BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262H09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 74,912,787 - 75,008,464
singlet/doubletdoublet
Overlap geneA330043C09Rik
Upstream geneLOC100040172, Lnp, LOC100040519, Evx2, Hoxd13, Hoxd12, Hoxd11, Hoxd10, Hoxd9, Hoxd8, 1700109F18Rik, Hoxd3, Hoxd4, LOC667804, Hoxd1, Mtx2, LOC667817
Downstream geneLOC667739, LOC545423, LOC100040324, LOC667828, Hnrpa3, Nfe2l2, E030042O20Rik, LOC623453, Agps, Ttc30b, Ttc30a2, Ttc30a1, Pde11a
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262H09.bB6Ng01-262H09.g
ACCGA066871GA066872
length1,0991,194
definitionB6Ng01-262H09.b B6Ng01-262H09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(75,007,362 - 75,008,464)(74,912,787 - 74,913,988)
sequence
gaattctagtccctgcccaacagctgtgtctccatcctttcccctcacat
ttggtcctctctcttcaaccagctagttctactttgtacatttgtggaaa
attatgtcagcatgtctgacgtctcgccatgtttgtggagtggctgcaga
gaaaagtgggaagccatggaactgggcagtgaactctcttctgacagtct
tcattgacaagagttctctttccccacaaaggtgcaatggcgtgctgtgc
tgtctaaggcttccaaaggctgagctgctgaggtagctcagccagtaaag
ggtacggccacttgagcatgcagacctgagttcagaccccaggatgcaca
ttaccaaatgcctgccacaggacggcaaccttcccatcccagcgctgaga
caggtatccctgccactcactggcatacttggtgagttacagtgagaggg
actctcaaaaaagaaagatgtacagtactcaaggaaggacaccccaagat
tttacacacacacacacacacacacacacacacacacacacacagagagc
ggaaagagaggtaagaaagatatttttgaggtcacctgaaaacatttgac
aagtactttaattgtctccaggtggatttttaccttcctgactgacctct
gttggtgtccaaagaacccaaccaaataatagattaaacaaaaatgtact
cataatgtactccaaaggatatccacttcaaactagctatttgactacat
gaaaactcaagtccaagactgtgaagggttaacagagcttgggacaggag
ctctgtccctagatttccatcctgaatgtctctttcccgtatataggctg
cctcatagtttttatgggatctgcagattgctggttggttacctctgagc
tattgggtagaaagtccataagtgaccctgggaattagtgttatgggcag
tctgtggtttacccagagtgccaaagcagttcctgaactgggcatggtcc
aagctccataaacgtgagcagatgctgagctatccctatgtgcaactgca
gcacacccctagctggttgtcagcacaatacaggtcacattgattgtaa
gaattccagcgtgctgatgatggtgtcctgagatgagacatttcatctat
ttgtcatctcaagccttggttaaaaagtcaactgtgaaacgggtcaaggc
ctcatcctgcagggtatgaaatgagaggttgttcctgattagaggctgct
ggggatgaagcagctgaatgagagggatctcctttcctcttttctggtgt
tataacgagagtcacaacctgggaggggcagaagacccgaaggcgctgcc
acattgatccaggtgcttgtcttcttgtgagtgagaatgcagatgcccaa
gtgaggaggttgaccaggggatctccaaggtttgctatagtttgtttggt
attgtacttattgtttgggtgttttgtctgtttgtttgtagactctacca
tctatatccaaccccaattctgtgtcaatggctcctggattggggcatca
gcatccctaaagaccttatgaaggatgctaagtctggcctctgcttcatg
tgtcacagacacacactcaagtttaagaaccaccaacataaaggaaaata
gtggctcgatccaagtcaccttatcattgtattagagacagtatgcaaca
atctagaatcaaactggagcctgtcctttcttttgttattttaaaggaga
attgatcatctactgtttaaatttatctgtttgcttaaagagaaaataat
gggcctagtaactgcaaactctgttttaccacccttgacttacagacggc
aggctgcgagaaggtatttgaaatgcttaaaacttactcttaacgaagaa
agaatccatctgaccccggatctaggttgatattagaatgtacaaagaac
tcctaaggagatcagaaaatgacaggtgatgaactgacatctgcccagag
ctcaaagccacaagtatgagacaacatagtcttcagcctcatcagaagga
caatggtttgccagccctgggttataccatcattacaggaagaggaaatg
atgataattcagaaatatctgacgtcttaaaccaattggaggaggaccat
gcttgtatatgaaaggtgacaagagaccctcctactcaagggtggcaggg
aaatccagctctggatatttatatggagttccctcagtgcgaatctttgg
aaattaattacatttgtcctgcatacttctcatacacatttctc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_75007362_75008464
seq2: B6Ng01-262H09.b_46_1144 (reverse)

seq1  TTACAATC-ATGTGAACTGTATTGTGCTGACAACCCAGCTAGGGGGTTGT  49
      |||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||  |||
seq2  TTACAATCAATGTGACCTGTATTGTGCTGACAA-CCAGCTAGGGG--TGT  47

seq1  GCTGCAGTTGCACATAGGATTAAGCCTCAGGCATCTGCCTCACGTTTATG  99
      ||||||||||||||||||  ||   |||| ||||||| ||||||||||||
seq2  GCTGCAGTTGCACATAGGGATA--GCTCA-GCATCTG-CTCACGTTTATG  93

seq1  GAGCTTGGACCATG-CCAGTTCAGGAACTGCTTTGGCACTCTGGGT-AAC  147
      |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  GAGCTTGGACCATGCCCAGTTCAGGAACTGCTTTGGCACTCTGGGTAAAC  143

seq1  CACAGACTGCCCATAACACTAATTCCCAGGGTCACTTATGGACTTTCTAC  197
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGACTGCCCATAACACTAATTCCCAGGGTCACTTATGGACTTTCTAC  193

seq1  CCAATAGCTCAGAGGTAACCAACCAGCAATCTGCAGATCCCATAAAAACT  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAATAGCTCAGAGGTAACCAACCAGCAATCTGCAGATCCCATAAAAACT  243

seq1  ATGAGGCAGCCTATATACGGGAAAGAGACATTCAGGATGGAAATCTAGGG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGGCAGCCTATATACGGGAAAGAGACATTCAGGATGGAAATCTAGGG  293

seq1  ACAGAGCTCCTGTCCCAAGCTCTGTTAACCCTTCACAGTCTTGGACTTGA  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAGCTCCTGTCCCAAGCTCTGTTAACCCTTCACAGTCTTGGACTTGA  343

seq1  GTTTTCATGTAGTCAAATAGCTAGTTTGAAGTGGATATCCTTTGGAGTAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTCATGTAGTCAAATAGCTAGTTTGAAGTGGATATCCTTTGGAGTAC  393

seq1  ATTATGAGTACATTTTTGTTTAATCTATTATTTGGTTGGGTTCTTTGGAC  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTATGAGTACATTTTTGTTTAATCTATTATTTGGTTGGGTTCTTTGGAC  443

seq1  ACCAACAGAGGTCAGTCAGGAAGGTAAAAATCCACCTGGAGACAATTAAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAACAGAGGTCAGTCAGGAAGGTAAAAATCCACCTGGAGACAATTAAA  493

seq1  GTACTTGTCAAATGTTTTCAGGTGACCTCAAAAATATCTTTCTTACCTCT  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTTGTCAAATGTTTTCAGGTGACCTCAAAAATATCTTTCTTACCTCT  543

seq1  CTTTCCGCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCCGCTCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG  593

seq1  TGTAAAATCTTGGGGTGTCCTTCCTTGAGTACTGTACATCTTTCTTTTTT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTAAAATCTTGGGGTGTCCTTCCTTGAGTACTGTACATCTTTCTTTTTT  643

seq1  GAGAGTCCCTCTCACTGTAACTCACCAAGTATGCCAGTGAGTGGCAGGGA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAGTCCCTCTCACTGTAACTCACCAAGTATGCCAGTGAGTGGCAGGGA  693

seq1  TACCTGTCTCAGCGCTGGGATGGGAAGGTTGCCGTCCTGTGGCAGGCATT  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCTGTCTCAGCGCTGGGATGGGAAGGTTGCCGTCCTGTGGCAGGCATT  743

seq1  TGGTAATGTGCATCCTGGGGTCTGAACTCAGGTCTGCATGCTCAAGTGGC  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTAATGTGCATCCTGGGGTCTGAACTCAGGTCTGCATGCTCAAGTGGC  793

seq1  CGTACCCTTTACTGGCTGAGCTACCTCAGCAGCTCAGCCTTTGGAAGCCT  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTACCCTTTACTGGCTGAGCTACCTCAGCAGCTCAGCCTTTGGAAGCCT  843

seq1  TAGACAGCACAGCACGCCATTGCACCTTTGTGGGGAAAGAGAACTCTTGT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGACAGCACAGCACGCCATTGCACCTTTGTGGGGAAAGAGAACTCTTGT  893

seq1  CAATGAAGACTGTCAGAAGAGAGTTCACTGCCCAGTTCCATGGCTTCCCA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGAAGACTGTCAGAAGAGAGTTCACTGCCCAGTTCCATGGCTTCCCA  943

seq1  CTTTTCTCTGCAGCCACTCCACAAACATGGCGAGACGTCAGACATGCTGA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTCTGCAGCCACTCCACAAACATGGCGAGACGTCAGACATGCTGA  993

seq1  CATAATTTTCCACAAATGTACAAAGTAGAACTAGCTGGTTGAAGAGAGAG  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATAATTTTCCACAAATGTACAAAGTAGAACTAGCTGGTTGAAGAGAGAG  1043

seq1  GACCAAATGTGAGGGGAAAGGATGGAGACACAGCTGTTGGGCAGGGACTA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACCAAATGTGAGGGGAAAGGATGGAGACACAGCTGTTGGGCAGGGACTA  1093

seq1  GAATTC  1103
      ||||||
seq2  GAATTC  1099

seq1: chr2_74912787_74913988
seq2: B6Ng01-262H09.g_67_1259

seq1  GAATTCCAGCGTGCTGATGATGGTGTCCTGAGATGAGACATTTCATCTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCAGCGTGCTGATGATGGTGTCCTGAGATGAGACATTTCATCTAT  50

seq1  TTGTCATCTCAAGCCTTGGTTAAAAAGTCAACTGTGAAACGGGTCAAGGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCATCTCAAGCCTTGGTTAAAAAGTCAACTGTGAAACGGGTCAAGGC  100

seq1  CTCATCCTGCAGGGTATGAAATGAGAGGTTGTTCCTGATTAGAGGCTGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCATCCTGCAGGGTATGAAATGAGAGGTTGTTCCTGATTAGAGGCTGCT  150

seq1  GGGGATGAAGCAGCTGAATGAGAGGGATCTCCTTTCCTCTTTTCTGGTGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGATGAAGCAGCTGAATGAGAGGGATCTCCTTTCCTCTTTTCTGGTGT  200

seq1  TATAACGAGAGTCACAACCTGGGAGGGGCAGAAGACCCGAAGGCGCTGCC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAACGAGAGTCACAACCTGGGAGGGGCAGAAGACCCGAAGGCGCTGCC  250

seq1  ACATTGATCCAGGTGCTTGTCTTCTTGTGAGTGAGAATGCAGATGCCCAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATTGATCCAGGTGCTTGTCTTCTTGTGAGTGAGAATGCAGATGCCCAA  300

seq1  GTGAGGAGGTTGACCAGGGGATCTCCAAGGTTTGCTATAGTTTGTTTGGT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGGAGGTTGACCAGGGGATCTCCAAGGTTTGCTATAGTTTGTTTGGT  350

seq1  ATTGTACTTATTGTTTGGGTGTTTTGTCTGTTTGTTTGTAGACTCTACCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGTACTTATTGTTTGGGTGTTTTGTCTGTTTGTTTGTAGACTCTACCA  400

seq1  TCTATATCCAACCCCAATTCTGTGTCAATGGCTCCTGGATTGGGGCATCA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATATCCAACCCCAATTCTGTGTCAATGGCTCCTGGATTGGGGCATCA  450

seq1  GCATCCCTAAAGACCTTATGAAGGATGCTAAGTCTGGCCTCTGCTTCATG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATCCCTAAAGACCTTATGAAGGATGCTAAGTCTGGCCTCTGCTTCATG  500

seq1  TGTCACAGACACACACTCAAGTTTAAGAACCACCAACATAAAGGAAAATA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCACAGACACACACTCAAGTTTAAGAACCACCAACATAAAGGAAAATA  550

seq1  GTGGCTCGATCCAAGTCACCTTATCATTGTATTAGAGACAGTATGCAACA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGCTCGATCCAAGTCACCTTATCATTGTATTAGAGACAGTATGCAACA  600

seq1  ATCTAGAATC-AACTGGAGCCTGTCCTTTCTTTTGTTATTTTAAAGGAGA  649
      |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTAGAATCAAACTGGAGCCTGTCCTTTCTTTTGTTATTTTAAAGGAGA  650

seq1  ATTGATCATCTACTGTTTAAATTTATCTGTTTGCTTAAAGAGAAAATAAT  699
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGATCATCTACTGTTTAAATTTATCTGTTTGCTTAAAGAGAAAATAAT  700

seq1  GGGCCTAGTAACTGCAAACTCTGTTTTACCACCCTTGACTTACAGACGGC  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGCCTAGTAACTGCAAACTCTGTTTTACCACCCTTGACTTACAGACGGC  750

seq1  AGGCTGCGAGAAGGTATTTGAAATGCTTAAAACTTACTCTTAACGAAGAA  799
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTGCGAGAAGGTATTTGAAATGCTTAAAACTTACTCTTAACGAAGAA  800

seq1  AGAATCCATCTGACCCCGGATCTAGGTTGATATTAGAATGTACAAAGAAC  849
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAATCCATCTGACCCCGGATCTAGGTTGATATTAGAATGTACAAAGAAC  850

seq1  TCCT-AGGAGATCAGAAAATGACAGGTGATGAACTGACATCTGCCCAGAG  898
      |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAAGGAGATCAGAAAATGACAGGTGATGAACTGACATCTGCCCAGAG  900

seq1  CTCAAAGCCACAAGTATGAGACAACATAGTCTTCAGCCTCATCAGAAGGA  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCAAAGCCACAAGTATGAGACAACATAGTCTTCAGCCTCATCAGAAGGA  950

seq1  CAATGGTTTGCAAG-CCTGGGTTATACCATCATTACAGGAAGAGGAAATG  997
      ||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAATGGTTTGCCAGCCCTGGGTTATACCATCATTACAGGAAGAGGAAATG  1000

seq1  ATGATAATTCAGAAATAATCTGACAGTCTT-AACAAAATGGAGGAGGAAC  1046
      |||||||||||||||| ||||||| ||||| ||| || |||||||||| |
seq2  ATGATAATTCAGAAAT-ATCTGAC-GTCTTAAACCAATTGGAGGAGGACC  1048

seq1  ATGCTGTAATATG-AAGGTGACAAAGAGACCCTCCTACTCCAGGGTGGCA  1095
      |||||   ||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||
seq2  ATGCTTGTATATGAAAGGTGAC-AAGAGACCCTCCTACTCAAGGGTGGCA  1097

seq1  GGAAAATCAAGGCTCTGAAATATTATTAATGATGTCCCCTCTCATTTCCC  1145
      || ||||| | |||||| |   ||||  |||  || ||  |||| | |  
seq2  GGGAAATCCA-GCTCTGGATATTTAT--ATGGAGTTCC--CTCAGTGC--  1140

seq1  AAAATCCTTTGGGAAAAATGAATTACA-TTGT-CTGCATACTTCTACAAT  1193
        ||| ||||||   |||| ||||||| |||| |||||||||||| ||  
seq2  -GAAT-CTTTGG---AAATTAATTACATTTGTCCTGCATACTTCT-CATA  1184

seq1  TCCATTTCT  1202
        |||||||
seq2  CACATTTCT  1193