BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-247C12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 21,091,100 - 21,201,964
singlet/doubletdoublet
Overlap gene4933434I06Rik, Thnsl1
Upstream geneLOC667609, Etl4, Arhgap21, LOC433408, LOC675912, C130046B21Rik
Downstream geneGpr158, LOC637235, Myo3a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-247C12.bB6Ng01-247C12.g
ACCGA055569GA055570
length1,1541,132
definitionB6Ng01-247C12.b B6Ng01-247C12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(21,200,809 - 21,201,964)(21,091,100 - 21,092,236)
sequence
gaattcagtatgtaaagcccttggaatagacacttccatgagcaccatgc
catttgtattagttaatgtgagccctgctatgtaacaggaatatcagtta
tcgttattatgtattgtattgtccattactgtatgcattgccttatcatg
tctataagcctattattaaattcattctgcagatgcaggaactaagaaag
aatgatggcaagcatctcacagaagtcaccttgtaaatggccaaattgga
gtccaggattagggccctgtctgtgcaatcactccatggtaaatctacat
tctataaaagaatgtgtaaaggaactgttagctaccctttcacaggactg
tgagaaggggattgagcagtacaataggcgacccaacaggaagggcttga
gccaggccgtaacacatagacagccaaaagagcatgtgactgaagcctaa
gagaacatggacacgtgtgaggtggctaggcatgtcttagtgccatagtt
ttcaggtttagatctgaatgtccttcacagttaaatcaaggatgctaaaa
acaatagcccctaagaattaaaatttcctagggaaattttaatgctgaaa
gaggaaaaggctgaagcctggccctgcaggagaagacatcagagttctga
tggtacttctgggctctttttccatccgttccataagatagttatatcat
gacagagggtggagattaacgaggagtaattctttcccgagacaaactgt
aaacaaatgtgttttgtttaccagtttctgattcaaaatttctttgaaaa
tacaggggaactaagatggtgggatagtggaaccaaatgctctggggcct
tggtccccagcttggtgattggattctgacagcttggacctgcctgcaga
tgaatcttttgttggattcataacatgatgggttaaaaagaggcccgggg
aatgtcaactagatcaagccacattgaaaggaatcactgggggtgtgcat
tagagctgtattttgctctgggcctctgttctcctcttcctctatctgct
tctgtgagcttctttgccacgccactcccacatgaatgggactggaagtc
tggcagacaatagccaggatttattctctataccttcttgacagcctttt
gttt

gaattccaaatgtcacacagtcacaaaaagtatcagcagctggcaaaacc
acacttctgctagagcacgagacaaatcatagtcagctgctacaatttga
agcagccctatatcctcatacctgggcttaaaacagaacacactcataat
atttctgtatttttaaagaagccaaaattccagaattgtcactacagaga
agggcttaaatgaggaacacacagtttgcatagagagatgaaagcaaata
gatgagattctattgtgttttctctgcagatgagctgaaatttaaaaggg
agagcgagagataggtaggtagggaaagagagagagagagagaaagagag
aatgagtatccttctatactgggtcagaagattgtgaaagagaaacagat
agaaagcaattgacaagttgatgcctgtcagtaggatgcagaaagaaaat
ctcagatggttgcaaaaaaaaaaaaaaatctatacaggaacattcaatac
agtatagtatggccaggctgtgcaggcttccaaatccataccttctcttc
tatccagagtgataaaatttaatgttctctatggactctaatgcacagtg
agatttaatgaaaccattgtttcataatgagatacttacacatttctccc
ctcccccatcatctatttatcatttatcatctatgtattcacaaacaatg
gatttatataatcactatatgcatatatattaaatgaagtcatcatatac
tgtgaataatgtacatgctatatgttatatattatgacatgtggactaca
gctcctaaggaatgagagaataaatccttattcctaacaggaatatttaa
actagatgattcatctcttggcaagtcttttgatcctttagagcactggg
ttctcaatttcattactcttatgaattttaatgtaagtatctgtgatcta
agtgacccctgtgaagaggtcgtttgattcacaaacgggttttgacttgc
agtggaaaattgctgctctagatgtgacaaaacacaacccacataccctt
aatatagaggtactctgagtagcttctatagcaccatacacattttttgg
ataaaaattcaatgcacaagtcttatttggaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_21200809_21201964
seq2: B6Ng01-247C12.b_49_1202 (reverse)

seq1  AAACAAAAAGCTGGCCAAAAGAAGGTAATAGAGGAAATAAATCTTGCTAA  50
      |||||||| |||| |   |||||||| ||||||  |||||||| ||   |
seq2  AAACAAAAGGCTGTC---AAGAAGGT-ATAGAG--AATAAATCCTGGCTA  44

seq1  TGGTCTGCAAGAC-TCCAGTCC--ATCATGGTGGGAGTGGCGTGGCAAAG  97
      | |||||| |||| ||||||||   |||| ||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTGCCAGACTTCCAGTCCCATTCAT-GTGGGAGTGGCGTGGCAAAG  93

seq1  AAGCTCACAAGAAGCAGATAGAGGAAGAGGAGAACAAGAGG-CCAGAGCA  146
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||
seq2  AAGCTCAC-AGAAGCAGATAGAGGAAGAGGAGAAC-AGAGGCCCAGAGCA  141

seq1  AAATACAGCTCTAATGCACA-CCCCAGTGATTCCTTTCAATGTGGCTTGA  195
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACAGCTCTAATGCACACCCCCAGTGATTCCTTTCAATGTGGCTTGA  191

seq1  TCTAGTTGACATT-CCCGGGCCTCTTTTTAA-CCATCATGTTATGAATCC  243
      ||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTTGACATTCCCCGGGCCTCTTTTTAACCCATCATGTTATGAATCC  241

seq1  AACAAAAGATTCATCTGCAGGCAGGTCCAAGCTGTCAGAATCCAATCACC  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAAAAGATTCATCTGCAGGCAGGTCCAAGCTGTCAGAATCCAATCACC  291

seq1  AAGCTGGGGACCAAGGCCCCAGAGCATTTGGTTCCACTATCCCACCATCT  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTGGGGACCAAGGCCCCAGAGCATTTGGTTCCACTATCCCACCATCT  341

seq1  TAGTTCCCCTGTATTTTCAAAGAAATTTTGAATCAGAAACTGGTAAACAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTCCCCTGTATTTTCAAAGAAATTTTGAATCAGAAACTGGTAAACAA  391

seq1  AACACATTTGTTTACAGTTTGTCTCGGGAAAGAATTACTCCTCGTTAATC  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATTTGTTTACAGTTTGTCTCGGGAAAGAATTACTCCTCGTTAATC  441

seq1  TCCACCCTCTGTCATGATATAACTATCTTATGGAACGGATGGAAAAAGAG  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACCCTCTGTCATGATATAACTATCTTATGGAACGGATGGAAAAAGAG  491

seq1  CCCAGAAGTACCATCAGAACTCTGATGTCTTCTCCTGCAGGGCCAGGCTT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAAGTACCATCAGAACTCTGATGTCTTCTCCTGCAGGGCCAGGCTT  541

seq1  CAGCCTTTTCCTCTTTCAGCATTAAAATTTCCCTAGGAAATTTTAATTCT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTTTTCCTCTTTCAGCATTAAAATTTCCCTAGGAAATTTTAATTCT  591

seq1  TAGGGGCTATTGTTTTTAGCATCCTTGATTTAACTGTGAAGGACATTCAG  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGCTATTGTTTTTAGCATCCTTGATTTAACTGTGAAGGACATTCAG  641

seq1  ATCTAAACCTGAAAACTATGGCACTAAGACATGCCTAGCCACCTCACACG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAAACCTGAAAACTATGGCACTAAGACATGCCTAGCCACCTCACACG  691

seq1  TGTCCATGTTCTCTTAGGCTTCAGTCACATGCTCTTTTGGCTGTCTATGT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCATGTTCTCTTAGGCTTCAGTCACATGCTCTTTTGGCTGTCTATGT  741

seq1  GTTACGGCCTGGCTCAAGCCCTTCCTGTTGGGTCGCCTATTGTACTGCTC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTACGGCCTGGCTCAAGCCCTTCCTGTTGGGTCGCCTATTGTACTGCTC  791

seq1  AATCCCCTTCTCACAGTCCTGTGAAAGGGTAGCTAACAGTTCCTTTACAC  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCCCCTTCTCACAGTCCTGTGAAAGGGTAGCTAACAGTTCCTTTACAC  841

seq1  ATTCTTTTATAGAATGTAGATTTACCATGGAGTGATTGCACAGACAGGGC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTTTTATAGAATGTAGATTTACCATGGAGTGATTGCACAGACAGGGC  891

seq1  CCTAATCCTGGACTCCAATTTGGCCATTTACAAGGTGACTTCTGTGAGAT  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAATCCTGGACTCCAATTTGGCCATTTACAAGGTGACTTCTGTGAGAT  941

seq1  GCTTGCCATCATTCTTTCTTAGTTCCTGCATCTGCAGAATGAATTTAATA  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCATCATTCTTTCTTAGTTCCTGCATCTGCAGAATGAATTTAATA  991

seq1  ATAGGCTTATAGACATGATAAGGCAATGCATACAGTAATGGACAATACAA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGCTTATAGACATGATAAGGCAATGCATACAGTAATGGACAATACAA  1041

seq1  TACATAATAACGATAACTGATATTCCTGTTACATAGCAGGGCTCACATTA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATAATAACGATAACTGATATTCCTGTTACATAGCAGGGCTCACATTA  1091

seq1  ACTAATACAAATGGCATGGTGCTCATGGAAGTGTCTATTCCAAGGGCTTT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATACAAATGGCATGGTGCTCATGGAAGTGTCTATTCCAAGGGCTTT  1141

seq1  ACATACTGAATTC  1156
      |||||||||||||
seq2  ACATACTGAATTC  1154


seq1: chr2_21091100_21092236
seq2: B6Ng01-247C12.g_67_1198

seq1  GAATTCCAAATGTCACACAGTCACAAAAAGTATCAGCAGCTGGCAAAACC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAAATGTCACACAGTCACAAAAAGTATCAGCAGCTGGCAAAACC  50

seq1  ACACTTCTGCTAGAGCACGAGACAAATCATAGTCAGCTGCTACAATTTGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTTCTGCTAGAGCACGAGACAAATCATAGTCAGCTGCTACAATTTGA  100

seq1  AGCAGCCCTATATCCTCATACCTGGGCTTAAAACAGAACACACTCATAAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGCCCTATATCCTCATACCTGGGCTTAAAACAGAACACACTCATAAT  150

seq1  ATTTCTGTATTTTTAAAGAAGCCAAAATTCCAGAATTGTCACTACAGAGA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCTGTATTTTTAAAGAAGCCAAAATTCCAGAATTGTCACTACAGAGA  200

seq1  AGGGCTTAAATGAGGAACACACAGTTTGCATAGAGAGATGAAAGCAAATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGCTTAAATGAGGAACACACAGTTTGCATAGAGAGATGAAAGCAAATA  250

seq1  GATGAGATTCTATTGTGTTTTCTCTGCAGATGAGCTGAAATTTAAAAGGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGATTCTATTGTGTTTTCTCTGCAGATGAGCTGAAATTTAAAAGGG  300

seq1  AGAGCGAGAGATAGGTAGGTAGGGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCGAGAGATAGGTAGGTAGGGAAAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGAG  350

seq1  AATGAGTATCCTTCTATACTGGGTCAGAAGATTGTGAAAGAGAAACAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAGTATCCTTCTATACTGGGTCAGAAGATTGTGAAAGAGAAACAGAT  400

seq1  AGAAAGCAATTGACAAGTTGATGCCTGTCAGTAGGATGCAGAAAGAAAAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAGCAATTGACAAGTTGATGCCTGTCAGTAGGATGCAGAAAGAAAAT  450

seq1  CTCAGATGGTTGCAAAAAAAAAAAAAAATCTATACAGGAACATTCAATAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGATGGTTGCAAAAAAAAAAAAAAATCTATACAGGAACATTCAATAC  500

seq1  AGTATAGTATGGCCAGGCTGTGCAGGCTTCCAAATCCATACCTTCTCTTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATAGTATGGCCAGGCTGTGCAGGCTTCCAAATCCATACCTTCTCTTC  550

seq1  TATCCAGAGTGATAAAATTTAATGTTCTCTATGGACTCTAATGCACAGTG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCAGAGTGATAAAATTTAATGTTCTCTATGGACTCTAATGCACAGTG  600

seq1  AGATTTAATGAAACCATTGTTTCATAATGAGATACTTACACATTTCTCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTTAATGAAACCATTGTTTCATAATGAGATACTTACACATTTCTCCC  650

seq1  CTCCCCCATCATCTATTTATCATTTATCATCTATGTATTCACAAACAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCCCATCATCTATTTATCATTTATCATCTATGTATTCACAAACAATG  700

seq1  GATTTATATAATCACTATATGCATATATATTAAATGAAGTCATCATATAC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTATATAATCACTATATGCATATATATTAAATGAAGTCATCATATAC  750

seq1  TGTGAATAATGTACATGCTATATGTTATATATTATGACATGTGGACTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTGAATAATGTACATGCTATATGTTATATATTATGACATGTGGACTACA  800

seq1  GCTCCTAAGGAATGAGAGAATAAATCCTTATTCCTAACAGGAATATTTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCCTAAGGAATGAGAGAATAAATCCTTATTCCTAACAGGAATATTTAA  850

seq1  ACTAGATGATTCATCTCTTGGCAAGTCTTTTGATCCTTTAGAGCACT-GG  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTAGATGATTCATCTCTTGGCAAGTCTTTTGATCCTTTAGAGCACTGGG  900

seq1  TTCTCAA-TTCATTACTCTTATGAATTTTAATGTAAGTATCTGTGATCTT  948
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  TTCTCAATTTCATTACTCTTATGAATTTTAATGTAAGTATCTGTGATC-T  949

seq1  AGGTGACCCCTGTGAAGAGGTCGTTTGATTCACAAAGGGGTTTTGACCTG  998
      | |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||
seq2  AAGTGACCCCTGTGAAGAGGTCGTTTGATTCACAAACGGGTTTTGACTTG  999

seq1  CAGGTTGAAAAATGCTGCTCTAGATTGTGACAAAACACAA-CCACATACC  1047
      || || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||
seq2  CA-GTGGAAAATTGCTGCTCTAGA-TGTGACAAAACACAACCCACATACC  1047

seq1  TTTAATATAGAAGTACTTCTGAGTAG-TTCTATAGAAACATACACATTTT  1096
       |||||||||| |||| ||||||||| |||||||| | ||||||||||||
seq2  CTTAATATAGAGGTAC-TCTGAGTAGCTTCTATAGCACCATACACATTTT  1096

seq1  TTGTATTAAAAATATCCATATGCACAAAGTCTTATTTGGAA  1137
      ||| ||   ||| || || |||||| |||||||||||||||
seq2  TTGGAT---AAAAATTCA-ATGCAC-AAGTCTTATTTGGAA  1132


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |