BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-257M20
Chromosome2 (Build37)
Map Location 94,108,557 - 94,255,939
singlet/doubletdoublet
Overlap geneE530001K10Rik, Ttc17, Itpa-ps1, Api5
Upstream geneTspan18, LOC100042789, LOC639658, Cd82, Alx4, Ext2, 2610203E10Rik, Gm1967, Gm1335, LOC620695, Alkbh3, Hsd17b12
Downstream geneLOC100043259
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-257M20.bB6Ng01-257M20.g
ACCGA063405GA063406
length1,1811,126
definitionB6Ng01-257M20.b B6Ng01-257M20.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(94,254,756 - 94,255,939)(94,108,557 - 94,109,680)
sequence
gaattccccaataggccaagagttctcatacgttctacagcttgttcctg
ccgttctttttcttttgttgtttctaggctataagtatattcctggggca
tatttgaattgttagtagcttttttccagcggttaggaatggagcttaca
gcatttgcctccatattcaaagccctggcacaaaattttttttaaaaatg
tgaagttaaggtgaacttgaaatcactggtcactaaaatgctaattgtcc
tttaggatgaggctcaccaaaaagaagaaacttgagtggaatcctgtatg
ttaaccttagctgcattaagatcaaaaataaatgttcaaaatagagagat
gacagactgtgatgatacttttgaatagctgaaggcagctctggcctttg
tattaaaactaaaattttgttgtttggattcctttgagaagctagacaac
gttctgtgcatctttcatactcagaaaaaaaataattaaaaaatgtaaag
gttagttttgatagtctgttggtgaaaaacactttattgatgcatagcaa
ataattctgtacattagcacgctaagcgtgttgatacttaaggaaaatta
tttttgtggactggtatgtagttcagtataaggaagtccttgtctcttac
acctaagaagaatgtgggagcagtgagaaagaatcaatcatgccatgcac
cttaaatataaacaaatgcagtagtgagagagagctggctaaaggtcact
gcatctgtcactgacagatcaccgtcagcaaccaccgtggtactctcaaa
gctgaccattatgggtagtttaaaatatgcaatatgactaactaaagacc
tatagctttctgttgttgtattaagcatcttgaagtaagtatatctatcc
taacacttgtcacctttgactatgttgtctagtgcactaaacatgttaac
ttcattaaagtgagttgcatatcaatccatgaataaaattgtcattgtac
agaattgaccggagtcaggctcattacagagaaatattggctaagtggag
ctgttagttagtttttctgtcttcagattgaatctttttccttttgaaga
aaaaaggagatcggtcagaaaaatcaccttatagcataggtcagaaattt
tatagtgaacaacaaaattgaacctaaaagg

gaattcactgtgtagaccagactggccttgaactcagggtggggttaaag
gtgtgcactaccatgcctggccatctgtggaattcttaagcctaactctt
aggacaaaactgtatctgtcttcagacactccagaagaggaagtcagatc
tcgttatgagtggttgtgagccaccaagtggttgctgggatttgaaccca
ggatttgaagagcagccggtgctcttaatcgctgagtcatctctccagcc
ctttgattttcaagcatgaaccaaggagagctttctcagtgactacacgc
cacagtactgtatgacagagtaggttagcagggatctagaagtacggcag
ctgtttagatgtttgctggctttgtgttcacagggaaggaataataatta
aacaacagcaccctgatcttagacctccgatgaggcctgtatgacgtgat
gcttgcaaggctgtgtaacacggtgactgacagccaggggccccccagta
catgcttccttcctaactgtgaggaacacacacattcattctgcaaacaa
ccatctatgaggcaccgagatcttagaaagcttctgaactgtggccaacg
ttatttatatcatgttatgaaaacacacacccaactgaaagccatgctta
gctttcaaatcctcagtacactctgagtttcctcagccattctatcccat
cagaatctgtgggttcgaaacgtgttagcaagctaaagacacgcgggtgg
agaaacccatctggtggacctttgtgggggtctgggattaaaaagtggct
cattgcaggagtggatgatagtttaagaacatttcctggcatttacattt
tgctttctttgggtttcagttacccacagccaactttgttctgaaaatag
tgaataaacactatccccccaaataatttatgactcactgagtaaagaaa
gacatctgccatcaagtctgatgacctgagttcgactcctagtactcaac
ttggtggaaggagagagctgacctcctgaaagtgaccctattattttatt
tattatttagttattatttattatgacagactatttattattatttaatt
atttattattatttatttaatttatt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_94254756_94255939
seq2: B6Ng01-257M20.b_46_1226 (reverse)

seq1  CCTTTTAGG-TCAATTTTG-TGTTCACTATAAAATTTCTGACCTTATTGC  48
      ||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |||
seq2  CCTTTTAGGTTCAATTTTGTTGTTCACTATAAAATTTCTGACCT--ATGC  48

seq1  TTATTAGGTGA-TTTTCTGACGAATCTCCCTTTTTCTCAAAAAGGAAAAA  97
       ||| |||||| |||||||||  |||||| |||||||  |||||||||||
seq2  -TATAAGGTGATTTTTCTGACCGATCTCCTTTTTTCTTCAAAAGGAAAAA  97

seq1  GATTTCAATTCTG-AGACAG-AAAACTAACTAAACAGCTCCAACTTAGCC  145
      || ||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||
seq2  GA-TTCAA-TCTGAAGACAGAAAAACTAACT-AACAGCTCC-ACTTAGCC  143

seq1  AATATTTCTCTGTAATGGAGCCTGACT-CGGTCAATTCTTGTACAATGAC  194
      |||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  AATATTTCTCTGTAAT-GAGCCTGACTCCGGTCAATTC-TGTACAATGAC  191

seq1  AATTTTATTCATGGATTGATATGCAACTCACTTTAATGAAGTTAACATGT  244
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTATTCATGGATTGATATGCAACTCACTTTAATGAAGTTAACATGT  241

seq1  TTAGTGCACTAGACAACATAGTCAAAGGTGACAAGTGTTAGGATAGATAT  294
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGCACTAGACAACATAGTCAAAGGTGACAAGTGTTAGGATAGATAT  291

seq1  ACTTACTTCAAGATGCTTAATACAACAACAGAAAGCTATAGGTCTTTAGT  344
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTACTTCAAGATGCTTAATACAACAACAGAAAGCTATAGGTCTTTAGT  341

seq1  TAGTCATATTGCATATTTTAAACTACCCATAATGGTCAGCTTTGAGAGTA  394
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTCATATTGCATATTTTAAACTACCCATAATGGTCAGCTTTGAGAGTA  391

seq1  CCACGGTGGTTGCTGACGGTGATCTGTCAGTGACAGATGCAGTGACCTTT  444
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACGGTGGTTGCTGACGGTGATCTGTCAGTGACAGATGCAGTGACCTTT  441

seq1  AGCCAGCTCTCTCTCACTACTGCATTTGTTTATATTTAAGGTGCATGGCA  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAGCTCTCTCTCACTACTGCATTTGTTTATATTTAAGGTGCATGGCA  491

seq1  TGATTGATTCTTTCTCACTGCTCCCACATTCTTCTTAGGTGTAAGAGACA  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGATTCTTTCTCACTGCTCCCACATTCTTCTTAGGTGTAAGAGACA  541

seq1  AGGACTTCCTTATACTGAACTACATACCAGTCCACAAAAATAATTTTCCT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACTTCCTTATACTGAACTACATACCAGTCCACAAAAATAATTTTCCT  591

seq1  TAAGTATCAACACGCTTAGCGTGCTAATGTACAGAATTATTTGCTATGCA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTATCAACACGCTTAGCGTGCTAATGTACAGAATTATTTGCTATGCA  641

seq1  TCAATAAAGTGTTTTTCACCAACAGACTATCAAAACTAACCTTTACATTT  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATAAAGTGTTTTTCACCAACAGACTATCAAAACTAACCTTTACATTT  691

seq1  TTTAATTATTTTTTTTCTGAGTATGAAAGATGCACAGAACGTTGTCTAGC  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTAATTATTTTTTTTCTGAGTATGAAAGATGCACAGAACGTTGTCTAGC  741

seq1  TTCTCAAAGGAATCCAAACAACAAAATTTTAGTTTTAATACAAAGGCCAG  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCAAAGGAATCCAAACAACAAAATTTTAGTTTTAATACAAAGGCCAG  791

seq1  AGCTGCCTTCAGCTATTCAAAAGTATCATCACAGTCTGTCATCTCTCTAT  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTGCCTTCAGCTATTCAAAAGTATCATCACAGTCTGTCATCTCTCTAT  841

seq1  TTTGAACATTTATTTTTGATCTTAATGCAGCTAAGGTTAACATACAGGAT  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGAACATTTATTTTTGATCTTAATGCAGCTAAGGTTAACATACAGGAT  891

seq1  TCCACTCAAGTTTCTTCTTTTTGGTGAGCCTCATCCTAAAGGACAATTAG  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCACTCAAGTTTCTTCTTTTTGGTGAGCCTCATCCTAAAGGACAATTAG  941

seq1  CATTTTAGTGACCAGTGATTTCAAGTTCACCTTAACTTCACATTTTTAAA  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTTAGTGACCAGTGATTTCAAGTTCACCTTAACTTCACATTTTTAAA  991

seq1  AAAAATTTTGTGCCAGGGCTTTGAATATGGAGGCAAATGCTGTAAGCTCC  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTTTGTGCCAGGGCTTTGAATATGGAGGCAAATGCTGTAAGCTCC  1041

seq1  ATTCCTAACCGCTGGAAAAAAGCTACTAACAATTCAAATATGCCCCAGGA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTAACCGCTGGAAAAAAGCTACTAACAATTCAAATATGCCCCAGGA  1091

seq1  ATATACTTATAGCCTAGAAACAACAAAAGAAAAAGAACGGCAGGAACAAG  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATACTTATAGCCTAGAAACAACAAAAGAAAAAGAACGGCAGGAACAAG  1141

seq1  CTGTAGAACGTATGAGAACTCTTGGCCTATTGGGGAATTC  1184
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAGAACGTATGAGAACTCTTGGCCTATTGGGGAATTC  1181


seq1: chr2_94108557_94109680
seq2: B6Ng01-257M20.g_68_1193

seq1  GAATTCACTGTGTAGACCAGACTGGCCTTGAACTCAGGGTGGGGTTAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACTGTGTAGACCAGACTGGCCTTGAACTCAGGGTGGGGTTAAAG  50

seq1  GTGTGCACTACCATGCCTGGCCATCTGTGGAATTCTTAAGCCTAACTCTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCACTACCATGCCTGGCCATCTGTGGAATTCTTAAGCCTAACTCTT  100

seq1  AGGACAAAACTGTATCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGAAGTCAGATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAAAACTGTATCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGAAGTCAGATC  150

seq1  TCGTTATGAGTGGTTGTGAGCCACCAAGTGGTTGCTGGGATTTGAACCCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGTTATGAGTGGTTGTGAGCCACCAAGTGGTTGCTGGGATTTGAACCCA  200

seq1  GGATTTGAAGAGCAGCCGGTGCTCTTAATCGCTGAGTCATCTCTCCAGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGATTTGAAGAGCAGCCGGTGCTCTTAATCGCTGAGTCATCTCTCCAGCC  250

seq1  CTTTGATTTTCAAGCATGAACCAAGGAGAGCTTTCTCAGTGACTACACGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGATTTTCAAGCATGAACCAAGGAGAGCTTTCTCAGTGACTACACGC  300

seq1  CACAGTACTGTATGACAGAGTAGGTTAGCAGGGATCTAGAAGTACGGCAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGTACTGTATGACAGAGTAGGTTAGCAGGGATCTAGAAGTACGGCAG  350

seq1  CTGTTTAGATGTTTGCTGGCTTTGTGTTCACAGGGAAGGAATAATAATTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTTTAGATGTTTGCTGGCTTTGTGTTCACAGGGAAGGAATAATAATTA  400

seq1  AACAACAGCACCCTGATCTTAGACCTCCGATGAGGCCTGTATGACGTGAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACAACAGCACCCTGATCTTAGACCTCCGATGAGGCCTGTATGACGTGAT  450

seq1  GCTTGCAAGGCTGTGTAACACGGTGACTGACAGCCAGGGGCCCCCCAGTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTGCAAGGCTGTGTAACACGGTGACTGACAGCCAGGGGCCCCCCAGTA  500

seq1  CATGCTTCCTTCCTAACTGTGAGGAACACACACATTCATTCTGCAAACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCTTCCTTCCTAACTGTGAGGAACACACACATTCATTCTGCAAACAA  550

seq1  CCATCTATGAGGCACCGAGATCTTAGAAAGCTTCTGAACTGTGGCCAACG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCTATGAGGCACCGAGATCTTAGAAAGCTTCTGAACTGTGGCCAACG  600

seq1  TTATTTATATCATGTTATGAAAACACACACCCAACTGAAAGCCATGCTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTATATCATGTTATGAAAACACACACCCAACTGAAAGCCATGCTTA  650

seq1  GCTTTCAAATCCTCAGTACACTCTGAGTTTCCTCAGCCATTCTATCCCAT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTTTCAAATCCTCAGTACACTCTGAGTTTCCTCAGCCATTCTATCCCAT  700

seq1  CAGAATCTGTGGGTTCGAAACGTGTTAGCAAGCTAAAGACACGCGGGTGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCTGTGGGTTCGAAACGTGTTAGCAAGCTAAAGACACGCGGGTGG  750

seq1  AGAAACCCATCTGGTGGACCTTTGTGGGGGTCTGGGATTAAAAAGTGGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAACCCATCTGGTGGACCTTTGTGGGGGTCTGGGATTAAAAAGTGGCT  800

seq1  CATTGCAGGAGTGGATGATAGTTTAAGAACATTTCCTGGCATTTACATTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTGCAGGAGTGGATGATAGTTTAAGAACATTTCCTGGCATTTACATTT  850

seq1  TGCTTTCTTTGGGTTTCAGTTACCCACAGCCAACTTTGTTCTGAAAATAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTTTCTTTGGGTTTCAGTTACCCACAGCCAACTTTGTTCTGAAAATAG  900

seq1  TGAATAAACACTATCCCCCCAAATAATTTATGACTCACTGAGTAAAGAAA  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATAAACACTATCCCCCCAAATAATTTATGACTCACTGAGTAAAGAAA  950

seq1  GACATCTGCCATCAAGTCTGATGACCTGAGTTCGACTCCTAGTACTC-AC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  GACATCTGCCATCAAGTCTGATGACCTGAGTTCGACTCCTAGTACTCAAC  1000

seq1  TTGGTGGAAGGAGAGAGCTGA-CTCCTGAAAGTTGACCTATTTATTTATT  1048
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||  ||||||
seq2  TTGGTGGAAGGAGAGAGCTGACCTCCTGAAAGTGACCCTATTATTTTATT  1050

seq1  TATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTGACAGACCTATTTAT--TTATT  1096
      || ||||||| ||| |||||||||   ||||||| ||||||||  |||||
seq2  TA-TTATTTAGTTA-TTATTTATT--ATGACAGA-CTATTTATTATTATT  1095

seq1  TATTTATTTAT--TTATTTATTT-ATTTATT  1124
      || ||||||||  |||||||||| |||||||
seq2  TAATTATTTATTATTATTTATTTAATTTATT  1126


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |