BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254K04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 45,443,115 - 45,571,358
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC100042661
Upstream geneGtdc1, Zeb2
Downstream geneLOC100041337, LOC666604, LOC383690
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254K04.bB6Ng01-254K04.g
ACCGA061052GA061053
length1,1291,161
definitionB6Ng01-254K04.b B6Ng01-254K04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(45,443,115 - 45,444,255)(45,570,185 - 45,571,358)
sequence
gaattcttagactattgatagatgatgttatttttactgctatgtttaat
tcatgtttaatttaggagaaaagagtggcctcaggattttgacgtatgtt
cgggggtggaaagaaagccttgtagtttaagtcagttattaatactgact
ttattttagatattgttctagaaagctactaacatgagggtttagttttt
aaaaaatcttaccaaaaagtttaaagaaaatattaatgtcttgggtttta
caaatgataacatcactgagttatttttgttataatataaaataggcttt
taaccaaagagttttcatggccataatgtgtggataaccttctgtctcaa
agtcttcatgtcttagtttagaatctaagtttgggcacttacttatataa
gcctaatattgctaccatgatggtggaaaaaaaatagtgtctgcatattg
cttacacctgtacctgaatgtagcttttagttttatattgccatccacaa
cactagcaaagaaattccagtgacattaaacacctgaggtacatcggtcc
tctatgctttccttctatgtctggaactctatgcttagaaaaaattttaa
tgtccaaacaaatcaattctattttccttttatttcacactttattaatt
agatgcgtacagagttgccaatcagaggcactcatctgcatgaggtaata
ccagttttcacttgaaattgataagactttgccccaaagcaaagtaattt
gacactttagcttcagcagctttattattggtgaatgtgtaattccctta
ggccttctgaaataatgaaagtggttaatggagccctcattacaaccttc
catgggtccccatgggctcatgctgccatgataggtgaacctgagccaaa
acatctcttcagtgggcatctggagaggcgaagcagtcaagtcataaaat
atgccccatgactcccctagcccatgatattttttaagaggatagtcata
taatagactgtgccattgatcttctgtgacaatttagatggtcctaaaac
atacaatgaagatcaagtatgcacacagtactttctacagttgtctttat
ggtctcagaggtcatggtggtgaagcaat

gaattctagccaataccattgacttcttcccttaaaaatattgagacaca
taataaaaaattaattacttcccctaatttccgtgtgattctctaaaaag
atgtaaaattcatttaaagtaagtggtgactttgtctttgaagatcgcga
caattaacatggatcaaagcttaggttctgtgatgatcatagcttattag
cataatgaaattaacttagagacaagaatctttaataggtacaacaaaaa
cgctttaataatacttgaagaaaattatgtatttgctagaagtacaacag
tttcagattttctatccaattaataagttgttaattaactcctttttcca
aacaatgcatactttgagctaatgtctgccttggaacagcctgtctattg
tgctgcaatttgcagaatacagtggctttcctaatgatattttatacttt
tatcattaagaaagttcaagtttatccttgcccaccaaagatccaatatt
tcatcattaaaacaaaagaagccttaattctgtaccttgggaagggaata
atggtttcctattatgataagttgagtttacgtaacaggcctgaggtatt
tcaaggatcaagaatgtttgggttagttctaagtatctctaaactctgac
tcaaaagaaacagattaaattagctaataattttgattcgcaaatacttg
gatttgaggataaacaacaaaaaaagttttgttttgttttgctttgcttt
gttttgttttgtttctctgtttctagcaacaagtcttaactgttaagctc
taagggccgaggaaaaatatttctgttcattttttactactcagtaatcc
agcatatgatgggcactaaaattatgctgacttatcacaccaagggtgta
gacacatgggccttttcattcccatagtgttcttgtttcagttaatgatt
aatttacttttgtctatgtagcagaatggtgttctatcgaggtctttctt
ccttggttacacaagctacgtagcacttgctgcttgaaatagtgattata
cccaattccaaaacaaacaggagactttccaaagctactaaaagaagagt
gaatcattggtattttgatggaagctggattaacaggcctgaggttagat
cagtggtagag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_45443115_45444255
seq2: B6Ng01-254K04.b_45_1173

seq1  GAATTCTTAGACTATTGATAGATGATGTTATTTTTACTGCTATGTTTAAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTAGACTATTGATAGATGATGTTATTTTTACTGCTATGTTTAAT  50

seq1  TCATGTTTAATTTAGGAGAAAAGAGTGGCCTCAGGATTTTGACGTATGTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATGTTTAATTTAGGAGAAAAGAGTGGCCTCAGGATTTTGACGTATGTT  100

seq1  CGGGGGTGGAAAGAAAGCCTTGTAGTTTAAGTCAGTTATTAATACTGACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGGGTGGAAAGAAAGCCTTGTAGTTTAAGTCAGTTATTAATACTGACT  150

seq1  TTATTTTAGATATTGTTCTAGAAAGCTACTAACATGAGGGTTTAGTTTTT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTAGATATTGTTCTAGAAAGCTACTAACATGAGGGTTTAGTTTTT  200

seq1  AAAAAATCTTACCAAAAAGTTTAAAGAAAATATTAATGTCTTGGGTTTTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAATCTTACCAAAAAGTTTAAAGAAAATATTAATGTCTTGGGTTTTA  250

seq1  CAAATGATAACATCACTGAGTTATTTTTGTTATAATATAAAATAGGCTTT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATGATAACATCACTGAGTTATTTTTGTTATAATATAAAATAGGCTTT  300

seq1  TAACCAAAGAGTTTTCATGGCCATAATGTGTGGATAACCTTCTGTCTCAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACCAAAGAGTTTTCATGGCCATAATGTGTGGATAACCTTCTGTCTCAA  350

seq1  AGTCTTCATGTCTTAGTTTAGAATCTAAGTTTGGGCACTTACTTATATAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCTTCATGTCTTAGTTTAGAATCTAAGTTTGGGCACTTACTTATATAA  400

seq1  GCCTAATATTGCTACCATGATGGTGGAAAAAAAATAGTGTCTGCATATTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAATATTGCTACCATGATGGTGGAAAAAAAATAGTGTCTGCATATTG  450

seq1  CTTACACCTGTACCTGAATGTAGCTTTTAGTTTTATATTGCCATCCACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTACACCTGTACCTGAATGTAGCTTTTAGTTTTATATTGCCATCCACAA  500

seq1  CACTAGCAAAGAAATTCCAGTGACATTAAACACCTGAGGTACATCGGTCC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTAGCAAAGAAATTCCAGTGACATTAAACACCTGAGGTACATCGGTCC  550

seq1  TCTATGCTTTCCTTCTATGTCTGGAACTCTATGCTTAGAAAAAATTTTAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATGCTTTCCTTCTATGTCTGGAACTCTATGCTTAGAAAAAATTTTAA  600

seq1  TGTCCAAACAAATCAATTCTATTTTCCTTTTATTTCACACTTTATTAATT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCCAAACAAATCAATTCTATTTTCCTTTTATTTCACACTTTATTAATT  650

seq1  AGATGCGTACAGAGTTGCCAATCAGAGGCACTCATCTGCATGAGGTAATA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATGCGTACAGAGTTGCCAATCAGAGGCACTCATCTGCATGAGGTAATA  700

seq1  CCAGTTTTCACTTGAAATTGATAAGACTTTGCCCCAAAGCAAAGTAATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGTTTTCACTTGAAATTGATAAGACTTTGCCCCAAAGCAAAGTAATTT  750

seq1  GACACTTTAGCTTCAGCAGCTTTATTATTGGTGAATGTGTAATTCCCTTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTTTAGCTTCAGCAGCTTTATTATTGGTGAATGTGTAATTCCCTTA  800

seq1  GGCCTTCTGAAATAATGAAAGTGGTTAATGGAGCCCTCATTACAACCTTC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCCTTCTGAAATAATGAAAGTGGTTAATGGAGCCCTCATTACAACCTTC  850

seq1  CATGGGTCCCCATGGGCTCATGCTGCCATGATAGGTGAACCTGAGCCAAA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGTCCCCATGGGCTCATGCTGCCATGATAGGTGAACCTGAGCCAAA  900

seq1  ACATCTCTTCAGTGGGCATCTGGAGAGGCGAAGCAGTCAAAGTCATAAAA  950
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  ACATCTCTTCAGTGGGCATCTGGAGAGGCGAAGCAGTC-AAGTCATAAAA  949

seq1  TATGCCCCATGACTCCCCTAGCCCATGATATTTTTTTAAGAGGATAGTTC  1000
      |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||
seq2  TATGCCCCATGACTCCCCTAGCCCATGATA-TTTTTTAAGAGGATAG-TC  997

seq1  ATATTAAATAGAACTGTGCCATTGATCTTCTTGTGAACAATATAGATGGT  1050
      ||||  ||||| |||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||
seq2  ATAT--AATAG-ACTGTGCCATTGATCTTC-TGTG-ACAATTTAGATGGT  1042

seq1  CCTAAAACATACAATGGAAGGATCCAAGTATGCACACAGTACTTTCTACA  1100
      ||||||||||||||||  | ||| ||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAAAACATACAATG--AAGAT-CAAGTATGCACACAGTACTTTCTACA  1089

seq1  GTTGTCTTTATGGGTCTCAAGAGTCATTGTGGTGAAGCAAT  1141
      ||||||||||| |||||||   ||||| |||||||||||||
seq2  GTTGTCTTTAT-GGTCTCAGAGGTCATGGTGGTGAAGCAAT  1129


seq1: chr2_45570185_45571358
seq2: B6Ng01-254K04.g_67_1227 (reverse)

seq1  CTCTACCACTGATCTAACCTCCAGCCTTTGTTAATCCAGCTTTTCAATAC  50
      |||||||||||||||||||||  |||  ||||||||||||  ||| ||  
seq2  CTCTACCACTGATCTAACCTCAGGCC--TGTTAATCCAGC--TTCCATCA  46

seq1  AAAAACAACAAAATGAATCACTCTTCTTTTTAGTAGCTTTGGAATGTCTT  100
      ||| ||     ||||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||| 
seq2  AAATAC----CAATGATTCACTCTTC-TTTTAGTAGCTTTGGAAAGTCTC  91

seq1  CTTGTTTTGTTTTGGATTTTGGGTTATATTCAATTATTTCAGCCAGCAAA  150
      ||   ||||||||||| ||  || |||| || | |||||||  |||| ||
seq2  CT--GTTTGTTTTGGAATT--GGGTATAATC-ACTATTTCAAGCAGC-AA  135

seq1  GTGCTACGTAAGCTTGTGTAACCAAGGAAG-AAGACCTCGATAGAACACC  199
      ||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GTGCTACGT-AGCTTGTGTAACCAAGGAAGAAAGACCTCGATAGAACACC  184

seq1  ATTCTGCTACATAGACAAAAGTAAATTAATCATTAACTGAAACAAGAACA  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCTGCTACATAGACAAAAGTAAATTAATCATTAACTGAAACAAGAACA  234

seq1  CTATGGGAATGAAA--GGCCATGTGTCTACACCCTTGGTGTGATAAGTCA  297
      ||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGGGAATGAAAAGGCCCATGTGTCTACACCCTTGGTGTGATAAGTCA  284

seq1  GCATAATTTTAGTGCCCATCATATGCTGGATTACTGAGTAGTAAAAAATG  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATAATTTTAGTGCCCATCATATGCTGGATTACTGAGTAGTAAAAAATG  334

seq1  AACAGAAATATTTTTCCTCGGCCCTTAGAGCTTAACAGTTAAGACTTGTT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAGAAATATTTTTCCTCGGCCCTTAGAGCTTAACAGTTAAGACTTGTT  384

seq1  GCTAGAAACAGAGAAACAAAACAAAACAAAGCAAAGCAAAACAAAACAAA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGAAACAGAGAAACAAAACAAAACAAAGCAAAGCAAAACAAAACAAA  434

seq1  ACTTTTTTTGTTGTTTATCCTCAAATCCAAGTATTTGCGAATCAAAATTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTTTTGTTGTTTATCCTCAAATCCAAGTATTTGCGAATCAAAATTA  484

seq1  TTAGCTAATTTAATCTGTTTCTTTTGAGTCAGAGTTTAGAGATACTTAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTAATTTAATCTGTTTCTTTTGAGTCAGAGTTTAGAGATACTTAGA  534

seq1  ACTAACCCAAACATTCTTGATCCTTGAAATACCTCAGGCCTGTTACGTAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAACCCAAACATTCTTGATCCTTGAAATACCTCAGGCCTGTTACGTAA  584

seq1  ACTCAACTTATCATAATAGGAAACCATTATTCCCTTCCCAAGGTACAGAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAACTTATCATAATAGGAAACCATTATTCCCTTCCCAAGGTACAGAA  634

seq1  TTAAGGCTTCTTTTGTTTTAATGATGAAATATTGGATCTTTGGTGGGCAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGGCTTCTTTTGTTTTAATGATGAAATATTGGATCTTTGGTGGGCAA  684

seq1  GGATAAACTTGAACTTTCTTAATGATAAAAGTATAAAATATCATTAGGAA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATAAACTTGAACTTTCTTAATGATAAAAGTATAAAATATCATTAGGAA  734

seq1  AGCCACTGTATTCTGCAAATTGCAGCACAATAGACAGGCTGTTCCAAGGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACTGTATTCTGCAAATTGCAGCACAATAGACAGGCTGTTCCAAGGC  784

seq1  AGACATTAGCTCAAAGTATGCATTGTTTGGAAAAAGGAGTTAATTAACAA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACATTAGCTCAAAGTATGCATTGTTTGGAAAAAGGAGTTAATTAACAA  834

seq1  CTTATTAATTGGATAGAAAATCTGAAACTGTTGTACTTCTAGCAAATACA  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATTAATTGGATAGAAAATCTGAAACTGTTGTACTTCTAGCAAATACA  884

seq1  TAATTTTCTTCAAGTATTATTAAAGCGTTTTTGTTGTACCTATTAAAGAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTCTTCAAGTATTATTAAAGCGTTTTTGTTGTACCTATTAAAGAT  934

seq1  TCTTGTCTCTAAGTTAATTTCATTATGCTAATAAGCTATGATCATCACAG  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTCTCTAAGTTAATTTCATTATGCTAATAAGCTATGATCATCACAG  984

seq1  AACCTAAGCTTTGATCCATGTTAATTGTCGCGATCTTCAAAGACAAAGTC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTAAGCTTTGATCCATGTTAATTGTCGCGATCTTCAAAGACAAAGTC  1034

seq1  ACCACTTACTTTAAATGAATTTTACATCTTTTTAGAGAATCACACGGAAA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTTACTTTAAATGAATTTTACATCTTTTTAGAGAATCACACGGAAA  1084

seq1  TTAGGGGAAGTAATTAATTTTTTATTATGTGTCTCAATATTTTTAAGGGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGGGGAAGTAATTAATTTTTTATTATGTGTCTCAATATTTTTAAGGGA  1134

seq1  AGAAGTCAATGGTATTGGCTAGAATTC  1174
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGTCAATGGTATTGGCTAGAATTC  1161


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |