BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-247E05
Chromosome2 (Build37)
Map Location 15,203,835 - 15,266,344
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneMrc1, Slc39a12, Cacnb2, LOC100041164, LOC625335, LOC625342, LOC100041220, Nsun6, Arl5b, LOC633061
Downstream geneLOC667329, LOC227588, LOC625457
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-247E05.bB6Ng01-247E05.g
ACCGA055643GA055644
length9471,097
definitionB6Ng01-247E05.b B6Ng01-247E05.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(15,265,398 - 15,266,344)(15,203,835 - 15,204,909)
sequence
gaattccaaatgtagttctggcatttatgatccttgtttcagtaattttc
aagttggactatagtcataccacatgattttccactcaaagatggtttgc
atatatgtatacatatgctcaaagaatgatactcagatctgtgccttagt
ctatctggtgctactataacaaagcagcacacattagagaaactataagc
agtaaatctatgcctcacagtctacaggctgacaatgccaaaggtgaagg
ggaacatctggggaaacttctggcttaaagctatcttgctatatcatata
acggaaaacattatgtgacaagacagaagatgagggagaaagaaaacttt
cctaacttccctccagtgtacctaagcctgtcctgtgatgagtcttaaca
cagttatcaaggcaaatgtctcacaattctaatcatctcacagtatcacc
tcgcaatattaccatgagacagttaaatttcacagctagtttgttttttt
tttttaagaagaaaactgcttcactatttttagtatggttattgagggat
aacatcacaagatctctaatcacctagtgtgttcctaagacatcacttca
atgccaaacagataaattaagctctgagctacatatttccttacaatatc
tccagaaaatctgttatggaaaaagaaagctccattaaattgaattctag
gaattgtttattgctcagtttctcagaagtttcttagaaacaggttacac
taactgttcggcagggcagaactccagataagaattgacagcataacagc
tgtgcagcagccaaagtgaggctagggagttagggacaaatatctaggga
caaaaggcttgcaagaatcattagaagaatgcttagtccttaaacacaca
cacacacaagtgtaagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgt

gaattcaatttctgtctgtgtttaccatgttcagattactattattctcc
ttattggaaacccacttgtttctgcatcaggggattgtgcattttagaag
tctagactgatgatcttctgaacctcatgacaagaggatcttcccaccta
ccactaactgctacacatttactccactacagactattatgggatagctg
aaccacaggtctggttctgagtccaaattcacatttgcattaagagaaaa
tgacaaacacacacacacacacacacacacacacacaccttctgttttga
tattactagtgtttaagatgatagaaattccgactctaccttacttatag
aagtttaaaacccagagaaataatgacacaaaatccaagaatatccctgt
gtattttgggctgagtgcctgtcaggaactggggctcctgttcttgaaac
atttccccttttagaagtagtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtaca
tgaattcagatgcccacagaaggtaaaggcatcgtatccttcaggagtta
tagtttcaggatctggtgagctgccctacgtgggtgctgggagctgaatt
tgggtcctctgcaagagcaccgagtcctttaataactgagtagtttctgc
atccctgggaatacattgcattccagtttgggctttcctatggggatggt
aattattggatgttattgaaagactaacactgggctgcatgtacatgctt
ttgagagctttgggtgctcttttgctgttgtagtagggttatgaagggtt
aaacttctctaacattaaaagattatgcctttgtgatcccttaataaatt
ttactttctgatgtacacagttagctggcctgagcatttttaagtacaca
agagccctgcaatgttaaggataatatctgatttagtttgttacttttta
acttagactcaagcttccttcctcccttattgagtagaatgggccaaaat
tacctgcttagattctgaaatcaactaaaacaccaaagtaacttggggca
acttaaggtctcttctattttttccaatttgctttataagattattt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_15265398_15266344
seq2: B6Ng01-247E05.b_44_990 (reverse)

seq1  ACACACACACACACACACACACACACACACACTTACACTTGTGTGTGTGT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACACACACACACACACACACACACACACTTACACTTGTGTGTGTGT  50

seq1  GTGTTTAAGGACTAAGCATTCTTCTAATGATTCTTGCAAGCCTTTTGTCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTTTAAGGACTAAGCATTCTTCTAATGATTCTTGCAAGCCTTTTGTCC  100

seq1  CTAGATATTTGTCCCTAACTCCCTAGCCTCACTTTGGCTGCTGCACAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGATATTTGTCCCTAACTCCCTAGCCTCACTTTGGCTGCTGCACAGCT  150

seq1  GTTATGCTGTCAATTCTTATCTGGAGTTCTGCCCTGCCGAACAGTTAGTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTATGCTGTCAATTCTTATCTGGAGTTCTGCCCTGCCGAACAGTTAGTG  200

seq1  TAACCTGTTTCTAAGAAACTTCTGAGAAACTGAGCAATAAACAATTCCTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCTGTTTCTAAGAAACTTCTGAGAAACTGAGCAATAAACAATTCCTA  250

seq1  GAATTCAATTTAATGGAGCTTTCTTTTTCCATAACAGATTTTCTGGAGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTTAATGGAGCTTTCTTTTTCCATAACAGATTTTCTGGAGAT  300

seq1  ATTGTAAGGAAATATGTAGCTCAGAGCTTAATTTATCTGTTTGGCATTGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTAAGGAAATATGTAGCTCAGAGCTTAATTTATCTGTTTGGCATTGA  350

seq1  AGTGATGTCTTAGGAACACACTAGGTGATTAGAGATCTTGTGATGTTATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGATGTCTTAGGAACACACTAGGTGATTAGAGATCTTGTGATGTTATC  400

seq1  CCTCAATAACCATACTAAAAATAGTGAAGCAGTTTTCTTCTTAAAAAAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAATAACCATACTAAAAATAGTGAAGCAGTTTTCTTCTTAAAAAAAA  450

seq1  AAAACAAACTAGCTGTGAAATTTAACTGTCTCATGGTAATATTGCGAGGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACAAACTAGCTGTGAAATTTAACTGTCTCATGGTAATATTGCGAGGT  500

seq1  GATACTGTGAGATGATTAGAATTGTGAGACATTTGCCTTGATAACTGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATACTGTGAGATGATTAGAATTGTGAGACATTTGCCTTGATAACTGTGT  550

seq1  TAAGACTCATCACAGGACAGGCTTAGGTACACTGGAGGGAAGTTAGGAAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGACTCATCACAGGACAGGCTTAGGTACACTGGAGGGAAGTTAGGAAA  600

seq1  GTTTTCTTTCTCCCTCATCTTCTGTCTTGTCACATAATGTTTTCCGTTAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCTTTCTCCCTCATCTTCTGTCTTGTCACATAATGTTTTCCGTTAT  650

seq1  ATGATATAGCAAGATAGCTTTAAGCCAGAAGTTTCCCCAGATGTTCCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGATATAGCAAGATAGCTTTAAGCCAGAAGTTTCCCCAGATGTTCCCCT  700

seq1  TCACCTTTGGCATTGTCAGCCTGTAGACTGTGAGGCATAGATTTACTGCT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTTTGGCATTGTCAGCCTGTAGACTGTGAGGCATAGATTTACTGCT  750

seq1  TATAGTTTCTCTAATGTGTGCTGCTTTGTTATAGTAGCACCAGATAGACT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTTCTCTAATGTGTGCTGCTTTGTTATAGTAGCACCAGATAGACT  800

seq1  AAGGCACAGATCTGAGTATCATTCTTTGAGCATATGTATACATATATGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGCACAGATCTGAGTATCATTCTTTGAGCATATGTATACATATATGCA  850

seq1  AACCATCTTTGAGTGGAAAATCATGTGGTATGACTATAGTCCAACTTGAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATCTTTGAGTGGAAAATCATGTGGTATGACTATAGTCCAACTTGAA  900

seq1  AATTACTGAAACAAGGATCATAAATGCCAGAACTACATTTGGAATTC  947
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACTGAAACAAGGATCATAAATGCCAGAACTACATTTGGAATTC  947


seq1: chr2_15203835_15204909
seq2: B6Ng01-247E05.g_65_1161

seq1  GAATTCAATTTCTGTCTGTGTTTACCATGTTCAGATTACTATTATTCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTTCTGTCTGTGTTTACCATGTTCAGATTACTATTATTCTCC  50

seq1  TTATTGGAAACCCACTTGTTTCTGCATCAGGGGATTGTGCATTTTAGAAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTGGAAACCCACTTGTTTCTGCATCAGGGGATTGTGCATTTTAGAAG  100

seq1  TCTAGACTGATGATCTTCTGAACCTCATGACAAGAGGATCTTCCCACCTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGACTGATGATCTTCTGAACCTCATGACAAGAGGATCTTCCCACCTA  150

seq1  CCACTAACTGCTACACATTTACTCCACTACAGACTATTATGGGATAGCTG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACTAACTGCTACACATTTACTCCACTACAGACTATTATGGGATAGCTG  200

seq1  AACCACAGGTCTGGTTCTGAGTCCAAATTCACATTTGCATTAAGAGAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCACAGGTCTGGTTCTGAGTCCAAATTCACATTTGCATTAAGAGAAAA  250

seq1  TGACAAACACACACACACACACACACACACACACACACCTTCTGTTTTGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAAACACACACACACACACACACACACACACACACCTTCTGTTTTGA  300

seq1  TATTACTAGTGTTTAAGATGATAGAAATTCCGACTCTACCTTACTTATAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTACTAGTGTTTAAGATGATAGAAATTCCGACTCTACCTTACTTATAG  350

seq1  AAGTTTAAAACCCAGAGAAATAATGACACAAAATCCAAGAATATCCCTGT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTTAAAACCCAGAGAAATAATGACACAAAATCCAAGAATATCCCTGT  400

seq1  GTATTTTGGGCTGAGTGCCTGTCAGGAACTGGGGCTCCTGTTCTTGAAAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTTTGGGCTGAGTGCCTGTCAGGAACTGGGGCTCCTGTTCTTGAAAC  450

seq1  ATTTCCCCTTTTAGAAGTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCCCCTTTTAGAAGTAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTACA  500

seq1  TGAATTCAGATGCCCACAGAAGGTAAAGGCATCGTATCCTTCAGGAGTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATTCAGATGCCCACAGAAGGTAAAGGCATCGTATCCTTCAGGAGTTA  550

seq1  TAGTTTCAGGATCTGGTGAGCTGCCCTACGTGGGTGCTGGGAGCTGAATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTTTCAGGATCTGGTGAGCTGCCCTACGTGGGTGCTGGGAGCTGAATT  600

seq1  TGGGTCCTCTGCAAGAGCACCGAGTCCTTTAATAACTGAGTAGTTTCTGC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCCTCTGCAAGAGCACCGAGTCCTTTAATAACTGAGTAGTTTCTGC  650

seq1  ATCCCTGGGAATACATTGCATTCCAGTTTGGGCTTTCCTATGGGGATGGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGGGAATACATTGCATTCCAGTTTGGGCTTTCCTATGGGGATGGT  700

seq1  AATTATTGGATGTTATTGAAAGACTAACACTGGGCTGCATGTACATGC-T  749
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
seq2  AATTATTGGATGTTATTGAAAGACTAACACTGGGCTGCATGTACATGCTT  750

seq1  TTGAGAGCTTTGGGTGCTCTTTTGCTGTTGTAGTAGGGTTATGAA-GGTT  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TTGAGAGCTTTGGGTGCTCTTTTGCTGTTGTAGTAGGGTTATGAAGGGTT  800

seq1  AAACTTCTCTAACATT-AAAGATTATGCC-TTGTGAT-CCTTAATAAA-T  844
      |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||| |
seq2  AAACTTCTCTAACATTAAAAGATTATGCCTTTGTGATCCCTTAATAAATT  850

seq1  TTAC-TTCTGATGTACACAGTTAGCTGG-CTGAGCA-TTTTAAGTACACA  891
      |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||
seq2  TTACTTTCTGATGTACACAGTTAGCTGGCCTGAGCATTTTTAAGTACACA  900

seq1  AGAG-CCTGCAATGTTAAGGATAATATCTGATTTAG-TTGTTAC-TTTTA  938
      |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||
seq2  AGAGCCCTGCAATGTTAAGGATAATATCTGATTTAGTTTGTTACTTTTTA  950

seq1  ACTTAGACTCAGGGCTTCTTCCTCCCCTTATGAGTAG-ATGG--CCAAAT  985
      ||||||||||| |  | ||||||||| |  ||||||| ||||  | ||||
seq2  ACTTAGACTCAAGCTTCCTTCCTCCCTTATTGAGTAGAATGGGCCAAAAT  1000

seq1  TA-CTGC-TAGA-TCTGAAATCAACTAAAACA-CAAAG--ACATGGGGC-  1028
      || |||| |||| ||||||||||||||||||| |||||  || |||||| 
seq2  TACCTGCTTAGATTCTGAAATCAACTAAAACACCAAAGTAACTTGGGGCA  1050

seq1  ACTTAAAGTCTC-TCTATTTTTTTCCCAATTTTCTTTATTAGA-TATTT  1075
      |||||| ||||| ||||||||||  ||||||| |||||| ||| |||||
seq2  ACTTAAGGTCTCTTCTATTTTTT--CCAATTTGCTTTATAAGATTATTT  1097


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |