BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-242J13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 166,599,049 - 166,727,791
singlet/doubletdoublet
Overlap geneTrp53rk, Arfgef2, LOC670802
Upstream genePrkcbp1, LOC546780, Ncoa3, Sulf2, LOC670775, Ppia-ps2_2197.1, BC067047
Downstream geneCse1l, Stau1, LOC383774, Ddx27, AI481105, 1500012F01Rik, LOC668950, Kcnb1, Ptgis, LOC668951, B4galt5, Slc9a8, Spata2, Zfp313, Snai1, Ube2v1, AI840826, Cebpb
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-242J13.bB6Ng01-242J13.g
ACCGA052197GA052198
length1,1531,104
definitionB6Ng01-242J13.b B6Ng01-242J13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(166,599,049 - 166,600,186)(166,726,686 - 166,727,791)
sequence
gaattcactctccctctctgagccttgacctgtctccacctctgcagacc
cttgcaggggcgttgcagcgatggtgggatgctgtggaattgcactcagc
tccctgctgagggcctggcgtgaggagggatcctccgagccggccatcct
agaaacagaaagaaagccttcccagaagaaatcagtgggaattgaaaggg
acttgaagagaagaggaaggaacaagtgtggtcagtgacagctgtgaccg
gggagagggactctctccagggagggggactgcctactgaggaccatggt
gcccatgaacagtggcggggaccggccttaggaagaacgtggtctgtgac
agcgcatcctgggtacctcactcctctttaagttctttgactttggggca
ggtatgcaaagcactccccacagctgtgtcactatggtcactttagaagc
cagaccggtccctttctggggctgtctggggctgtcctggattggagcat
ctggccactacatccatggtttctgtagacatcagcagcaccctgccccc
atccgtaacaaccaaaagcagctctggagggtggttcttatcctgctaag
aacttgagcccaaggcttggagagagataggtcagcagttaagagcactg
gctgctcttccagaggtcctgagttcaagtctcagcaactgcatggtggc
tcttgtacaaccatctgtcatgggatctgacagtgtactcatattaaaaa
acaaaaacaaaatttaggctctaaatctaattaagccctcacagtcaacg
tgggaccataatgatagcaatgctgctacagcgctgctatgaatggcagc
catgaggactggccgcctccttttgtggcacattttactgagcattcact
gtgtgctaaatggctgtcgatgcagtatgcatcagctggtccaaccctac
agctcatctcgtgtgggtaatgccaagcggccaacaccgacgaatttaac
gtccttgaggagacttctcttctagatttgatcagtagcttccccgggga
cttacagggagaacttgaaaggagaacagctttggtggaagacccccccc
tcagttttggaaggttcttagtcagtagtagaagcaggtgagagaagggg
ggg
gaattccaggacagccagggctacaaagagaaaccatgtctcagaaaaaa
aaaaaaaaaaaaaaaaaaagacaaattttacactgtatgataaaaaaaac
ttcatgtttcttacaatttgatacccagtccaaatatcacacacaccaca
cacacacacacatatacatatatatatatgtatatatataccatacacac
acacacaccacatataacagaccacacacacatatatatatatttatgca
tgcaaacacacaaacactatccacacacatatacacacttcacaaatgca
caaccacatatacatacacacatacacacataccacatacactggataca
ggctggtaccctgcagctaacaccagcctgaaaacccaaacgctgaggca
agatgatcaggtctgtctgagagtaagcaccccagcacacactatgtctc
tgcagcagcagaagcgccatgctagcgggtactttggacaggccgatctg
cagggtgtgtggcgaagccgaatgagtaccactacctattcttagcgttg
gctacaactgtgaatgatggtgttggaaacacagatgataactaagcaga
attctaagtattcactcataattcattcccttgttttcgatgactaagga
aacaatgtctctacagcatggaagatcattctgaaaagacgcatctccta
tcgcgggctccatggaagaccatttcttctatttccattcagacggatgt
gggcacatccgctcatacttgcagagaacaagtgtcctttggcccaagta
agaagaaaagagcggtcatagctaaaatcaagaagcatcacactgaggcg
tgttgtccttgggtttttaaatagaggcagtgggctagagagacagccca
acagttaaaaactgttgctgcgcttggagactcccaggtccgatcacagc
acccgcatggtggccgagaactgctgtactctagttctagggttatccga
tgccctctctggcctctaacaggcactgcactcatgtgaggctccacaat
tacatcagcaaaacacccattcatgtcgattaagaataaactttaaaaaa
gaga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_166599049_166600186
seq2: B6Ng01-242J13.b_48_1200

seq1  GAATTCACTCTCCCTCTCTGAGCCTTGACCTGTCTCCACCTCTGCAGACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTCTCCCTCTCTGAGCCTTGACCTGTCTCCACCTCTGCAGACC  50

seq1  CTTGCAGGGGCGTTGCAGCGATGGTGGGATGCTGTGGAATTGCACTCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAGGGGCGTTGCAGCGATGGTGGGATGCTGTGGAATTGCACTCAGC  100

seq1  TCCCTGCTGAGGGCCTGGCGTGAGGAGGGATCCTCCGAGCCGGCCATCCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGCTGAGGGCCTGGCGTGAGGAGGGATCCTCCGAGCCGGCCATCCT  150

seq1  AGAAACAGAAAGAAAGCCTTCCCAGAAGAAATCAGTGGGAATTGAAAGGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACAGAAAGAAAGCCTTCCCAGAAGAAATCAGTGGGAATTGAAAGGG  200

seq1  ACTTGAAGAGAAGAGGAAGGAACAAGTGTGGTCAGTGACAGCTGTGACCG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAAGAGAAGAGGAAGGAACAAGTGTGGTCAGTGACAGCTGTGACCG  250

seq1  GGGAGAGGGACTCTCTCCAGGGAGGGGGACTGCCTACTGAGGACCATGGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAGGGACTCTCTCCAGGGAGGGGGACTGCCTACTGAGGACCATGGT  300

seq1  GCCCATGAACAGTGGCGGGGACCGGCCTTAGGAAGAACGTGGTCTGTGAC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCATGAACAGTGGCGGGGACCGGCCTTAGGAAGAACGTGGTCTGTGAC  350

seq1  AGCGCATCCTGGGTACCTCACTCCTCTTTAAGTTCTTTGACTTTGGGGCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCGCATCCTGGGTACCTCACTCCTCTTTAAGTTCTTTGACTTTGGGGCA  400

seq1  GGTATGCAAAGCACTCCCCACAGCTGTGTCACTATGGTCACTTTAGAAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTATGCAAAGCACTCCCCACAGCTGTGTCACTATGGTCACTTTAGAAGC  450

seq1  CAGACCGGTCCCTTTCTGGGGCTGTCTGGGGCTGTCCTGGATTGGAGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACCGGTCCCTTTCTGGGGCTGTCTGGGGCTGTCCTGGATTGGAGCAT  500

seq1  CTGGCCACTACATCCATGGTTTCTGTAGACATCAGCAGCACCCTGCCCCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCCACTACATCCATGGTTTCTGTAGACATCAGCAGCACCCTGCCCCC  550

seq1  ATCCGTAACAACCAAAAGCAGCTCTGGAGGGTGGTTCTTATCCTGCTAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCGTAACAACCAAAAGCAGCTCTGGAGGGTGGTTCTTATCCTGCTAAG  600

seq1  AACTTGAGCCCAAGGCTTGGAGAGAGATAGGTCAGCAGTTAAGAGCACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTGAGCCCAAGGCTTGGAGAGAGATAGGTCAGCAGTTAAGAGCACTG  650

seq1  GCTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAGTCTCAGCAACTGCATGGTGGC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAGTCTCAGCAACTGCATGGTGGC  700

seq1  TCTTGTACAACCATCTGTCATGGGATCTGACAGTGTACTCATATTAAAAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTACAACCATCTGTCATGGGATCTGACAGTGTACTCATATTAAAAA  750

seq1  ACAAAAACAAAATTTAGGCTCTAAATCTAATTAAG-CCTCACAGTCAACG  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  ACAAAAACAAAATTTAGGCTCTAAATCTAATTAAGCCCTCACAGTCAACG  800

seq1  TGGGACCATAATGATAGCAATGCTGCTACAGCGCTGCTATGAATGGCAGC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACCATAATGATAGCAATGCTGCTACAGCGCTGCTATGAATGGCAGC  850

seq1  CATGAGGACTGGCCGCCTCC-TTTGTGGCACA-TTTACTGAGCATTCACT  897
      |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  CATGAGGACTGGCCGCCTCCTTTTGTGGCACATTTTACTGAGCATTCACT  900

seq1  GTGTGCT-AATGGCTGTCGATGCAGTATGCATCAGCTGGTCCAACCCTAC  946
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCTAAATGGCTGTCGATGCAGTATGCATCAGCTGGTCCAACCCTAC  950

seq1  AGCCCATCTCGTGTGGGTAATGCC-AGC-GCCAACACCGACGAATTTAAC  994
      ||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCATCTCGTGTGGGTAATGCCAAGCGGCCAACACCGACGAATTTAAC  1000

seq1  GTCC-TGAGGAGAC-TCTC-TCCAGATTTGATCAGTAGCT--CCCCGGGA  1039
      |||| ||||||||| |||| || |||||||||||||||||  ||| ||||
seq2  GTCCTTGAGGAGACTTCTCTTCTAGATTTGATCAGTAGCTTCCCCGGGGA  1050

seq1  CTTACA-GGAGA--CTGAGAGGAG-ACAGCTTTGGTGGAAGACCCCCCCC  1085
      |||||| |||||   ||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||
seq2  CTTACAGGGAGAACTTGAAAGGAGAACAGCTTTGGTGGAAGA-CCCCCCC  1099

seq1  CCCAGTTTT-GAGGGTTCTTAGTCAGTAGTAGAAGGAAGTGAGAGAAAGG  1134
      | ||||||| || |||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||
seq2  CTCAGTTTTGGAAGGTTCTTAGTCAGTAGTAGAAGCAGGTGAGAGAAGGG  1149

seq1  GGGG  1138
      ||||
seq2  GGGG  1153

seq1: chr2_166726686_166727791
seq2: B6Ng01-242J13.g_67_1170 (reverse)

seq1  TCTCTCTTTTTAAGTTTTATTCTTATTTGACATGAATGGGTGTTTTGCCT  50
      ||||| |||||||  |||||||||| | ||||||||||||||||||| ||
seq2  TCTCT-TTTTTAAAGTTTATTCTTAATCGACATGAATGGGTGTTTTG-CT  48

seq1  GAATGTATTTGT-GAGCTTCACATGAGTGCAGTGCCTG-TAGAGGCCAGA  98
      | ||||| |||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  G-ATGTAATTGTGGAGCCTCACATGAGTGCAGTGCCTGTTAGAGGCCAGA  97

seq1  GAGGGCATCGGAT-ACCCTAGAACTAGAGTTACAGCAGTTCTCGGCCACC  147
      ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  GAGGGCATCGGATAACCCTAGAACTAGAG-TACAGCAGTTCTCGGCCACC  146

seq1  ATGCGGGTGCTGTGATCGGAACCTGGGAGTCTCCAAGCGCAGCAACAGTT  197
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCGGGTGCTGTGATCGG-ACCTGGGAGTCTCCAAGCGCAGCAACAGTT  195

seq1  TTTAACTGTTGGGCTGTCTCTCTAGCCCACTGCCTCTATTTAAAAA-CCA  246
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  TTTAACTGTTGGGCTGTCTCTCTAGCCCACTGCCTCTATTTAAAAACCCA  245

seq1  AGGACAAACACGCCTCAGTGTGATGCTTCTTGATTTTAGCTATGACCGCT  296
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAC-AACACGCCTCAGTGTGATGCTTCTTGATTTTAGCTATGACCGCT  294

seq1  CTTTTCTTCTTACTTGGGCCAAAGGACACTTGTTCTCTGCAAGTATGAGC  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTTCTTACTTGGGCCAAAGGACACTTGTTCTCTGCAAGTATGAGC  344

seq1  GGATGTGCCCACATCCGTCTGAATGGAAATAGAAGAAATGGTCTTCCATG  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATGTGCCCACATCCGTCTGAATGGAAATAGAAGAAATGGTCTTCCATG  394

seq1  GAGCCCGCGATAGGAGATGCGTCTTTTCAGAATGATCTTCCATGCTGTAG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCGCGATAGGAGATGCGTCTTTTCAGAATGATCTTCCATGCTGTAG  444

seq1  AGACATTGTTTCCTTAGTCATCGAAAACAAGGGAATGAATTATGAGTGAA  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTGTTTCCTTAGTCATCGAAAACAAGGGAATGAATTATGAGTGAA  494

seq1  TACTTAGAATTCTGCTTAGTTATCATCTGTGTTTCCAACACCATCATTCA  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTAGAATTCTGCTTAGTTATCATCTGTGTTTCCAACACCATCATTCA  544

seq1  CAGTTGTAGCCAACGCTAAGAATAGGTAGTGGTACTCATTCGGCTTCGCC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTGTAGCCAACGCTAAGAATAGGTAGTGGTACTCATTCGGCTTCGCC  594

seq1  ACACACCCTGCAGATCGGCCTGTCCAAAGTACCCGCTAGCATGGCGCTTC  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCCTGCAGATCGGCCTGTCCAAAGTACCCGCTAGCATGGCGCTTC  644

seq1  TGCTGCTGCAGAGACATAGTGTGTGCTGGGGTGCTTACTCTCAGACAGAC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCTGCAGAGACATAGTGTGTGCTGGGGTGCTTACTCTCAGACAGAC  694

seq1  CTGATCATCTTGCCTCAGCGTTTGGGTTTTCAGGCTGGTGTTAGCTGCAG  746
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCATCTTGCCTCAGCGTTTGGGTTTTCAGGCTGGTGTTAGCTGCAG  744

seq1  GGTACCAGCCTGTATCCAGTGTATGTGGTATGTGTGTATGTGTGTATGTA  796
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTACCAGCCTGTATCCAGTGTATGTGGTATGTGTGTATGTGTGTATGTA  794

seq1  TATGTGGTTGTGCATTTGTGAAGTGTGTATATGTGTGTGGATAGTGTTTG  846
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGGTTGTGCATTTGTGAAGTGTGTATATGTGTGTGGATAGTGTTTG  844

seq1  TGTGTTTGCATGCATAAATATATATATATGTGTGTGTGGTCTGTTATATG  896
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTTTGCATGCATAAATATATATATATGTGTGTGTGGTCTGTTATATG  894

seq1  TGGTGTGTGTGTGTGTATGGTATATATATACATATATATATATGTATATG  946
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTGTGTGTGTGTGTATGGTATATATATACATATATATATATGTATATG  944

seq1  TGTGTGTGTGTGTGGTGTGTGTGATATTTGGACTGGGTATCAAATTGTAA  996
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGTGTGTGTGTGGTGTGTGTGATATTTGGACTGGGTATCAAATTGTAA  994

seq1  GAAACATGAAGTTTTTTTTATCATACAGTGTAAAATTTGTCTTTTTTTTT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACATGAAGTTTTTTTTATCATACAGTGTAAAATTTGTCTTTTTTTTT  1044

seq1  TTTTTTTTTTTTTTTTCTGAGACATGGTTTCTCTTTGTAGCCCTGGCTGT  1096
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTTTTTTTTCTGAGACATGGTTTCTCTTTGTAGCCCTGGCTGT  1094

seq1  CCTGGAATTC  1106
      ||||||||||
seq2  CCTGGAATTC  1104