BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-263P24
Chromosome2 (Build37)
Map Location 107,107,218 - 107,214,421
singlet/doubletdoublet
Overlap geneKcna4
Upstream geneDcdc5, 9330126M15, C130023O10Rik, LOC677260, 2700007P21Rik, LOC383739, Fshb
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-263P24.bB6Ng01-263P24.g
ACCGA068022GA068023
length1,1161,102
definitionB6Ng01-263P24.b B6Ng01-263P24.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,107,218 - 107,108,342)(107,213,306 - 107,214,421)
sequence
gaattctctgagtagatggagaatatgtgttttatatagcaaatctttat
ctgtatcagaccctcaaactattaaagtgcataaaagtatttttttaaat
aattaactacatgaaatgaacatatgcttaataatttgtttatatatttt
catgggcaacaaagccatgacttctacatatacacactcatagcagcaat
caaccataaagaaatgaagctaaatattcacacataccaaccaactaaaa
cctatctgcaatctaactcatatggtatagcattcattttgaaggagtgg
ttctctccttgtaccatctgggttctggggaatcacacttaggtcatcat
taccaggcttgtggaggtaaacacatttacccacagggccaccacactgg
ttctattttactgtattttacagaaacttacacaatttcatgttctttac
ccgttaagtctaggagggtatttttactgcttctagatgcaattaactgg
acttttctggttcttttgttgcttggagaagcgtctcatgtagcccaggc
tatctatgaacttgctatgtaactgaaactggccttgaaatcagatcttt
cttccaccttgtgagtgcttgggttctaggcatgtgtccttgtgcctatc
tatcagttgattgatattattcctgccttctgcttcttcctttctcccct
cttgctcctatttaacacatattttattgaatactaattaagatctcggg
agtagtgtaatgaaaagcttcatccaccgaaaatattttctttataggaa
agcacttcaggcaatgatcattaaagtgaatagtgtgaaacagatgtttg
gatgagactttcagtcctttagtttcagagtggagtatcatttgagtgat
aacaaagagtcacacatacaaagacctgagatcaggcccttcttgtgcag
aagagcttcagagacacagacgtcctaatatggatgcagttttggttata
tttaggaaacacaaaggcattcatgtgtggtgcacacatatataattcca
catttgagaagctaggcaagaggatcatagtacagctagctggctataca
gagactctatctcagt

gaattctttccagtccactactcctcttcatcctcacagtagtaatatgc
tgaaggttcctgttgcagctgatgctaaagttatccatcctatggcaaga
aatccttctctctttcagtcacacatggtgggatgtgttaggatttatat
gaaataacaatagaaaaccagtctgaggactcagacctgtaatctcagct
aatcaagaatttgaggtagaaaggtcccaaattcaaagcctgtttgtctt
acagtgactgtatatcaaaccttggcaacttagtgagaccctgacacaca
agaagtaaaaataaaaaaaaaaaaatccaaaagtaagaaagtcaatcttt
tatgctcttaagtgtctggtattttaattgctaattttcctttttcttat
actttgccacagataccatttccttttagagatatagacatggtcccata
ggagatagatcacagagagaataaataagatgctaatagagctcctctca
aaatctctacccacaatgccccatggtatcactaaagaatcttgctgaca
gtacagctgtttgatcaaagtgctacctttgttttgataaactattcaaa
ttgtcaaataatcattttgtaagtccaagttctaagaccaattacatgag
tctatcctacccagttgccttatgttccacagggtttaccaggacattca
gggtcaaaagaaatgcatcatcattcttgatgttaatccactcatgagag
ttagaagacattctgtttaaatcatgtgtctatcgcaagttctacgatgt
tttggtatgttacttcctccctttgagctttgatttttctgttaaattgc
acattcatctcaaaactcatttaaagaaatattgaaatgatggtcataat
ttaacaaagtctcaagacacagtgagaactaagttcatatgcatcaggcc
atggtcatctaatactacatttttgcccccattttatgtctagattccac
aagctcataaagatgcattctttgactatctgctgatacatgaagtattt
actcagacagagactgtcttctaaaaaagtgcatatataattctccactg
tg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_107107218_107108342
seq2: B6Ng01-263P24.b_46_1161

seq1  GAATTCTCTGAGTAGATGGAGAATATGTGTTTTATATAGCAAATCTTTAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCTGAGTAGATGGAGAATATGTGTTTTATATAGCAAATCTTTAT  50

seq1  CTGTATCAGACCCTCAAACTATTAAAGTGCATAAAAGTATTTTTTTAAAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTATCAGACCCTCAAACTATTAAAGTGCATAAAAGTATTTTTTTAAAT  100

seq1  AATTAACTACATGAAATGAACATATGCTTAATAATTTGTTTATATATTTT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTAACTACATGAAATGAACATATGCTTAATAATTTGTTTATATATTTT  150

seq1  CATGGGCAACAAAGCCATGACTTCTACATATACACACTCATAGCAGCAAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGGCAACAAAGCCATGACTTCTACATATACACACTCATAGCAGCAAT  200

seq1  CAACCATAAAGAAATGAAGCTAAATATTCACACATACCAACCAACTAAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCATAAAGAAATGAAGCTAAATATTCACACATACCAACCAACTAAAA  250

seq1  CCTATCTGCAATCTAACTCATATGGTATAGCATTCATTTTGAAGGAGTGG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTATCTGCAATCTAACTCATATGGTATAGCATTCATTTTGAAGGAGTGG  300

seq1  TTCTCTCCTTGTACCATCTGGGTTCTGGGGAATCACACTTAGGTCATCAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCTCCTTGTACCATCTGGGTTCTGGGGAATCACACTTAGGTCATCAT  350

seq1  TACCAGGCTTGTGGAGGTAAACACATTTACCCACAGGGCCACCACACTGG  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGGCTTGTGGAGGTAAACACATTTACCCACAGGGCCACCACACTGG  400

seq1  TTCTATTTTACTGTATTTTACAGAAACTTACACAATTTCATGTTCTTTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTATTTTACTGTATTTTACAGAAACTTACACAATTTCATGTTCTTTAC  450

seq1  CCGTTAAGTCTAGGAGGGTATTTTTACTGCTTCTAGATGCAATTAACTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGTTAAGTCTAGGAGGGTATTTTTACTGCTTCTAGATGCAATTAACTGG  500

seq1  ACTTTTCTGGTTCTTTTGTTGCTTGGAGAAGCGTCTCATGTAGCCCAGGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTTTTCTGGTTCTTTTGTTGCTTGGAGAAGCGTCTCATGTAGCCCAGGC  550

seq1  TATCTATGAACTTGCTATGTAACTGAAACTGGCCTTGAAATCAGATCTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCTATGAACTTGCTATGTAACTGAAACTGGCCTTGAAATCAGATCTTT  600

seq1  CTTCCACCTTGTGAGTGCTTGGGTTCTAGGCATGTGTCCTTGTGCCTATC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCACCTTGTGAGTGCTTGGGTTCTAGGCATGTGTCCTTGTGCCTATC  650

seq1  TATCAGTTGATTGATATTATTCCTGCCTTCTGCTTCTTCCTTTCTCCCCT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCAGTTGATTGATATTATTCCTGCCTTCTGCTTCTTCCTTTCTCCCCT  700

seq1  CTTGCTCCTATTTAACACATATTTTATTGAATACTAATTAAGATCTCGGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGCTCCTATTTAACACATATTTTATTGAATACTAATTAAGATCTCGGG  750

seq1  AGTAGTGTAATGAAAAGCTTCATCCACCGAAAATATTTTCTTTATAGGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGTGTAATGAAAAGCTTCATCCACCGAAAATATTTTCTTTATAGGAA  800

seq1  AGCACTTCAGGCAATGATCATTAAAGTGAATAGTGTGAAACAGATGTTTG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCACTTCAGGCAATGATCATTAAAGTGAATAGTGTGAAACAGATGTTTG  850

seq1  GATGAGACTTTCAGTCCTTTAGTTTCAGAGTGGAGTATCATTTGAGTGAT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGAGACTTTCAGTCCTTTAGTTTCAGAGTGGAGTATCATTTGAGTGAT  900

seq1  AACAAAGAGTCACACATACAAAGACCTGAGATCAGG-CCTTC-TGTGCAG  948
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||
seq2  AACAAAGAGTCACACATACAAAGACCTGAGATCAGGCCCTTCTTGTGCAG  950

seq1  AAGAGCTTCAGAAGAACACAGACGTCCTAAATATGGATGCAGTTT--GGT  996
      ||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||||||||||  | |
seq2  AAGAGCTTCAGA--GACACAGACGTCCT-AATATGGATGCAGTTTTGGTT  997

seq1  ATATTTAGGAAACACAAAGGCATTCATGTGTGGTGGCACACATATATAAT  1046
      |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  ATATTTAGGAAACACAAAGGCATTCATGTGTGGT-GCACACATATATAAT  1046

seq1  CCCAACATTTGAGAAGCTAAGGCAGGAGGATCATAAGTTACAGGCTAGCT  1096
       || |||||||||||||| ||||| ||||||||||   |||| |||||||
seq2  TCC-ACATTTGAGAAGCT-AGGCAAGAGGATCATA--GTACA-GCTAGCT  1091

seq1  TGGGCTATACAAAGAGACTCTATCTCAGT  1125
        ||||||||  |||||||||||||||||
seq2  --GGCTATAC--AGAGACTCTATCTCAGT  1116


seq1: chr2_107213306_107214421
seq2: B6Ng01-263P24.g_65_1166 (reverse)

seq1  CACAGTGGAGAAATTATATATGGCAATGTTTTAGAGACCAGTTCTTCTTG  50
      |||||||||| |||||||||| ||| | |||||||   ||| |||   ||
seq2  CACAGTGGAG-AATTATATAT-GCACTTTTTTAGAAGACAG-TCT--CTG  45

seq1  TCTTGGAGTAAAATACTTTCATGTATCAGCAGGATAGTCAAAGAATGCAT  100
      |||  |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TCT--GAGT-AAATAC-TTCATGTATCAGCA-GATAGTCAAAGAATGCAT  90

seq1  CTTTATGAGCTTTGTGGAAATCTAGACATAAAATGGGGGCAAAAATGTAG  150
      |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTATGAGC-TTGTGG-AATCTAGACATAAAATGGGGGCAAAAATGTAG  138

seq1  TATTTAGATGACCATGGCCCTGATGCATATGAACTTAGTTCTCACTGTGT  200
      || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TA-TTAGATGACCATGG-CCTGATGCATATGAACTTAGTTCTCACTGTGT  186

seq1  CTTGAGACTTTGTTAAATTATGACCATCATTTCAATATTTCTTTAAATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGAGACTTTGTTAAATTATGACCATCATTTCAATATTTCTTTAAATGA  236

seq1  GTTTTGAGATGAATGTGCAATTTAACAGAAAAATCAAAGCTCAAAGGGAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTTGAGATGAATGTGCAATTTAACAGAAAAATCAAAGCTCAAAGGGAG  286

seq1  GAAGTAACATACCAAAACATCGTAGAACTTGCGATAGACACATGATTTAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGTAACATACCAAAACATCGTAGAACTTGCGATAGACACATGATTTAA  336

seq1  ACAGAATGTCTTCTAACTCTCATGAGTGGATTAACATCAAGAATGATGAT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAATGTCTTCTAACTCTCATGAGTGGATTAACATCAAGAATGATGAT  386

seq1  GCATTTCTTTTGACCCTGAATGTCCTGGTAAACCCTGTGGAACATAAGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCATTTCTTTTGACCCTGAATGTCCTGGTAAACCCTGTGGAACATAAGGC  436

seq1  AACTGGGTAGGATAGACTCATGTAATTGGTCTTAGAACTTGGACTTACAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGGGTAGGATAGACTCATGTAATTGGTCTTAGAACTTGGACTTACAA  486

seq1  AATGATTATTTGACAATTTGAATAGTTTATCAAAACAAAGGTAGCACTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGATTATTTGACAATTTGAATAGTTTATCAAAACAAAGGTAGCACTTT  536

seq1  GATCAAACAGCTGTACTGTCAGCAAGATTCTTTAGTGATACCATGGGGCA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCAAACAGCTGTACTGTCAGCAAGATTCTTTAGTGATACCATGGGGCA  586

seq1  TTGTGGGTAGAGATTTTGAGAGGAGCTCTATTAGCATCTTATTTATTCTC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGGGTAGAGATTTTGAGAGGAGCTCTATTAGCATCTTATTTATTCTC  636

seq1  TCTGTGATCTATCTCCTATGGGACCATGTCTATATCTCTAAAAGGAAATG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTGATCTATCTCCTATGGGACCATGTCTATATCTCTAAAAGGAAATG  686

seq1  GTATCTGTGGCAAAGTATAAGAAAAAGGAAAATTAGCAATTAAAATACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATCTGTGGCAAAGTATAAGAAAAAGGAAAATTAGCAATTAAAATACCA  736

seq1  GACACTTAAGAGCATAAAAGATTGACTTTCTTACTTTTGGATTTTTTTTT  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACACTTAAGAGCATAAAAGATTGACTTTCTTACTTTTGGATTTTTTTTT  786

seq1  TTTTATTTTTACTTCTTGTGTGTCAGGGTCTCACTAAGTTGCCAAGGTTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTATTTTTACTTCTTGTGTGTCAGGGTCTCACTAAGTTGCCAAGGTTT  836

seq1  GATATACAGTCACTGTAAGACAAACAGGCTTTGAATTTGGGACCTTTCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATATACAGTCACTGTAAGACAAACAGGCTTTGAATTTGGGACCTTTCTA  886

seq1  CCTCAAATTCTTGATTAGCTGAGATTACAGGTCTGAGTCCTCAGACTGGT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCAAATTCTTGATTAGCTGAGATTACAGGTCTGAGTCCTCAGACTGGT  936

seq1  TTTCTATTGTTATTTCATATAAATCCTAACACATCCCACCATGTGTGACT  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTATTGTTATTTCATATAAATCCTAACACATCCCACCATGTGTGACT  986

seq1  GAAAGAGAGAAGGATTTCTTGCCATAGGATGGATAACTTTAGCATCAGCT  1050
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGAGAGAAGGATTTCTTGCCATAGGATGGATAACTTTAGCATCAGCT  1036

seq1  GCAACAGGAACCTTCAGCATATTACTACTGTGAGGATGAAGAGGAGTAGT  1100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAACAGGAACCTTCAGCATATTACTACTGTGAGGATGAAGAGGAGTAGT  1086

seq1  GGACTGGAAAGAATTC  1116
      ||||||||||||||||
seq2  GGACTGGAAAGAATTC  1102


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |