BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-250J24
Chromosome2 (Build37)
Map Location 124,940,050 - 125,041,108
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMyef2, LOC100043375, Slc12a1
Upstream gene4930517E11Rik, LOC100043360, Sema6d, LOC100043367, LOC100043369, Slc24a5
Downstream geneDut, A530010F05Rik, LOC100043698, Fbn1, Cep152, Shc4, Eid1, 3110001I20Rik, Cops2, Galk2, Fgf7, Dtwd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-250J24.bB6Ng01-250J24.g
ACCGA058120GA058121
length1,1491,137
definitionB6Ng01-250J24.b B6Ng01-250J24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(124,940,050 - 124,941,192)(125,039,975 - 125,041,108)
sequence
gaattcagtcaacagtaagtgaaggaagaaactgaaggctccaatattct
cttacacggtaataaagatttcaagatatattacgcacaacatacttttt
aaatctaattaaaatagcaaataaatatgaattttcaatgttcttttgtt
atgtatatcatttgcctgcatgtatggctatacgcagtgtgtgagtctgg
tgcccacagaggccagaagagggtgttagatctcttggaacttgagttcc
agatggttgtgagctgccatgtggtgctagaattgagcctaagtcctctg
taagagcagccagtgctcttaactgatgagccatctctccagcccccatc
aattttgcttttaataaagttatctattagattaaaactggctgcacaca
atttagaagcatctaactggaagcatgtaaaacaaattaaccatgttaaa
gaaacttacagaatcattttttaaaaataattcctgagattactgttcaa
ggtgccacttgaatatgatgacaaaattatttatatttctcatgtaccca
accattttgtgaatatgatgagacgctgctagagatctttccgttataat
cttcggtatactcatgctgctaaatcagaatctatcatcagccttccagg
tcaacttagtcatagacatcattcataccaattggtcagagcactgcctc
ttacatggtcctgcaggctaacaaattaagcttttcaataaaagtttcaa
aattatattctaaattaacacctttaaagccacaggcctctcatgaaact
cttagggggatgttatcaattcggtgactttttaaaatatccctgaagtc
atcaaaatacaacaaagagcatattaaagttttattagctaagaaaaagc
atacctttaagcattagaaaatgaatgccctttaggagcattttacaaaa
cccatccctttcaggtagctagtttgggttggcatatgtcagaccttgct
cagaataaaacctcaaaatcttaagtaaaaccaaaatgaactttaagttt
tccaagtctgtaagagaatatacaaaggtaatctgctgaagaacttttac
accctcgagcagatatggcccagcactaccctttgaatttccttccgca
gaattcactatgtagaccaggctggccttgaactcacagagatcttcctg
cctttgcctcccgagtgctgggattaaaggtgtgtgccactgtttaggga
gggagatgacgttttaaagtgcttgagaaggagctggggagatggctcag
tgtttgagtgctgctcttctgaaggacagatgttcagagcccaggagcca
tgcacccatgtcagatagcttataaacccctgacacaccagctccaggtc
atctagtgtcctcttctgatacttatacagactcaagcacaaacacatac
atttaaaaacaaatgatttttttttaaacttggtgcaaaaaataaggctt
tgcacaatgtgtgggatacaaattgtgtttgtatttcctgtcacccttat
gttaccaaggtgaaatttcaaccttgggctacatgcaccagcataaggca
acagaattggattattcacaggtcagaaagtggtcttctaatgctgctgt
caccctagaccaggagccagcagtgcttcagtttgggtcttgcccctgat
agtgaaccagtgtgtaccggtctctggtgttctatgtgcattctgacttt
cgaccagcagaggtcactgtggacctgattaaaatcaaacttactctcca
ttgagaaagaaggtgattttcaaaagtaaatggataaacaagtctcctgt
ttctacaacttaaacaaattctctcatttttgatcctctgtcctcgggat
gtcttccagacatgcagagataagcttaccactaaactaaaactacaggc
agtaatccgtgtaagcagagcaccaagtctctcattatggttagtgacag
ggatgtttctagctgtatttcctttgccttgtatactagctaactatatg
cccctgacacatctgcaaggtaaggattgcatattttgtaaggaagatac
attgatgggcattgctggttctaaattttctatttttccatctcagcaga
cattctgaggcagccagtcttgttcttaagcactagctaacttttttttt
taatatttttaatagtaaggaggccataacaggtgcttcatgaatgccac
ttctggaaggtgatgtttcgtgcctgcccattctcag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_124940050_124941192
seq2: B6Ng01-250J24.b_49_1197

seq1  GAATTCAGTCAACAGTAAGTGAAGGAAGAAACTGAAGGCTCCAATATTCT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGTCAACAGTAAGTGAAGGAAGAAACTGAAGGCTCCAATATTCT  50

seq1  CTTACACGGTAATAAAGATTTCAAGATATATTACGCACAACATACTTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACACGGTAATAAAGATTTCAAGATATATTACGCACAACATACTTTTT  100

seq1  AAATCTAATTAAAATAGCAAATAAATATGAATTTTCAATGTTCTTTTGTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTAATTAAAATAGCAAATAAATATGAATTTTCAATGTTCTTTTGTT  150

seq1  ATGTATATCATTTGCCTGCATGTATGGCTATACGCAGTGTGTGAGTCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTATATCATTTGCCTGCATGTATGGCTATACGCAGTGTGTGAGTCTGG  200

seq1  TGCCCACAGAGGCCAGAAGAGGGTGTTAGATCTCTTGGAACTTGAGTTCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCACAGAGGCCAGAAGAGGGTGTTAGATCTCTTGGAACTTGAGTTCC  250

seq1  AGATGGTTGTGAGCTGCCATGTGGTGCTAGAATTGAGCCTAAGTCCTCTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGTTGTGAGCTGCCATGTGGTGCTAGAATTGAGCCTAAGTCCTCTG  300

seq1  TAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAACTGATGAGCCATCTCTCCAGCCCCCATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAGCAGCCAGTGCTCTTAACTGATGAGCCATCTCTCCAGCCCCCATC  350

seq1  AATTTTGCTTTTAATAAAGTTATCTATTAGATTAAAACTGGCTGCACACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTGCTTTTAATAAAGTTATCTATTAGATTAAAACTGGCTGCACACA  400

seq1  ATTTAGAAGCATCTAACTGGAAGCATGTAAAACAAATTAACCATGTTAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGAAGCATCTAACTGGAAGCATGTAAAACAAATTAACCATGTTAAA  450

seq1  GAAACTTACAGAATCATTTTTTAAAAATAATTCCTGAGATTACTGTTCAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAACTTACAGAATCATTTTTTAAAAATAATTCCTGAGATTACTGTTCAA  500

seq1  GGTGCCACTTGAATATGATGACAAAATTATTTATATTTCTCATGTACCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGCCACTTGAATATGATGACAAAATTATTTATATTTCTCATGTACCCA  550

seq1  ACCATTTTGTGAATATGATGAGACGCTGCTAGAGATCTTTCCGTTATAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATTTTGTGAATATGATGAGACGCTGCTAGAGATCTTTCCGTTATAAT  600

seq1  CTTCGGTATACTCATGCTGCTAAATCAGAATCTATCATCAGCCTTCCAGG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCGGTATACTCATGCTGCTAAATCAGAATCTATCATCAGCCTTCCAGG  650

seq1  TCAACTTAGTCATAGACATCATTCATACCAATTGGTCAGAGCACTGCCTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAACTTAGTCATAGACATCATTCATACCAATTGGTCAGAGCACTGCCTC  700

seq1  TTACATGGTCCTGCAGGCTAACAAATTAAGCTTTTCAATAAAAGTTTCAA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACATGGTCCTGCAGGCTAACAAATTAAGCTTTTCAATAAAAGTTTCAA  750

seq1  AATTATATTCTAAATTAACACCTTT-AAGCCACAGGCCTCTCATGAAACT  799
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATATTCTAAATTAACACCTTTAAAGCCACAGGCCTCTCATGAAACT  800

seq1  CTTA-GGGGATGTTATCAATTCGGTGAC-TTTTAAAATATCCCTGAAGTC  847
      |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGGGGGATGTTATCAATTCGGTGACTTTTTAAAATATCCCTGAAGTC  850

seq1  ATCAAAATACAACAAAGAGCATATTAAAGTTTTATTAGCTAAGAAAAAGC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAAAATACAACAAAGAGCATATTAAAGTTTTATTAGCTAAGAAAAAGC  900

seq1  ATACCTTAAAGCATTAGAAAATGAATGCCCTTTAGGAGCA-TTTACAAAA  946
      ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATACCTTTAAGCATTAGAAAATGAATGCCCTTTAGGAGCATTTTACAAAA  950

seq1  CCCATCCCTTTCAGGTAGCTAGTTT-GGTTGGCATATGTCAGA-CTTGCT  994
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||
seq2  CCCATCCCTTTCAGGTAGCTAGTTTGGGTTGGCATATGTCAGACCTTGCT  1000

seq1  CAG-ATAAAACCTC-AAATCTTAAAGTAAAA-CAAAATGAAACTTAAG-T  1040
      ||| |||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||  ||||| |
seq2  CAGAATAAAACCTCAAAATCTT-AAGTAAAACCAAAATGAACTTTAAGTT  1049

seq1  TTCCAAGTCTGGTAGAGAATTATACAAAAGTAAACTGCTGAGGAACTTTT  1090
      |||||||||||  |||||| |||||||| |||| ||||||| ||||||||
seq2  TTCCAAGTCTGTAAGAGAA-TATACAAAGGTAATCTGCTGAAGAACTTTT  1098

seq1  ACA-CCTCGAGCAGATTATGGCCCACAGCACTTACCCTTGATTTTCCTTC  1139
      ||| ||||||||||| |||||||  |||||||  || |||| ||||||||
seq2  ACACCCTCGAGCAGA-TATGGCC--CAGCACTACCCTTTGAATTTCCTTC  1145

seq1  CGCA  1143
      ||||
seq2  CGCA  1149

seq1: chr2_125039975_125041108
seq2: B6Ng01-250J24.g_66_1202 (reverse)

seq1  CTGAGTATGGGCAGGCACCAAAACATCA-CTTCCAGGAAAGTGGCA-TCA  48
      ||||| ||||||||||| | |||||||| |||||||  |||||||| |||
seq2  CTGAGAATGGGCAGGCA-CGAAACATCACCTTCCAG--AAGTGGCATTCA  47

seq1  TGAAGCA-CTG-TAT-GCCTCCTTACTATTAAAAAAATATTAAAAAAAAA  95
      ||||||| ||| ||| ||||||||||||||  ||||||||| ||||||||
seq2  TGAAGCACCTGTTATGGCCTCCTTACTATT--AAAAATATT-AAAAAAAA  94

seq1  AAGTTAGCTAGTGCTT-AGA--CAGACTGGCTGCCTCAGAATGTCTGCTG  142
      |||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTAGCTAGTGCTTAAGAACAAGACTGGCTGCCTCAGAATGTCTGCTG  144

seq1  AGATGGAAAAATAGAAAATTTAGAACCAGCAATGCCCATCAATGTATCTT  192
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGGAAAAATAGAAAATTTAGAACCAGCAATGCCCATCAATGTATCTT  194

seq1  CCTTAC-AAATATGCAATCCTTACCTTGCAGATGTGTCAGGGGCATATAG  241
      |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTACAAAATATGCAATCCTTACCTTGCAGATGTGTCAGGGGCATATAG  244

seq1  TTAGCTAGTATACAAGGCAAAGGAAATACAGCTAGAAACATCCCTGTCAC  291
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTAGTATACAAGGCAAAGGAAATACAGCTAGAAACATCCCTGTCAC  294

seq1  TAACCATAATGAGAGACTTGGTGCTCTGCTTACACGGATTACTGCCTGTA  341
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCATAATGAGAGACTTGGTGCTCTGCTTACACGGATTACTGCCTGTA  344

seq1  GTTTTAGTTTAGTGGTAAGCTTATCTCTGCATGTCTGGAAGACATCCCGA  391
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTAGTTTAGTGGTAAGCTTATCTCTGCATGTCTGGAAGACATCCCGA  394

seq1  GGACAGAGGATCAAAAATGAGAGAATTTGTTTAAGTTGTAGAAACAGGAG  441
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGAGGATCAAAAATGAGAGAATTTGTTTAAGTTGTAGAAACAGGAG  444

seq1  ACTTGTTTATCCATTTACTTTTGAAAATCACCTTCTTTCTCAATGGAGAG  491
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTGTTTATCCATTTACTTTTGAAAATCACCTTCTTTCTCAATGGAGAG  494

seq1  TAAGTTTGATTTTAATCAGGTCCACAGTGACCTCTGCTGGTCGAAAGTCA  541
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTTGATTTTAATCAGGTCCACAGTGACCTCTGCTGGTCGAAAGTCA  544

seq1  GAATGCACATAGAACACCAGAGACCGGTACACACTGGTTCACTATCAGGG  591
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCACATAGAACACCAGAGACCGGTACACACTGGTTCACTATCAGGG  594

seq1  GCAAGACCCAAACTGAAGCACTGCTGGCTCCTGGTCTAGGGTGACAGCAG  641
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAGACCCAAACTGAAGCACTGCTGGCTCCTGGTCTAGGGTGACAGCAG  644

seq1  CATTAGAAGACCACTTTCTGACCTGTGAATAATCCAATTCTGTTGCCTTA  691
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTAGAAGACCACTTTCTGACCTGTGAATAATCCAATTCTGTTGCCTTA  694

seq1  TGCTGGTGCATGTAGCCCAAGGTTGAAATTTCACCTTGGTAACATAAGGG  741
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGTGCATGTAGCCCAAGGTTGAAATTTCACCTTGGTAACATAAGGG  744

seq1  TGACAGGAAATACAAACACAATTTGTATCCCACACATTGTGCAAAGCCTT  791
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACAGGAAATACAAACACAATTTGTATCCCACACATTGTGCAAAGCCTT  794

seq1  ATTTTTTGCACCAAGTTTAAAAAAAAATCATTTGTTTTTAAATGTATGTG  841
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTTTGCACCAAGTTTAAAAAAAAATCATTTGTTTTTAAATGTATGTG  844

seq1  TTTGTGCTTGAGTCTGTATAAGTATCAGAAGAGGACACTAGATGACCTGG  891
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTGCTTGAGTCTGTATAAGTATCAGAAGAGGACACTAGATGACCTGG  894

seq1  AGCTGGTGTGTCAGGGGTTTATAAGCTATCTGACATGGGTGCATGGCTCC  941
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGGTGTGTCAGGGGTTTATAAGCTATCTGACATGGGTGCATGGCTCC  944

seq1  TGGGCTCTGAACATCTGTCCTTCAGAAGAGCAGCACTCAAACACTGAGCC  991
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGCTCTGAACATCTGTCCTTCAGAAGAGCAGCACTCAAACACTGAGCC  994

seq1  ATCTCCCCAGCTCCTTCTCAAGCACTTTAAAACGTCATCTCCCTCCCTAA  1041
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCCAGCTCCTTCTCAAGCACTTTAAAACGTCATCTCCCTCCCTAA  1044

seq1  ACAGTGGCACACACCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAAAGGCAGGAAG  1091
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTGGCACACACCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAAAGGCAGGAAG  1094

seq1  ATCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACATAGTGAATTC  1134
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTGTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACATAGTGAATTC  1137