BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-261D08
Chromosome2 (Build37)
Map Location 148,279,119 - 148,408,908
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC640914, A530006G24Rik, LOC100043820, Foxa2, LOC383752, Sstr4, Thbd, Cd93
Downstream geneNxt1, Gzf1, Napb, Cstl1, Cst11, 8030411F24Rik, Cst12, Cst8, Cst13, Cst9, 9230104L09Rik, Cst3, OTTMUSG00000015744, Gm1330, EG668921, LOC433483, LOC383754, LOC100043593, LOC241715, Cst10
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-261D08.bB6Ng01-261D08.g
ACCGA065935GA065936
length9781,124
definitionB6Ng01-261D08.b B6Ng01-261D08.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(148,407,923 - 148,408,908)(148,279,119 - 148,280,254)
sequence
gaattctttgatttagttttcaattttgaggcaaaaaagggccaggaaca
tggtggtttgggtgaaagaactactgagatgtgcccagacgtcaaacacc
tgctggtgtgctaaatcaggaaaagagcaaaagcaaagccatcaaacaag
agccacagacgagtgcttgggtggaatgtctcagcatcctgtaaaccaca
agcgctctgcttccagagtctcagctgggctggctcctgcagatcagtgc
atgtacctaggggaaagtgaggctagagctccaggaaccagcccattaaa
tgttggccaattaattaattttggttaagcaaagtatacctgttagtttt
tgtcagcttgacgcaaacctagacatatctggaaagagagtctcaattga
ggaattgcctccatcagattgtcctgtgagcatttccaatgctgatggag
tagtattaactcctatgattaaatggtaagattcaagatttcataagaat
ctctctctctctctcctctcactatctatctatctatctatctatctatc
atctatctatctatctatctatctatctatctatctaatttgtagaatca
tcaagtattatataagcacctctgtgagtcagatcccagtgtggttgtgt
gacacacaattgaccataattcctcttgactgcagttccctaaaaggaat
gtggacacaaatgaagctgttttatttgcgtctttaaaatatgaccacaa
agctccacacagagttcattgctggtcataattcccatcctagatctcac
aaaccacagcttactacttgggactttttcattgtaatgtctgactaggg
actcacaggaagacagaaaacagatgttgttttgaacaagagaggcttca
acctgcagtttctacattgaccatggctacatgctgtgcattttttcttc
ctatttgagaatccacgaggtttatgta
gaattcttctcttcttgacttgcccatgctgtgacttctggggagtaact
tgactgccctatactcttagatttatttctgtgacagaaccgtgagagca
gccaacctcatctacacatctgaaagaagtcagagctgggtaggcaggac
agccacacagcgtgaattccactctgtccttattgcgtggatgaatgaag
aacacatgcgcttgatgccccacgaagaacaagttgactaaactgggttc
cattcattctcaaaaggagcctggttgattttttaatatttcttttcttg
aaaatagcacatggcttcctttgtctcatgtgtcgacctcttggaaagtg
gaaagggaatcaggaaaggcttcagaagggacaaagtgaaagccagagat
acaactgttctgcaccccagtggatggagatagcccacaggaggcacacc
cttcaagtgcttgaagccaagtgaggtctatgtatgctaacagtgtggat
ctgggatgtggaggggcatgcactcctgggtggcatgatgaagaatgatc
cttatcaatttaatatccccatcatgatgggattctccaagatacaagca
agattggaacctctacaccagataccagtgtgcaaagactaagctggggt
gaatcggaggaactttgcacactgttcagggtgtgaaggtgtcacgaccc
ttgttctccagctacctctgctaactcacctgtcatccatgtgtctcatt
gctggggtcacttgtcaaatatcatttcaccagtggctacatttcatcat
cccgtttcctttcccataaagctctggattgcatctggtttcaatcagaa
actgtgaatcacactgtaatgccccaccttagtcttgcatggcaagagtg
cctgcctactgcagaagcacgaaatgtgttgtgttcttctaagcactctg
tacatctcattctcctttccagttccttctagaaagtgaagttagaaagt
gacctgaaccaaggagacataccatgcttgagactctcctacaacacagt
tactatctgggtgctgccttcatacatccttacttcaaattcatggcgtc
agatgatttcatggccctcactct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_148407923_148408908
seq2: B6Ng01-261D08.b_41_1018 (reverse)

seq1  TACATAAACCCTTCCGTGGATTTCCTTCAAATAGAGAAAGAAAAATGCAC  50
      ||||||||||    ||||||||    |||||||| |||  ||||||||||
seq2  TACATAAACC---TCGTGGATT---CTCAAATAG-GAAGAAAAAATGCAC  43

seq1  AGCATGTAGCCATGGGGTCAATGTAGAAACTGCAGGTTGGAGCCTCTCTT  100
      |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  AGCATGTAGCCAT--GGTCAATGTAGAAACTGCAGGTTGAAGCCTCTCTT  91

seq1  GTTCAAAACAACATCTTGTTTCTGTCTTCCTGTGAGTTCCCTAGTCAGAC  150
      ||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GTTCAAAACAACATCTGTTTTCTGTCTTCCTGTGAG-TCCCTAGTCAGAC  140

seq1  ATTACAATG-AAAAGTCCCAAGTAGTAAGCTGTGGTTTGTGAGATCTAGG  199
      ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACAATGAAAAAGTCCCAAGTAGTAAGCTGTGGTTTGTGAGATCTAGG  190

seq1  ATGGGAATTATGACCAGCAATGAACTCTGTGTGGAGCTTTGTGGTCATAT  249
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGAATTATGACCAGCAATGAACTCTGTGTGGAGCTTTGTGGTCATAT  240

seq1  TTTAAAGACGCAAATAAAACAGCTTCATTTGTGTCCACATTCC-TTTAGG  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||
seq2  TTTAAAGACGCAAATAAAACAGCTTCATTTGTGTCCACATTCCTTTTAGG  290

seq1  GAACTGCAGTCAAGAGGAATTATGGTCAATTGTGTGTCACACAACCACAC  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTGCAGTCAAGAGGAATTATGGTCAATTGTGTGTCACACAACCACAC  340

seq1  TGGGATCTGACTCACAGAGGTGCTTATATAATACTTGATGATTCTACAAA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGATCTGACTCACAGAGGTGCTTATATAATACTTGATGATTCTACAAA  390

seq1  TTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGATAGATAGATA  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATGATAGATAGATA  440

seq1  GATAGATAGATAGATAGTGAGAGGAGAGAGAGAGAGAGATTCTTATGAAA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGATAGATAGATAGTGAGAGGAGAGAGAGAGAGAGATTCTTATGAAA  490

seq1  TCTTGAATCTTACCATTTAATCATAGGAGTTAATACTACTCCATCAGCAT  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGAATCTTACCATTTAATCATAGGAGTTAATACTACTCCATCAGCAT  540

seq1  TGGAAATGCTCACAGGACAATCTGATGGAGGCAATTCCTCAATTGAGACT  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAATGCTCACAGGACAATCTGATGGAGGCAATTCCTCAATTGAGACT  590

seq1  CTCTTTCCAGATATGTCTAGGTTTGCGTCAAGCTGACAAAAACTAACAGG  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTTCCAGATATGTCTAGGTTTGCGTCAAGCTGACAAAAACTAACAGG  640

seq1  TATACTTTGCTTAACCAAAATTAATTAATTGGCCAACATTTAATGGGCTG  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATACTTTGCTTAACCAAAATTAATTAATTGGCCAACATTTAATGGGCTG  690

seq1  GTTCCTGGAGCTCTAGCCTCACTTTCCCCTAGGTACATGCACTGATCTGC  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTCCTGGAGCTCTAGCCTCACTTTCCCCTAGGTACATGCACTGATCTGC  740

seq1  AGGAGCCAGCCCAGCTGAGACTCTGGAAGCAGAGCGCTTGTGGTTTACAG  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGAGCCAGCCCAGCTGAGACTCTGGAAGCAGAGCGCTTGTGGTTTACAG  790

seq1  GATGCTGAGACATTCCACCCAAGCACTCGTCTGTGGCTCTTGTTTGATGG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCTGAGACATTCCACCCAAGCACTCGTCTGTGGCTCTTGTTTGATGG  840

seq1  CTTTGCTTTTGCTCTTTTCCTGATTTAGCACACCAGCAGGTGTTTGACGT  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTGCTTTTGCTCTTTTCCTGATTTAGCACACCAGCAGGTGTTTGACGT  890

seq1  CTGGGCACATCTCAGTAGTTCTTTCACCCAAACCACCATGTTCCTGGCCC  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGCACATCTCAGTAGTTCTTTCACCCAAACCACCATGTTCCTGGCCC  940

seq1  TTTTTTGCCTCAAAATTGAAAACTAAATCAAAGAATTC  986
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTGCCTCAAAATTGAAAACTAAATCAAAGAATTC  978

seq1: chr2_148279119_148280254
seq2: B6Ng01-261D08.g_67_1190

seq1  GAATTCTTCTCTTCTTGACTTGCCCATGCTGTGACTTCTGGGGAGTAACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTCTTCTTGACTTGCCCATGCTGTGACTTCTGGGGAGTAACT  50

seq1  TGACTGCCCTATACTCTTAGATTTATTTCTGTGACAGAACCGTGAGAGCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTGCCCTATACTCTTAGATTTATTTCTGTGACAGAACCGTGAGAGCA  100

seq1  GCCAACCTCATCTACACATCTGAAAGAAGTCAGAGCTGGGTAGGCAGGAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCAACCTCATCTACACATCTGAAAGAAGTCAGAGCTGGGTAGGCAGGAC  150

seq1  AGCCACACAGCGTGAATTCCACTCTGTCCTTATTGCGTGGATGAATGAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCACACAGCGTGAATTCCACTCTGTCCTTATTGCGTGGATGAATGAAG  200

seq1  AACACATGCGCTTGATGCCCCACGAAGAACAAGTTGACTAAACTGGGTTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACACATGCGCTTGATGCCCCACGAAGAACAAGTTGACTAAACTGGGTTC  250

seq1  CATTCATTCTCAAAAGGAGCCTGGTTGATTTTTTAATATTTCTTTTCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTCATTCTCAAAAGGAGCCTGGTTGATTTTTTAATATTTCTTTTCTTG  300

seq1  AAAATAGCACATGGCTTCCTTTGTCTCATGTGTCGACCTCTTGGAAAGTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAATAGCACATGGCTTCCTTTGTCTCATGTGTCGACCTCTTGGAAAGTG  350

seq1  GAAAGGGAATCAGGAAAGGCTTCAGAAGGGACAAAGTGAAAGCCAGAGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGGGAATCAGGAAAGGCTTCAGAAGGGACAAAGTGAAAGCCAGAGAT  400

seq1  ACAACTGTTCTGCACCCCAGTGGATGGAGATAGCCCACAGGAGGCACACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAACTGTTCTGCACCCCAGTGGATGGAGATAGCCCACAGGAGGCACACC  450

seq1  CTTCAAGTGCTTGAAGCCAAGTGAGGTCTATGTATGCTAACAGTGTGGAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAAGTGCTTGAAGCCAAGTGAGGTCTATGTATGCTAACAGTGTGGAT  500

seq1  CTGGGATGTGGAGGGGCATGCACTCCTGGGTGGCATGATGAAGAATGATC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGGATGTGGAGGGGCATGCACTCCTGGGTGGCATGATGAAGAATGATC  550

seq1  CTTATCAATTTAATATCCCCATCATGATGGGATTCTCCAAGATACAAGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATCAATTTAATATCCCCATCATGATGGGATTCTCCAAGATACAAGCA  600

seq1  AGATTGGAACCTCTACACCAGATACCAGTGTGCAAAGACTAAGCTGGGGT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATTGGAACCTCTACACCAGATACCAGTGTGCAAAGACTAAGCTGGGGT  650

seq1  GAATCGGAGGAACTTTGCACACTGTTCAGGGTGTGAAGGTGTCACGACCC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATCGGAGGAACTTTGCACACTGTTCAGGGTGTGAAGGTGTCACGACCC  700

seq1  TTGTTCTCCAGCTACCTCTGCTAACTCACCTGTCATCCATGTGTCTCATT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTCTCCAGCTACCTCTGCTAACTCACCTGTCATCCATGTGTCTCATT  750

seq1  GCTGGGGTCACTTGTCAAATATCATTTCACCAGTGGCTACATTTCATCAT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGGGTCACTTGTCAAATATCATTTCACCAGTGGCTACATTTCATCAT  800

seq1  CCCGTTTCCTTTCCCATAAAGCTCTGGATTGCATCTGGTTTCAATCAGAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCGTTTCCTTTCCCATAAAGCTCTGGATTGCATCTGGTTTCAATCAGAA  850

seq1  ACTGTGAATCACACTGTAATGCCCCACCTTAGTCTTGCATGGCAAGAGTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTGAATCACACTGTAATGCCCCACCTTAGTCTTGCATGGCAAGAGTG  900

seq1  CCTGCCTACTGCAGAAGCACG-AATGTGTTGTGTTCTTCTAAGCACTCTT  949
      ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |
seq2  CCTGCCTACTGCAGAAGCACGAAATGTGTTGTGTTCTTCTAAGCACTC-T  949

seq1  GTACATCTCATTCTCCTTTCCAGTTCCTTCTAGAAAGTGGAAGTTAGAAA  999
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||
seq2  GTACATCTCATTCTCCTTTCCAGTTCCTTCTAGAAAGT-GAAGTTAGAAA  998

seq1  GTGACCTGAACCAAGGAGAACATAACAATGCTTTGAGACTTCTTCTACAA  1049
      |||||||||||||||||| |||| || |||| ||||||| ||| ||||||
seq2  GTGACCTGAACCAAGGAG-ACAT-ACCATGC-TTGAGAC-TCTCCTACAA  1044

seq1  CACAAGTACCTAATCCTGGGTGCCTGCTTTTCATACATTCTTACCTCAAA  1099
      ||| |||  |||   ||||||| ||||  ||||||||| ||||| |||||
seq2  CAC-AGTTACTA--TCTGGGTG-CTGC-CTTCATACATCCTTACTTCAAA  1089

seq1  TTCATGCCTTCAAGATGATTTCCATGGTCCTCACTCT  1136
      |||||| | || ||||||||| ||||| |||||||||
seq2  TTCATGGCGTC-AGATGATTT-CATGGCCCTCACTCT  1124