BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263I06
Chromosome2 (Build37)
Map Location 145,727,790 - 145,864,625
singlet/doubletdoublet
Overlap geneNat5, Crnkl1, 4930529M08Rik, LOC100043563
Upstream geneSlc24a3, LOC627312, OTTMUSG00000015643, LOC433482, LOC100043810, Rin2
Downstream geneInsm1, A230067G21Rik, LOC668918, Gm114, Xrn2
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263I06.bB6Ng01-263I06.g
ACCGA067664GA067665
length8971,133
definitionB6Ng01-263I06.b B6Ng01-263I06.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(145,863,729 - 145,864,625)(145,727,790 - 145,728,918)
sequence
gaattctcagagtgaaaaggagactttagaaggctaattggatacaagat
cagaatacaaaaatccatggtcttcctatattctaaaataaacatttaca
aggtacaacaagaggtatgtatgtacattataaagaaaaaaattataaac
tacatagaaaaaaatcataaatgtcctagagtatattgggaaagggtgac
agcaggagacagatggcatgttcaaattaagataattggaggtaggctca
acaaagggagtatttacagagacgggaaggtgtggggaaattagcaggga
cggtgagagagcaactgaaagctattagtggcttcagtgggtggagtagg
tggaagactggtcacaggaatccacaaagagagcatcctggagacaaggc
cagtgggctcagtatggtcccagcctgatgtagacaccatggcctcactg
tcctccatcttcctgtcaaggcctctctttggtcaaacccaacagaaggc
caaagggcaaaggcatgcattgctgtcagttcagtcgcactcacaggaac
caagtaaaagggaagaaggtagccagtaggcttgtggggcacttaagtgt
ccggctgcattaattcatttccattactatttaaaataggaaaaaaacta
tccaaggttcagtatatttcatgtgtgtgtgtgagtgcatatacattcat
gcatacatacatatacatacatgcatacatacatatgtacatacatacat
atgtacatacatacgtaaagaggtttatttagtccaatgttttggagact
ggaagtgcaccatgttggtctggactctggtaaaggcctctaggccgagt
gcatgatggcaaaaatatgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtgtg

gaattcccaagacacctgcggagcaactgagtcccaaaggagttggggat
gtgagtctgctgtaatgtaggcatctcgctgagttggattggtttgagct
cagcagcatgttctccaggaccaccccaactgctggtaaggagaagaggg
gaaggcagcttcacagcccgacagtacatagtctcctcagtcactgggtc
tatgccgtggagacgctgggctggtgcttaaaatgtagcaggccagatga
aagaatgtaattcctaatggttaactttcaacttagacatgagataatgt
ttcatttggttatttggaaacatgtttggattactttgatagctctatca
tcttgtatgcatgtatttgagacggtcacactatgtgtccttgactggcc
tggaactcactatatagaccagggttttcgaggctcactaacagcctctt
gtctctgtctccttactactgggattacaggtgtaaggcactattcctgg
cttgatctgctctttaatcacacatttattaaaatcagcatcgaaaacaa
atagttctgatcatttttctctcggattaaaataaactgcaaatatatgg
accagatttcaaagtcttattgccaaaataagataagatattcacatttt
ttatacagataatctttctttctttctttctttctttctttctttctttc
tttctctttctctctctctctctctctctctctttctttctttctttctt
tctttctgttcttccttccttcctttctttttcttcctctctctctcttt
ctctccctccctcttctccctcctttccttccttctttccttcctttctt
ctaaataattttaatgtgctagaaaattttaaggtcacatccctggttca
tgacagtggttgagagagaggccctgagccatcctttttagggatcactt
ccctaactcaccctggtgaagcattcttttgtagttttgaagcttgcttt
tacgatttggcttctctgacttcagcttctttctcttgttactactcttg
ctacttttgtaagggtctggcggggcgcggaatcatagcaattgcttgat
ttcagcgcctgagagagctacgacgcttactct
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_145863729_145864625
seq2: B6Ng01-263I06.b_43_939 (reverse)

seq1  CACACACACACACACACACACACACACACATATTTTTGCCATCATGCACT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACACACACACACACACACACATATTTTTGCCATCATGCACT  50

seq1  CGGCCTAGAGGCCTTTACCAGAGTCCAGACCAACATGGTGCACTTCCAGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCCTAGAGGCCTTTACCAGAGTCCAGACCAACATGGTGCACTTCCAGT  100

seq1  CTCCAAAACATTGGACTAAATAAACCTCTTTACGTATGTATGTACATATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCAAAACATTGGACTAAATAAACCTCTTTACGTATGTATGTACATATG  150

seq1  TATGTATGTACATATGTATGTATGCATGTATGTATATGTATGTATGCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGTATGTACATATGTATGTATGCATGTATGTATATGTATGTATGCATG  200

seq1  AATGTATATGCACTCACACACACACATGAAATATACTGAACCTTGGATAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTATATGCACTCACACACACACATGAAATATACTGAACCTTGGATAG  250

seq1  TTTTTTTCCTATTTTAAATAGTAATGGAAATGAATTAATGCAGCCGGACA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTCCTATTTTAAATAGTAATGGAAATGAATTAATGCAGCCGGACA  300

seq1  CTTAAGTGCCCCACAAGCCTACTGGCTACCTTCTTCCCTTTTACTTGGTT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAGTGCCCCACAAGCCTACTGGCTACCTTCTTCCCTTTTACTTGGTT  350

seq1  CCTGTGAGTGCGACTGAACTGACAGCAATGCATGCCTTTGCCCTTTGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGTGAGTGCGACTGAACTGACAGCAATGCATGCCTTTGCCCTTTGGCC  400

seq1  TTCTGTTGGGTTTGACCAAAGAGAGGCCTTGACAGGAAGATGGAGGACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTGTTGGGTTTGACCAAAGAGAGGCCTTGACAGGAAGATGGAGGACAG  450

seq1  TGAGGCCATGGTGTCTACATCAGGCTGGGACCATACTGAGCCCACTGGCC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAGGCCATGGTGTCTACATCAGGCTGGGACCATACTGAGCCCACTGGCC  500

seq1  TTGTCTCCAGGATGCTCTCTTTGTGGATTCCTGTGACCAGTCTTCCACCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTCTCCAGGATGCTCTCTTTGTGGATTCCTGTGACCAGTCTTCCACCT  550

seq1  ACTCCACCCACTGAAGCCACTAATAGCTTTCAGTTGCTCTCTCACCGTCC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCACCCACTGAAGCCACTAATAGCTTTCAGTTGCTCTCTCACCGTCC  600

seq1  CTGCTAATTTCCCCACACCTTCCCGTCTCTGTAAATACTCCCTTTGTTGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGCTAATTTCCCCACACCTTCCCGTCTCTGTAAATACTCCCTTTGTTGA  650

seq1  GCCTACCTCCAATTATCTTAATTTGAACATGCCATCTGTCTCCTGCTGTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACCTCCAATTATCTTAATTTGAACATGCCATCTGTCTCCTGCTGTC  700

seq1  ACCCTTTCCCAATATACTCTAGGACATTTATGATTTTTTTCTATGTAGTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCTTTCCCAATATACTCTAGGACATTTATGATTTTTTTCTATGTAGTT  750

seq1  TATAATTTTTTTCTTTATAATGTACATACATACCTCTTGTTGTACCTTGT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATTTTTTTCTTTATAATGTACATACATACCTCTTGTTGTACCTTGT  800

seq1  AAATGTTTATTTTAGAATATAGGAAGACCATGGATTTTTGTATTCTGATC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGTTTATTTTAGAATATAGGAAGACCATGGATTTTTGTATTCTGATC  850

seq1  TTGTATCCAATTAGCCTTCTAAAGTCTCCTTTTCACTCTGAGAATTC  897
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTATCCAATTAGCCTTCTAAAGTCTCCTTTTCACTCTGAGAATTC  897


seq1: chr2_145727790_145728918
seq2: B6Ng01-263I06.g_67_1199

seq1  GAATTCCCAAGACACCTGCGGAGCAACTGAGTCCCAAAGGAGTTGGGGAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCCAAGACACCTGCGGAGCAACTGAGTCCCAAAGGAGTTGGGGAT  50

seq1  GTGAGTCTGCTGTAATGTAGGCATCTCGCTGAGTTGGATTGGTTTGAGCT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAGTCTGCTGTAATGTAGGCATCTCGCTGAGTTGGATTGGTTTGAGCT  100

seq1  CAGCAGCATGTTCTCCAGGACCACCCCAACTGCTGGTAAGGAGAAGAGGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCAGCATGTTCTCCAGGACCACCCCAACTGCTGGTAAGGAGAAGAGGG  150

seq1  GAAGGCAGCTTCACAGCCCGACAGTACATAGTCTCCTCAGTCACTGGGTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGGCAGCTTCACAGCCCGACAGTACATAGTCTCCTCAGTCACTGGGTC  200

seq1  TATGCCGTGGAGACGCTGGGCTGGTGCTTAAAATGTAGCAGGCCAGATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGCCGTGGAGACGCTGGGCTGGTGCTTAAAATGTAGCAGGCCAGATGA  250

seq1  AAGAATGTAATTCCTAATGGTTAACTTTCAACTTAGACATGAGATAATGT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAATGTAATTCCTAATGGTTAACTTTCAACTTAGACATGAGATAATGT  300

seq1  TTCATTTGGTTATTTGGAAACATGTTTGGATTACTTTGATAGCTCTATCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCATTTGGTTATTTGGAAACATGTTTGGATTACTTTGATAGCTCTATCA  350

seq1  TCTTGTATGCATGTATTTGAGACGGTCACACTATGTGTCCTTGACTGGCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGTATGCATGTATTTGAGACGGTCACACTATGTGTCCTTGACTGGCC  400

seq1  TGGAACTCACTATATAGACCAGGGTTTTCGAGGCTCACTAACAGCCTCTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAACTCACTATATAGACCAGGGTTTTCGAGGCTCACTAACAGCCTCTT  450

seq1  GTCTCTGTCTCCTTACTACTGGGATTACAGGTGTAAGGCACTATTCCTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCTGTCTCCTTACTACTGGGATTACAGGTGTAAGGCACTATTCCTGG  500

seq1  CTTGATCTGCTCTTTAATCACACATTTATTAAAATCAGCATCGAAAACAA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATCTGCTCTTTAATCACACATTTATTAAAATCAGCATCGAAAACAA  550

seq1  ATAGTTCTGATCATTTTTCTCTCGGATTAAAATAAACTGCAAATATATGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTCTGATCATTTTTCTCTCGGATTAAAATAAACTGCAAATATATGG  600

seq1  ACCAGATTTCAAAGTCTTATTGCCAAAATAAGATAAGATATTCACATTTT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAGATTTCAAAGTCTTATTGCCAAAATAAGATAAGATATTCACATTTT  650

seq1  TTATACAGATAATCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATACAGATAATCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTC  700

seq1  TTTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTCTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTTTCTTTCTTTCTT  750

seq1  TCTTTCTGTTCTTCCTTCCTTCCTTTCTTTTTCTTCCTCTCTCTCTCTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTTCTGTTCTTCCTTCCTTCCTTTCTTTTTCTTCCTCTCTCTCTCTTT  800

seq1  CTCTCCCTCCCTC-TCTCCCTCCTTTCCTTCCTTCTTTCCTTCCTTTCTT  849
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTCCCTCCCTCTTCTCCCTCCTTTCCTTCCTTCTTTCCTTCCTTTCTT  850

seq1  CTAAATAATTTTAATGTGCTAGAAAA-TTTAAGGTCACATCCCTGGTTCA  898
      |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||
seq2  CTAAATAATTTTAATGTGCTAGAAAATTTTAAGGTCACATCCCTGGTTCA  900

seq1  TGACAGTGGTTGAGAGAAGAGGCCCTGAGCCATCC-TTTTAGGGATCACT  947
      |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TGACAGTGGTTGAGAG-AGAGGCCCTGAGCCATCCTTTTTAGGGATCACT  949

seq1  T-CCTAACTCACCCT-GTGAAGCAT--CTTTGTAGTTTTGAAGCTTGCTT  993
      | ||||||||||||| |||||||||   ||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTAACTCACCCTGGTGAAGCATTCTTTTGTAGTTTTGAAGCTTGCTT  999

seq1  TTACGATTTGGC-TCTCTGACTCCAGCTTCTTTCTCCTTGTTACTACTCT  1042
      |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TTACGATTTGGCTTCTCTGACTTCAGCTTCTTTCT-CTTGTTACTACTCT  1048

seq1  GCCTACTTTTTGGAAAGGGTCT-GCGGGGCGCGGATCATTAAGGCAATTG  1091
        ||||||||  | |||||||| ||||||||||||  || |  |||||||
seq2  TGCTACTTTT--GTAAGGGTCTGGCGGGGCGCGGA--ATCATAGCAATTG  1094

seq1  C-TGATTTCAGCCGCCAGAGAGAGCTACGACGC-TACTCT  1129
      | ||||||||| |||| |||||||||||||||| ||||||
seq2  CTTGATTTCAG-CGCCTGAGAGAGCTACGACGCTTACTCT  1133


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |