BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-262N09
Chromosome2 (Build37)
Map Location 112,654,857 - 112,794,619
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRyr3
Upstream geneOlfr1303, Olfr249-ps1, LOC668825, Olfr1305, Olfr1306, LOC668827, Olfr1307, Olfr1308, Olfr1309, LOC433463, Olfr1310, Olfr1311, Olfr1312, Olfr1313, Olfr1314, Olfr1315-ps1, Olfr1316, Olfr1317, Olfr1318, GA_x5J8B7W3P0G-705890-705633, LOC100043187, Agpat7, Nut, Nola3, Slc12a6, Tmem85, EG668839, 2410042D21Rik, 2900064A13Rik, Chrm5, Aven
Downstream gene4930563P21Rik, Fmn1, Grem1, LOC100043520, Scg5, Arhgap11a, LOC100043526
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-262N09.bB6Ng01-262N09.g
ACCGA067150GA067151
length1,001759
definitionB6Ng01-262N09.b B6Ng01-262N09.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(112,793,626 - 112,794,619)(112,654,857 - 112,655,614)
sequence
gaattcacccgtattgaacatagtgttctccttaggcttttgatcagtta
tggtggtataccattctttcataggatacttactcggtggccatgtagtt
cgtcttttccacggtcatgatgaatgtttgacgataccatctacagatca
gaatgattctcagcacaggtaagccactatcctcatccttctctctgagc
tgtctctctggtagctcctattaaagagtttgcatttctatttggccaca
catgatttgtgtaggtctttcttacttggactgaccttcatctagccaca
agctccagtttgctcaaaaaacgtgtgtttacgttaaatctaagcaaaca
atgccacaatgcatcgcaagccattcattgtcttgatcgctcctgagtct
gaatcattcaccttggggagagaaatcagcaattctctcaccgctgcaca
gcaatagagaagctgtgcattcacgtaagttatggctggtccttgaaagg
cagcttatctctatttatcccctttagtggaccaagtaattaagatggaa
ttgttggtttcatttttcttgataccaactcatgtatgagaaatcaagca
tcaaaatccaacagaagatggacttagcaggaagctgttccaagaactat
agttcgaggtagagtagaggtgaactatatctttagtccaaaggtgattg
cttaatgggctcttattgaagatttaaaattatgtaaaacagccctattg
tatatagaagacactgtttccttgaagttatccatcatctctggctctta
tactctttctgcctcctcatctgtaaccttgaggggtttgataaagatcc
agttgtggatttcttttttaattcccatctattgcaagggtatatgtaat
tgagagtcgctttattgctatgttcctttagcctaataatcaatacacta
atagtagtaagggagactaactgggtggtgtggtgtgtgtgtgtgtgtgt
g
gaattcagaggagctggggaaggggaaactataatcaaaatataatgtat
taaaaaactattttcttttttaaaaagattttatttatttattatatgta
agtatgctgtagctgtcttcagaactcattaaggatggttgtgagccacc
atgtggttgctgggaattgaactcaggacctctggaagagcagtcagtgc
tcttaaccactgagccatctctccattttcaattaagaaaaaaaagcata
tataggagacgatgatttactatatcagttcagcacttgccaacagcctc
tgataggcccccagcttaagaggctgtcatggcgatggtggtagtaattg
tatttttgaactctgctttctgttttcctattattcttagattgaacaat
ggacccccatccactaaaagacctccatatcccaatctgcagaagttgtg
ttacctcacagggcaaaagggacgcggcagataacactaactgagagatt
ctgagtcagagggattactgtggatgacttgggggcttatttcatcccaa
gagtctttgagagaagaggtgagagagtcagcgggtcttagtggggatgt
tctctaccccactaagaaggccgtggtcctctagaaggtcaaagggcaag
aactgaccctctaggagggcaatcaggctcagtcacttcagtttgataac
ctctgaaactgtaaggtagtaagtttgtgctgttaggggtgttggtaggg
tttgtggtt
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_112793626_112794619
seq2: B6Ng01-262N09.b_47_1047 (reverse)

seq1  --CACACACACACACACA-CACA----CCAGTTAGTCTCCCTTACTACTA  43
        |||||||||||||||| ||||    |||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACCACACCACCCAGTTAGTCTCCCTTACTACTA  50

seq1  TTAGTGTATTGATTATTAGGCTAAAGGAACATAGCAATAAAGCGACTCTC  93
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTGTATTGATTATTAGGCTAAAGGAACATAGCAATAAAGCGACTCTC  100

seq1  AATTACATATACCCTTGCAATAGATGGGAATTAAAAAAGAAATCCACAAC  143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTACATATACCCTTGCAATAGATGGGAATTAAAAAAGAAATCCACAAC  150

seq1  TGGATCTTTATCAAACCCCTCAAGGTTACAGATGAGGAGGCAGAAAGAGT  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGATCTTTATCAAACCCCTCAAGGTTACAGATGAGGAGGCAGAAAGAGT  200

seq1  ATAAGAGCCAGAGATGATGGATAACTTCAAGGAAACAGTGTCTTCTATAT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAAGAGCCAGAGATGATGGATAACTTCAAGGAAACAGTGTCTTCTATAT  250

seq1  ACAATAGGGCTGTTTTACATAATTTTAAATCTTCAATAAGAGCCCATTAA  293
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATAGGGCTGTTTTACATAATTTTAAATCTTCAATAAGAGCCCATTAA  300

seq1  GCAATCACCTTTGGACTAAAGATATAGTTCACCTCTACTCTACCTCGAAC  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAATCACCTTTGGACTAAAGATATAGTTCACCTCTACTCTACCTCGAAC  350

seq1  TATAGTTCTTGGAACAGCTTCCTGCTAAGTCCATCTTCTGTTGGATTTTG  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGTTCTTGGAACAGCTTCCTGCTAAGTCCATCTTCTGTTGGATTTTG  400

seq1  ATGCTTGATTTCTCATACATGAGTTGGTATCAAGAAAAATGAAACCAACA  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTTGATTTCTCATACATGAGTTGGTATCAAGAAAAATGAAACCAACA  450

seq1  ATTCCATCTTAATTACTTGGTCCACTAAAGGGGATAAATAGAGATAAGCT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCATCTTAATTACTTGGTCCACTAAAGGGGATAAATAGAGATAAGCT  500

seq1  GCCTTTCAAGGACCAGCCATAACTTACGTGAATGCACAGCTTCTCTATTG  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTTTCAAGGACCAGCCATAACTTACGTGAATGCACAGCTTCTCTATTG  550

seq1  CTGTGCAGCGGTGAGAGAATTGCTGATTTCTCTCCCCAAGGTGAATGATT  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGCAGCGGTGAGAGAATTGCTGATTTCTCTCCCCAAGGTGAATGATT  600

seq1  CAGACTCAGGAGCGATCAAGACAATGAATGGCTTGCGATGCATTGTGGCA  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTCAGGAGCGATCAAGACAATGAATGGCTTGCGATGCATTGTGGCA  650

seq1  TTGTTTGCTTAGATTTAACGTAAACACACGTTTTTTGAGCAAACTGGAGC  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTTTGCTTAGATTTAACGTAAACACACGTTTTTTGAGCAAACTGGAGC  700

seq1  TTGTGGCTAGATGAAGGTCAGTCCAAGTAAGAAAGACCTACACAAATCAT  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGCTAGATGAAGGTCAGTCCAAGTAAGAAAGACCTACACAAATCAT  750

seq1  GTGTGGCCAAATAGAAATGCAAACTCTTTAATAGGAGCTACCAGAGAGAC  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGGCCAAATAGAAATGCAAACTCTTTAATAGGAGCTACCAGAGAGAC  800

seq1  AGCTCAGAGAGAAGGATGAGGATAGTGGCTTACCTGTGCTGAGAATCATT  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTCAGAGAGAAGGATGAGGATAGTGGCTTACCTGTGCTGAGAATCATT  850

seq1  CTGATCTGTAGATGGTATCGTCAAACATTCATCATGACCGTGGAAAAGAC  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGATCTGTAGATGGTATCGTCAAACATTCATCATGACCGTGGAAAAGAC  900

seq1  GAACTACATGGCCACCGAGTAAGTATCCTATGAAAGAATGGTATACCACC  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTACATGGCCACCGAGTAAGTATCCTATGAAAGAATGGTATACCACC  950

seq1  ATAACTGATCAAAAGCCTAAGGAGAACACTATGTTCAATACGGGTGAATT  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAACTGATCAAAAGCCTAAGGAGAACACTATGTTCAATACGGGTGAATT  1000

seq1  C  994
      |
seq2  C  1001

seq1: chr2_112654857_112655614
seq2: B6Ng01-262N09.g_67_825

seq1  GAATTCAGAGGAGCTGGGGAAGGGGAAACTATAATCAAAATATAATGTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGAGGAGCTGGGGAAGGGGAAACTATAATCAAAATATAATGTAT  50

seq1  TAAAAAACTATTTTCTTTTTTAAAAAGATTTTATTTATTTATTATATGTA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAAAAACTATTTTCTTTTTTAAAAAGATTTTATTTATTTATTATATGTA  100

seq1  AGTATGCTGTAGCTGTCTTCAGAACTCATTAAGGATGGTTGTGAGCCACC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATGCTGTAGCTGTCTTCAGAACTCATTAAGGATGGTTGTGAGCCACC  150

seq1  ATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGTCAGTGC  200

seq1  TCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCATTTTCAATTAAGAAAAAAAAGCATA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCATTTTCAATTAAGAAAAAAAAGCATA  250

seq1  TATAGGAGACGATGATTTACTATATCAGTTCAGCACTTGCCAACAGCCTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGGAGACGATGATTTACTATATCAGTTCAGCACTTGCCAACAGCCTC  300

seq1  TGATAGGCCCCCAGCTTAAGAGGCTGTCATGGCGATGGTGGTAGTAATTG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATAGGCCCCCAGCTTAAGAGGCTGTCATGGCGATGGTGGTAGTAATTG  350

seq1  TATTTTTGAACTCTGCTTTCTGTTTTCCTATTATTCTTAGATTGAACAAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTGAACTCTGCTTTCTGTTTTCCTATTATTCTTAGATTGAACAAT  400

seq1  GGACCCCCATCCACTAAAAGACCTCCATATCCCAATCTGCAGAAGTTGTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACCCCCATCCACTAAAAGACCTCCATATCCCAATCTGCAGAAGTTGTG  450

seq1  TTACCTCACAGGGCAAAAGGGACGCGGCAGATAACACTAACTGAGAGATT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTACCTCACAGGGCAAAAGGGACGCGGCAGATAACACTAACTGAGAGATT  500

seq1  CTGAGTCAGAGGGATTACTGTGGATGACTTGGGGGCTTATTTCATCCCAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAGTCAGAGGGATTACTGTGGATGACTTGGGGGCTTATTTCATCCCAA  550

seq1  GAGTCTTTGAGAGAAGAGGTGAGAGAGTCAGCGGGTCTTAGTGGGGATGT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTCTTTGAGAGAAGAGGTGAGAGAGTCAGCGGGTCTTAGTGGGGATGT  600

seq1  TCTCTACCCCACTAAGAAGGCCGTGGTCCTCTAGAAGGTCAAAGGGCAAG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCTACCCCACTAAGAAGGCCGTGGTCCTCTAGAAGGTCAAAGGGCAAG  650

seq1  AACTGACCCTCTAGGAGGGCAATCAGGCTCAGTCACTTCAGTTTGATAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGACCCTCTAGGAGGGCAATCAGGCTCAGTCACTTCAGTTTGATAAC  700

seq1  CTCTGAAACTGTAAGGTAGTAAGTTTGTGCTGTTAGGGGTGTTGGTA-GG  749
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTCTGAAACTGTAAGGTAGTAAGTTTGTGCTGTTAGGGGTGTTGGTAGGG  750

seq1  TTTGTGGTT  758
      |||||||||
seq2  TTTGTGGTT  759