BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-254M01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 70,929,453 - 71,080,921
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCybrd1, Dync1i2
Upstream geneMyo3b, LOC100040021, Sp5, 4933404M02Rik, LOC100040068, Gad1, LOC100039766, Gorasp2, Tlk1, Mettl8, 4833418A01Rik
Downstream geneSlc25a12, LOC667528, Hat1, LOC100040177, Metapl1, LOC100040207, Dlx1, Dlx1as, Dlx2, Gm1631, Itga6, Pdk1, Rapgef4, LOC100040270
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-254M01.bB6Ng01-254M01.g
ACCGA061139GA061140
length9831,119
definitionB6Ng01-254M01.b B6Ng01-254M01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(71,079,944 - 71,080,921)(70,929,453 - 70,930,569)
sequence
gaattcctaacttaaaccagggcatttgtggctcataaaaattattcaat
ttataagtatccctataaacatttattagcagtgggaatttcccaatcat
tagtttaaaagtccagaccagacaggaatgactttcccctaatatttttt
aaataaccttaaaaatctatctgtctgtccatccatccatccatccacct
acctatctaatccatccatctacctacctatctaatatgtgtatgtatgt
gtgtaggcacatgcctgggcccatgtgtgtcacgtggacatgtgaatgtc
agagaataacttacggaggtaagttcgcaatgtgggtcttggagatcaaa
gccagtcatcagggttggcagcaaaagtgtcattacccactgagccatct
tgcccaccccctgtgaatctattttcttctgctgcttttttttttaaaga
ttatttattttatgagtgctctatgtgcacatatacctgagtgccagaag
agggcatcagatcccattacagatggttgtgagccaacacgtggttgcag
ggaattgaactcaagacctctggaagagcagatagtattcttaactgcta
agtcatctctccagccctaaatctatcttcttataccttcaaatcaaatg
gatatttaagacagtttccaaaggaacaaagttgtagcagtatatccata
agattcattctttttcttagttctgttttttttcccccttcttgaataga
atcacttgtatttgcttaatgatttgtattttcatcaagggaaacagagc
tgacattttaatcctgagtattttgaatttggatataatgtttgggagat
aagaaaaggataaagtagaaagcatatgccatctatttttgcatgggatt
tgtctcaacatagtctttggttttttttttaaagatttatttattattat
taaataagttcactattaatcctcatttacggg
gaattccagtaatcactttcagaatgttagttaaaagcaacctgcgtgta
gggagaaactgtttcttacagtccctttctgagaaacccagctgctcaga
atctccccggtcatctcattcttccaagtcgtcctccaaagagaaatata
aaacaagaaaagagcagtcagagcaggtagttcacacctgtaatccagca
ctcggggagctgcagcaggaggattgctgcaaacttaaggccaacttgta
ctatgtagcaaagccttgctttaaagaaaacaaaacccttgatctcaaag
gcagaggcaggacaatgaagaattccgtgtcagcttggcatgtaatgagt
tcagagccagcctggactgcattgagactctgcttaataaagcataggag
aagagcaacaggccatacttgattcaagtttaaggttaaaatatggaatt
ttaacttggaagatttgtataaaaatctctccattttgtcctgaccccat
gttaagaatggtgtgaattccaggccagtaagtggtggcacacaacttta
gtcccagcatttagtagacaaagacaggtggatctctgacttcaaggcca
gcctggtcttcagtgtgagtttcaggacaaccagggctacacagagaaac
tttgtctggggtaatggtagagaatgccatgaattctccagtcagacttg
aaaacctgcaaagatgtttctagctgattatgatcagcaggactaaggag
agaggtgttggctgtttaaaaatcaaagaactagtaactagtgtgtctat
ttcagtcaagaaataaaagaaacctaaaatcatctttttatgcaaagaaa
aaaattacaggttgactattccttatctaagatgcttagcacgaaagtgt
ttgtaagtgaagttttccttgattttaggatatttgtgggtacattataa
aatcttgagatggggtccaaggtctaagcatgaagttcgtttaatgttta
atttgtgtctgtatacataaccttgaagtgcttttgcagatctttaactg
tactctgtccattgtttactgtgtcccagcacaatttagaatcaaggtgt
tgattttgctagttcatta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_71079944_71080921
seq2: B6Ng01-254M01.b_44_1026 (reverse)

seq1  CCCGT-AATGA-GATT-ATAGTGTACTTATTT-ATAATAATAAATAAATC  46
      ||||| ||||| |||| |||||| |||||||| |||||||||||||||||
seq2  CCCGTAAATGAGGATTAATAGTGAACTTATTTAATAATAATAAATAAATC  50

seq1  TTTAAAAAAAAAACC-AAGACTATGTTGAGACAAATCCCATGCAAAAATA  95
      ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAAAAAAAAAACCAAAGACTATGTTGAGACAAATCCCATGCAAAAATA  100

seq1  GATGGCATATGCTTTCTACTTTATCCTTTTCTTATCTCCCAAACATTATA  145
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGCATATGCTTTCTACTTTATCCTTTTCTTATCTCCCAAACATTATA  150

seq1  TCCAAATTCAAAATACTCAGGATTAAAATGTCAGCTCTGTTTCCCTTGAT  195
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAAATTCAAAATACTCAGGATTAAAATGTCAGCTCTGTTTCCCTTGAT  200

seq1  GAAAATACAAATCATTAAGCAAATACAAGTGATTCTATTCAAGAAGGGGG  245
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAATACAAATCATTAAGCAAATACAAGTGATTCTATTCAAGAAGGGGG  250

seq1  AAAAAAAACAGAACTAAGAAAAAGAATGAATCTTATGGATATACTGCTAC  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAACAGAACTAAGAAAAAGAATGAATCTTATGGATATACTGCTAC  300

seq1  AACTTTGTTCCTTTGGAAACTGTCTTAAATATCCATTTGATTTGAAGGTA  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTTTGTTCCTTTGGAAACTGTCTTAAATATCCATTTGATTTGAAGGTA  350

seq1  TAAGAAGATAGATTTAGGGCTGGAGAGATGACTTAGCAGTTAAGAATACT  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGAAGATAGATTTAGGGCTGGAGAGATGACTTAGCAGTTAAGAATACT  400

seq1  ATCTGCTCTTCCAGAGGTCTTGAGTTCAATTCCCTGCAACCACGTGTTGG  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGCTCTTCCAGAGGTCTTGAGTTCAATTCCCTGCAACCACGTGTTGG  450

seq1  CTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGCACTCAGGTA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGCACTCAGGTA  500

seq1  TATGTGCACATAGAGCACTCATAAAATAAATAATCTTTAAAAAAAAAAGC  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTGCACATAGAGCACTCATAAAATAAATAATCTTTAAAAAAAAAAGC  550

seq1  AGCAGAAGAAAATAGATTCACAGGGGGTGGGCAAGATGGCTCAGTGGGTA  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAAGAAAATAGATTCACAGGGGGTGGGCAAGATGGCTCAGTGGGTA  600

seq1  ATGACACTTTTGCTGCCAACCCTGATGACTGGCTTTGATCTCCAAGACCC  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACACTTTTGCTGCCAACCCTGATGACTGGCTTTGATCTCCAAGACCC  650

seq1  ACATTGCGAACTTACCTCCGTAAGTTATTCTCTGACATTCACATGTCCAC  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGCGAACTTACCTCCGTAAGTTATTCTCTGACATTCACATGTCCAC  700

seq1  GTGACACACATGGGCCCAGGCATGTGCCTACACACATACATACACATATT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGACACACATGGGCCCAGGCATGTGCCTACACACATACATACACATATT  750

seq1  AGATAGGTAGGTAGATGGATGGATTAGATAGGTAGGTGGATGGATGGATG  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATAGGTAGGTAGATGGATGGATTAGATAGGTAGGTGGATGGATGGATG  800

seq1  GATGGACAGACAGATAGATTTTTAAGGTTATTTAAAAAATATTAGGGGAA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGACAGACAGATAGATTTTTAAGGTTATTTAAAAAATATTAGGGGAA  850

seq1  AGTCATTCCTGTCTGGTCTGGACTTTTAAACTAATGATTGGGAAATTCCC  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATTCCTGTCTGGTCTGGACTTTTAAACTAATGATTGGGAAATTCCC  900

seq1  ACTGCTAATAAATGTTTATAGGGATACTTATAAATTGAATAATTTTTATG  945
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGCTAATAAATGTTTATAGGGATACTTATAAATTGAATAATTTTTATG  950

seq1  AGCCACAAATGCCCTGGTTTAAGTTAGGAATTC  978
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACAAATGCCCTGGTTTAAGTTAGGAATTC  983

seq1: chr2_70929453_70930569
seq2: B6Ng01-254M01.g_66_1184

seq1  GAATTCCAGTAATCACTTTCAGAATGTTAGTTAAAAGCAACCTGCGTGTA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGTAATCACTTTCAGAATGTTAGTTAAAAGCAACCTGCGTGTA  50

seq1  GGGAGAAACTGTTTCTTACAGTCCCTTTCTGAGAAACCCAGCTGCTCAGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGAGAAACTGTTTCTTACAGTCCCTTTCTGAGAAACCCAGCTGCTCAGA  100

seq1  ATCTCCCCGGTCATCTCATTCTTCCAAGTCGTCCTCCAAAGAGAAATATA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCCCGGTCATCTCATTCTTCCAAGTCGTCCTCCAAAGAGAAATATA  150

seq1  AAACAAGAAAAGAGCAGTCAGAGCAGGTAGTTCACACCTGTAATCCAGCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAAGAAAAGAGCAGTCAGAGCAGGTAGTTCACACCTGTAATCCAGCA  200

seq1  CTCGGGGAGCTGCAGCAGGAGGATTGCTGCAAACTTAAGGCCAACTTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCGGGGAGCTGCAGCAGGAGGATTGCTGCAAACTTAAGGCCAACTTGTA  250

seq1  CTATGTAGCAAAGCCTTGCTTTAAAGAAAACAAAACCCTTGATCTCAAAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTAGCAAAGCCTTGCTTTAAAGAAAACAAAACCCTTGATCTCAAAG  300

seq1  GCAGAGGCAGGACAATGAAGAATTCCGTGTCAGCTTGGCATGTAATGAGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAGGCAGGACAATGAAGAATTCCGTGTCAGCTTGGCATGTAATGAGT  350

seq1  TCAGAGCCAGCCTGGACTGCATTGAGACTCTGCTTAATAAAGCATAGGAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGAGCCAGCCTGGACTGCATTGAGACTCTGCTTAATAAAGCATAGGAG  400

seq1  AAGAGCAACAGGCCATACTTGATTCAAGTTTAAGGTTAAAATATGGAATT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGCAACAGGCCATACTTGATTCAAGTTTAAGGTTAAAATATGGAATT  450

seq1  TTAACTTGGAAGATTTGTATAAAAATCTCTCCATTTTGTCCTGACCCCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAACTTGGAAGATTTGTATAAAAATCTCTCCATTTTGTCCTGACCCCAT  500

seq1  GTTAAGAATGGTGTGAATTCCAGGCCAGTAAGTGGTGGCACACAACTTTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGAATGGTGTGAATTCCAGGCCAGTAAGTGGTGGCACACAACTTTA  550

seq1  GTCCCAGCATTTAGTAGACAAAGACAGGTGGATCTCTGACTTCAAGGCCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCCAGCATTTAGTAGACAAAGACAGGTGGATCTCTGACTTCAAGGCCA  600

seq1  GCCTGGTCTTCAGTGTGAGTTTCAGGACAACCAGGGCTACACAGAGAAAC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTGGTCTTCAGTGTGAGTTTCAGGACAACCAGGGCTACACAGAGAAAC  650

seq1  TTTGTCTGGGGTAATGGTAGAGAATGCCATGAATTCTCCAGTCAGACTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTCTGGGGTAATGGTAGAGAATGCCATGAATTCTCCAGTCAGACTTG  700

seq1  AAAACCTGCAAAGATGTTTCTAGCTGATTATGATCAGCAGGACTAAGGAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACCTGCAAAGATGTTTCTAGCTGATTATGATCAGCAGGACTAAGGAG  750

seq1  AGAGGTGTTGGCTGTTTAAAAATCAAAGAACTAGTAACTAGTGTGTCTA-  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AGAGGTGTTGGCTGTTTAAAAATCAAAGAACTAGTAACTAGTGTGTCTAT  800

seq1  TTCAGTCAAGAAATAAAAGAAACCTAAAATCATCTTTTTATGCAAAGAAA  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTCAAGAAATAAAAGAAACCTAAAATCATCTTTTTATGCAAAGAAA  850

seq1  AAAATTACAGGTTGACTATTCCTTATCTAAGATGCTTAGCACGAAAGTGT  899
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  AAAATTACAGGTTGACTATTCCTTATCTAAGATGCTTAGCACGAAAGTG-  899

seq1  TTTGTAAGTGAAGTTTTCCTTGATTTTAGGATATTTGTGGGTACATTATA  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTAAGTGAAGTTTTCCTTGATTTTAGGATATTTGTGGGTACATTATA  949

seq1  AAATCCTGAGAATGGGTCCAAGGTCTAAGCATGAAGTTCGTTTAATGTTT  999
      ||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATCTTGAGATGGGGTCCAAGGTCTAAGCATGAAGTTCGTTTAATGTTT  999

seq1  AATTTGTGTCTTGTATACATAACCTGAAGGTGCTTTTATGCAGTATC-TT  1048
      |||||||||| ||||||||||||||  | |||||||  ||||| ||| ||
seq2  AATTTGTGTC-TGTATACATAACCTTGAAGTGCTTT--TGCAG-ATCTTT  1045

seq1  AACTGTAC-CTGTCCATGTTTTAACTGTGTCCCAGCACA--TTAG-ATC-  1093
      |||||||| |||||||| | || ||||||||||||||||  |||| ||| 
seq2  AACTGTACTCTGTCCAT-TGTTTACTGTGTCCCAGCACAATTTAGAATCA  1094

seq1  AGGTGTTGAATTTTGTAG-TCATTA  1117
      ||||||||| |||  ||| ||||||
seq2  AGGTGTTGATTTTGCTAGTTCATTA  1119