTAGTGCAGCACGGGCCAGGGAGGAGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTGGCAATGGAGGTCACAACTAGTGCAGCACGGGCCAGGGAGGAGC  200

seq1  TGGAGTTGGGCTCGGGCTGGGGCTGGGGCTAGAGCCCCTCAGACAGGGCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAGTTGGGCTCGGGCTGGGGCTGGGGCTAGAGCCCCTCAGACAGGGCA  250

seq1  GTGGTGCCCACCTGGTAGTTATGCACCACGGTTATATGCGTGGGTGGTCT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTGCCCACCTGGTAGTTATGCACCACGGTTATATGCGTGGGTGGTCT  300

seq1  CTTTGACTTTAAGAAGTTCACCACTGAGTCCTGCTTGGGGCCGGGCACAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGACTTTAAGAAGTTCACCACTGAGTCCTGCTTGGGGCCGGGCACAC  350

seq1  GGCAAGAAGACAGGATCTGATAATACTGGTTCATGCACAGCGGCTGTCCT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGAAGACAGGATCTGATAATACTGGTTCATGCACAGCGGCTGTCCT  400

seq1  CCCAGGAACTCAACTGGCAGCGTCTCACTGTGGGTGGACACAGGAAGGGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGGAACTCAACTGGCAGCGTCTCACTGTGGGTGGACACAGGAAGGGG  450

seq1  CCACTGGGCAGGGTGAATGGGGAAGAGGCCAGGGTGGACAGACACCTTCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTGGGCAGGGTGAATGGGGAAGAGGCCAGGGTGGACAGACACCTTCT  500

seq1  ATACTACTTTGATCTGGGTGAGGGACTTATTCCTTGGTGTCACCATTGCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTACTTTGATCTGGGTGAGGGACTTATTCCTTGGTGTCACCATTGCC  550

seq1  ACCAGCAAGAGCAGGTGTTATTAGGGTGTAAAGGTGAAACTACAGGTCTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGCAAGAGCAGGTGTTATTAGGGTGTAAAGGTGAAACTACAGGTCTT  600

seq1  GAGGCCTGGACTTTTCAGGGATTAGAGTCCTGTTTATGAGTCACCCGCAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGCCTGGACTTTTCAGGGATTAGAGTCCTGTTTATGAGTCACCCGCAA  650

seq1  ACTGCCTCCTTCTCCCTTATCTGGGCTTCAGTTTGTTACAGGTAACTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCCTCCTTCTCCCTTATCTGGGCTTCAGTTTGTTACAGGTAACTGTG  700

seq1  ATCCATTTTGCCTGGGATGTCAATGTCACTAGGAGAAGTCCCGGGAGCTG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCATTTTGCCTGGGATGTCAATGTCACTAGGAGAAGTCCCGGGAGCTG  750

seq1  AAGCAGAGGACTTAAATGTCTCCACTCTCACTGATCACTGTCCTCAACCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCAGAGGACTTAAATGTCTCCACTCTCACTGATCACTGTCCTCAACCC  800

seq1  CTTCCAAAGCTGGGCCAACAGGAAGTGAAAATGACGTGGGCCCGCTAAGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAAAGCTGGGCCAACAGGAAGTGAAAATGACGTGGGCCCGCTAAGT  850

seq1  GCCTGCACTGACACAGTGGGTGTAAGAGACAGGGGTGGCTATGGTATTAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  GCCTGCACTGACACAGTGGGTGTAAGAGACA-GGGTGGCTATGGTATTAT  899

seq1  GTAGGTGTGGGCAAGGGTGGTATTCA--GGTCAGGGTGGGCTACTCACTT  948
      ||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||| |
seq2  GTAGGTGTGGGCAAGGGTGGTATTCAAGGTTCAGGGTGGGCTACTCAC-T  948

seq1  GTCAATCATGGACTTGAAA-TCCAATACA-CCCTCGATGAGTTTGGCAG-  995
      ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| 
seq2  GTCAATCATGGACTTGAAATTCCAATACACCCCTCGATGAGTTTGGCAGC  998

seq1  CAAACCTGGAGG-AT-GAAGC-AG-AGATCTGAAGCCA-TATGGACATCC  1040
      |||||||| ||| || || || || ||||||||||||| |||||||||||
seq2  CAAACCTGAAGGTATGGATGCTAGAAGATCTGAAGCCATTATGGACATCC  1048

seq1  ACTG-GAGGACCC  1052
      ||||  |||||||
seq2  ACTGTAAGGACCC  1061