BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-252A22
Chromosome2 (Build37)
Map Location 135,848,773 - 135,961,854
singlet/doubletdoublet
Overlap gene6330527O06Rik, Pak7
Upstream genePlcb1, LOC100043487, LOC100043786, LOC100043788, Plcb4
Downstream geneLOC668910, LOC100043492, BC034902, Ankrd5, Snap25, LOC668911, Mkks, 2210009G21Rik, Jag1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-252A22.bB6Ng01-252A22.g
ACCGA059159GA059160
length776445
definitionB6Ng01-252A22.b B6Ng01-252A22.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(135,848,773 - 135,849,548)(135,961,406 - 135,961,854)
sequence
gaattcctgatctttccaagacttttatcatgaatgggtgttgcatcttg
tcgaatgctttttccgcatctaacgagatgatcatgtggtttttgttttt
gagtttgtttatataatggattacgttgatggatttctgtatattaaacc
atccctgcatccctggaataaaacctacttggtcaggatggatgactgct
ttaatgtgttcttggattcggttagcgagaattttattgagtatttttgc
atctatattcataagggaaattggtctgaagttctctatctttgttggat
ctttctgtggtttaggtatcagagtaattgtggcttcatagaatgagttg
ggtagagttccttctacttcttaaaaaacaaatttctgtaagcacatgaa
ggagtcccaaaaccaaagatttttaagaattgttgagctataatttggct
tgatcaaaggttatgtgaacataaagcttatccaggtgtgcaattaagat
tcatgttcctccacagagcccccaatggaggagctagagaatgtacccaa
ggagctaaaggagtctgcaaccctataggaggaacaacaatatgaactaa
ccagtactccccagtgcttgtgtctctagttgcatatgtagcagaggatg
gcctagtcagccgtcaatgggaggagaggcccttggtcttgcaaagatca
tatgccccagtacaggggaatgccagggctaggaagcagcagtgggtggg
ttggggagcagggcaaggggagggta
ttggggggagggttatttgtttgttttgttttgttttgttgtttgtctga
ttttttttgtccaagatacagataaaggaaattaaattttgttgtctatg
tgtcttagtctgtgcagatagaggacctggaaatagttaaaagtcaatgt
tcttgtttttagatagatagatagatagatagatagatagatagatagag
atagatagatagatagatagatagatagatagatatagatatccatacat
gaatgcatgcatatatacatacatgagaaagagagaggtatataacctgt
cttagttacttttctattgttatgaacagacaacatggccaaggaaactt
ttctttaaagagtttatttgggtttcttgtttaagagggtgtgtctatga
ccttcatttttttgtgaggatggcagctgtagacatgagtgccat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_135848773_135849548
seq2: B6Ng01-252A22.b_46_821

seq1  GAATTCCTGATCTTTCCAAGACTTTTATCATGAATGGGTGTTGCATCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGATCTTTCCAAGACTTTTATCATGAATGGGTGTTGCATCTTG  50

seq1  TCGAATGCTTTTTCCGCATCTAACGAGATGATCATGTGGTTTTTGTTTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAATGCTTTTTCCGCATCTAACGAGATGATCATGTGGTTTTTGTTTTT  100

seq1  GAGTTTGTTTATATAATGGATTACGTTGATGGATTTCTGTATATTAAACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTTTGTTTATATAATGGATTACGTTGATGGATTTCTGTATATTAAACC  150

seq1  ATCCCTGCATCCCTGGAATAAAACCTACTTGGTCAGGATGGATGACTGCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTGCATCCCTGGAATAAAACCTACTTGGTCAGGATGGATGACTGCT  200

seq1  TTAATGTGTTCTTGGATTCGGTTAGCGAGAATTTTATTGAGTATTTTTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAATGTGTTCTTGGATTCGGTTAGCGAGAATTTTATTGAGTATTTTTGC  250

seq1  ATCTATATTCATAAGGGAAATTGGTCTGAAGTTCTCTATCTTTGTTGGAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTATATTCATAAGGGAAATTGGTCTGAAGTTCTCTATCTTTGTTGGAT  300

seq1  CTTTCTGTGGTTTAGGTATCAGAGTAATTGTGGCTTCATAGAATGAGTTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCTGTGGTTTAGGTATCAGAGTAATTGTGGCTTCATAGAATGAGTTG  350

seq1  GGTAGAGTTCCTTCTACTTCTTAAAAAACAAATTTCTGTAAGCACATGAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAGAGTTCCTTCTACTTCTTAAAAAACAAATTTCTGTAAGCACATGAA  400

seq1  GGAGTCCCAAAACCAAAGATTTTTAAGAATTGTTGAGCTATAATTTGGCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGTCCCAAAACCAAAGATTTTTAAGAATTGTTGAGCTATAATTTGGCT  450

seq1  TGATCAAAGGTTATGTGAACATAAAGCTTATCCAGGTGTGCAATTAAGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCAAAGGTTATGTGAACATAAAGCTTATCCAGGTGTGCAATTAAGAT  500

seq1  TCATGTTCCTCCACAGAGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAATGTACCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTCCTCCACAGAGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAATGTACCCAA  550

seq1  GGAGCTAAAGGAGTCTGCAACCCTATAGGAGGAACAACAATATGAACTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTAAAGGAGTCTGCAACCCTATAGGAGGAACAACAATATGAACTAA  600

seq1  CCAGTACTCCCCAGTGCTTGTGTCTCTAGTTGCATATGTAGCAGAGGATG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTACTCCCCAGTGCTTGTGTCTCTAGTTGCATATGTAGCAGAGGATG  650

seq1  GCCTAGTCAGCCGTCAATGGGAGGAGAGGCCCTTGGTCTTGCAAAGATCA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAGTCAGCCGTCAATGGGAGGAGAGGCCCTTGGTCTTGCAAAGATCA  700

seq1  TATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGCTAGGAAGCAGCAGTGGGTGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCCCAGTACAGGGGAATGCCAGGGCTAGGAAGCAGCAGTGGGTGGG  750

seq1  TTGGGGAGCAGGGCAGGGGGAGGGTA  776
      ||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TTGGGGAGCAGGGCAAGGGGAGGGTA  776

seq1: chr2_135961406_135961854
seq2: B6Ng01-252A22.g_66_516 (reverse)

seq1  ATGGCA-TCATGTCTACCTGCTGCCATGTTCCTCTC-----CATGATGGT  44
      |||||| ||||||||| | |||||||   ||||| |      |||| |||
seq2  ATGGCACTCATGTCTA-CAGCTGCCA---TCCTCACAAAAAAATGAAGGT  46

seq1  CATAGACACACCCTCTGGAACAAGAAACCCAAATAAACTCTTTAAAGAAA  94
      ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAGACACACCCTCTTAAACAAGAAACCCAAATAAACTCTTTAAAGAAA  96

seq1  AGTTTCCTTGGCCATGTTGTCTCTTCATAACAATAGAAAAGTAACTAAGA  144
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTTCCTTGGCCATGTTGTCTGTTCATAACAATAGAAAAGTAACTAAGA  146

seq1  CAGGTTATATACCTCTCTCTTTCTCATGTATGTATATATGCATGCATTCA  194
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTATATACCTCTCTCTTTCTCATGTATGTATATATGCATGCATTCA  196

seq1  TGTATGGATATCTATATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGGATATCTATATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATC  246

seq1  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAAAAACAAGAA  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTATCTAAAAACAAGAA  296

seq1  CATTGACTTTTAACTATTTCCAGGTCCTCTATCTGCACAGACTAAGACAC  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGACTTTTAACTATTTCCAGGTCCTCTATCTGCACAGACTAAGACAC  346

seq1  ATAGACAACAAAATTTAATTTCCTTTATCTGTATCTTGGACAAAAAAAAT  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGACAACAAAATTTAATTTCCTTTATCTGTATCTTGGACAAAAAAAAT  396

seq1  CAGACAAACAACAAAACAAAACAAAACAAACAAATAACCCTCCCCCCAAG  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACAAACAACAAAACAAAACAAAACAAACAAATAACCCTCCCCCCAAG  446

seq1  AATTC  449
      |||||
seq2  AATTC  451