BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257C06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 125,635,823 - 125,755,221
singlet/doubletdoublet
Overlap geneCops2, Galk2
Upstream geneSlc24a5, Myef2, LOC100043375, Slc12a1, Dut, A530010F05Rik, LOC100043698, Fbn1, Cep152, Shc4, Eid1, 3110001I20Rik
Downstream geneFgf7, Dtwd1, Atp8b4, Slc27a2, Hdc, Gabpb1, Usp8, LOC100043714, Usp50, Trpm7, 2010106G01Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257C06.bB6Ng01-257C06.g
ACCGA062915GA062916
length8871,179
definitionB6Ng01-257C06.b B6Ng01-257C06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(125,635,823 - 125,636,708)(125,754,053 - 125,755,221)
sequence
gaattcctttttataaaatattaagactaagcagaatatgataattagtc
aaaaaaaaagcaggagcaaaagtgaatgtcagaggcttcttttgtctgat
ttgaatatgcaaatatatgctgatgacagtcttccagaactcttgtttat
ttaagcatatatgagtcttcatatagatggctgtattaatgagcctatat
cactttcacatctttgtggctgaaacagaaacattatttttaagctgttc
caaaaaggcagattttccccagtggtaaaaatattgttgctgcctataaa
gtatctggtgacgctttagccctgtgacagtttgcgttgactggtgtcct
taaatgggccaaagatcaccagctttgttgtaatcccaatgaatggcttt
acagttccgtagacacttcagccaatagtttgaagaaagccaaagagcca
atgttgggtttgatccccagcactacacatttttaaatatcaacaaaata
ttaaaaagcttaaaatgagccgggcgtggtgacgcacgcctttaatccca
gcactcaggaagcagaggcaggcagatttctgagtttgaggccagcctgg
tctacagagtgagttccaggacagccagggctatacagagaaaccctgtc
tcgaaaaacaaacaaacaaacaaacaaacagacaaaaacaaaaccttaaa
atgaccacaaatattttgtagatgttggttaaaatgtctttctgccatat
taattctatgcttattttaattgggtacacctctataaattcacactaca
tcacagtaagctttgcactacagtcaggagtgaaccttctctgaaaagct
taatgggagggagtcatggtgggtgggtgggaaggtt
gaattccagtgccaactctggtcagttacataggaactgaatagagcaat
gtgctcttcacagaagttctagactcccattggacacagcagggagactt
accaagatcaagtgccaactccatggtgggtctagaatgagagcagagag
tgcatgctgatttttctatccctaaaagactgcagtgcatgcagcctccc
ttatctttctgtggacactctctctcctcctctggcaataattcatttgg
atttgtctccagacagtgacaatgacaattccaaagccaaggcaggccaa
agcttccaagccaaaataatgttgcccctctcacatgttaagtgtgagga
tagaagttctcactctaggtacagccatgatgaagaaactggatgaagaa
gtgtgatcctgtccatactaaaaatgttaagggatcgttatttgtttcct
atttattaatgataagttcaaaatcttcatcttgtatccaaagccttcta
agcttgtaaccaaactgaacataaaattggtttaccattcttttctaagt
agggatgtcttcctgaccagtgcacacataattatagaacctagtgctga
ttcatgcttcctgtagaaatcctaatgccactcaatatccaggtcattgg
ccacatattccacatatccacaggtgagtggcaagctgaccactcagatc
ttctgctatcatagaggtttcctgaaatcctgacctctgcagctccaaca
gtggcacctagttacccgcattgctcttcagttacatggtccttcttccc
aggcttgagttaagactcactcgccccattagccgttcagattgatgagc
tgaaaccctgatgtactatgtccatctcttgccttcttgcttatctacat
cttctcaatgtggtgcacaagttcttctagccttagctcactgctcacct
ctccagtctgttctccagcactgttcccaaaataccttcaattcagaaac
atggaacaattgctgttcttcctgactgccagacttacctctgctcagga
ctctgcctatccctgtttcatacctcagtacctcccaaatgccccacgcc
accatagatttccttctcctggcctctccaacatctaacagttatgatca
cttgtggagtcttgcctttaaagtgtgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_125635823_125636708
seq2: B6Ng01-257C06.b_46_932

seq1  GAATTCCTTTTTATAAAATATTAAGACTAAGCAGAATATGATAATTAGTC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTTTTTATAAAATATTAAGACTAAGCAGAATATGATAATTAGTC  50

seq1  AAAAAAAAAGCAGGAGCAAAAGTGAATGTCAGAGGCTTCTTTTGTCTGAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAAAAAGCAGGAGCAAAAGTGAATGTCAGAGGCTTCTTTTGTCTGAT  100

seq1  TTGAATATGCAAATATATGCTGATGACAGTCTTCCAGAACTCTTGTTTAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATATGCAAATATATGCTGATGACAGTCTTCCAGAACTCTTGTTTAT  150

seq1  TTAAGCATATATGAGTCTTCATATAGATGGCTGTATTAATGAGCCTATAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAGCATATATGAGTCTTCATATAGATGGCTGTATTAATGAGCCTATAT  200

seq1  CACTTTCACATCTTTGTGGCTGAAACAGAAACATTATTTTTAAGCTGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTTCACATCTTTGTGGCTGAAACAGAAACATTATTTTTAAGCTGTTC  250

seq1  CAAAAAGGCAGATTTTCCCCAGTGGTAAAAATATTGTTGCTGCCTATAAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAGGCAGATTTTCCCCAGTGGTAAAAATATTGTTGCTGCCTATAAA  300

seq1  GTATCTGGTGACGCTTTAGCCCTGTGACAGTTTGCGTTGACTGGTGTCCT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTGGTGACGCTTTAGCCCTGTGACAGTTTGCGTTGACTGGTGTCCT  350

seq1  TAAATGGGCCAAAGATCACCAGCTTTGTTGTAATCCCAATGAATGGCTTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATGGGCCAAAGATCACCAGCTTTGTTGTAATCCCAATGAATGGCTTT  400

seq1  ACAGTTCCGTAGACACTTCAGCCAATAGTTTGAAGAAAGCCAAAGAGCCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTTCCGTAGACACTTCAGCCAATAGTTTGAAGAAAGCCAAAGAGCCA  450

seq1  ATGTTGGGTTTGATCCCCAGCACTACACATTTTTAAATATCAACAAAATA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTGGGTTTGATCCCCAGCACTACACATTTTTAAATATCAACAAAATA  500

seq1  TTAAAAAGCTTAAAATGAGCCGGGCGTGGTGACGCACGCCTTTAATCCCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAAAAAGCTTAAAATGAGCCGGGCGTGGTGACGCACGCCTTTAATCCCA  550

seq1  GCACTCAGGAAGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACTCAGGAAGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGG  600

seq1  TCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTC  650

seq1  TCGAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAGACAAAAACAAAACCTTAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAGACAAAAACAAAACCTTAAA  700

seq1  ATGACCACAAATATTTTGTAGATGTTGGTTAAAATGTCTTTCTGCCATAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCACAAATATTTTGTAGATGTTGGTTAAAATGTCTTTCTGCCATAT  750

seq1  TAATTCTATGCTTATTTTAATTGGGTACACCTCTATAAATTCACACTACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATTCTATGCTTATTTTAATTGGGTACACCTCTATAAATTCACACTACA  800

seq1  TCACAGTAAGCTTTGCACTACAGTCAGGAGTGAACCTTCTCTGAAAAGCT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAGTAAGCTTTGCACTACAGTCAGGAGTGAACCTTCTCTGAAAAGCT  850

seq1  TAATGGGAGGGAGTCATGGTGGGT-GGTGGGAAGGTT  886
      |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  TAATGGGAGGGAGTCATGGTGGGTGGGTGGGAAGGTT  887

seq1: chr2_125754053_125755221
seq2: B6Ng01-257C06.g_66_1244 (reverse)

seq1  CTCAC---TTAAA-GCAAGACT-CAC-AGTGATCATAA-TGTTAGATGTT  43
      |||||   ||||| |||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||
seq2  CTCACACTTTAAAGGCAAGACTCCACAAGTGATCATAACTGTTAGATGTT  50

seq1  GG-GAGAGCA-GAG-AGGAATTCTATGGT-GCGT-GTGCATTTGGGA-GT  87
      || |||  || ||| ||||| |||||||| |||| | |||||||||| ||
seq2  GGAGAGGCCAGGAGAAGGAAATCTATGGTGGCGTGGGGCATTTGGGAGGT  100

seq1  ACTGAGGTATTGAAACAGGGATA-GCAGAGTCCTGAGCAGAGGTAAGTTC  136
      ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||
seq2  ACTGAGGTA-TGAAACAGGGATAGGCAGAGTCCTGAGCAGAGGTAAG-TC  148

seq1  TGGGCAGTCAGGAAGAACAGCATTTGTTCCATGTTTCTGAATTGAAGGTA  186
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-GGCAGTCAGGAAGAACAGCAATTGTTCCATGTTTCTGAATTGAAGGTA  197

seq1  TTTTGGGAACAGTGCTGGGAGAACAGACTGGAGAGGTGAGCAGTGAGCTA  236
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGGGAACAGTGCT-GGAGAACAGACTGGAGAGGTGAGCAGTGAGCTA  246

seq1  AGGCTAGAAGAACTTGTGCACCACATTGAGAAGATGTAGATAAGCAAGAA  286
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTAGAAGAACTTGTGCACCACATTGAGAAGATGTAGATAAGCAAGAA  296

seq1  GGCAAGAGATGGACATAGTACATCAGGGTTTCAGCTCATCAATCTGAACG  336
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCAAGAGATGGACATAGTACATCAGGGTTTCAGCTCATCAATCTGAACG  346

seq1  GCTAATGGGGCGAGTGAGTCTTAACTCAAGCCTGGGAAGAAGGACCATGT  386
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATGGGGCGAGTGAGTCTTAACTCAAGCCTGGGAAGAAGGACCATGT  396

seq1  AACTGAAGAGCAATGCGGGTAACTAGGTGCCACTGTTGGAGCTGCAGAGG  436
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGAAGAGCAATGCGGGTAACTAGGTGCCACTGTTGGAGCTGCAGAGG  446

seq1  TCAGGATTTCAGGAAACCTCTATGATAGCAGAAGATCTGAGTGGTCAGCT  486
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGATTTCAGGAAACCTCTATGATAGCAGAAGATCTGAGTGGTCAGCT  496

seq1  TGCCACTCACCTGTGGATATGTGGAATATGTGGCCAATGACCTGGATATT  536
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCACTCACCTGTGGATATGTGGAATATGTGGCCAATGACCTGGATATT  546

seq1  GAGTGGCATTAGGATTTCTACAGGAAGCATGAATCAGCACTAGGTTCTAT  586
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGGCATTAGGATTTCTACAGGAAGCATGAATCAGCACTAGGTTCTAT  596

seq1  AATTATGTGTGCACTGGTCAGGAAGACATCCCTACTTAGAAAAGAATGGT  636
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTATGTGTGCACTGGTCAGGAAGACATCCCTACTTAGAAAAGAATGGT  646

seq1  AAACCAATTTTATGTTCAGTTTGGTTACAAGCTTAGAAGGCTTTGGATAC  686
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACCAATTTTATGTTCAGTTTGGTTACAAGCTTAGAAGGCTTTGGATAC  696

seq1  AAGATGAAGATTTTGAACTTATCATTAATAAATAGGAAACAAATAACGAT  736
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGATGAAGATTTTGAACTTATCATTAATAAATAGGAAACAAATAACGAT  746

seq1  CCCTTAACATTTTTAGTATGGACAGGATCACACTTCTTCATCCAGTTTCT  786
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTAACATTTTTAGTATGGACAGGATCACACTTCTTCATCCAGTTTCT  796

seq1  TCATCATGGCTGTACCTAGAGTGAGAACTTCTATCCTCACACTTAACATG  836
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCATGGCTGTACCTAGAGTGAGAACTTCTATCCTCACACTTAACATG  846

seq1  TGAGAGGGGCAACATTATTTTGGCTTGGAAGCTTTGGCCTGCCTTGGCTT  886
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGAGGGGCAACATTATTTTGGCTTGGAAGCTTTGGCCTGCCTTGGCTT  896

seq1  TGGAATTGTCATTGTCACTGTCTGGAGACAAATCCAAATGAATTATTGCC  936
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAATTGTCATTGTCACTGTCTGGAGACAAATCCAAATGAATTATTGCC  946

seq1  AGAGGAGGAGAGAGAGTGTCCACAGAAAGATAAGGGAGGCTGCATGCACT  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGGAGGAGAGAGAGTGTCCACAGAAAGATAAGGGAGGCTGCATGCACT  996

seq1  GCAGTCTTTTAGGGATAGAAAAATCAGCATGCACTCTCTGCTCTCATTCT  1036
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGTCTTTTAGGGATAGAAAAATCAGCATGCACTCTCTGCTCTCATTCT  1046

seq1  AGACCCACCATGGAGTTGGCACTTGATCTTGGTAAGTCTCCCTGCTGTGT  1086
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACCCACCATGGAGTTGGCACTTGATCTTGGTAAGTCTCCCTGCTGTGT  1096

seq1  CCAATGGGAGTCTAGAACTTCTGTGAAGAGCACATTGCTCTATTCAGTTC  1136
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATGGGAGTCTAGAACTTCTGTGAAGAGCACATTGCTCTATTCAGTTC  1146

seq1  CTATGTAACTGACCAGAGTTGGCACTGGAATTC  1169
      |||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTAACTGACCAGAGTTGGCACTGGAATTC  1179