BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250D15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 31,034,640 - 31,227,150
singlet/doubletdoublet
Overlap geneGpr107, Freq, LOC622345, LOC670182
Upstream geneCcbl1, 1700084E18Rik, Lrrc8a, Phyhd1, Dolk, Nup188, Sh3glb2, 5730472N09Rik, Dolpp1, Crat, Ppp2r4, Ier5l, Cstad, EG665645, 1700001O22Rik, 2610205E22Rik, Asb6, Prrx2, Ptges, Ppia-ps2_387.1, Tor1b, Tor1a, BC005624, Usp20, Fnbp1
Downstream geneLOC665700, BC034076, Ass1, Fubp3, LOC100041465, Prdm12, Exosc2, Abl1, BC094274, Fibcd1, Lamc3, 2810003C17Rik, Nup214, A130092J06Rik, LOC100040058, Ppapdc3, 5830434P21Rik, Pomt1, Uck1, LOC622534, 2900010J23Rik, Golga2, Dnm1, Ciz1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250D15.bB6Ng01-250D15.g
ACCGA057833GA057834
length1,126894
definitionB6Ng01-250D15.b B6Ng01-250D15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(31,034,640 - 31,035,771)(31,226,262 - 31,227,150)
sequence
gaattctgtctccttgcccagaaatcttagaacaaaatagtgtaagacat
ttttacattaaaaggcctctagacttgggatatgcaaaaccatgttaccc
aagactcacatgataatcaagtgccccagacacctctccctggagcaccg
gggcagaagctgaagccctgggtgtcttgattgcattttaatggacactc
aagagtcttggatatgggtccttttaaaaggatgttccatgctgtcagga
tcatttagtgggtaaaagcccttgctacctagcctgatgacctgagttca
gtgccctggttccacatgatagaggagaaaactgacctgactccggcaag
ttgtcctctggcctgcactgtgcaccacgcacgactctgtcccaggcaca
ccttgcctgtgacctccagttgcccctcttcaccatgcctgttcctcagc
tgcagccctggagcaatggtaattgcccttcttcctgccgagcctctcac
gtctgtctttgcaccaggatgctgtgcagtgagtactcgtggacctgctc
gcttgcccacactcccaggtgtttcctttgcttttactcagcagtggcag
tgtcactgcctcggctcccttttctaagatggtggttaagagggctgatc
tattttgtgccagtcatgtttttaactgtgagtggatgtgtacatatcca
aaaagatgcaaattaaggcatcccatgtaacagccagtgaatgctggtag
actggaagtatgtattttacatgtaggaggtgtttaagacgcttgctagg
gctgagaagaatgagacatctttgtcacataaatgtactgaggcccagag
agtggaagtgagagatagacacttacctgactgagctggggctggaggcc
agggcttccttgctggtgcttgtctctcctctcagtttatatgctgtgca
cccagagtggagcaagcagtgctggatgcaagggtgagaggcagtgcttg
cagttggctgcttttcaaggggaggtggagctgtgcacttcagagatgaa
ggtcatcaggccaaatcatcaagctgggtcgtcgtgactttccgagcttt
catgtccagcatggggtgttaattga
gaattcagagatccgcggctgtgaggtttggaaggattcaggaagcagat
gttctgagggacccgtgggggtggtgggggtgagagccaactgctggaga
ccttctcggtctgagccgtctcaaagactttgccaggactgatgtcacac
agcctgtgctgcggtgcctctatcccactccaggtcaaggactccaggaa
tttagagactcacttactggctggaagtagcaatggacagcttctcttga
ggcagaattctgtgctactaaaagccccttgcagggtccccagtaaagag
aaggaggacaagccaccagacacctgctgtacacagtggctgtggaggcc
acttgtgtattggtcaagatgtatctcccaccctcgctctggtttttctt
actccagtgactctgagggtctcactccagcccaggaaccctcagcatct
tggtatagctcagaaagcaaaaatcattaggcaaacaagaagcaagatga
cctacgggacctgggacgcagaagctcagatctgcaaggtgtgtgctggg
tcatgagccacatttgcagaagctcttgaggcttccccgagtcttaaggt
catatgcacctgcttaggtcacaacaaccttgacaccattttctctccga
cccaagcttggccccacatgctaggactgggtacctgttggtgacaaggc
agtagagggttggcatccttggtccaggtgagcagtggagttggggagcc
ttgggcctcacagtccagggtcaccttcttcaccagccttgactgtcact
ctcagagggacatccacagcctgggagccattcatctttgatcatggtgc
tttggctgttgggagaagttaacacagcaggagcaaaagcaagc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_31034640_31035771
seq2: B6Ng01-250D15.b_48_1173

seq1  GAATTCTGTCTCCTTGCCCAGAAATCTTAGAACAAAATAGTGTAAGACAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTCTCCTTGCCCAGAAATCTTAGAACAAAATAGTGTAAGACAT  50

seq1  TTTTACATTAAAAGGCCTCTAGACTTGGGATATGCAAAACCATGTTACCC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTACATTAAAAGGCCTCTAGACTTGGGATATGCAAAACCATGTTACCC  100

seq1  AAGACTCACATGATAATCAAGTGCCCCAGACACCTCTCCCTGGAGCACCG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACTCACATGATAATCAAGTGCCCCAGACACCTCTCCCTGGAGCACCG  150

seq1  GGGCAGAAGCTGAAGCCCTGGGTGTCTTGATTGCATTTTAATGGACACTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCAGAAGCTGAAGCCCTGGGTGTCTTGATTGCATTTTAATGGACACTC  200

seq1  AAGAGTCTTGGATATGGGTCCTTTTAAAAGGATGTTCCATGCTGTCAGGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTCTTGGATATGGGTCCTTTTAAAAGGATGTTCCATGCTGTCAGGA  250

seq1  TCATTTAGTGGGTAAAAGCCCTTGCTACCTAGCCTGATGACCTGAGTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTAGTGGGTAAAAGCCCTTGCTACCTAGCCTGATGACCTGAGTTCA  300

seq1  GTGCCCTGGTTCCACATGATAGAGGAGAAAACTGACCTGACTCCGGCAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCCCTGGTTCCACATGATAGAGGAGAAAACTGACCTGACTCCGGCAAG  350

seq1  TTGTCCTCTGGCCTGCACTGTGCACCACGCACGACTCTGTCCCAGGCACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCTCTGGCCTGCACTGTGCACCACGCACGACTCTGTCCCAGGCACA  400

seq1  CCTTGCCTGTGACCTCCAGTTGCCCCTCTTCACCATGCCTGTTCCTCAGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTGCCTGTGACCTCCAGTTGCCCCTCTTCACCATGCCTGTTCCTCAGC  450

seq1  TGCAGCCCTGGAGCAATGGTAATTGCCCTTCTTCCTGCCGAGCCTCTCAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAGCCCTGGAGCAATGGTAATTGCCCTTCTTCCTGCCGAGCCTCTCAC  500

seq1  GTCTGTCTTTGCACCAGGATGCTGTGCAGTGAGTACTCGTGGACCTGCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTGTCTTTGCACCAGGATGCTGTGCAGTGAGTACTCGTGGACCTGCTC  550

seq1  GCTTGCCCACACTCCCAGGTGTTTCCTTTGCTTTTACTCAGCAGTGGCAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCCCACACTCCCAGGTGTTTCCTTTGCTTTTACTCAGCAGTGGCAG  600

seq1  TGTCACTGCCTCGGCTCCCTTTTCTAAGATGGTGGTTAAGAGGGCTGATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACTGCCTCGGCTCCCTTTTCTAAGATGGTGGTTAAGAGGGCTGATC  650

seq1  TATTTTGTGCCAGTCATGTTTTTAACTGTGAGTGGATGTGTACATATCCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTGTGCCAGTCATGTTTTTAACTGTGAGTGGATGTGTACATATCCA  700

seq1  AAAAGATGCAAATTAAGGCATCCCATGTAACAGCCAGTGAATGCTGGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGATGCAAATTAAGGCATCCCATGTAACAGCCAGTGAATGCTGGTAG  750

seq1  ACTGGAAGTATGTATTTTACATGTAGGAGGTGTTTAAGACGCTTGCTAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGAAGTATGTATTTTACATGTAGGAGGTGTTTAAGACGCTTGCTAGG  800

seq1  GCTGAGAAGAATGAGACATCTTTGTCACATAAATGTACTGAGGCCCAGAG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGAGAAGAATGAGACATCTTTGTCACATAAATGTACTGAGGCCCAGAG  850

seq1  AGTGGAAGTGAGAGATAGACACTTACCTGACTGAGCTGGGGCTGGAGGCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGAAGTGAGAGATAGACACTTACCTGACTGAGCTGGGGCTGGAGGCC  900

seq1  AGGGCTTCC-TGCTGGTGCTTGTCTCTCCTCTCAGGTTTATATGCTGTGC  949
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  AGGGCTTCCTTGCTGGTGCTTGTCTCTCCTCTCA-GTTTATATGCTGTGC  949

seq1  ACCCAGAGTGGGAGCAAGCAGTGCTGGATGC-AGGGTGAGAGGCAGTGCT  998
      ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  ACCCAGAGT-GGAGCAAGCAGTGCTGGATGCAAGGGTGAGAGGCAGTGCT  998

seq1  TGCAGGTTGGCTGCTTTTC-AGGGGAGGTGGAGCTGTGCCACTTCAGAGA  1047
      |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  TGCA-GTTGGCTGCTTTTCAAGGGGAGGTGGAGCTGTG-CACTTCAGAGA  1046

seq1  TGAAGGTCATCAGGGCCAAATCAATCAAGGCTGGGTCGTCGTGAC-TTCC  1096
      |||||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||||
seq2  TGAAGGTCATCA-GGCCAAATC-ATCAA-GCTGGGTCGTCGTGACTTTCC  1093

seq1  GAGCCTTTCATTGTCCCAGCATGGGTGTTTAATTGA  1132
      ||| |||||| ||| ||||||||||   ||||||||
seq2  GAG-CTTTCA-TGT-CCAGCATGGGGTGTTAATTGA  1126

seq1: chr2_31226262_31227150
seq2: B6Ng01-250D15.g_65_958 (reverse)

seq1  GCTTGCTTTTGCTCCTGCTGTGTTAACTTCTCCCAACAGCC-AAGC-CCA  48
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
seq2  GCTTGCTTTTGCTCCTGCTGTGTTAACTTCTCCCAACAGCCAAAGCACCA  50

seq1  TGATC-AAGATGAATGGCTCCCAGGCTGTGGATGTCCCTCTGAGAGTGAC  97
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAAAGATGAATGGCTCCCAGGCTGTGGATGTCCCTCTGAGAGTGAC  100

seq1  AGTCAAGGCTGGTGAAG-AGGTGACCCTGGACTGTGAGGCCCAAGGCTCC  146
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAAGGCTGGTGAAGAAGGTGACCCTGGACTGTGAGGCCCAAGGCTCC  150

seq1  CCAACTCCACTGCTCACCTGGACCAAGGATGCCAACCCTCTACTGCC-TG  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CCAACTCCACTGCTCACCTGGACCAAGGATGCCAACCCTCTACTGCCTTG  200

seq1  TCACCAACAGGTACCCAGTCCTAGCATGTGGGGCCAAGCTTGGGTCGGAG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCAACAGGTACCCAGTCCTAGCATGTGGGGCCAAGCTTGGGTCGGAG  250

seq1  AGAAAATGGTGTCAAGGTTGTTGTGACCTAAGCAGGTGCATATGACCTTA  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAAATGGTGTCAAGGTTGTTGTGACCTAAGCAGGTGCATATGACCTTA  300

seq1  AGACTCGGGGAAGCCTCAAGAGCTTCTGCAAATGTGGCTCATGACCCAGC  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACTCGGGGAAGCCTCAAGAGCTTCTGCAAATGTGGCTCATGACCCAGC  350

seq1  ACACACCTTGCAGATCTGAGCTTCTGCGTCCCAGGTCCCGTAGGTCATCT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACACCTTGCAGATCTGAGCTTCTGCGTCCCAGGTCCCGTAGGTCATCT  400

seq1  TGCTTCTTGTTTGCCTAATGATTTTTGCTTTCTGAGCTATACCAAGATGC  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTCTTGTTTGCCTAATGATTTTTGCTTTCTGAGCTATACCAAGATGC  450

seq1  TGAGGGTTCCTGGGCTGGAGTGAGACCCTCAGAGTCACTGGAGTAAGAAA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGGTTCCTGGGCTGGAGTGAGACCCTCAGAGTCACTGGAGTAAGAAA  500

seq1  AACCAGAGCGAGGGTGGGAGATACATCTTGACCAATACACAAGTGGCCTC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCAGAGCGAGGGTGGGAGATACATCTTGACCAATACACAAGTGGCCTC  550

seq1  CACAGCCACTGTGTACAGCAGGTGTCTGGTGGCTTGTCCTCCTTCTCTTT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGCCACTGTGTACAGCAGGTGTCTGGTGGCTTGTCCTCCTTCTCTTT  600

seq1  ACTGGGGACCCTGCAAGGGGCTTTTAGTAGCACAGAATTCTGCCTCAAGA  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGGGGACCCTGCAAGGGGCTTTTAGTAGCACAGAATTCTGCCTCAAGA  650

seq1  GAAGCTGTCCATTGCTACTTCCAGCCAGTAAGTGAGTCTCTAAATTCCTG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGCTGTCCATTGCTACTTCCAGCCAGTAAGTGAGTCTCTAAATTCCTG  700

seq1  GAGTCCTTGACCTGGAGTGGGATAGAGGCACCGCAGCACAGGCTGTGTGA  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCCTTGACCTGGAGTGGGATAGAGGCACCGCAGCACAGGCTGTGTGA  750

seq1  CATCAGTCCTGGCAAAGTCTTTGAGACGGCTCAGACCGAGAAGGTCTCCA  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCAGTCCTGGCAAAGTCTTTGAGACGGCTCAGACCGAGAAGGTCTCCA  800

seq1  GCAGTTGGCTCTCACCCCCACCACCCCCACGGGTCCCTCAGAACATCTGC  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTTGGCTCTCACCCCCACCACCCCCACGGGTCCCTCAGAACATCTGC  850

seq1  TTCCTGAATCCTTCCAAACCTCACAGCCGCGGATCTCTGAATTC  889
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGAATCCTTCCAAACCTCACAGCCGCGGATCTCTGAATTC  894