BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250B10
Chromosome2 (Build37)
Map Location 24,815,954 - 24,952,158
singlet/doubletdoublet
Overlap geneWdr85, Mrpl41, Pnpla7, Nelf, Entpd8, Noxa1
Upstream geneHnmt, Tbpl2, Il1f8, LOC215253, Il1f9, Il1f6, LOC620156, Il1f5, Il1f10, Il1rn, Psd4, Pax8, LOC433410, LOC664938, Cacna1b, Ehmt1, Arrdc1, Zmynd19
Downstream geneNrarp, A830007P12Rik, A730008L03Rik, 4933433C11Rik, BC061039, Tubb2c, Slc34a3, Gm757, 2310002J15Rik, Rnf208, LOC100039232, Ndor1, C730025P13Rik, C430004E15Rik, Ssna1, Anapc2, 4930571C24Rik, BC004853, Grin1, Man1b1, Dpp7, Uap1l1, 2010317E24Rik, Entpd2, Npdc1, Fut7, Abca2, Clic3, BC029214, Ptgds, EG665070, Lcn12, C8g, Fbxw5, Traf2, Edf1, Mamdc4, Phpt1, Gm996, LOC100039887, B230208H17Rik, 4921530D09Rik, Tmem141, Fcna, Lcn8, Lcn5, LOC620709, Lcn10, Lcn13, Bmyc, LOC383678, Lcn3, Lcn11, LOC620858, Glt6d1, Lcn9, Sohlh1, Kcnt1, Camsap1, LOC100040100, LOC665199, Ubadc1, Btbd14a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250B10.bB6Ng01-250B10.g
ACCGA057731GA057732
length1,1441,131
definitionB6Ng01-250B10.b B6Ng01-250B10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(24,951,007 - 24,952,158)(24,815,954 - 24,817,093)
sequence
gaattctgacctatggaaaagaaaatgggcagatggggctgggaaggcag
ggatagagtttaggctgggcttccaggaaggggcagtgagtagcaagagg
gagaggagccaaacaagggaaagtgaccagcctgcacggagacaatacaa
gatctgggtattggggcagaatggctgcactaggacttaaagaagtcagg
ttagcaacatccacgtactccaggcagcagtttagggaaactcagcccat
agagaaatgccaagggacacagcccctgggaactcaggatgacaagcact
gctgagcaccaactgtttgctgacactatgagatctcattcagctctcag
aaaagccttcgtaggacagaattgattgctgccattgttacacgtatgga
ggaatgaaaagttagctgtcctgcgtcacacaggaaggagaatcagctgt
gactctgagtacaggggatcaacaaccaggcaaggaagggtaatgagccc
acgatacagctgagcctagctacttggattgggtgttgtggtgttatttc
atgtgtcaaccctgccaagccatggtgccccaaatgtcagggagaaaact
tcagtagagattaatgttggtatcagcagtttggggaaggcacatgactc
ccatactgtggatgggccttattcgagcaagattatgaaggtggacatca
acttctgggtgtcctgcagagtctacattgggctgccccacctgtctata
caagacacaatccctgtccaaccgctagtttttctggatagctgtgatcc
acctggagagcagtgtagaaagactcagtcccaatggccacactcgcaag
ggagagtagcagccaggccagcgcccactagtggagaaagccctcgcggg
ctgccccaccaccgaccgatacacctgactccgaggccccaatccggctt
ctaaggcctagccacatggcatccagtccggcccattcttgttgctccag
agtctccaagcccacccggtcacttctgagagcgggtctggagtcgagcc
tctaccagcctttagatgttctcttagccgcccactgcctgacacgctga
acctctgacagcagctctgccatgcacgttcatactgaaccccg
gaattcaccatggctggaatcttacctatctcagggtatggcctctcttg
ttcaagctttctacctgactgctgacctcggcagctctctggcctggttg
gtctgcaggtgcctgttaaacctttccctattgcagcatatctatcacag
tcttgattttctgtgagttaaacgctgtctggctcagcacagccctttgg
tagccttagacttgtaagttcagcttctatggctgtttttgcatttatgc
tacacagtggcttagaagggaagacagctgaaactcaagatggcaccatt
ccttgagtgtttaagcttggagtgttgctatgatagacctgcatcaagaa
acttcctcctttcagttctgaaggttatggctttttagttgggatcccta
ctcagaccccatgttgaacatcaatctgatcattgggaaggggagagata
tgtatatattgtaaagtattgctacaggcagcagctgactcatgccttca
atgtctccacttggataaactacttttaagaggccagaacggttgttgta
aagggtcaagtttcttgggatgaaccatttagactacaaacttgtagtga
tacttgcttgtatctgaatgaccagtgtagcacttgatcctgtcgtcccc
tcaccagcagagggtgctttactgccagctctgcatcagaaaattccacc
tagagactgaccgcacagggatggacagctgacctccaggcattgctggt
aaaggttctggtataccctgggcttgcctgtgggttttccccatcaaatc
tgcacatgctagcacagctgctgctgtgcagtgagatgggctccatcagg
ccaatctgttgatgcttactccccatatctgttaccatcccattctcctt
ctgattatccctgcctcttgttctttgtagctgttctatgaatgtctggt
ggttcaacgatgggacccttagtctaaatagtatgttgggctacttgggc
cttgaacagctactgctggaggattggggttttttcagaagtctagtgcc
accgctgcttcagcttgcactgactgcaagctaggcctaatattagcata
ttctgccttcagttccaggctttgataccca
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_24951007_24952158
seq2: B6Ng01-250B10.b_49_1192 (reverse)

seq1  CGGGG-TCAGTATGGACGGTGCATTGCAGAGCTGCTTGCTCAGAGG-TCA  48
      ||||| |||||||| || |||||| |||||||||||   ||||||| |||
seq2  CGGGGTTCAGTATGAAC-GTGCATGGCAGAGCTGCT--GTCAGAGGTTCA  47

seq1  GCGTGGTCAGGCAAGTGGGCGGCCTAAAGGAGAAACAATCTAAAGGCTGG  98
      |||| ||||||| ||||||||| ||||  |||||   |||||||||||||
seq2  GCGT-GTCAGGC-AGTGGGCGG-CTAA--GAGAA--CATCTAAAGGCTGG  90

seq1  TAGA-GCTCGACCTCCAGACCCGCCTCTTCAGAAGTGACCGGGTGGGCTT  147
      |||| |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGGCTCGA-CTCCAGACCCG-CTC-TCAGAAGTGACCGGGTGGGCTT  137

seq1  GGAGACTCTGGAGCAACAAG-ATGGGCCGGACTGGATGCCATGTGGCTAG  196
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGACTCTGGAGCAACAAGAATGGGCCGGACTGGATGCCATGTGGCTAG  187

seq1  GCCTTAGAAGCCGGATTGGGGCCTCGGAGTCAGGTGTATCGGTCGGTGGT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTAGAAGCCGGATTGGGGCCTCGGAGTCAGGTGTATCGGTCGGTGGT  237

seq1  GGGGCAGCCCGCGAGGGCTTTCTCCACTAGTGGGCGCTGGCCTGGCTGCT  296
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGCAGCCCGCGAGGGCTTTCTCCACTAGTGGGCGCTGGCCTGGCTGCT  287

seq1  ACTCTCCCTTGCGAGTGTGGCCATTGGGACTGAGTC-TTCTACACTGCTC  345
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ACTCTCCCTTGCGAGTGTGGCCATTGGGACTGAGTCTTTCTACACTGCTC  337

seq1  TCCAGGTGGATCACAGCTATCCAGAAAAACTAGCGGTTGGACAGGGATTG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGTGGATCACAGCTATCCAGAAAAACTAGCGGTTGGACAGGGATTG  387

seq1  TGTCTTGTATAGACAGGTGGGGCAGCCCAATGTAGACTCTGCAGGACACC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTTGTATAGACAGGTGGGGCAGCCCAATGTAGACTCTGCAGGACACC  437

seq1  CAGAAGTTGATGTCCACCTTCATAATCTTGCTCGAATAAGGCCCATCCAC  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGTTGATGTCCACCTTCATAATCTTGCTCGAATAAGGCCCATCCAC  487

seq1  AGTATGGGAGTCATGTGCCTTCCCCAAACTGCTGATACCAACATTAATCT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGGGAGTCATGTGCCTTCCCCAAACTGCTGATACCAACATTAATCT  537

seq1  CTACTGAAGTTTTCTCCCTGACATTTGGGGCACCATGGCTTGGCAGGGTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACTGAAGTTTTCTCCCTGACATTTGGGGCACCATGGCTTGGCAGGGTT  587

seq1  GACACATGAAATAACACCACAACACCCAATCCAAGTAGCTAGGCTCAGCT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACATGAAATAACACCACAACACCCAATCCAAGTAGCTAGGCTCAGCT  637

seq1  GTATCGTGGGCTCATTACCCTTCCTTGCCTGGTTGTTGATCCCCTGTACT  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCGTGGGCTCATTACCCTTCCTTGCCTGGTTGTTGATCCCCTGTACT  687

seq1  CAGAGTCACAGCTGATTCTCCTTCCTGTGTGACGCAGGACAGCTAACTTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTCACAGCTGATTCTCCTTCCTGTGTGACGCAGGACAGCTAACTTT  737

seq1  TCATTCCTCCATACGTGTAACAATGGCAGCAATCAATTCTGTCCTACGAA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTCCTCCATACGTGTAACAATGGCAGCAATCAATTCTGTCCTACGAA  787

seq1  GGCTTTTCTGAGAGCTGAATGAGATCTCATAGTGTCAGCAAACAGTTGGT  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTTTCTGAGAGCTGAATGAGATCTCATAGTGTCAGCAAACAGTTGGT  837

seq1  GCTCAGCAGTGCTTGTCATCCTGAGTTCCCAGGGGCTGTGTCCCTTGGCA  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTCAGCAGTGCTTGTCATCCTGAGTTCCCAGGGGCTGTGTCCCTTGGCA  887

seq1  TTTCTCTATGGGCTGAGTTTCCCTAAACTGCTGCCTGGAGTACGTGGATG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTATGGGCTGAGTTTCCCTAAACTGCTGCCTGGAGTACGTGGATG  937

seq1  TTGCTAACCTGACTTCTTTAAGTCCTAGTGCAGCCATTCTGCCCCAATAC  995
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTAACCTGACTTCTTTAAGTCCTAGTGCAGCCATTCTGCCCCAATAC  987

seq1  CCAGATCTTGTATTGTCTCCGTGCAGGCTGGTCACTTTCCCTTGTTTGGC  1045
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGATCTTGTATTGTCTCCGTGCAGGCTGGTCACTTTCCCTTGTTTGGC  1037

seq1  TCCTCTCCCTCTTGCTACTCACTGCCCCTTCCTGGAAGCCCAGCCTAAAC  1095
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCTCCCTCTTGCTACTCACTGCCCCTTCCTGGAAGCCCAGCCTAAAC  1087

seq1  TCTATCCCTGCCTTCCCAGCCCCATCTGCCCATTTTCTTTTCCATAGGTC  1145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCCCTGCCTTCCCAGCCCCATCTGCCCATTTTCTTTTCCATAGGTC  1137

seq1  AGAATTC  1152
      |||||||
seq2  AGAATTC  1144

seq1: chr2_24815954_24817093
seq2: B6Ng01-250B10.g_68_1198

seq1  GAATTCACCATGGCTGGAATCTTACCTATCTCAGGGTATGGCCTCTCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCATGGCTGGAATCTTACCTATCTCAGGGTATGGCCTCTCTTG  50

seq1  TTCAAGCTTTCTACCTGACTGCTGACCTCGGCAGCTCTCTGGCCTGGTTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAAGCTTTCTACCTGACTGCTGACCTCGGCAGCTCTCTGGCCTGGTTG  100

seq1  GTCTGCAGGTGCCTGTTAAACCTTTCCCTATTGCAGCATATCTATCACAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGCAGGTGCCTGTTAAACCTTTCCCTATTGCAGCATATCTATCACAG  150

seq1  TCTTGATTTTCTGTGAGTTAAACGCTGTCTGGCTCAGCACAGCCCTTTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGATTTTCTGTGAGTTAAACGCTGTCTGGCTCAGCACAGCCCTTTGG  200

seq1  TAGCCTTAGACTTGTAAGTTCAGCTTCTATGGCTGTTTTTGCATTTATGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGCCTTAGACTTGTAAGTTCAGCTTCTATGGCTGTTTTTGCATTTATGC  250

seq1  TACACAGTGGCTTAGAAGGGAAGACAGCTGAAACTCAAGATGGCACCATT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACAGTGGCTTAGAAGGGAAGACAGCTGAAACTCAAGATGGCACCATT  300

seq1  CCTTGAGTGTTTAAGCTTGGAGTGTTGCTATGATAGACCTGCATCAAGAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGAGTGTTTAAGCTTGGAGTGTTGCTATGATAGACCTGCATCAAGAA  350

seq1  ACTTCCTCCTTTCAGTTCTGAAGGTTATGGCTTTTTAGTTGGGATCCCTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTCCTCCTTTCAGTTCTGAAGGTTATGGCTTTTTAGTTGGGATCCCTA  400

seq1  CTCAGACCCCATGTTGAACATCAATCTGATCATTGGGAAGGGGAGAGATA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAGACCCCATGTTGAACATCAATCTGATCATTGGGAAGGGGAGAGATA  450

seq1  TGTATATATTGTAAAGTATTGCTACAGGCAGCAGCTGACTCATGCCTTCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATATATTGTAAAGTATTGCTACAGGCAGCAGCTGACTCATGCCTTCA  500

seq1  ATGTCTCCACTTGGATAAACTACTTTTAAGAGGCCAGAACGGTTGTTGTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCTCCACTTGGATAAACTACTTTTAAGAGGCCAGAACGGTTGTTGTA  550

seq1  AAGGGTCAAGTTTCTTGGGATGAACCATTTAGACTACAAACTTGTAGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGGTCAAGTTTCTTGGGATGAACCATTTAGACTACAAACTTGTAGTGA  600

seq1  TACTTGCTTGTATCTGAATGACCAGTGTAGCACTTGATCCTGTCGTCCCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTTGCTTGTATCTGAATGACCAGTGTAGCACTTGATCCTGTCGTCCCC  650

seq1  TCACCAGCAGAGGGTGCTTTACTGCCAGCTCTGCATCAGAAAATTCCACC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAGCAGAGGGTGCTTTACTGCCAGCTCTGCATCAGAAAATTCCACC  700

seq1  TAGAGACTGACCGCACAGGGATGGACAGCTGACCTCCAGGCATTGCTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGAGACTGACCGCACAGGGATGGACAGCTGACCTCCAGGCATTGCTGGT  750

seq1  AAAGGTTCTGGTATACCCTGGGCTTGCCTGTGGGTTTTCCCCATCAAATC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGGTTCTGGTATACCCTGGGCTTGCCTGTGGGTTTTCCCCATCAAATC  800

seq1  TGCACATGCTAGCACAGCTGCTGCTGTGCAGTGAGATGGGCTCCATCAGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACATGCTAGCACAGCTGCTGCTGTGCAGTGAGATGGGCTCCATCAGG  850

seq1  CCAATCTGTTGATGCTTACTCCCCATATCTGTTACCATCCCATTCTCCCT  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  CCAATCTGTTGATGCTTACTCCCCATATCTGTTACCATCCCATTCT-CCT  899

seq1  TCTGATTATCCCTGCCTCTTGTTCTTTGTAGCTGTTCTATGAATGTTCTG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  TCTGATTATCCCTGCCTCTTGTTCTTTGTAGCTGTTCTATGAATG-TCTG  948

seq1  GTGGTTCAACGATGGGACCCTTAGTCTTAAAATAGTATGTTGGGCTACTT  1000
      |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||
seq2  GTGGTTCAACGATGGGACCCTTAGTCT--AAATAGTATGTTGGGCTACTT  996

seq1  GGCCTTGGAACAAGCTACTGCTGGAGGGATTGGGGTTTTTTCAGAATTCC  1050
      || | | |||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || 
seq2  GGGCCTTGAAC-AGCTACTGCTGGA-GGATTGGGGTTTTTTCAGAAGTC-  1043

seq1  TTAGGTGCCACCGCTGCTTCAGCTGCCAACTGGCCTGCAAGCTAGGC--T  1098
       || ||||||||||||||||||||  | ||| | |||||||||||||   
seq2  -TA-GTGCCACCGCTGCTTCAGCTTGC-ACT-GACTGCAAGCTAGGCCTA  1089

seq1  ATATAGCCATATTCCTGCTTCAGTTCCAGGGCTGGATACCCA  1140
      ||||   |||||||   |||||||||||||  | ||||||||
seq2  ATATTAGCATATTCTGCCTTCAGTTCCAGGCTTTGATACCCA  1131