BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-255B19
Chromosome2 (Build37)
Map Location 19,908,046 - 20,048,562
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC433406, LOC654360
Upstream genePip5k2a, 4930426L09Rik, LOC667521, Armc3, Msrb2, LOC100041196, Ptf1a, LOC100041534, 4921504E06Rik, LOC100041244, Otud1, LOC667564, LOC100041302
Downstream geneLOC667609, Etl4, Arhgap21, LOC433408, LOC675912
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-255B19.bB6Ng01-255B19.g
ACCGA061401GA061402
length1,177928
definitionB6Ng01-255B19.b B6Ng01-255B19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(20,047,399 - 20,048,562)(19,908,046 - 19,908,956)
sequence
gaattcaattcatcgaaaagcaagaagcttttcaacttgctttctgttgc
ctcaaactttattgtaaaacttaaccttgatagcactgctggagggactg
cttctcggacaaatcgcattcagcagagtttgtctgagcaaacaaaacga
cccttgtaaatctgatagcttctagaactagcagagtctgagaatgtcag
ccaataatggcaccaggcagagttcatggaaaggcagaagcaagacacag
agaacaaattaattgactacagttcaataaatcagctaggcagttggctg
tgtcttagttaactgactacaaggccttctaaagacagccatgctgttac
tatgaggaagctccacatgggtttggtttgtcaggcttgctgctgcatgg
atccagaaggacccatagtttcttacaagtattgcttaagtataccaaaa
attataataagatagtgaaagaagctgagagcatagggagaaacaaacaa
catcacctcccacacccaaacaaaaaattaacttgatggaataaaaggtt
attatgtcagggtctcctgggtggcaaattcccatttgcacattgaaaat
ctgaggtgaactaggttcaatttttagcaaagtcaagacctttgtagctt
tggcatctgttttgggtaatgtaatttgattaatgaggttttaaaaagtt
cttttaacagctacaaatccctttccagcaatttaggaaaattaaagtga
tttacaagataggcagagacatgtattatgttgtctgtcattgtactccc
caagccattgggatggcaaagaagagggatggtttaattctgtcttcaga
aatgtattcctttagaagagaaagattactgtgatgtagtctagcaatca
ctaatttgtttttagattatacactaatatattcatttcataatttgtaa
gtgaaagaatgcatactaatgttcaaagctatggtcttttttttgcataa
cttaactaattttaaggggtgaaaacttaatttaaatagattcaaagtgc
aatcagcctttggtaatgaatatgctttccttttttatcaagaatagaac
agctgtttcaatgcacaacaaagacctagaactgtacttcaggctctgtt
gattccttggcagacttcaccttgcaa
gaattccccttatatattgggaaggtaacccagacccagaaaaacaaaca
ttgagtgttctctctcatctgtggttactagctccaaatcttcaaatgtg
agactagaccctagggtcacctaggaagcccagaaagtaaaaagggagca
tgatggagtaaggaaggaggaagtactagacaagcaactagcaggataaa
gatggtgtacaggggttgggagaaggagcagggctttaactgagatggag
gaagggaggtcaatacagaaggaggaggaggaaaaggggacaaataaaga
caaagatacttgaaaaagtcataaggaattgtataattttatatgtacct
aaaatcatatgtagcaacataagtatatacacatgcacacacacacacac
acacacacacattttaaatgaagtgacaccacttcatttggtctgacaga
gccatagaccatctaaccaaaactcatctccagatgtgggaaatcctttc
aagtttttggtctagtgatagcgattcacaggcacaacataagaatttca
acttcttcaggtctttggcaatactttcaaattaaaatatcatagcagtc
atcctagtgagtgtgaggtgatatctcactcaagttttgattgtcatttc
cacagtgattagtcatgtcaagtgtctttacatcctgttagccctttgcg
tggaaaactatctagttaaatcctttatccacttctgaatccagttacaa
ggttttttatggtggtgtaaagagttctcacttatctcttttagatgcaa
attcctcaaagataaacttgcagtttgcaagtatattctccaattctgtg
ggttgacctttcctctgttgatggtatctttatatatagatatagatata
tagatatattgggtatatatttgatatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_20047399_20048562
seq2: B6Ng01-255B19.b_47_1223 (reverse)

seq1  TTGC-AGGTGAGGTCTG-CAGAGAATC-ACAGAGCTGAAAGTACAGTTCT  47
      |||| |||||| ||||| ||  ||||| |||||||   ||||||||||||
seq2  TTGCAAGGTGAAGTCTGCCAAGGAATCAACAGAGCCTGAAGTACAGTTCT  50

seq1  A-GTCTTTGTTGTGGCATGAAACAGCTG-TCTA-TCTTGATAAAAA--GG  92
      | ||||||||||||   ||||||||||| |||| ||||||||||||  | 
seq2  AGGTCTTTGTTGTGCATTGAAACAGCTGTTCTATTCTTGATAAAAAAGGA  100

seq1  AAGCATATTCATTACCAAAGGCTGATTGCACTTTGAATCTATTT-AATTA  141
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  AAGCATATTCATTACCAAAGGCTGATTGCACTTTGAATCTATTTAAATTA  150

seq1  AGTTTTCACCCCTTAAAATTAGTTAAGTTATGC--AAAAAAGACCATAGC  189
      |||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||
seq2  AGTTTTCACCCCTTAAAATTAGTTAAGTTATGCAAAAAAAAGACCATAGC  200

seq1  TTTGAACATTAGTATGCATTCTTTCACTTAC-AATTATGAAATGAATATA  238
      ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACATTAGTATGCATTCTTTCACTTACAAATTATGAAATGAATATA  250

seq1  TTAGTGTATAATCTAAAAAC-AATTAGTGATTGCTAGACTACATCACAGT  287
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTATAATCTAAAAACAAATTAGTGATTGCTAGACTACATCACAGT  300

seq1  AATCTTTCTCTTCTAAAGGAATACATTTCTGAAGACAGAATTAAACCATC  337
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCTTTCTCTTCTAAAGGAATACATTTCTGAAGACAGAATTAAACCATC  350

seq1  CCTCTTCTTTGCCATCCCAATGGCTTGGGGAGTACAATGACAGACAACAT  387
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTTCTTTGCCATCCCAATGGCTTGGGGAGTACAATGACAGACAACAT  400

seq1  AATACATGTCTCTGCCTATCTTGTAAATCACTTTAATTTTCCTAAATTGC  437
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATACATGTCTCTGCCTATCTTGTAAATCACTTTAATTTTCCTAAATTGC  450

seq1  TGGAAAGGGATTTGTAGCTGTTAAAAGAACTTTTTAAAACCTCATTAATC  487
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGGGATTTGTAGCTGTTAAAAGAACTTTTTAAAACCTCATTAATC  500

seq1  AAATTACATTACCCAAAACAGATGCCAAAGCTACAAAGGTCTTGACTTTG  537
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATTACATTACCCAAAACAGATGCCAAAGCTACAAAGGTCTTGACTTTG  550

seq1  CTAAAAATTGAACCTAGTTCACCTCAGATTTTCAATGTGCAAATGGGAAT  587
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAAAATTGAACCTAGTTCACCTCAGATTTTCAATGTGCAAATGGGAAT  600

seq1  TTGCCACCCAGGAGACCCTGACATAATAACCTTTTATTCCATCAAGTTAA  637
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCACCCAGGAGACCCTGACATAATAACCTTTTATTCCATCAAGTTAA  650

seq1  TTTTTTGTTTGGGTGTGGGAGGTGATGTTGTTTGTTTCTCCCTATGCTCT  687
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGTTTGGGTGTGGGAGGTGATGTTGTTTGTTTCTCCCTATGCTCT  700

seq1  CAGCTTCTTTCACTATCTTATTATAATTTTTGGTATACTTAAGCAATACT  737
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCTTTCACTATCTTATTATAATTTTTGGTATACTTAAGCAATACT  750

seq1  TGTAAGAAACTATGGGTCCTTCTGGATCCATGCAGCAGCAAGCCTGACAA  787
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAGAAACTATGGGTCCTTCTGGATCCATGCAGCAGCAAGCCTGACAA  800

seq1  ACCAAACCCATGTGGAGCTTCCTCATAGTAACAGCATGGCTGTCTTTAGA  837
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAAACCCATGTGGAGCTTCCTCATAGTAACAGCATGGCTGTCTTTAGA  850

seq1  AGGCCTTGTAGTCAGTTAACTAAGACACAGCCAACTGCCTAGCTGATTTA  887
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCCTTGTAGTCAGTTAACTAAGACACAGCCAACTGCCTAGCTGATTTA  900

seq1  TTGAACTGTAGTCAATTAATTTGTTCTCTGTGTCTTGCTTCTGCCTTTCC  937
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAACTGTAGTCAATTAATTTGTTCTCTGTGTCTTGCTTCTGCCTTTCC  950

seq1  ATGAACTCTGCCTGGTGCCATTATTGGCTGACATTCTCAGACTCTGCTAG  987
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAACTCTGCCTGGTGCCATTATTGGCTGACATTCTCAGACTCTGCTAG  1000

seq1  TTCTAGAAGCTATCAGATTTACAAGGGTCGTTTTGTTTGCTCAGACAAAC  1037
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTAGAAGCTATCAGATTTACAAGGGTCGTTTTGTTTGCTCAGACAAAC  1050

seq1  TCTGCTGAATGCGATTTGTCCGAGAAGCAGTCCCTCCAGCAGTGCTATCA  1087
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGCTGAATGCGATTTGTCCGAGAAGCAGTCCCTCCAGCAGTGCTATCA  1100

seq1  AGGTTAAGTTTTACAATAAAGTTTGAGGCAACAGAAAGCAAGTTGAAAAG  1137
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGTTAAGTTTTACAATAAAGTTTGAGGCAACAGAAAGCAAGTTGAAAAG  1150

seq1  CTTCTTGCTTTTCGATGAATTGAATTC  1164
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTTGCTTTTCGATGAATTGAATTC  1177

seq1: chr2_19908046_19908956
seq2: B6Ng01-255B19.g_84_995

seq1  TTGGGAAGGTAACCCAGACCCAGAAAAACAAACATTGAGTGTTCTCTCTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGAAGGTAACCCAGACCCAGAAAAACAAACATTGAGTGTTCTCTCTC  50

seq1  ATCTGTGGTTACTAGCTCCAAATCTTCAAATGTGAGACTAGACCCTAGGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTGTGGTTACTAGCTCCAAATCTTCAAATGTGAGACTAGACCCTAGGG  100

seq1  TCACCTAGGAAGCCCAGAAAGTAAAAAGGGAGCATGATGGAGTAAGGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTAGGAAGCCCAGAAAGTAAAAAGGGAGCATGATGGAGTAAGGAAG  150

seq1  GAGGAAGTACTAGACAAGCAACTAGCAGGATAAAGATGGTGTACAGGGGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGAAGTACTAGACAAGCAACTAGCAGGATAAAGATGGTGTACAGGGGT  200

seq1  TGGGAGAAGGAGCAGGGCTTTAACTGAGATGGAGGAAGGGAGGTCAATAC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGAGAAGGAGCAGGGCTTTAACTGAGATGGAGGAAGGGAGGTCAATAC  250

seq1  AGAAGGAGGAGGAGGAAAAGGGGACAAATAAAGACAAAGATACTTGAAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGAGGAGGAGGAAAAGGGGACAAATAAAGACAAAGATACTTGAAAA  300

seq1  AGTCATAAGGAATTGTATAATTTTATATGTACCTAAAATCATATGTAGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCATAAGGAATTGTATAATTTTATATGTACCTAAAATCATATGTAGCA  350

seq1  ACATAAGTATATACACATGCACACACACACACACACACACACACATTTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAAGTATATACACATGCACACACACACACACACACACACACATTTTA  400

seq1  AATGAAGTGACACCACTTCATTTGGTCTGACAGAGCCATAGACCATCTAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGAAGTGACACCACTTCATTTGGTCTGACAGAGCCATAGACCATCTAA  450

seq1  CCAAAACTCATCTCCAGATGTGGGAAATCCTTTCAAGTTTTTGGTCTAGT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAACTCATCTCCAGATGTGGGAAATCCTTTCAAGTTTTTGGTCTAGT  500

seq1  GATAGCGATTCACAGGCACAACATAAGAATTTCAACTTCTTCAGGTCTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCGATTCACAGGCACAACATAAGAATTTCAACTTCTTCAGGTCTTT  550

seq1  GGCAATACTTTCAAATTAAAATATCATAGCAGTCATCCTAGTGAGTGTGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAATACTTTCAAATTAAAATATCATAGCAGTCATCCTAGTGAGTGTGA  600

seq1  GGTGATATCTCACTCAAGTTTTGATTGTCATTTCCACAGTGATTAGTCAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGATATCTCACTCAAGTTTTGATTGTCATTTCCACAGTGATTAGTCAT  650

seq1  GTCAAGTGTCTTTACATCCTGTTAGCCCTTTGCGTGGAAAACTATCTAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCAAGTGTCTTTACATCCTGTTAGCCCTTTGCGTGGAAAACTATCTAGT  700

seq1  TAAATCCTTTATCCACTTCTGAATCCAGTTACAAGGTTTTTTATGGTGGT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATCCTTTATCCACTTCTGAATCCAGTTACAAGGTTTTTTATGGTGGT  750

seq1  GTAAAGAGTTCTCACTTATCTCTTTTAGATGCAAATTCCTCAAAGATAAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAGAGTTCTCACTTATCTCTTTTAGATGCAAATTCCTCAAAGATAAA  800

seq1  CTTGCAGTTTGCAAGTATATTCTCCAATTCTGTGGGTTGACCTTTCCTCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAGTTTGCAAGTATATTCTCCAATTCTGTGGGTTGACCTTTCCTCT  850

seq1  GTTGATGGTATCTTTATATATAGATATAGATATATAGATATATT-GGTAT  899
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||
seq2  GTTGATGGTATCTTTATATATAGATATAGATATATAGATATATTGGGTAT  900

seq1  ATATTTGATATT  911
      ||||||||||||
seq2  ATATTTGATATT  912