BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-245G09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 67,962,572 - 68,089,586
singlet/doubletdoublet
Overlap geneStk39
Upstream geneGm1322, Cmya3, LOC621171, LOC227995, B3galt1
Downstream geneLOC100039683, Gm1323, 4933409G03Rik, 4932414N04Rik, LOC667443, Lass6, Nostrin, Spc25, G6pc2, Abcb11
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-245G09.bB6Ng01-245G09.g
ACCGA054293GA054294
length1,1611,161
definitionB6Ng01-245G09.b B6Ng01-245G09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(68,088,436 - 68,089,586)(67,962,572 - 67,963,726)
sequence
gaattctttatccagttagtcgatcaaaaggaaattagaatattgacaaa
agagaacacacaggcattaattgctgatatttttctttacattaattcgt
gaccaaagggccttcatgtatattcccaaagagaatgccgcatatttgca
tttcctattgtgacataaattacagcatgggctgaggtagcaccatccgt
gcagtaggactattatcaccgtcatagagaacagaaagtgggaaatattc
atgtttgtcggtgtcgaagtaagcctgccatttcaagtctattaattgca
gtagaattgagcgaatttttggggactaacactataattaccaagatgaa
agtgagtattcaaaggatcgttcagaatgcaggctcagtaaactaagctc
gtgttttgcgcccctttgtcctagcagactggaagcgggggcttgggcca
agtttgcttgtgatttctggattgtttatgagttgttaaaggtgtcccgg
cccactagtcattcctttgtctctgtcttccctttaaccagctttagtct
ctccatagtgctttcaaaggaaaaggctctgaatgcttgtgagtgcttgt
gagccgtagagaagagcggtacatcagaaacagccacggggactgtggtc
tccttacctgccattgttaactccctgactccaggtcggttctggtggag
tccataaccacctcattggttattcatagaacctgttgctgtccccgtct
cgggtggctgcgtggccttccatgctgtgctgtctaaaggatccactact
ccaagctcttaggcccgaggtatttcagacatgaggatagatttttcaaa
cttttaaatatttgcctatgtataaccacatctttgtagatgaagcccaa
atctaatcttcagattcatttaatgtttcatagtcactttacagacatag
cctggaaggcagtttcatacagtgtttccatttgtcgcgtgccgggaaac
agatccttggaagtttcaggtggtggtatttcaagcttcctgaccagttg
ctggaaagggatttgattgggagcagtttctgaactttagattttcagat
aaggattgctcgaccttggggagcttttggtgttacttaaatagttccat
ctcaattagac
gaattcacaccgttggaagagaattgaatgtgtttctaaaggagggaggg
ggaaaccaaaaacggaggtgggctgtttagaaaatcggcaagcctgaaaa
ttgcccttgataacatctccttgcctttttgctgattaaaataagaattg
tctaaaatgtaaaagaaatgaactttaaaggtattgattcgatacatttt
taacaaaagtgactctactctctgtctgcagccagttgcccagcgctcaa
gaaacttctgcatctcattttccttatggaatccattagtctaacattac
attaatgatttgttaggcctcttgcaatgacccaagtcctcacctgaaga
gattatggcataagaggtgatttattctcccgctgaggttcacctcagag
tgtttacacagcagtgaccactggactgacttggccgacctggaggaatt
acttgcaatggggcagtagggggcgctagtgatgaatactgattttcaag
catgacctcagcagggtaaatgggggaggcaaaggggggcgggtaacaaa
ggtgggggggaacacattagagattttctgccgttgcaatatcttaaaat
gtgtttaatcttaactgtcaccccatgcagtgaatgctgctatctccact
tgacagttgggaaagcaggcagcagagaatttgtcattaaagtggtgaat
tcaggtccctagcgctaaaagcccatgttgattgtcaaacctgaaaagac
aaaaacaagcaaacaaacaaacaaaaagataaagagaacagaaaacaacc
acaactatgaggtcacatttaagcaacacgaaacgtaagtgaaagagtca
ggaatgttacatcattgatttgattctgcccaagtctagtgactatgaaa
aggaacagaaatccgtgaccccactcactcggatgagcccagatcatgag
gaagtttaatcgagcttccggccctcagagctcacacatgtttcaatcga
gggaaaggacgatctataagtttaattatctattttttccctcatggaaa
gcaaagggttccctggaagagacattcatcattgagctagcttgcgatag
gaagacaagtcctctggcactctgggtctggttccaacctgcctcagagc
cactcgaatgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_68088436_68089586
seq2: B6Ng01-245G09.b_44_1204 (reverse)

seq1  GTCTAAATGAAGATGGAACTATTTTAAAGTTAACCACAAAAAGCTCCC--  48
      |||||| || ||||||||||||||  ||||  | ||| ||||||||||  
seq2  GTCTAATTG-AGATGGAACTATTT--AAGT--AACACCAAAAGCTCCCCA  45

seq1  AAGTTGAGCATTCCTAATCTGAAAATCTAAAG-TCAG-AACTGCTCCAAA  96
      | || ||||| |||| |||||||||||||||| |||| ||||||||| ||
seq2  AGGTCGAGCAATCCTTATCTGAAAATCTAAAGTTCAGAAACTGCTCCCAA  95

seq1  TTCAAAATCCTTTCAAGC-ACT-GTCAGGAAGCTGGAAATACCAC--ACT  142
       |||||  |||||| ||| ||| ||||||||||| ||||||||||   ||
seq2  -TCAAATCCCTTTCCAGCAACTGGTCAGGAAGCTTGAAATACCACCACCT  144

seq1  GAAACTTC--AAGATCTGTTT-CCGGCACGCGAC-AATGGAAACACTGTA  188
      ||||||||  | ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GAAACTTCCAAGGATCTGTTTCCCGGCACGCGACAAATGGAAACACTGTA  194

seq1  TGAAACTGCC-TCCAGGCTATGTCTGTAAAGTGACTATGAAACA-TAAAT  236
      |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  TGAAACTGCCTTCCAGGCTATGTCTGTAAAGTGACTATGAAACATTAAAT  244

seq1  GAATCTGAAGATTAGATTTGGGCTTCATCTAC-AAGATGTGGTTATACAT  285
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GAATCTGAAGATTAGATTTGGGCTTCATCTACAAAGATGTGGTTATACAT  294

seq1  AGGCAAATATTTAAAAGTTTGAAAAATCTATCCTCATGTCTGAAATACCT  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCAAATATTTAAAAGTTTGAAAAATCTATCCTCATGTCTGAAATACCT  344

seq1  CGGGCCTAAGAGCTTGGAGTAGTGGATCC-TTAGACAGCACAGCATGGAA  384
      ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  CGGGCCTAAGAGCTTGGAGTAGTGGATCCTTTAGACAGCACAGCATGGAA  394

seq1  GGCCACGCAGCCACCCGAGACGGGGACAGCAACAGGTTCTATGAATAACC  434
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCACGCAGCCACCCGAGACGGGGACAGCAACAGGTTCTATGAATAACC  444

seq1  AATGAGGTGGTTATGGACTCCACCAGAACCGACCTGGAGTCAGGGAGTTA  484
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGGTGGTTATGGACTCCACCAGAACCGACCTGGAGTCAGGGAGTTA  494

seq1  ACAATGGCAGGTAAGGAGACCACAGTCCCCGTGGCTGTTTCTGATGTACC  534
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGGCAGGTAAGGAGACCACAGTCCCCGTGGCTGTTTCTGATGTACC  544

seq1  GCTCTTCTCTACGGCTCACAAGCACTCACAAGCATTCAGAGCCTTTTCCT  584
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTTCTCTACGGCTCACAAGCACTCACAAGCATTCAGAGCCTTTTCCT  594

seq1  TTGAAAGCACTATGGAGAGACTAAAGCTGGTTAAAGGGAAGACAGAGACA  634
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGCACTATGGAGAGACTAAAGCTGGTTAAAGGGAAGACAGAGACA  644

seq1  AAGGAATGACTAGTGGGCCGGGACACCTTTAACAACTCATAAACAATCCA  684
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAATGACTAGTGGGCCGGGACACCTTTAACAACTCATAAACAATCCA  694

seq1  GAAATCACAAGCAAACTTGGCCCAAGCCCCCGCTTCCAGTCTGCTAGGAC  734
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATCACAAGCAAACTTGGCCCAAGCCCCCGCTTCCAGTCTGCTAGGAC  744

seq1  AAAGGGGCGCAAAACACGAGCTTAGTTTACTGAGCCTGCATTCTGAACGA  784
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGGGCGCAAAACACGAGCTTAGTTTACTGAGCCTGCATTCTGAACGA  794

seq1  TCCTTTGAATACTCACTTTCATCTTGGTAATTATAGTGTTAGTCCCCAAA  834
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTTGAATACTCACTTTCATCTTGGTAATTATAGTGTTAGTCCCCAAA  844

seq1  AATTCGCTCAATTCTACTGCAATTAATAGACTTGAAATGGCAGGCTTACT  884
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTCGCTCAATTCTACTGCAATTAATAGACTTGAAATGGCAGGCTTACT  894

seq1  TCGACACCGACAAACATGAATATTTCCCACTTTCTGTTCTCTATGACGGT  934
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGACACCGACAAACATGAATATTTCCCACTTTCTGTTCTCTATGACGGT  944

seq1  GATAATAGTCCTACTGCACGGATGGTGCTACCTCAGCCCATGCTGTAATT  984
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAATAGTCCTACTGCACGGATGGTGCTACCTCAGCCCATGCTGTAATT  994

seq1  TATGTCACAATAGGAAATGCAAATATGCGGCATTCTCTTTGGGAATATAC  1034
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTCACAATAGGAAATGCAAATATGCGGCATTCTCTTTGGGAATATAC  1044

seq1  ATGAAGGCCCTTTGGTCACGAATTAATGTAAAGAAAAATATCAGCAATTA  1084
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGGCCCTTTGGTCACGAATTAATGTAAAGAAAAATATCAGCAATTA  1094

seq1  ATGCCTGTGTGTTCTCTTTTGTCAATATTCTAATTTCCTTTTGATCGACT  1134
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCCTGTGTGTTCTCTTTTGTCAATATTCTAATTTCCTTTTGATCGACT  1144

seq1  AACTGGATAAAGAATTC  1151
      |||||||||||||||||
seq2  AACTGGATAAAGAATTC  1161

seq1: chr2_67962572_67963726
seq2: B6Ng01-245G09.g_67_1227

seq1  GAATTCACACCGTTGGAAGAGAATTGAATGTGTTTCTAAAGGAGGGAGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACACCGTTGGAAGAGAATTGAATGTGTTTCTAAAGGAGGGAGGG  50

seq1  GGAAACCAAAAACGGAGGTGGGCTGTTTAGAAAATCGGCAAGCCTGAAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAACCAAAAACGGAGGTGGGCTGTTTAGAAAATCGGCAAGCCTGAAAA  100

seq1  TTGCCCTTGATAACATCTCCTTGCCTTTTTGCTGATTAAAATAAGAATTG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCTTGATAACATCTCCTTGCCTTTTTGCTGATTAAAATAAGAATTG  150

seq1  TCTAAAATGTAAAAGAAATGAACTTTAAAGGTATTGATTCGATACATTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAAAATGTAAAAGAAATGAACTTTAAAGGTATTGATTCGATACATTTT  200

seq1  TAACAAAAGTGACTCTACTCTCTGTCTGCAGCCAGTTGCCCAGCGCTCAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACAAAAGTGACTCTACTCTCTGTCTGCAGCCAGTTGCCCAGCGCTCAA  250

seq1  GAAACTTCTGCATCTCATTTTCCTTATGGAATCCATTAGTCTAACATTAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTTCTGCATCTCATTTTCCTTATGGAATCCATTAGTCTAACATTAC  300

seq1  ATTAATGATTTGTTAGGCCTCTTGCAATGACCCAAGTCCTCACCTGAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAATGATTTGTTAGGCCTCTTGCAATGACCCAAGTCCTCACCTGAAGA  350

seq1  GATTATGGCATAAGAGGTGATTTATTCTCCCGCTGAGGTTCACCTCAGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTATGGCATAAGAGGTGATTTATTCTCCCGCTGAGGTTCACCTCAGAG  400

seq1  TGTTTACACAGCAGTGACCACTGGACTGACTTGGCCGACCTGGAGGAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTACACAGCAGTGACCACTGGACTGACTTGGCCGACCTGGAGGAATT  450

seq1  ACTTGCAATGGGGCAGTAGGGGGCGCTAGTGATGAATACTGATTTTCAAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGCAATGGGGCAGTAGGGGGCGCTAGTGATGAATACTGATTTTCAAG  500

seq1  CATGACCTCAGCAGGGTAAATGGGGGAGGCAAAGGGGGGCGGGTAACAAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGACCTCAGCAGGGTAAATGGGGGAGGCAAAGGGGGGCGGGTAACAAA  550

seq1  GGTGGGGGGGAACACATTAGAGATTTTCTGCCGTTGCAATATCTTAAAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGGGGGGGAACACATTAGAGATTTTCTGCCGTTGCAATATCTTAAAAT  600

seq1  GTGTTTAATCTTAACTGTCACCCCATGCAGTGAATGCTGCTATCTCCACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTAATCTTAACTGTCACCCCATGCAGTGAATGCTGCTATCTCCACT  650

seq1  TGACAGTTGGGAAAGCAGGCAGCAGAGAATTTGTCATTAAAGTGGTGAAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGTTGGGAAAGCAGGCAGCAGAGAATTTGTCATTAAAGTGGTGAAT  700

seq1  TCAGGTCCCTAGCGCTAAAAGCCCATGTTGATTGTCAAACCTGAAAAGAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGTCCCTAGCGCTAAAAGCCCATGTTGATTGTCAAACCTGAAAAGAC  750

seq1  AAAAACAAGCAAACAAACAAACAAAAAGATAAAGAGAACAGAAAACAAAC  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AAAAACAAGCAAACAAACAAACAAAAAGATAAAGAGAACAGAAAAC-AAC  799

seq1  CACAACTATGAGGTCACATTTAAGCAACACGAAACGTAAGTGAAAGAGTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAACTATGAGGTCACATTTAAGCAACACGAAACGTAAGTGAAAGAGTC  849

seq1  AGGAATGTTACATCATTGATTTGATTCTGCCCAAGTCTAGTGACTATGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAATGTTACATCATTGATTTGATTCTGCCCAAGTCTAGTGACTATGAA  899

seq1  AAGGAACAGAAATCCGTGACCCCACTCACTCGGATGAGCCCAGATCATGA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGAACAGAAATCCGTGACCCCACTCACTCGGATGAGCCCAGATCATGA  949

seq1  GGAAGTTTAATCGAGCTTCCGGCCCTCAGAGCTCACACATGTTTCAATCG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAGTTTAATCGAGCTTCCGGCCCTCAGAGCTCACACATGTTTCAATCG  999

seq1  AGGGAAGGGACGATCTATAAGTTTAATTATCTA--TTTTCCCTCATGG-A  1047
      |||||| ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| |
seq2  AGGGAAAGGACGATCTATAAGTTTAATTATCTATTTTTTCCCTCATGGAA  1049

seq1  AGCAAAGGGTCCCCTGG-AGAGACATTCATCA-TGAGCTAGC-TGCGTTA  1094
      |||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||||||| |||| ||
seq2  AGCAAAGGGTTCCCTGGAAGAGACATTCATCATTGAGCTAGCTTGCGATA  1099

seq1  GGAAGACAAGCCCTCT-GCACTCTGGGTCT-GTCCCACCCTGCCTCAGAG  1142
      |||||||||| ||||| ||||||||||||| || ||| ||||||||||||
seq2  GGAAGACAAGTCCTCTGGCACTCTGGGTCTGGTTCCAACCTGCCTCAGAG  1149

seq1  CACACTCAAATGG  1155
      | ||||| |||||
seq2  C-CACTCGAATGG  1161