BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262J17
Chromosome2 (Build37)
Map Location 122,682,260 - 122,809,691
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneCasc4, Mageb3, Ctdspl2, Eif3s1, 4930424G05Rik, B2m, Trim69, 4933406J08Rik, LOC433468, LOC670832, Sord, Duox2, Duoxa2, Duoxa1, Duox1, Shf, Slc28a2, Bambi-ps1, Rp23-357i14.1, Gatm, Spata5l1, AA467197, Slc30a4, Pldn, Sqrdl
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262J17.bB6Ng01-262J17.g
ACCGA066979GA066980
length9171,067
definitionB6Ng01-262J17.b B6Ng01-262J17.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(122,682,260 - 122,683,176)(122,808,621 - 122,809,691)
sequence
gaattcccgagttcggtcaacacaaggtcacaaatggagattgtgtcttg
acaggccttgaagggaagtgagaataaccaggctttgatttgcacctctg
gtcaccacaggttcccaaagatgtcatttttagatatttcctgtgttttc
cttcagagtctcaatacgtcaggctgatctaaatgaagaactaaattaaa
accgtcatttcagctcataaataacagatgtctaatgcatttaattattt
atagtctcgaatctttcaaaaatgaaaatgactatacacatttttaatgc
agttcttggtaatttaccggctgactgataagatttgctgataatcctgc
cttgcaaacatgaaaaataaaactgagacgggctcgcttatttcatgaga
ctgcttctttgctcccttgtggctttgacaaaatttaaattaaagtgaaa
tctaatcacaacaaaatgatgttcatatactcatactaataattgagttt
tcctagattgcatgctaggtgcttggctgccagagacttttactatgtct
caaaaaacactatccttctgtaaaacatttctttgtctatggtgtcaata
attagggtttaataggaaaagcctcctgagcaggtttcttaggtcaaaat
ggtaagttttacacagtacggataaagacggccattgcttatcccattgg
tgaccccaggaacccttcttcaccagaaaagttcacatttccctttgaat
gcagaatccttcaggtctctttaagtctccatagtaataacttaaattgc
actcaaagcataactagctatggactgctttctgggtgggcccaaggtaa
acctttttttttccctagaggcacactaaaaagtgaacccttgtgtggga
cggggggcggggggggg
gaattcaccctatagaagaagctgtgcatgtgattaaggatatgcttgtg
acatggatgtaagaatactgtagtttgtatcctgaatgttcctaagggcc
tactcactaaaagcttggtccccattccatagtcctactgaaagagtagg
gaaaacggaagaggagctctgcagaaataatttatcccattggggcagcc
ctaaaaggaaatgatgggacccaagcctttcctatctttcctgtggctgc
tcaaccaccatgaggtaagtactccagggtgccattcttccaaagaccta
aagcaacagggccaactgatcatggacccagacacctgacaccaagaatc
aaaagctcttctgactttcaagtggatattatcaggaattttcttacaag
attgacacagatgacctcacttggaatagccaaaaaactggaagaaattc
aaatgctaatcaaatgttgattgtttaaatagcttcagtacaaacatgta
aattccttttcattactcactattcaaaagaactttaaaagatctttaca
ggggctggagagatggcttagcagttaagagcactgactcctattccaaa
ggtcctgagttcaaatcccagcaaccacatggtggctcacaaccatctgt
aatgagatctgacaccctcttctggtgtgtctgaaggcagctacagtgta
cttacatataataataaataaataaatctttttaaaaagatctttacata
catacagtctttcaaaaagtgttacacagaatgcaagttcaaaacaaaat
gtggagtataccttttcaacaaaaccacaaatgtttgaaaatgcatacac
atttgtgtgtgcacatgcacatgtgtgcatgcatgtgtatgcatgtgtgc
attattgtgtgttctgcacccctatagtggacaacaatatgaactaacca
gtacccctagagctcatatccctagctgcatttgtagcagaagatagcca
gtggcatcacatggagagaggccaccttggtattgcaactttatatgccc
aagttacaggggaatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_122682260_122683176
seq2: B6Ng01-262J17.b_47_963

seq1  GAATTCCCGAGTTCGGTCAACACAAGGTCACAAATGGAGATTGTGTCTTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCGAGTTCGGTCAACACAAGGTCACAAATGGAGATTGTGTCTTG  50

seq1  ACAGGCCTTGAAGGGAAGTGAGAATAACCAGGCTTTGATTTGCACCTCTG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGCCTTGAAGGGAAGTGAGAATAACCAGGCTTTGATTTGCACCTCTG  100

seq1  GTCACCACAGGTTCCCAAAGATGTCATTTTTAGATATTTCCTGTGTTTTC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCACCACAGGTTCCCAAAGATGTCATTTTTAGATATTTCCTGTGTTTTC  150

seq1  CTTCAGAGTCTCAATACGTCAGGCTGATCTAAATGAAGAACTAAATTAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCAGAGTCTCAATACGTCAGGCTGATCTAAATGAAGAACTAAATTAAA  200

seq1  ACCGTCATTTCAGCTCATAAATAACAGATGTCTAATGCATTTAATTATTT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCGTCATTTCAGCTCATAAATAACAGATGTCTAATGCATTTAATTATTT  250

seq1  ATAGTCTCGAATCTTTCAAAAATGAAAATGACTATACACATTTTTAATGC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTCTCGAATCTTTCAAAAATGAAAATGACTATACACATTTTTAATGC  300

seq1  AGTTCTTGGTAATTTACCGGCTGACTGATAAGATTTGCTGATAATCCTGC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCTTGGTAATTTACCGGCTGACTGATAAGATTTGCTGATAATCCTGC  350

seq1  CTTGCAAACATGAAAAATAAAACTGAGACGGGCTCGCTTATTTCATGAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCAAACATGAAAAATAAAACTGAGACGGGCTCGCTTATTTCATGAGA  400

seq1  CTGCTTCTTTGCTCCCTTGTGGCTTTGACAAAATTTAAATTAAAGTGAAA  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTTCTTTGCTCCCTTGTGGCTTTGACAAAATTTAAATTAAAGTGAAA  450

seq1  TCTAATCACAACAAAATGATGTTCATATACTCATACTAATAATTGAGTTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAATCACAACAAAATGATGTTCATATACTCATACTAATAATTGAGTTT  500

seq1  TCCTAGATTGCATGCTAGGTGCTTGGCTGCCAGAGACTTTTACTATGTCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTAGATTGCATGCTAGGTGCTTGGCTGCCAGAGACTTTTACTATGTCT  550

seq1  CAAAAAACACTATCCTTCTGTAAAACATTTCTTTGTCTATGGTGTCAATA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAAAACACTATCCTTCTGTAAAACATTTCTTTGTCTATGGTGTCAATA  600

seq1  ATTAGGGTTTAATAGGAAAAGCCTCCTGAGCAGGTTTCTTAGGTCAAAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTAGGGTTTAATAGGAAAAGCCTCCTGAGCAGGTTTCTTAGGTCAAAAT  650

seq1  GGTAAGTTTTACACAGTACGGATAAAGACGGCCATTGCTTATCCCATTGG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTAAGTTTTACACAGTACGGATAAAGACGGCCATTGCTTATCCCATTGG  700

seq1  TGACCCCAGGAACCCTTCTTCACCAGAAAAGTTCACATTTCCCTTTGAAT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCCCAGGAACCCTTCTTCACCAGAAAAGTTCACATTTCCCTTTGAAT  750

seq1  GCAGAATCCTTCAGGTCTCTTTAAGTCTCCATAGTAATAACTTAAATTGC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGAATCCTTCAGGTCTCTTTAAGTCTCCATAGTAATAACTTAAATTGC  800

seq1  ACTCAAAGCATAACTAGCTATGGACTGCTTTCTGGGTGGGCCCAAGGTAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCAAAGCATAACTAGCTATGGACTGCTTTCTGGGTGGGCCCAAGGTAA  850

seq1  ACCTTTTTTTTTCCCTAGAGGCACACTAAAAAGTGAACCCTTGTGTGGGA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCTTTTTTTTTCCCTAGAGGCACACTAAAAAGTGAACCCTTGTGTGGGA  900

seq1  CGGGGGGCGGGGGGGGG  917
      |||||||||||||||||
seq2  CGGGGGGCGGGGGGGGG  917

seq1: chr2_122808621_122809691
seq2: B6Ng01-262J17.g_67_1133 (reverse)

seq1  GCATTCCCCTGT-ACTGGGGCATATAAAGTTTGCAATACCAAGGT-GCCT  48
      |||||||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||
seq2  GCATTCCCCTGTAACTTGGGCATATAAAG-TTGCAATACCAAGGTGGCCT  49

seq1  CTCTTCCATGTGATGGCCAACTGGGCTATCTTCTGCTACAAATGCAGCTA  98
      ||| |||||||||||  | ||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTC-TCCATGTGATG--CCACT-GGCTATCTTCTGCTACAAATGCAGCTA  95

seq1  GGGATATGAGCTCTAGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTGTTCCACCTA  148
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||
seq2  GGGATATGAGCTCTAGGGGTACTGGTTAGTTCATATTGTTG-TCCA-CTA  143

seq1  TAGGGTTGCAGAACACACAAT-ATGCACACATGCATACACATGCATGCAC  197
      ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGGTGCAGAACACACAATAATGCACACATGCATACACATGCATGCAC  193

seq1  ACATGTGCATGTGCACACACAAATGTGTATGCATTTTCAAACATTTGTGG  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTGCATGTGCACACACAAATGTGTATGCATTTTCAAACATTTGTGG  243

seq1  TTTTGTTGAAAAGGTATACTCCACATTTTGTTTTGAACTTGCATTCTGTG  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGTTGAAAAGGTATACTCCACATTTTGTTTTGAACTTGCATTCTGTG  293

seq1  TAACACTTTTTGAAAGACTGTATGTATGTAAAGATCTTTTTAAAAAGATT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACACTTTTTGAAAGACTGTATGTATGTAAAGATCTTTTTAAAAAGATT  343

seq1  TATTTATTTATTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGCCTTCAGACACAC  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATTTATTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGCCTTCAGACACAC  393

seq1  CAGAAGAGGGTGTCAGATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGG  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAGAGGGTGTCAGATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGG  443

seq1  TTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTTGGAATAGGAGTCAGTGCTCTTAA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTTGGAATAGGAGTCAGTGCTCTTAA  493

seq1  CTGCTAAGCCATCTCTCCAGCCCCTGTAAAGATCTTTTAAAGTTCTTTTG  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAAGCCATCTCTCCAGCCCCTGTAAAGATCTTTTAAAGTTCTTTTG  543

seq1  AATAGTGAGTAATGAAAAGGAATTTACATGTTTGTACTGAAGCTATTTAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAGTGAGTAATGAAAAGGAATTTACATGTTTGTACTGAAGCTATTTAA  593

seq1  ACAATCAACATTTGATTAGCATTTGAATTTCTTCCAGTTTTTTGGCTATT  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATCAACATTTGATTAGCATTTGAATTTCTTCCAGTTTTTTGGCTATT  643

seq1  CCAAGTGAGGTCATCTGTGTCAATCTTGTAAGAAAATTCCTGATAATATC  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAAGTGAGGTCATCTGTGTCAATCTTGTAAGAAAATTCCTGATAATATC  693

seq1  CACTTGAAAGTCAGAAGAGCTTTTGATTCTTGGTGTCAGGTGTCTGGGTC  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTTGAAAGTCAGAAGAGCTTTTGATTCTTGGTGTCAGGTGTCTGGGTC  743

seq1  CATGATCAGTTGGCCCTGTTGCTTTAGGTCTTTGGAAGAATGGCACCCTG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATCAGTTGGCCCTGTTGCTTTAGGTCTTTGGAAGAATGGCACCCTG  793

seq1  GAGTACTTACCTCATGGTGGTTGAGCAGCCACAGGAAAGATAGGAAAGGC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTACTTACCTCATGGTGGTTGAGCAGCCACAGGAAAGATAGGAAAGGC  843

seq1  TTGGGTCCCATCATTTCCTTTTAGGGCTGCCCCAATGGGATAAATTATTT  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGTCCCATCATTTCCTTTTAGGGCTGCCCCAATGGGATAAATTATTT  893

seq1  CTGCAGAGCTCCTCTTCCGTTTTCCCTACTCTTTCAGTAGGACTATGGAA  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCAGAGCTCCTCTTCCGTTTTCCCTACTCTTTCAGTAGGACTATGGAA  943

seq1  TGGGGACCAAGCTTTTAGTGAGTAGGCCCTTAGGAACATTCAGGATACAA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGGACCAAGCTTTTAGTGAGTAGGCCCTTAGGAACATTCAGGATACAA  993

seq1  ACTACAGTATTCTTACATCCATGTCACAAGCATATCCTTAATCACATGCA  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTACAGTATTCTTACATCCATGTCACAAGCATATCCTTAATCACATGCA  1043

seq1  CAGCTTCTTCTATAGGGTGAATTC  1071
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTTCTTCTATAGGGTGAATTC  1067