BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246B10
Chromosome2 (Build37)
Map Location 137,262,093 - 137,428,879
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneBC034902, Ankrd5, Snap25, LOC668911, Mkks, 2210009G21Rik, Jag1
Downstream geneBtbd3
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246B10.bB6Ng01-246B10.g
ACCGA054804GA054805
length1,2111,065
definitionB6Ng01-246B10.b B6Ng01-246B10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(137,427,682 - 137,428,879)(137,262,093 - 137,263,156)
sequence
gaattcattaattgtgaatataatttaaagttatattaacaatttttgta
agttgaattgtagacaagataaagagttgatgtttatatggttctgtcgc
cagatatcagttcaaaaataagcaaagcattagcaacaaaaaacacttcc
tcttaaatctggccaagctatttgttaaagctggttcacattaaatgttt
gttaattcaatttataaaagtcaaagcgcaatggccactgtctgctgcac
acaaagagggctatatatgcacaggcgggcacacagccagcatgcagtgg
catatacactggtatcttgtatataaacattgtttgagtctctaataatc
aaaaaaaatttttaaactctttatggttctaatatccttacaatgcaaaa
caaatattgaatttcctgtgttcagttcctgtgttcaggctgtgggccct
cttgttggcaaccagctggatatgagtggggtttgttttaacattttctg
aaggtcaaagtttctacttgcactaggaacagagaaaaagtttcctgtga
agtagaaagagaaattttatgttgtaatttctcttctaaatgattaggat
gctacatttcatacagtttctctgttagatgcttaattctaatttgaaaa
tgcatatgtacaagtgaaacaaatatgtctcatgaatactttaggaatta
cttttcattcataatataattttatgcaaagagtaataaatcaaaataat
gttaaaatatttgggatcagttatatcccaaggcagatatcacttgatat
atgtattaacatatggtataagaaaagtcactaaaggggagaagatgaga
aaaaaaatctcttgttcttacggtttctgtttgtcaaatcctactgtaca
atcttgttaccattccttgtacataagtcttcaggcaaatgatataaatt
tatgttaacccttctcacatagccctgtcagagagtctttatgtgtatct
tccaagcatcctacttcttatgatgttggaaagtgagcaataaaataata
tttgcaagttcttcatcagatgacagtccaacagaatcatgcatacataa
tggctttcccatgatttaaaccattttgaaaaaagaaaagagagaggctt
ctaactgaacaattgtccagtagtcagatatatgtctaatggtgtctaga
tgaaagggcta

gaattccagccccatgaactcatccccagccactggggctaaagcttaga
gcccagcctagagctgattatttctgatgacagagtaatggagaaaactc
tggcattgtctaccccttcttaaatgcactgtcatctgcacttgtcttca
tttctgctggaagaaagtggttctaaagatcttggataaatttaacccat
gataaaaacacaaatttcatcctccaagggtattttgttaaaggccaaca
aaataagcggctatgttgccttctctcagtttgcattgattgaaaattga
tttatttagtaagaataagactaggttctgagaagagctggaagaagaga
acatggatgctttagaaaaaggacagatacacatggaaagcgggtgcatg
aattatctggtgcttgtactcatgaaactttatattctacttagacacta
tgaccctggactcaccctcaactcacggaaaaagttgtgttcggttttgg
aaagttgctacagcagtaatctaggcagtggttgctggcaggaacttaat
atctgtggtggagaaatgctttacaaaagggctgacattttggactgcaa
actgagcaagtgaaggcacaggtatgatcgtgtttcagcagaagtctgca
aggtcaggatgatataggatggtaaaggtagtatgttatagaagcctaca
ggagaggtcttaggtctgggggccgttgttcgtggatgaggacttggtat
ttcaggatgtgggcacggatggcacatattcaacagtcacatgagctatt
cagtatggcagaaattctcatttaggttatcaggatcgctggcagaatct
ttagcaacccaggctgctgacccattgaggacttctgattcagcagatgt
tgagtgtggtctgagattctacagttctaacatgtcctcggtggatgcct
aagaacataacacattgacagcacagcttacagagcagctccaggagggc
atggtcttttgttctgtccttgacagttacctcagagaagagatttttta
agtgacagttataag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_137427682_137428879
seq2: B6Ng01-246B10.b_47_1257 (reverse)

seq1  TAGCC--TTCATCTAGACCACCTTTAGACATATA-CTGACTACT-GACCA  46
      |||||  |||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||| ||| |
seq2  TAGCCCTTTCATCTAGA-CACCATTAGACATATATCTGACTACTGGACAA  49

seq1  TTGTTCAG-TAGAAGGCTCTCTC-TTTCTTTTTTC-AAATGGTTAAAACC  93
      |||||||| |||||| ||||||| ||||||||||| |||||||| ||| |
seq2  TTGTTCAGTTAGAAGCCTCTCTCTTTTCTTTTTTCAAAATGGTTTAAATC  99

seq1  ATGGAAAAGCCATTATGTATGCATGA-TCTG-TGGACTGTCATCTGATGA  141
      |||| ||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAAAGCCATTATGTATGCATGATTCTGTTGGACTGTCATCTGATGA  149

seq1  AGACTTTGCAAATATTA-TTTATTGCTCACTTTCC-ACATCATA--GAGT  187
      |||  |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||   |||
seq2  AGAACTTGCAAATATTATTTTATTGCTCACTTTCCAACATCATAAGAAGT  199

seq1  AGGATGCTTGGAAGATACACATAAAGACTCTCTGACAGGGCTATGTGAGA  237
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGATGCTTGGAAGATACACATAAAGACTCTCTGACAGGGCTATGTGAGA  249

seq1  A-GGTTAACATAAATTTATATCATTTGCCTGAAGACTTATGTACAAGGAA  286
      | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGTTAACATAAATTTATATCATTTGCCTGAAGACTTATGTACAAGGAA  299

seq1  TGGTAACAAGATTGTACAGTAGGATTTGACAAACAGAAACCGTAAGAACA  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAACAAGATTGTACAGTAGGATTTGACAAACAGAAACCGTAAGAACA  349

seq1  AGAGATTTTTTTTCTCATCTTCTCCCCTTTAGTGACTTTTCTTATACCAT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGATTTTTTTTCTCATCTTCTCCCCTTTAGTGACTTTTCTTATACCAT  399

seq1  ATGTTAATACATATATCAAGTGATATCTGCCTTGGGATATAACTGATCCC  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTAATACATATATCAAGTGATATCTGCCTTGGGATATAACTGATCCC  449

seq1  AAATATTTTAACATTATTTTGATTTATTACTCTTTGCATAAAATTATATT  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATATTTTAACATTATTTTGATTTATTACTCTTTGCATAAAATTATATT  499

seq1  ATGAATGAAAAGTAATTCCTAAAGTATTCATGAGACATATTTGTTTCACT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAATGAAAAGTAATTCCTAAAGTATTCATGAGACATATTTGTTTCACT  549

seq1  TGTACATATGCATTTTCAAATTAGAATTAAGCATCTAACAGAGAAACTGT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACATATGCATTTTCAAATTAGAATTAAGCATCTAACAGAGAAACTGT  599

seq1  ATGAAATGTAGCATCCTAATCATTTAGAAGAGAAATTACAACATAAAATT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAATGTAGCATCCTAATCATTTAGAAGAGAAATTACAACATAAAATT  649

seq1  TCTCTTTCTACTTCACAGGAAACTTTTTCTCTGTTCCTAGTGCAAGTAGA  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTTTCTACTTCACAGGAAACTTTTTCTCTGTTCCTAGTGCAAGTAGA  699

seq1  AACTTTGACCTTCAGAAAATGTTAAAACAAACCCCACTCATATCCAGCTG  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGACCTTCAGAAAATGTTAAAACAAACCCCACTCATATCCAGCTG  749

seq1  GTTGCCAACAAGAGGGCCCACAGCCTGAACACAGGAACTGAACACAGGAA  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGCCAACAAGAGGGCCCACAGCCTGAACACAGGAACTGAACACAGGAA  799

seq1  ATTCAATATTTGTTTTGCATTGTAAGGATATTAGAACCATAAAGAGTTTA  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCAATATTTGTTTTGCATTGTAAGGATATTAGAACCATAAAGAGTTTA  849

seq1  AAAATTTTTTTTGATTATTAGAGACTCAAACAATGTTTATATACAAGATA  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATTTTTTTTGATTATTAGAGACTCAAACAATGTTTATATACAAGATA  899

seq1  CCAGTGTATATGCCACTGCATGCTGGCTGTGTGCCCGCCTGTGCATATAT  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTGTATATGCCACTGCATGCTGGCTGTGTGCCCGCCTGTGCATATAT  949

seq1  AGCCCTCTTTGTGTGCAGCAGACAGTGGCCATTGCGCTTTGACTTTTATA  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCCTCTTTGTGTGCAGCAGACAGTGGCCATTGCGCTTTGACTTTTATA  999

seq1  AATTGAATTAACAAACATTTAATGTGAACCAGCTTTAACAAATAGCTTGG  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTGAATTAACAAACATTTAATGTGAACCAGCTTTAACAAATAGCTTGG  1049

seq1  CCAGATTTAAGAGGAAGTGTTTTTTGTTGCTAATGCTTTGCTTATTTTTG  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATTTAAGAGGAAGTGTTTTTTGTTGCTAATGCTTTGCTTATTTTTG  1099

seq1  AACTGATATCTGGCGACAGAACCATATAAACATCAACTCTTTATCTTGTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGATATCTGGCGACAGAACCATATAAACATCAACTCTTTATCTTGTC  1149

seq1  TACAATTCAACTTACAAAAATTGTTAATATAACTTTAAATTATATTCACA  1186
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAATTCAACTTACAAAAATTGTTAATATAACTTTAAATTATATTCACA  1199

seq1  ATTAATGAATTC  1198
      ||||||||||||
seq2  ATTAATGAATTC  1211


seq1: chr2_137262093_137263156
seq2: B6Ng01-246B10.g_66_1130

seq1  GAATTCCAGCCCCATGAACTCATCCCCAGCCACTGGGGCTAAAGCTTAGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCCCCATGAACTCATCCCCAGCCACTGGGGCTAAAGCTTAGA  50

seq1  GCCCAGCCTAGAGCTGATTATTTCTGATGACAGAGTAATGGAGAAAACTC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCAGCCTAGAGCTGATTATTTCTGATGACAGAGTAATGGAGAAAACTC  100

seq1  TGGCATTGTCTACCCCTTCTTAAATGCACTGTCATCTGCACTTGTCTTCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGCATTGTCTACCCCTTCTTAAATGCACTGTCATCTGCACTTGTCTTCA  150

seq1  TTTCTGCTGGAAGAAAGTGGTTCTAAAGATCTTGGATAAATTTAACCCAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGCTGGAAGAAAGTGGTTCTAAAGATCTTGGATAAATTTAACCCAT  200

seq1  GATAAAAACACAAATTTCATCCTCCAAGGGTATTTTGTTAAAGGCCAACA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAAAAACACAAATTTCATCCTCCAAGGGTATTTTGTTAAAGGCCAACA  250

seq1  AAATAAGCGGCTATGTTGCCTTCTCTCAGTTTGCATTGATTGAAAATTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATAAGCGGCTATGTTGCCTTCTCTCAGTTTGCATTGATTGAAAATTGA  300

seq1  TTTATTTAGTAAGAATAAGACTAGGTTCTGAGAAGAGCTGGAAGAAGAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATTTAGTAAGAATAAGACTAGGTTCTGAGAAGAGCTGGAAGAAGAGA  350

seq1  ACATGGATGCTTTAGAAAAAGGACAGATACACATGGAAAGCGGGTGCATG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGGATGCTTTAGAAAAAGGACAGATACACATGGAAAGCGGGTGCATG  400

seq1  AATTATCTGGTGCTTGTACTCATGAAACTTTATATTCTACTTAGACACTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATCTGGTGCTTGTACTCATGAAACTTTATATTCTACTTAGACACTA  450

seq1  TGACCCTGGACTCACCCTCAACTCACGGAAAAAGTTGTGTTCGGTTTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCTGGACTCACCCTCAACTCACGGAAAAAGTTGTGTTCGGTTTTGG  500

seq1  AAAGTTGCTACAGCAGTAATCTAGGCAGTGGTTGCTGGCAGGAACTTAAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGTTGCTACAGCAGTAATCTAGGCAGTGGTTGCTGGCAGGAACTTAAT  550

seq1  ATCTGTGGTGGAGAAATGCTTTACAAAAGGGCTGACATTTTGGACTGCAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGGTGGAGAAATGCTTTACAAAAGGGCTGACATTTTGGACTGCAA  600

seq1  ACTGAGCAAGTGAAGGCACAGGTATGATCGTGTTTCAGCAGAAGTCTGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGAGCAAGTGAAGGCACAGGTATGATCGTGTTTCAGCAGAAGTCTGCA  650

seq1  AGGTCAGGATGATATAGGATGGTAAAGGTAGTATGTTATAGAAGCCTACA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTCAGGATGATATAGGATGGTAAAGGTAGTATGTTATAGAAGCCTACA  700

seq1  GGAGAGG-CTTAGGTCTGGGGGCCGTTGTTCGTGGATGAGGACTTGGTAT  749
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGAGGTCTTAGGTCTGGGGGCCGTTGTTCGTGGATGAGGACTTGGTAT  750

seq1  TTCAGGATGTGGGCACGGATGGCACATATTCAACAGTCACATGAGCTATT  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGGATGTGGGCACGGATGGCACATATTCAACAGTCACATGAGCTATT  800

seq1  CAGTATGGCAGAAATTCTCA-TTAGGTTATCAGGATCGCTGGCAGAATCT  848
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTATGGCAGAAATTCTCATTTAGGTTATCAGGATCGCTGGCAGAATCT  850

seq1  TTAGCAACCCAGGCTGCTGACCCATTGAGGACTTCTGATTCAGCAGATGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCAACCCAGGCTGCTGACCCATTGAGGACTTCTGATTCAGCAGATGT  900

seq1  TGAGTGTGGTCTGAGATTCTACAGTTCTAACATGTCCTCGGTGGATGCCT  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGTGTGGTCTGAGATTCTACAGTTCTAACATGTCCTCGGTGGATGCCT  950

seq1  AAAGAACATAACACATTGACAGCACAGCTTACAGAGCAGCTCCAGGAGGG  998
       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  -AAGAACATAACACATTGACAGCACAGCTTACAGAGCAGCTCCAGGAGGG  999

seq1  CATGGTCTTT--GTCTGTCCTTGACAGTTACCTCAGAGAAGAGA-TTTTT  1045
      ||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  CATGGTCTTTTGTTCTGTCCTTGACAGTTACCTCAGAGAAGAGATTTTTT  1049

seq1  AAGTGGAACAGTTTATAAG  1064
      |||||  |||| |||||||
seq2  AAGTG--ACAG-TTATAAG  1065


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |