BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-259H01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 116,868,669 - 117,012,462
singlet/doubletdoublet
Overlap geneLOC241621, Spred1
Upstream geneMrg1, G630016G05Rik, 2810405F15Rik, LOC433464, Tmco5, LOC100043557
Downstream geneLOC624574, 2610510H03Rik, Rasgrp1, Thbs1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-259H01.bB6Ng01-259H01.g
ACCGA064620GA064621
length1,0851,105
definitionB6Ng01-259H01.b B6Ng01-259H01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(117,011,365 - 117,012,462)(116,868,669 - 116,869,770)
sequence
gaattcctgggatgtgctaccatgcctggcttcacagggcaagtgagtaa
gcccttgaatgtttcttagatatgtaacttcacgaagatgagaagtacct
atagccaagccttttgaaatttattgcccaatatagtcatttaaataaat
ttcctacgtatatatgaaaataaagtttctcttatatttttaaaggtttg
ttttccttgcatgtatgtatgtatattcacaagtgtctgcaaagaacaac
agagggtgtcagatctcctaaaactggaggttcagaccgatagatgtaag
ctaccatgtggcactgggaactgaacccaggtcctctccatgagcagcga
tcactctcaaccacctctccagacccttttttttttggtaattttgagaa
actctggctcaagaattcaaggatacagttcctcttggtggtgcagtcac
ggcaacaggagctgcggcagctgatcatgctttctctgcatcaggaagta
gagggagatgagtcagtgttggaggttagctagctttccccctttacctc
agaatgattctacccagtttgtatgggtcttccttcccacctcagttagt
tctgaggctcgtttccatggagatcctagatccttgaaatctagatgata
aagctgacaatcaagattaaccatcaggcagggaacaaattaaaacccta
agaaaagaaccattcactagaagaaaggggcttcagacattagggagata
agtctaagataacacacaggacagcccagtagacgggttgttggagtgcc
tgcctctcgtgctcaggacagtgagctcattctcagaagcaccaactttt
aataaccttctctttccaaagggaaatgattttagtcagtcgcagatcaa
ggtgcagaagtaatggatgggtgcccacatttacacagcacaatagactt
gaggttgcactatgaccagaagcaacagagcctcttgtagaatctaaagc
attgcaaaacatggtagagctcaccctgtttctactgtcatctaatatca
agccatactctttagttgacttatactgaagtcag

gaattcatggagatacgtgtgcctctgccttccgagcgcagggattaaag
gcatatgctaccactgcctgtctgataaattcttttaaatgagcaagtat
gtgcaaatatgcttcttcataactgccaattggatcctccaaatcagaag
gagaaaatatctttccaaagttgatacaaatggttctttagcagtgctta
ggtaattaataatgatgctaggtgtttacagcattcttctaatctataaa
tcacaaaatcggcattaaactctaattaagtggaacacatatatacctgc
aatttcccccttaaagggtagtgatattccatgatatattcatgggctgg
caaatatttgatacttgatcaacagagcttcattaaagaatttttttttc
tttttgctttttcgagacagggtttctctgtgtagccctggctgtcctgg
agctcactctgtagaccaggctggcttcgaactcagaaatccacctgcct
ctgcctccctagtgctgggattaaaggtgtgcaccaccactgaccagctc
ctcaacagagctccatagtggataattatttcaggaactccagtcagagg
ccagagcctcatagaaaagcatgccaaccaaccctttgagtatcttctct
atggctagggagaagagcctggaaaagccaaaggagatcctgtcaagagt
atatggttctgccaagcagccttcctccggtccagagacatactgaggga
tttgttgtttcactatttcattttataattaaaattctcctgcagcattc
acacccaaaatggccaacttcacctgtgtcacccagtggactgcccagca
ctggctggtggaagagagcaaatgtctgccacttaagctcatttgcaaag
cagagtcagtgacgtgtacattctcctaccaggcaagtttacgggttgta
atttgttatgaaactcagagctgacttgtagaaccaggggggatcgggct
gcccttctggcttaccaagtccagtgaacatcagacttgcaagcagctgc
atagtttcccctctctgctggagtttctgtttgttcaacagaaagcagct
aagga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_117011365_117012462
seq2: B6Ng01-259H01.b_46_1130 (reverse)

seq1  CTGACTTCAGTATTAAGGCCACTAAAAGAGTTATGCTTTGAATATTTAGA  50
      |||||||||||| |||| | ||| |||||| ||||  ||| ||| |||||
seq2  CTGACTTCAGTA-TAAGTCAACT-AAAGAG-TATGGCTTG-ATA-TTAGA  45

seq1  TGACAGTAGAAACAGGGTGAGCCTCTACCATGTTTTTGCAATGCCTTAGA  100
      ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  TGACAGTAGAAACAGGGTGAG-CTCTACCATG-TTTTGCAATGCTTTAGA  93

seq1  TTCTAACAAAGAGGCCTCTGTTTGCTTCCTGGTCATAGTGCAACCTCAAG  150
      |||||   |||||| ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTA--CAAGAGG-CTCTG-TTGCTT-CTGGTCATAGTGCAACCTCAAG  138

seq1  TCTATTGTGCTGTGTAAATGTGGGCACCCATCCATTACTTCCTGCACCTT  200
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||
seq2  TCTATTGTGCTGTGTAAATGTGGGCACCCATCCATTACTT-CTGCACCTT  187

seq1  GATCTGCGACTGACTAAAATCATTTCCCTTTGGAAAGAGAAGGTTATTAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCTGCGACTGACTAAAATCATTTCCCTTTGGAAAGAGAAGGTTATTAA  237

seq1  AAGTTGGTGCTTCTGAGAATGAGCTCACTGTCCTGAGCACGAGAGGCAGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTTGGTGCTTCTGAGAATGAGCTCACTGTCCTGAGCACGAGAGGCAGG  287

seq1  CACTCCAACAACCCGTCTACTGGGCTGTCCTGTGTGTTATCTTAGACTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTCCAACAACCCGTCTACTGGGCTGTCCTGTGTGTTATCTTAGACTTA  337

seq1  TCTCCCTAATGTCTGAAGCCCCTTTCTTCTAGTGAATGGTTCTTTTCTTA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTAATGTCTGAAGCCCCTTTCTTCTAGTGAATGGTTCTTTTCTTA  387

seq1  GGGTTTTAATTTGTTCCCTGCCTGATGGTTAATCTTGATTGTCAGCTTTA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTTTTAATTTGTTCCCTGCCTGATGGTTAATCTTGATTGTCAGCTTTA  437

seq1  TCATCTAGATTTCAAGGATCTAGGATCTCCATGGAAACGAGCCTCAGAAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATCTAGATTTCAAGGATCTAGGATCTCCATGGAAACGAGCCTCAGAAC  487

seq1  TAACTGAGGTGGGAAGGAAGACCCATACAAACTGGGTAGAATCATTCTGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGAGGTGGGAAGGAAGACCCATACAAACTGGGTAGAATCATTCTGA  537

seq1  GGTAAAGGGGGAAAGCTAGCTAACCTCCAACACTGACTCATCTCCCTCTA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAAGGGGGAAAGCTAGCTAACCTCCAACACTGACTCATCTCCCTCTA  587

seq1  CTTCCTGATGCAGAGAAAGCATGATCAGCTGCCGCAGCTCCTGTTGCCGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCTGATGCAGAGAAAGCATGATCAGCTGCCGCAGCTCCTGTTGCCGT  637

seq1  GACTGCACCACCAAGAGGAACTGTATCCTTGAATTCTTGAGCCAGAGTTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCACCACCAAGAGGAACTGTATCCTTGAATTCTTGAGCCAGAGTTT  687

seq1  CTCAAAATTACCAAAAAAAAAAGGGTCTGGAGAGGTGGTTGAGAGTGATC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAATTACCAAAAAAAAAAGGGTCTGGAGAGGTGGTTGAGAGTGATC  737

seq1  GCTGCTCATGGAGAGGACCTGGGTTCAGTTCCCAGTGCCACATGGTAGCT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGCTCATGGAGAGGACCTGGGTTCAGTTCCCAGTGCCACATGGTAGCT  787

seq1  TACATCTATCGGTCTGAACCTCCAGTTTTAGGAGATCTGACACCCTCTGT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACATCTATCGGTCTGAACCTCCAGTTTTAGGAGATCTGACACCCTCTGT  837

seq1  TGTTCTTTGCAGACACTTGTGAATATACATACATACATGCAAGGAAAACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTCTTTGCAGACACTTGTGAATATACATACATACATGCAAGGAAAACA  887

seq1  AACCTTTAAAAATATAAGAGAAACTTTATTTTCATATATACGTAGGAAAT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCTTTAAAAATATAAGAGAAACTTTATTTTCATATATACGTAGGAAAT  937

seq1  TTATTTAAATGACTATATTGGGCAATAAATTTCAAAAGGCTTGGCTATAG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTTAAATGACTATATTGGGCAATAAATTTCAAAAGGCTTGGCTATAG  987

seq1  GTACTTCTCATCTTCGTGAAGTTACATATCTAAGAAACATTCAAGGGCTT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTCTCATCTTCGTGAAGTTACATATCTAAGAAACATTCAAGGGCTT  1037

seq1  ACTCACTTGCCCTGTGAAGCCAGGCATGGTAGCACATCCCAGGAATTC  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACTTGCCCTGTGAAGCCAGGCATGGTAGCACATCCCAGGAATTC  1085


seq1: chr2_116868669_116869770
seq2: B6Ng01-259H01.g_64_1168

seq1  GAATTCATGGAGATACGTGTGCCTCTGCCTTCCGAGCGCAGGGATTAAAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATGGAGATACGTGTGCCTCTGCCTTCCGAGCGCAGGGATTAAAG  50

seq1  GCATATGCTACCACTGCCTGTCTGATAAATTCTTTTAAATGAGCAAGTAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATATGCTACCACTGCCTGTCTGATAAATTCTTTTAAATGAGCAAGTAT  100

seq1  GTGCAAATATGCTTCTTCATAACTGCCAATTGGATCCTCCAAATCAGAAG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCAAATATGCTTCTTCATAACTGCCAATTGGATCCTCCAAATCAGAAG  150

seq1  GAGAAAATATCTTTCCAAAGTTGATACAAATGGTTCTTTAGCAGTGCTTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAAATATCTTTCCAAAGTTGATACAAATGGTTCTTTAGCAGTGCTTA  200

seq1  GGTAATTAATAATGATGCTAGGTGTTTACAGCATTCTTCTAATCTATAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAATTAATAATGATGCTAGGTGTTTACAGCATTCTTCTAATCTATAAA  250

seq1  TCACAAAATCGGCATTAAACTCTAATTAAGTGGAACACATATATACCTGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACAAAATCGGCATTAAACTCTAATTAAGTGGAACACATATATACCTGC  300

seq1  AATTTCCCCCTTAAAGGGTAGTGATATTCCATGATATATTCATGGGCTGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTCCCCCTTAAAGGGTAGTGATATTCCATGATATATTCATGGGCTGG  350

seq1  CAAATATTTGATACTTGATCAACAGAGCTTCATTAAAGAATTTTTTTTTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATTTGATACTTGATCAACAGAGCTTCATTAAAGAATTTTTTTTTC  400

seq1  TTTTTGCTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTGCTTTTTCGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGG  450

seq1  AGCTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCTTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCTTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCT  500

seq1  CTGCCTCCCTAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCACCACCACTGACCAGCTC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCCTCCCTAGTGCTGGGATTAAAGGTGTGCACCACCACTGACCAGCTC  550

seq1  CTCAACAGAGCTCCATAGTGGATAATTATTTCAGGAACTCCAGTCAGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAACAGAGCTCCATAGTGGATAATTATTTCAGGAACTCCAGTCAGAGG  600

seq1  CCAGAGCCTCATAGAAAAGCATGCCAACCAACCCTTTGAGTATCTTCTCT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGAGCCTCATAGAAAAGCATGCCAACCAACCCTTTGAGTATCTTCTCT  650

seq1  ATGGCTAGGGAGAAGAGCCTGGAAAAGCCAAAGGAGATCCTGTCAAGAGT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGCTAGGGAGAAGAGCCTGGAAAAGCCAAAGGAGATCCTGTCAAGAGT  700

seq1  ATATGGTTCTGCCAAGCAGCCTTCCTCCGGTCCAGAGACATACTGAGGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATGGTTCTGCCAAGCAGCCTTCCTCCGGTCCAGAGACATACTGAGGGA  750

seq1  TTTGTTGTTTCACTATTTCATTTTATAATTAAAATTCTCCTGCAGCATTC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGTTGTTTCACTATTTCATTTTATAATTAAAATTCTCCTGCAGCATTC  800

seq1  ACACCCAAAATGGCCAACTTCACCTGTGTCACCCAGTGGACTGCCCAGCA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACCCAAAATGGCCAACTTCACCTGTGTCACCCAGTGGACTGCCCAGCA  850

seq1  CTGGCTGGTGGAAGAGAGCAAATGTCTGCCACTTAAGCTCATTTGCAAAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGGTGGAAGAGAGCAAATGTCTGCCACTTAAGCTCATTTGCAAAG  900

seq1  CAGAGTCAGTGACGTGTACATTCTCCTACCAGGCAAGTTTACGGGTTTGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  CAGAGTCAGTGACGTGTACATTCTCCTACCAGGCAAGTTTACGGG-TTGT  949

seq1  AATTTGTTATGAAACTCAGGAGCTGACTTGTAGAACCA-GGGGGATCGGG  999
      |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  AATTTGTTATGAAACTCA-GAGCTGACTTGTAGAACCAGGGGGGATCGGG  998

seq1  CTG-CCTTCTGGCTTACCAAGTCCAGTGAACATCAGACTGCAAAGCAGCT  1048
      ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||
seq2  CTGCCCTTCTGGCTTACCAAGTCCAGTGAACATCAGACTTGCAAGCAGCT  1048

seq1  GCATAGTTTCACTCTCT-TGCT-GAGTTTCTG-TTGTTCAACAG-AAGCA  1094
      |||||||||| | |||| |||| ||||||||| ||||||||||| |||||
seq2  GCATAGTTTC-CCCTCTCTGCTGGAGTTTCTGTTTGTTCAACAGAAAGCA  1097

seq1  GCCAAGGA  1102
      || |||||
seq2  GCTAAGGA  1105


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |