BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-260O12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 25,906,083 - 26,099,964
singlet/doubletdoublet
Overlap geneBtbd14a, C330006A16Rik, Lhx3, Qscn6l1, C030048H21Rik
Upstream genePnpla7, Nelf, Entpd8, Noxa1, Nrarp, A830007P12Rik, A730008L03Rik, 4933433C11Rik, BC061039, Tubb2c, Slc34a3, Gm757, 2310002J15Rik, Rnf208, LOC100039232, Ndor1, C730025P13Rik, C430004E15Rik, Ssna1, Anapc2, 4930571C24Rik, BC004853, Grin1, Man1b1, Dpp7, Uap1l1, 2010317E24Rik, Entpd2, Npdc1, Fut7, Abca2, Clic3, BC029214, Ptgds, EG665070, Lcn12, C8g, Fbxw5, Traf2, Edf1, Mamdc4, Phpt1, Gm996, LOC100039887, B230208H17Rik, 4921530D09Rik, Tmem141, Fcna, Lcn8, Lcn5, LOC620709, Lcn10, Lcn13, Bmyc, LOC383678, Lcn3, Lcn11, LOC620858, Glt6d1, Lcn9, Sohlh1, Kcnt1, Camsap1, LOC100040100, LOC665199, Ubadc1
Downstream gene4932418E24Rik, Gpsm1, D2Bwg1335e, Card9, Snapc4, Sdccag3, Pmpca, Inpp5e, AU024582, Notch1, Egfl7, Agpat2, B230317C12Rik, 5730588L14Rik, LOC100039446, Lcn4, LOC669582, Abo, Surf6, Surf5-ps, Surf5, Rpl7a, Surf1, Surf2, Surf4, Gm711, Rexo4, Adamts13, 5930434B04Rik, Slc2a6, LOC665315, 1110002H13Rik, Adamtsl2, C630035N08Rik, Dbh, Sardh
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-260O12.bB6Ng01-260O12.g
ACCGA065710GA065711
length7941,055
definitionB6Ng01-260O12.b B6Ng01-260O12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(26,099,173 - 26,099,964)(25,906,083 - 25,907,132)
sequence
gaattctaggatcttgtgctagcctctgactggatgcctcgtgcaggcag
gagcatccttatgcatttacttgtacagggttctctcgctgtccccaggg
aagtggcactgtgtgtgtatacttatgtatgactggggtttgctctataa
cccaggttagctttgaactctttctgcctcagcctcacaagtatgggatt
atagacatgaacggccttgctctccaaagggagtggctttttacgcaaac
ccagaaggcagtcttttcagaggcagcagatttcaaaatctgatttttga
atctggtttgagcaggatgaaatggagtgaggctcacatacatggtggga
actcccagaggttgtcttaaatcagcacgcatgtgcacatgtgtatgtgt
gcatgtatatacatgggtgtgtgtacctactcacctgtcacccactcttc
acttcctcacagtcccctgtttgttgatggtgctcactcttcatcttctg
ggtcccattgtttctcatgcatggctttgcctgtactcaccccacctgct
ctctctcctcctcaccccctcacctctcagctttgctcttgtcttatttt
taacccataaaaactatgcttactgtcaggcggtggtggtgcacgctttt
aatcccagtgctcaggaggcagaggtaggcagatctctgtgagttcaagg
ctagccctggtctacaaaagagagtgtgtgttccaggatagccagagcta
tacagggaaaccctgtctgggaaacatatcaaaatcatgtttat
gaattcacaggggaagccctggcttcatgagagctggcttacaatcagga
accaggaaccccatcctcagagagctgcatattgttagtcacctgggtgg
ccaaagttaagctgtcagttgagtccctgtgactgtccttccaagttggg
gatcacagctagttcttcgggagagacctatcccctgtttgcatcccagg
ataaggccaacaaggcaaggatgaggccatggctgcctcctcctccacag
agagcctagcaggactggcctgtgtgtgtcaggggctacccaaggcttca
gttaagagagacagatcctgcctcatcaagaggagaccggatggtcaagg
tgctaagaaaaaaaatgatagttgaattctctacataggatatctatatc
atgtgccctgcaaggctcagggaacatcacagagacagacagaaggaaga
ggtcagcgtggattggacattgcacctatgattacctgcataaggctggg
atggagggaagcccctaaatccctgaaaggtgccccccatgtgtgtgtgt
gtgtgtgtgtgtgtgcacattcacatgagtgtaaggcctacagagaaaag
agagagtgttcacaaggccccacctctcccttagaatctacaggtagtta
atggatgttgtggcagagattgacattatcttcggtggtatagccacttg
taagttacctatgctcctgcaaacagcccttcacccaagtttctgttgtt
ttacctttttatctttgttataattttgcatgtatgaacatttttctgca
tgaaaactaggtgctgcagtgcctgcagaagccagaaaagggtgctggat
cctctggaaattggaagaatgcgagagaagaattgggtgctgtgtaagag
ttcttaactgctgagctatctctccagcctcttcaccatgtttccgaaag
caacccaaatgaactcattgggtccacatacattaaaaaaatgcttagca
gtgggcctggtggagatgctccagtgggtaagaagaactgaactgctcct
ttcga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_26099173_26099964
seq2: B6Ng01-260O12.b_48_841 (reverse)

seq1  ATAAACATGATTTTGCTTTGTTTCCCAGACAGGGTTTCCCTGTATAGCTC  50
      ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAACATGATTTTGATATGTTTCCCAGACAGGGTTTCCCTGTATAGCTC  50

seq1  TGGCTATCCTGGAACACACACTCTC-TTTGTAGACCA-GGCTAGCCTTGA  98
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  TGGCTATCCTGGAACACACACTCTCTTTTGTAGACCAGGGCTAGCCTTGA  100

seq1  ACTCACAGAGATCTGCCTACCTCTGCCTCCTGAGCACTGGGATTAAAAGC  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCACAGAGATCTGCCTACCTCTGCCTCCTGAGCACTGGGATTAAAAGC  150

seq1  GTGCACCACCACCGCCTGACAGTAAGCATAGTTTTTATGGGTTAAAAATA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGCACCACCACCGCCTGACAGTAAGCATAGTTTTTATGGGTTAAAAATA  200

seq1  AGACAAGAGCAAAGCTGAGAGGTGAGGGGGTGAGGAGGAGAGAGAGCAGG  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGACAAGAGCAAAGCTGAGAGGTGAGGGGGTGAGGAGGAGAGAGAGCAGG  250

seq1  TGGGGTGAGTACAGGCAAAGCCATGCATGAGAAACAATGGGACCCAGAAG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGTGAGTACAGGCAAAGCCATGCATGAGAAACAATGGGACCCAGAAG  300

seq1  ATGAAGAGTGAGCACCATCAACAAACAGGGGACTGTGAGGAAGTGAAGAG  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAAGAGTGAGCACCATCAACAAACAGGGGACTGTGAGGAAGTGAAGAG  350

seq1  TGGGTGACAGGTGAGTAGGTACACACACCCATGTATATACATGCACACAT  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTGACAGGTGAGTAGGTACACACACCCATGTATATACATGCACACAT  400

seq1  ACACATGTGCACATGCGTGCTGATTTAAGACAACCTCTGGGAGTTCCCAC  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATGTGCACATGCGTGCTGATTTAAGACAACCTCTGGGAGTTCCCAC  450

seq1  CATGTATGTGAGCCTCACTCCATTTCATCCTGCTCAAACCAGATTCAAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGTATGTGAGCCTCACTCCATTTCATCCTGCTCAAACCAGATTCAAAA  500

seq1  ATCAGATTTTGAAATCTGCTGCCTCTGAAAAGACTGCCTTCTGGGTTTGC  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGATTTTGAAATCTGCTGCCTCTGAAAAGACTGCCTTCTGGGTTTGC  550

seq1  GTAAAAAGCCACTCCCTTTGGAGAGCAAGGCCGTTCATGTCTATAATCCC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAAAAAGCCACTCCCTTTGGAGAGCAAGGCCGTTCATGTCTATAATCCC  600

seq1  ATACTTGTGAGGCTGAGGCAGAAAGAGTTCAAAGCTAACCTGGGTTATAG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACTTGTGAGGCTGAGGCAGAAAGAGTTCAAAGCTAACCTGGGTTATAG  650

seq1  AGCAAACCCCAGTCATACATAAGTATACACACACAGTGCCACTTCCCTGG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAAACCCCAGTCATACATAAGTATACACACACAGTGCCACTTCCCTGG  700

seq1  GGACAGCGAGAGAACCCTGTACAAGTAAATGCATAAGGATGCTCCTGCCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAGCGAGAGAACCCTGTACAAGTAAATGCATAAGGATGCTCCTGCCT  750

seq1  GCACGAGGCATCCAGTCAGAGGCTAGCACAAGATCCTAGAATTC  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCACGAGGCATCCAGTCAGAGGCTAGCACAAGATCCTAGAATTC  794

seq1: chr2_25906083_25907132
seq2: B6Ng01-260O12.g_66_1120

seq1  GAATTCACAGGGGAAGCCCTGGCTTCATGAGAGCTGGCTTACAATCAGGA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACAGGGGAAGCCCTGGCTTCATGAGAGCTGGCTTACAATCAGGA  50

seq1  ACCAGGAACCCCATCCTCAGAGAGCTGCATATTGTTAGTCACCTGGGTGG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGGAACCCCATCCTCAGAGAGCTGCATATTGTTAGTCACCTGGGTGG  100

seq1  CCAAAGTTAAGCTGTCAGTTGAGTCCCTGTGACTGTCCTTCCAAGTTGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAAGTTAAGCTGTCAGTTGAGTCCCTGTGACTGTCCTTCCAAGTTGGG  150

seq1  GATCACAGCTAGTTCTTCGGGAGAGACCTATCCCCTGTTTGCATCCCAGG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCACAGCTAGTTCTTCGGGAGAGACCTATCCCCTGTTTGCATCCCAGG  200

seq1  ATAAGGCCAACAAGGCAAGGATGAGGCCATGGCTGCCTCCTCCTCCACAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGGCCAACAAGGCAAGGATGAGGCCATGGCTGCCTCCTCCTCCACAG  250

seq1  AGAGCCTAGCAGGACTGGCCTGTGTGTGTCAGGGGCTACCCAAGGCTTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGCCTAGCAGGACTGGCCTGTGTGTGTCAGGGGCTACCCAAGGCTTCA  300

seq1  GTTAAGAGAGACAGATCCTGCCTCATCAAGAGGAGACCGGATGGTCAAGG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGAGAGACAGATCCTGCCTCATCAAGAGGAGACCGGATGGTCAAGG  350

seq1  TGCTAAGAAAAAAAATGATAGTTGAATTCTCTACATAGGATATCTATATC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTAAGAAAAAAAATGATAGTTGAATTCTCTACATAGGATATCTATATC  400

seq1  ATGTGCCCTGCAAGGCTCAGGGAACATCACAGAGACAGACAGAAGGAAGA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGCCCTGCAAGGCTCAGGGAACATCACAGAGACAGACAGAAGGAAGA  450

seq1  GGTCAGCGTGGATTGGACATTGCACCTATGATTACCTGCATAAGGCTGGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTCAGCGTGGATTGGACATTGCACCTATGATTACCTGCATAAGGCTGGG  500

seq1  ATGGAGGGAAGCCCCTAAATCCCTGAAAGGTGCCCCCCATGTGTGTGTGT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAGGGAAGCCCCTAAATCCCTGAAAGGTGCCCCCCATGTGTGTGTGT  550

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGCACATTCACATGAGTGTAAGGCCTACAGAGAAAAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGCACATTCACATGAGTGTAAGGCCTACAGAGAAAAG  600

seq1  AGAGAGTGTTCACAAGGCCCCACCTCTCCCTTAGAATCTACAGGTAGTTA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGTGTTCACAAGGCCCCACCTCTCCCTTAGAATCTACAGGTAGTTA  650

seq1  ATGGATGTTGTGGCAGAGATTGACATTATCTTCGGTGGTATAGCCACTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGATGTTGTGGCAGAGATTGACATTATCTTCGGTGGTATAGCCACTTG  700

seq1  TAAGTTACCTATGCTCCTGCAAACAGCCCTTCACCCAAGTTTCTGTTGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGTTACCTATGCTCCTGCAAACAGCCCTTCACCCAAGTTTCTGTTGTT  750

seq1  TTACCTTTTTATCTTTGTTATAATTTTGCATGTATGAACATTTTTCTGCA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTTTTTATCTTTGTTATAATTTTGCATGTATGAACATTTTTCTGCA  800

seq1  TGAAAACTAGGTGCTGCAGTGCCTGCAGAAGCCAGAAAAGGGTGCTGGAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAAACTAGGTGCTGCAGTGCCTGCAGAAGCCAGAAAAGGGTGCTGGAT  850

seq1  CCTCTGGAAATTGGAAGAATGCGAGAGAAGAATTGGGTGCTGTGTAAGAG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCTGGAAATTGGAAGAATGCGAGAGAAGAATTGGGTGCTGTGTAAGAG  900

seq1  TTCTTAACTGCTGAGCTATCTCTCCAGCCTCTTCACCATGTTTCCGAAAG  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTAACTGCTGAGCTATCTCTCCAGCCTCTTCACCATGTTTCCGAAAG  950

seq1  CAACCCAAATGAAACTCATTGGGT-CACATACATTAAAAAAATGCTTAGC  999
      ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCCAAATG-AACTCATTGGGTCCACATACATTAAAAAAATGCTTAGC  999

seq1  AGTGGG-CTGGT-GAGATGGCTCAGTGGGTAAG-AGAACTG-ACTG-TTC  1044
      |||||| ||||| ||||||   ||||||||||| ||||||| |||| | |
seq2  AGTGGGCCTGGTGGAGATGCTCCAGTGGGTAAGAAGAACTGAACTGCTCC  1049

seq1  TTTCGA  1050
      ||||||
seq2  TTTCGA  1055