BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-246M08
Chromosome2 (Build37)
Map Location 58,743,103 - 58,858,167
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBC062650
Upstream geneGalnt5, A330104H05Rik, LOC667026, Pscdbp, LOC100042926, Acvr1c, LOC667062, Acvr1, LOC674940, Upp2
Downstream genePkp4, LOC625354, 2310032F03Rik, LOC100038999, LOC100039016, Tanc1, Wdsub1, Baz2b
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-246M08.bB6Ng01-246M08.g
ACCGA055293GA055294
length873736
definitionB6Ng01-246M08.b B6Ng01-246M08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(58,743,103 - 58,743,971)(58,857,436 - 58,858,167)
sequence
gaattcttcatttccagctgcatttcacattggatttcccttagcatttc
tgtctctttcagattttattttcatatcctgaattgccctctatttcatt
cagctgttctttgtgttttgtttccttgggcttcaatcaagactttcgtc
ccatcctctttaagtttgctcaggaatctattcatgcctggtctttttca
ctatgttcataattgttcttttgaatcctgtgccccatgttttgtctaag
ttgttctcaaagttattacagagttggtgatctgagagaattatggtctt
gttatttttgcattgtctgtctttttgtgatgaaactttggtgcctgtag
ttagactgttggctgcatcttttgatgagtctttctagttctcttatatt
gagtgagggttggatctatgtctgctgttaccttgatttggttggtttga
gatcagctgggagatgcttgaaactgaggctatggccactctgttctgat
tcacagatggcatctctaggttgactctagctcacctagggggaaggcat
agcttctgagagcagttctctgatggtatgaatgaggtgtggagggtaga
ttagttgaggactgtctgcagaatgaaaaaacaatagatacaggtccttc
agtgatgtggtcaatggatacaagctcagtataggttttcagatggttta
gatgagatgctatagggaagtggtacttaaggactccctctgtagaatgg
aggaggcaatggatacagattctcagctggtgagtttagaatgccaaaaa
gaaaggatgatttttggcttcaccctgcagtttcctgcaaagagattgca
gtgattcctgagatattgggaat
gaattcaaagttccacatgggccattggttccctcagataaccaaaggaa
cacacagcttcccttttctggtggtttatagactctaatgtcaactcagc
ctctcaaatagaaggagccaagctggttgctcaagtgctacgtttgtgtg
taagcaactctgttcaaaagtgaattcttggttgttgtcatgaaaatgca
cccaccccatcccagcccccaaaaaggaaaagaggaaaaatgccatggtg
gggcagggggtggtggtggtagcacacaccattgatcccagcacttggaa
ggcaggggcaagtggagttcgaggccagcctggcctatggagtgagttct
aggacagccagagctgcacaaagaagccttgccttgaaaaacaaacaaac
aaaaaactgcccgccatgcatgtagtagtggcccgtatgctcttagaaac
aaaagcttggggaatggctcacttggctggtagagcgcttagctaaacaa
gaccaagagggcgagtttgatccctggaaaccaggtttaaggaaagctga
gcacagcctgcacatgtgatcccagtgctgtggaggtgaaggtggatggc
tgccctactcactggctagccagtctatcctactaggtcatctgcatatc
cgtgagagacacgccctcaaaatggaagacactaaaggctcaccctctag
cccttttttgtacacacacccatgcacatgaacata
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_58743103_58743971
seq2: B6Ng01-246M08.b_46_918

seq1  GAATTCTTCATTTCCAGCTGCATTTCACATTGGATTTCCCTTAGCATTTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCATTTCCAGCTGCATTTCACATTGGATTTCCCTTAGCATTTC  50

seq1  TGTCTCTTTCAGATTTTATTTTCATATCCTGAATTGCCCTCTATTTCATT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTCTTTCAGATTTTATTTTCATATCCTGAATTGCCCTCTATTTCATT  100

seq1  CAGCTGTTCTTTGTGTTTTGTTTCCTTGGGCTTCAATCAAGACTTTCGTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGTTCTTTGTGTTTTGTTTCCTTGGGCTTCAATCAAGACTTTCGTC  150

seq1  CCATCCTCTTTAAGTTTGCTCAGGAATCTATTCATGCCTGGTCTTTTTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCCTCTTTAAGTTTGCTCAGGAATCTATTCATGCCTGGTCTTTTTCA  200

seq1  CTATGTTCATAATTGTTCTTTTGAATCCTGTGCCCCATGTTTTGTCTAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTTCATAATTGTTCTTTTGAATCCTGTGCCCCATGTTTTGTCTAAG  250

seq1  TTGTTCTCAAAGTTATTACAGAGTTGGTGATCTGAGAGAATTATGGTCTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTCAAAGTTATTACAGAGTTGGTGATCTGAGAGAATTATGGTCTT  300

seq1  GTTATTTTTGCATTGTCTGTCTTTTTGTGATGAAACTTTGGTGCCTGTAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATTTTTGCATTGTCTGTCTTTTTGTGATGAAACTTTGGTGCCTGTAG  350

seq1  TTAGACTGTTGGCTGCATCTTTTGATGAGTCTTTCTAGTTCTCTTATATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGACTGTTGGCTGCATCTTTTGATGAGTCTTTCTAGTTCTCTTATATT  400

seq1  GAGTGAGGGTTGGATCTATGTCTGCTGTTACCTTGATTTGGTTGGTTTGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAGGGTTGGATCTATGTCTGCTGTTACCTTGATTTGGTTGGTTTGA  450

seq1  GATCAGCTGGGAGATGCTTGAAACTGAGGCTATGGCCACTCTGTTCTGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAGCTGGGAGATGCTTGAAACTGAGGCTATGGCCACTCTGTTCTGAT  500

seq1  TCACAGATGGCATCTCTAGGTTGACTCTAGCTCACCTAGGGGGAAGGCAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGATGGCATCTCTAGGTTGACTCTAGCTCACCTAGGGGGAAGGCAT  550

seq1  AGCTTCTGAGAGCAGTTCTCTGATGGTATGAATGAGGTGTGGAGGGTAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTCTGAGAGCAGTTCTCTGATGGTATGAATGAGGTGTGGAGGGTAGA  600

seq1  TTAGTTGAGGACTGTCTGCAGAATGAAAAAACAATAGATACAGGTCCTTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTTGAGGACTGTCTGCAGAATGAAAAAACAATAGATACAGGTCCTTC  650

seq1  AGTGATGTGGTCAATGGATACAAGCTCAGTATAGGTTTTCAGATGGTTTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATGTGGTCAATGGATACAAGCTCAGTATAGGTTTTCAGATGGTTTA  700

seq1  GATGAGATGCTATAGGGAAG-GGTACTTAAGGACTCCCTCTGTAGAAT-G  748
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  GATGAGATGCTATAGGGAAGTGGTACTTAAGGACTCCCTCTGTAGAATGG  750

seq1  AGGAGGCAATGGATACAGATCCTCAGCTGGTGAGTTTAGAATGCCAGAAA  798
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  AGGAGGCAATGGATACAGATTCTCAGCTGGTGAGTTTAGAATGCCAAAAA  800

seq1  GAAAGGATGA-TTTTGGC-TCAACCTGCAGGTTCCTGCAAAGAGATTGCA  846
      |||||||||| ||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGATGATTTTTGGCTTCACCCTGCAGTTTCCTGCAAAGAGATTGCA  850

seq1  GTGAGTCCTGAGATAGTGGGAAT  869
      |||| |||||||||| |||||||
seq2  GTGATTCCTGAGATATTGGGAAT  873

seq1: chr2_58857436_58858167
seq2: B6Ng01-246M08.g_69_804 (reverse)

seq1  TATGTTCATGTGCATGGGTGTGTGTACAAAAA--GGCTAGA-GGTGAGCC  47
      ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||
seq2  TATGTTCATGTGCATGGGTGTGTGTACAAAAAAGGGCTAGAGGGTGAGCC  50

seq1  TTTAGTGTCTTCCATTTTGA-GGCGTGTCTCTCACGGATATGCAGATGAC  96
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAGTGTCTTCCATTTTGAGGGCGTGTCTCTCACGGATATGCAGATGAC  100

seq1  CTAGTAGGATAGACTGGCTAGCCAGTGAGTAGGGCAGCCATCCACCTTCA  146
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGTAGGATAGACTGGCTAGCCAGTGAGTAGGGCAGCCATCCACCTTCA  150

seq1  CCTCCACAGCACTGGGATCACATGTGCAGGCTGTGCTCAGCTTTCCTTAA  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCACAGCACTGGGATCACATGTGCAGGCTGTGCTCAGCTTTCCTTAA  200

seq1  ACCTGGTTTCCAGGGATCAAACTCGCCCTCTTGGTCTTGTTTAGCTAAGC  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTGGTTTCCAGGGATCAAACTCGCCCTCTTGGTCTTGTTTAGCTAAGC  250

seq1  GCTCTACCAGCCAAGTGAGCCATTCCCCAAGCTTTTGTTTCTAAGAGCAT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCTACCAGCCAAGTGAGCCATTCCCCAAGCTTTTGTTTCTAAGAGCAT  300

seq1  ACGGGCCACTACTACATGCATGGCGGGCAGTTTTTTGTTTGTTTGTTTTT  346
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACGGGCCACTACTACATGCATGGCGGGCAGTTTTTTGTTTGTTTGTTTTT  350

seq1  CAAGGCAAGGCTTCTTTGTGCAGCTCTGGCTGTCCTAGAACTCACTCCAT  396
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGGCAAGGCTTCTTTGTGCAGCTCTGGCTGTCCTAGAACTCACTCCAT  400

seq1  AGGCCAGGCTGGCCTCGAACTCCACTTGCCCCTGCCTTCCAAGTGCTGGG  446
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCAGGCTGGCCTCGAACTCCACTTGCCCCTGCCTTCCAAGTGCTGGG  450

seq1  ATCAATGGTGTGTGCTACCACCACCACCCCCTGCCCCACCATGGCATTTT  496
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAATGGTGTGTGCTACCACCACCACCCCCTGCCCCACCATGGCATTTT  500

seq1  TCCTCTTTTCCTTTTTGGGGGCTGGGATGGGGTGGGTGCATTTTCATGAC  546
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTTTTCCTTTTTGGGGGCTGGGATGGGGTGGGTGCATTTTCATGAC  550

seq1  AACAACCAAGAATTCACTTTTGAACAGAGTTGCTTACACACAAACGTAGC  596
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACCAAGAATTCACTTTTGAACAGAGTTGCTTACACACAAACGTAGC  600

seq1  ACTTGAGCAACCAGCTTGGCTCCTTCTATTTGAGAGGCTGAGTTGACATT  646
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGAGCAACCAGCTTGGCTCCTTCTATTTGAGAGGCTGAGTTGACATT  650

seq1  AGAGTCTATAAACCACCAGAAAAGGGAAGCTGTGTGTTCCTTTGGTTATC  696
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGTCTATAAACCACCAGAAAAGGGAAGCTGTGTGTTCCTTTGGTTATC  700

seq1  TGAGGGAACCAATGGCCCATGTGGAACTTTGAATTC  732
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGAACCAATGGCCCATGTGGAACTTTGAATTC  736