BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254C02
Chromosome2 (Build37)
Map Location 75,891,092 - 75,978,326
singlet/doubletdoublet
Overlap genePde11a
Upstream geneA330043C09Rik, LOC667739, LOC545423, LOC100040324, LOC667828, Hnrpa3, Nfe2l2, E030042O20Rik, LOC623453, Agps, Ttc30b, Ttc30a2, Ttc30a1
Downstream geneCyct, Drbp1, Osbpl6, Prkra, Dfnb59, Fkbp7, Plekha3, Ttn, 2610301F02Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254C02.bB6Ng01-254C02.g
ACCGA060679GA060680
length1,137558
definitionB6Ng01-254C02.b B6Ng01-254C02.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,891,092 - 75,892,240)(75,977,763 - 75,978,326)
sequence
gaattctgtctgccatgctcttcagtcctcacatactgtagatgtcctag
gatcactgacagcaaacaccagtttaaataaaacaggaaataaacatgat
ggcagaagataaatctgtcagggctttgtcaataaacattctgtagacta
ttacttctttgaaatgccaaaagatatgatgggctgaagtataaagggtt
ccaatgtcaaataacttaagagaaatgctggctttaaaagcctcaaactt
actgtagggttccccagtggcatggataaacagggaggggaggggcatgc
agccttgggagtcctaactgatcataaagcacttactaaacagctcatgt
ctttcatgtaaaacactgtataaacatatactctcaccatcagtcacagg
ggaacactgactttaacactgcatctcattttgattgtctgtggtaaatg
tatccatcctatgactggctttgggcatataccccatagctgcagaaagg
tgatcatatacatttatatgcatttgtgtgtacatgcatgggatagggga
aggaggagagagggaacatggtactttataaatgggaatattcctgatgt
gcattattgcttgggtcgacctaaacactggaacctttcatttttagact
gtcagtacaaaagggggacgtattccaatgtaaaagggacagctctgttt
ctacagacattcattgcttggtgcagacactcaaagtccatgcacaccga
agtgaagcgtccatacatccccgagatgcatgttcttggaggaaagaaaa
gctaaaggcagtgtgcagccatggttttggaggagactttaaaaaggcaa
actatggaaaggtaattaggaagctgggaattgctagaaaggtggtgcgg
agtgggattaggctgtcagggcagattaatgtgccccagtatttcacttc
tgggacctggccgaaagcgacagatgggttttcattccagaaatgagtgt
agagattatgctagaaatgaatagagggtctcctagagaatagacacaag
ctgggccgtgctgatatttattcatcaggcagctgtaatagagagggatg
agtgggccatgccgtcatggaaggaaagaagacagca
ttttctggtgccataattgtgacccacttctctgtggctgcagggattag
gggtagtcggactggctattttgtctgacttgcgctgggtttgaatttgt
tttttcttgtgttgttcatgtgacataagaaaagaagagcgagtgagtgt
ttttatgcaaagactagattgcaatggaagctgcggcatctgctatagac
agctaaggtgagaagatagggagatcaaggctggactgggtaacaggatc
agatcctgtctccaaaaataatgttagagtacagcatatagaaataattt
ttcaatgagtggttagtatctgatgataattcacttcctttgttctttcc
taggctgaccagatatctggttttcatataagatctgttctctgtgtccc
catttggaacagcaaccaccaaataattggtaagaagtggcccacatgac
tctaattgtgaagcaaccagcacctttctatagaacagaaatcaggccca
tatatttttatgtattcccctgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg
tgtgtgtg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_75891092_75892240
seq2: B6Ng01-254C02.b_45_1181

seq1  GAATTCTGTCTGCCATGCTCTTCAGTCCTCACATACTGTAGATGTCCTAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTGTCTGCCATGCTCTTCAGTCCTCACATACTGTAGATGTCCTAG  50

seq1  GATCACTGACAGCAAACACCAGTTTAAATAAAACAGGAAATAAACATGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACTGACAGCAAACACCAGTTTAAATAAAACAGGAAATAAACATGAT  100

seq1  GGCAGAAGATAAATCTGTCAGGGCTTTGTCAATAAACATTCTGTAGACTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAGAAGATAAATCTGTCAGGGCTTTGTCAATAAACATTCTGTAGACTA  150

seq1  TTACTTCTTTGAAATGCCAAAAGATATGATGGGCTGAAGTATAAAGGGTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACTTCTTTGAAATGCCAAAAGATATGATGGGCTGAAGTATAAAGGGTT  200

seq1  CCAATGTCAAATAACTTAAGAGAAATGCTGGCTTTAAAAGCCTCAAACTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGTCAAATAACTTAAGAGAAATGCTGGCTTTAAAAGCCTCAAACTT  250

seq1  ACTGTAGGGTTCCCCAGTGGCATGGATAAACAGGGAGGGGAGGGGCATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAGGGTTCCCCAGTGGCATGGATAAACAGGGAGGGGAGGGGCATGC  300

seq1  AGCCTTGGGAGTCCTAACTGATCATAAAGCACTTACTAAACAGCTCATGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCTTGGGAGTCCTAACTGATCATAAAGCACTTACTAAACAGCTCATGT  350

seq1  CTTTCATGTAAAACACTGTATAAACATATACTCTCACCATCAGTCACAGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCATGTAAAACACTGTATAAACATATACTCTCACCATCAGTCACAGG  400

seq1  GGAACACTGACTTTAACACTGCATCTCATTTTGATTGTCTGTGGTAAATG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAACACTGACTTTAACACTGCATCTCATTTTGATTGTCTGTGGTAAATG  450

seq1  TATCCATCCTATGACTGGCTTTGGGCATATACCCCATAGCTGCAGAAAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCCATCCTATGACTGGCTTTGGGCATATACCCCATAGCTGCAGAAAGG  500

seq1  TGATCATATACATTTATATGCATTTGTGTGTACATGCATGGGATAGGGGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATCATATACATTTATATGCATTTGTGTGTACATGCATGGGATAGGGGA  550

seq1  AGGAGGAGAGAGGGAACATGGTACTTTATAAATGGGAATATTCCTGATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGGAGAGAGGGAACATGGTACTTTATAAATGGGAATATTCCTGATGT  600

seq1  GCATTATTGCTTGGGTCGACCTAAACACTGGAACCTTTCATTTTTAGACT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTATTGCTTGGGTCGACCTAAACACTGGAACCTTTCATTTTTAGACT  650

seq1  GTCAGTACAAAAGGGGGACGTATTCCAATGTAAAAGGGACAGCTCTGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAGTACAAAAGGGGGACGTATTCCAATGTAAAAGGGACAGCTCTGTTT  700

seq1  CTACAGACATTCATTGCTTGGTGCAGACACTCAAAGTCCATGCACACCGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGACATTCATTGCTTGGTGCAGACACTCAAAGTCCATGCACACCGA  750

seq1  AGTGAAGCGTCCATACATCCCCGAGATGCATGTTCTTGGAGGAAAGAAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGAAGCGTCCATACATCCCCGAGATGCATGTTCTTGGAGGAAAGAAAA  800

seq1  GCTAAAGGCAGTGTGCAGCCATGG-TTTGGAGGAGACTTTAAAAAGGCAA  849
      |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAAAGGCAGTGTGCAGCCATGGTTTTGGAGGAGACTTTAAAAAGGCAA  850

seq1  ACTATGG-AAGGTAATTAGGAAGCTGGGAATTGCTAG-AAGGTGGTGCGG  897
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  ACTATGGAAAGGTAATTAGGAAGCTGGGAATTGCTAGAAAGGTGGTGCGG  900

seq1  AGTGGGATTAGGCTGTCAGGGCAGATTAATGTGCCCCAGTATTTCACTTC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGGGATTAGGCTGTCAGGGCAGATTAATGTGCCCCAGTATTTCACTTC  950

seq1  TGGGACCTGGCCGAAAGCGACAAGATGGGTTTTCATTCCCAAGAAATGAG  997
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||  |||||||||
seq2  TGGGACCTGGCCGAAAGCGAC-AGATGGGTTTTCATTCC--AGAAATGAG  997

seq1  TGTAAGAGATTATGCTAGAAATGAATAGGAGGGGTCTCCTAGGAGAATAG  1047
      ||| ||||||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||
seq2  TGT-AGAGATTATGCTAGAAATGAATAG--AGGGTCTCCTA-GAGAATAG  1043

seq1  ACCACAAAGCTGGGCCGTGCTGATATTTAATCATCAGGGGCAGCTGTAAT  1097
      | ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||
seq2  A-CAC-AAGCTGGGCCGTGCTGATATTTATTCATCA--GGCAGCTGTAAT  1089

seq1  AGAGAGGGGGATGAGTGGGCAATGCCGTCCCTGGAGGAAAGAGAGACGAG  1147
      |||||  ||||||||||||| ||||||||   | |||||||| |||| ||
seq2  AGAGA--GGGATGAGTGGGCCATGCCGTCATGGAAGGAAAGA-AGAC-AG  1135

seq1  CA  1149
      ||
seq2  CA  1137

seq1: chr2_75977763_75978326
seq2: B6Ng01-254C02.g_67_630 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGGGGAATACATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACACACACACAGGGGAATACATA  50

seq1  AAAATATATGGGCCTGATTTCTGTTCTATAGAAAGGTGCTGGTTGCTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATATATGGGCCTGATTTCTGTTCTATAGAAAGGTGCTGGTTGCTTCA  100

seq1  CAATTAGAGTCATGTGGGCCACTTCTTACCAATTATTTGGTGGTTGCTGT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATTAGAGTCATGTGGGCCACTTCTTACCAATTATTTGGTGGTTGCTGT  150

seq1  TCCAAATGGGGACACAGAGAACAGATCTTATATGAAAACCAGATATCTGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATGGGGACACAGAGAACAGATCTTATATGAAAACCAGATATCTGG  200

seq1  TCAGCCTAGGAAAGAACAAAGGAAGTGAATTATCATCAGATACTAACCAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGCCTAGGAAAGAACAAAGGAAGTGAATTATCATCAGATACTAACCAC  250

seq1  TCATTGAAAAATTATTTCTATATGCTGTACTCTAACATTATTTTTGGAGA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTGAAAAATTATTTCTATATGCTGTACTCTAACATTATTTTTGGAGA  300

seq1  CAGGATCTGATCCTGTTACCCAGTCCAGCCTTGATCTCCCTATCTTCTCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGATCTGATCCTGTTACCCAGTCCAGCCTTGATCTCCCTATCTTCTCA  350

seq1  CCTTAGCTGTCTATAGCAGATGCCGCAGCTTCCATTGCAATCTAGTCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAGCTGTCTATAGCAGATGCCGCAGCTTCCATTGCAATCTAGTCTTT  400

seq1  GCATAAAAACACTCACTCGCTCTTCTTTTCTTATGTCACATGAACAACAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAAAAACACTCACTCGCTCTTCTTTTCTTATGTCACATGAACAACAC  450

seq1  AAGAAAAAACAAATTCAAACCCAGCGCAAGTCAGACAAAATAGCCAGTCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAAAAAACAAATTCAAACCCAGCGCAAGTCAGACAAAATAGCCAGTCC  500

seq1  GACTACCCCTAATCCCTGCAGCCACAGAGAAGTGGGTCACAATTATGGCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTACCCCTAATCCCTGCAGCCACAGAGAAGTGGGTCACAATTATGGCA  550

seq1  CCAGAAAAGAATTC  564
      ||||||||||||||
seq2  CCAGAAAAGAATTC  564