BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-258O06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 53,968,411 - 54,175,477
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC666913, LOC626563
Upstream geneFmnl2, Prpf40a, Arl6ip6, LOC666872, LOC666876, LOC207933, Rprm
Downstream geneLOC100041792, LOC100042878, Galnt13, LOC666936
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-258O06.bB6Ng01-258O06.g
ACCGA064212GA064213
length1,1701,114
definitionB6Ng01-258O06.b B6Ng01-258O06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(54,174,300 - 54,175,477)(53,968,411 - 53,969,522)
sequence
ggaattcaagccataaattctatctcaatgtatcatccaagaccttcact
ccaagctagtttcttcatgcaactaacaatcagattcttgtaatgaatca
aaaaagatcaacaataaatctcaagatatatagctgaggcttgaggcatc
ctgccttcgttgtcagaacttgtgaggacagaaactgaggtgggatatca
gggaaatgacagctgcttgtgacctatgggcaatccttctctagaaccta
aaggtaagtaccactacattccttcttacataactactcagcagagccca
cagacatccaacaagaaagcatattgttgtttgaatgaaaagcttaagta
tcttcttgaagaacagtgtgcgtgcttgtgtctggcttctggttttcagg
atacattccaaaaataaccctcacaatactgtgagggcagagtgaaggag
taggaaattgacccacaaagtctccttatgatccacactttgctacctca
gtatcacacagttataaaaatatgaagtgggctgatgggcagaatgtgaa
gccatctcattggctttaaacatcacttacttactagacttgggatttgt
tattatagggagccagcatttaaagcagtggttcttaacctatgacccgt
gactcctctgcagatggaatgatgcttttatgaggggtcacatatctgat
agctgcatattagatatttacatttgattcaaaactatagtaaaattaga
gcaatgaagtagtaacgaaatcattttatggttggggtcaccacaacatg
aggtctcagcactattaaggttgagggtctctgatttaaaggctaatatg
tgtatacatgtaaatattacttacactatgatatctggtataccacagta
tttgttactaggagcagacaaaggtcttaatcagggtttctatttctgca
caaacatcatgacccagaaagcaagttggggaggaaagggtttatcagct
tacacttccacattgctgttcatcacaggaagtcaagactggaactcaag
caggtcagggagcaggagctgattcgaaggcaatggagggatgtggctac
tgcttgctccccttggcttgcctcagctgcttctctttatgaccaagact
acagctagaatggtcccacc

gaattcctattgcctttttgcttttttgtgtcttgttagactacttttga
ttcagtgttctggaaatggttatttatgtttctgtttttttgtgacggga
cctagactctgaagtttgattgttggaaatgttttaggtatggaatcact
gtctcccctttttgagtggatgtttgaagttattttctttggccctatct
ttgtccgatggtagccctgctctatgtagttcaggtttcagttttggtaa
aaaaaacaaatcagtttttatgagtatcagctcaaaccaagtgaggtttc
taagctcagaaacaaatcctttgtagaggtagaagattctcatagctaaa
cttcaggagtctgggcaaactacttatgaaattctttaagaaaatgtaag
ggagctaacaaagttgggaattctagattctaatatgaataaaataatat
aagttgggaggcagaaagcagaaatgagtccctttgtacttaagcaggtt
tccaggatgagtggagtgttggtgcagaagacagagcgcccttacctaga
ggaatattacctagggatattccttggagagcttttatagagtaatgtat
ctaggctaagtctctaaacaaccagtttagtagactgtggatgttttaaa
aaaactatcagtaactctcatatgttctttgtgttaaaaagaacatattc
ttattttctaatacaaaagccagattttctaagagaaatgattaaattta
gggctgagacaggaaaatacaatatgcatttcaaatgctgtgtaatactg
gaatgcaagtagattctcaacaagacatgattttcagaaatgtatatgca
accaacgtgaaggaaccaaccaacaaccagtgctggaacattttaaggag
taaatagtcattgtggcagtatttgaatttctgcccatgaatgaaataag
gcttcatcaatcttaacaattccatttttaaaaatgaattaacagcaacc
agaagacagatagttcttcctcatagtagaattctttagtaataaggtga
agaaaggacaggattgttttgcaaacactttaaatgcagttaggatccac
catgttttgttaaa
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_54174300_54175477
seq2: B6Ng01-258O06.b_47_1215 (reverse)

seq1  GGTGGGACCATCTCTGGGCTGGTAGTCTTGGGTTCTATAAGAG-AGCAGG  49
      ||||||||||| |||  ||| ||||||||||  ||   ||||| |||| |
seq2  GGTGGGACCAT-TCT-AGCT-GTAGTCTTGG--TCATAAAGAGAAGCA-G  44

seq1  CTGA-GCAAGCCAGGGGAAGCAAGCCAGTAAGCAACATCCCTCCATGGCC  98
      |||| |||||||| ||| |||||| |||| ||| |||||||||||| |||
seq2  CTGAGGCAAGCCAAGGGGAGCAAG-CAGT-AGCCACATCCCTCCATTGCC  92

seq1  TCTGAATCAGCTCCTGCTTCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCCTGACTTC  148
      |  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  TTCGAATCAGCTCCTGCTCCCTGACCTGCTTGAGTTCCAGTCTTGACTTC  142

seq1  CTTGGTGATGAACAGCAATGTGGAAGTGTAAGCTGAATAAACCCTTTCCT  198
      ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  CT--GTGATGAACAGCAATGTGGAAGTGTAAGCTG-ATAAACCCTTTCCT  189

seq1  CCCCAACTTGC-TTCTTGGTCATGATGTTTTGTGCAGGAATAGAAACCCT  247
      ||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||| ||||||||||||
seq2  CCCCAACTTGCTTTCTGGGTCATGATG-TTTGTGCAGAAATAGAAACCCT  238

seq1  GATTAAGACCTTTGTCTGCTCCTAGTAACAAATACTGTGGTATACCAGAT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTAAGACCTTTGTCTGCTCCTAGTAACAAATACTGTGGTATACCAGAT  288

seq1  ATCATAGTGTAAGTAATATTTACATGTATACACATATTAGCCTTTAAATC  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAGTGTAAGTAATATTTACATGTATACACATATTAGCCTTTAAATC  338

seq1  AGAGACCCTCAACCTTAATAGTGCTGAGACCTCATGTTGTGGTGACCCCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGACCCTCAACCTTAATAGTGCTGAGACCTCATGTTGTGGTGACCCCA  388

seq1  ACCATAAAATGATTTCGTTACTACTTCATTGCTCTAATTTTACTATAGTT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCATAAAATGATTTCGTTACTACTTCATTGCTCTAATTTTACTATAGTT  438

seq1  TTGAATCAAATGTAAATATCTAATATGCAGCTATCAGATATGTGACCCCT  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATCAAATGTAAATATCTAATATGCAGCTATCAGATATGTGACCCCT  488

seq1  CATAAAAGCATCATTCCATCTGCAGAGGAGTCACGGGTCATAGGTTAAGA  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAAAAGCATCATTCCATCTGCAGAGGAGTCACGGGTCATAGGTTAAGA  538

seq1  ACCACTGCTTTAAATGCTGGCTCCCTATAATAACAAATCCCAAGTCTAGT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCACTGCTTTAAATGCTGGCTCCCTATAATAACAAATCCCAAGTCTAGT  588

seq1  AAGTAAGTGATGTTTAAAGCCAATGAGATGGCTTCACATTCTGCCCATCA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTAAGTGATGTTTAAAGCCAATGAGATGGCTTCACATTCTGCCCATCA  638

seq1  GCCCACTTCATATTTTTATAACTGTGTGATACTGAGGTAGCAAAGTGTGG  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCCACTTCATATTTTTATAACTGTGTGATACTGAGGTAGCAAAGTGTGG  688

seq1  ATCATAAGGAGACTTTGTGGGTCAATTTCCTACTCCTTCACTCTGCCCTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATAAGGAGACTTTGTGGGTCAATTTCCTACTCCTTCACTCTGCCCTC  738

seq1  ACAGTATTGTGAGGGTTATTTTTGGAATGTATCCTGAAAACCAGAAGCCA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTATTGTGAGGGTTATTTTTGGAATGTATCCTGAAAACCAGAAGCCA  788

seq1  GACACAAGCACGCACACTGTTCTTCAAGAAGATACTTAAGCTTTTCATTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACAAGCACGCACACTGTTCTTCAAGAAGATACTTAAGCTTTTCATTC  838

seq1  AAACAACAATATGCTTTCTTGTTGGATGTCTGTGGGCTCTGCTGAGTAGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACAACAATATGCTTTCTTGTTGGATGTCTGTGGGCTCTGCTGAGTAGT  888

seq1  TATGTAAGAAGGAATGTAGTGGTACTTACCTTTAGGTTCTAGAGAAGGAT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTAAGAAGGAATGTAGTGGTACTTACCTTTAGGTTCTAGAGAAGGAT  938

seq1  TGCCCATAGGTCACAAGCAGCTGTCATTTCCCTGATATCCCACCTCAGTT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCCATAGGTCACAAGCAGCTGTCATTTCCCTGATATCCCACCTCAGTT  988

seq1  TCTGTCCTCACAAGTTCTGACAACGAAGGCAGGATGCCTCAAGCCTCAGC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTCCTCACAAGTTCTGACAACGAAGGCAGGATGCCTCAAGCCTCAGC  1038

seq1  TATATATCTTGAGATTTATTGTTGATCTTTTTTGATTCATTACAAGAATC  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATATATCTTGAGATTTATTGTTGATCTTTTTTGATTCATTACAAGAATC  1088

seq1  TGATTGTTAGTTGCATGAAGAAACTAGCTTGGAGTGAAGGTCTTGGATGA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGTTAGTTGCATGAAGAAACTAGCTTGGAGTGAAGGTCTTGGATGA  1138

seq1  TACATTGAGATAGAATTTATGGCTTGAATTC  1178
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATTGAGATAGAATTTATGGCTTGAATTC  1169


seq1: chr2_53968411_53969522
seq2: B6Ng01-258O06.g_70_1183

seq1  GAATTCCTATTGCCTTTTTGCTTTTTTGTGTCTTGTTAGACTACTTTTGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATTGCCTTTTTGCTTTTTTGTGTCTTGTTAGACTACTTTTGA  50

seq1  TTCAGTGTTCTGGAAATGGTTATTTATGTTTCTGTTTTTTTGTGACGGGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAGTGTTCTGGAAATGGTTATTTATGTTTCTGTTTTTTTGTGACGGGA  100

seq1  CCTAGACTCTGAAGTTTGATTGTTGGAAATGTTTTAGGTATGGAATCACT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGACTCTGAAGTTTGATTGTTGGAAATGTTTTAGGTATGGAATCACT  150

seq1  GTCTCCCCTTTTTGAGTGGATGTTTGAAGTTATTTTCTTTGGCCCTATCT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCCCTTTTTGAGTGGATGTTTGAAGTTATTTTCTTTGGCCCTATCT  200

seq1  TTGTCCGATGGTAGCCCTGCTCTATGTAGTTCAGGTTTCAGTTTTGGTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCCGATGGTAGCCCTGCTCTATGTAGTTCAGGTTTCAGTTTTGGTAA  250

seq1  AAAAAACAAATCAGTTTTTATGAGTATCAGCTCAAACCAAGTGAGGTTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAAACAAATCAGTTTTTATGAGTATCAGCTCAAACCAAGTGAGGTTTC  300

seq1  TAAGCTCAGAAACAAATCCTTTGTAGAGGTAGAAGATTCTCATAGCTAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGCTCAGAAACAAATCCTTTGTAGAGGTAGAAGATTCTCATAGCTAAA  350

seq1  CTTCAGGAGTCTGGGCAAACTACTTATGAAATTCTTTAAGAAAATGTAAG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGGAGTCTGGGCAAACTACTTATGAAATTCTTTAAGAAAATGTAAG  400

seq1  GGAGCTAACAAAGTTGGGAATTCTAGATTCTAATATGAATAAAATAATAT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGCTAACAAAGTTGGGAATTCTAGATTCTAATATGAATAAAATAATAT  450

seq1  AAGTTGGGAGGCAGAAAGCAGAAATGAGTCCCTTTGTACTTAAGCAGGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGGAGGCAGAAAGCAGAAATGAGTCCCTTTGTACTTAAGCAGGTT  500

seq1  TCCAGGATGAGTGGAGTGTTGGTGCAGAAGACAGAGCGCCCTTACCTAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGGATGAGTGGAGTGTTGGTGCAGAAGACAGAGCGCCCTTACCTAGA  550

seq1  GGAATATTACCTAGGGATATTCCTTGGAGAGCTTTTATAGAGTAATGTAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAATATTACCTAGGGATATTCCTTGGAGAGCTTTTATAGAGTAATGTAT  600

seq1  CTAGGCTAAGTCTCTAAACAACCAGTTTAGTAGACTGTGGATGTTTTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGGCTAAGTCTCTAAACAACCAGTTTAGTAGACTGTGGATGTTTTAAA  650

seq1  AAAACTATCAGTAACTCTCATATGTTCTTTGTGTTAAAAAGAACATATTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAACTATCAGTAACTCTCATATGTTCTTTGTGTTAAAAAGAACATATTC  700

seq1  TTATTTTCTAATACAAAAGCCAGATTTTCTAAGAGAAATGATTAAATTTA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTTCTAATACAAAAGCCAGATTTTCTAAGAGAAATGATTAAATTTA  750

seq1  GGGCTGAGACAGGAAAATACAATATGCATTTCAAATGCTGTGTAATACTG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCTGAGACAGGAAAATACAATATGCATTTCAAATGCTGTGTAATACTG  800

seq1  GAATGCAAGTAGATTCTCAACAAGACATGATTTTCAGAAATGTATATGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATGCAAGTAGATTCTCAACAAGACATGATTTTCAGAAATGTATATGCA  850

seq1  ACCAACGTGAAGGAACCAACCAACAACCAGTGCTGGAACAATTTAAGGAG  900
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ACCAACGTGAAGGAACCAACCAACAACCAGTGCTGGAACATTTTAAGGAG  900

seq1  TAAAATAGTCATTGTGGCAGTA-TTGAATTTCTGCCCATGAATGAAATAA  949
      | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  T-AAATAGTCATTGTGGCAGTATTTGAATTTCTGCCCATGAATGAAATAA  949

seq1  GGCTTCATCAATCTTAACAA-TCCATTTTTAAAATGGAATTAACAAGCAA  998
      |||||||||||||||||||| |||||||||||||  |||||||| |||||
seq2  GGCTTCATCAATCTTAACAATTCCATTTTTAAAAATGAATTAAC-AGCAA  998

seq1  ACAGAAGAACAGATAGTTCTTCCTCATAGTAGAA-TCTTAGTTAATAA-G  1046
       |||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||   |||||| |
seq2  CCAGAAG-ACAGATAGTTCTTCCTCATAGTAGAATTCTTTAGTAATAAGG  1047

seq1  TGAAGAAAGGACAAGA-TGTTTGGCAAACACTTTAAATGCAGTTAGGATC  1095
      ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAAGGACAGGATTGTTTTGCAAACACTTTAAATGCAGTTAGGATC  1097

seq1  CACCAATGTTTGTTAAA  1112
      |||||   |||||||||
seq2  CACCATGTTTTGTTAAA  1114


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |