BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-264G19
Chromosome2 (Build37)
Map Location 173,439,887 - 173,566,617
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRab22a, 1700010B08Rik, Vapb
Upstream geneLOC100043750, Bmp7, LOC100043751, Spo11, Rae1, Rbm38, Ctcfl, EG619800, Pck1, Zbp1, Tmepai, 1700021F07Rik, 1700030G11Rik, LOC100043911
Downstream geneLOC620189, LOC664880, LOC100043912, LOC664901, Stx16, Npepl1, Nespas, Gnas, Th1l, Ctsz, Rpl30-ps5, Tubb1, Atp5e, Slmo2, LOC664967, LOC100043757
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-264G19.bB6Ng01-264G19.g
ACCGA068334GA068335
length1,1931,151
definitionB6Ng01-264G19.b B6Ng01-264G19.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(173,565,431 - 173,566,617)(173,439,887 - 173,441,048)
sequence
gaattcacaatcttcctaccttagtttccaaagtacttagtttacaggca
tgtgtcaccaccacgcccagactataacatatttaaatttaacacatcac
gcaaaattcccaagattaacgacaaatactaaatcccatagcatcatctt
caactgtagcaaaagacccatgattccctggatgacaagtactttgatta
gcttgtacgtgtaattcatttacaggaacctcagaaatcagagacattat
tctggataacatgaaggagaccagttaagtctgaaggtcctcaccctgaa
atgaattcccttaacataatgagccaacttgctgggtctctcgttctatg
tcttggcactcaaaccaaggaacaagcaaacaaaccaagaaactcaacac
cccagttgggcttggtggcaccaatcccagcaccaggaagctatggcagg
aaagccacgcaccccataccagcctggaaggcttagtgagacttcatccg
caaggcaagggctacacgctaatgtatggctggcactcccaagaccccca
tcaagtctccacacatccctggacgactcttccagagtaaggacgtttgg
acaccaaacctttggactatctccttgccaaccagcgatgttggctggag
aagtgtcaccttcttagcactgccaccaacccaaaggtaagagagcaaat
ggcaggcaaggtcacacatgctaaactggaagagctggaacactggtgtc
ccctccttcagagacagcagtgtgtgggggcttcaggcatcaacctgagg
aaggtcagtcaagtgggtgtgtagatctgactctcatgtactggccagtc
tggccctctactccgccccacaccttctacccacagcactctcaagaagc
aagtactcccacttttggacctctatgcacactattgtcttatgcccgga
ctctcctatctgctttcccccttgctgtcactgggaacttttgtacccag
attcagtggatactcttgttcacgatctgacctccccacaccctggggaa
gttgtttcctaacacactctagtctggtccacctcatctggccccctttt
tccctgaatgcaaaggaaagggtgggtgtcgaagagagctagaccaccaa
ctgcattgaatggtcttggtctgacacacaaggaggccagagc
gaattcaagtgtcagaatcatatagccgacaaagaaacagtggtctccat
gaggactaccatggctgctcaaactgatgaacagctgtcacatataaggt
cagatgacatcaccagcacccagaagccacgctcagcatctgagagagaa
actcctagagctctatgcatcccaacttgacccaggacagagacaggtcc
catctccactcagtgcctactttatagaaaatacctgggatgaagggaat
cttaatgctagagatgcaactgcccacccgggatgggaggtcaacgggac
aaactttctgggctttcagtcaatccacagctaggaggggagcagcggca
cagttcttaccagcgtcagagactaagaaacttacataaacccaatgtgc
caaccttgtttgtatttgcacccaaatggatcatctggaaaagtcaactt
tcttgccaactatgatggtgaaggtccataatctagcatcccaaggcagg
aggacacagagatcaacgtcagcaccctctggcctgtctcaaaaacagag
acccaaacaaaatacacactgatgagctactggacaggctgagcagagag
agcagaggagatgggttgggtgagcaggggcacgctttacagcagtggtg
aatcacttttctctatttgccatgcagagcactgaagatggggcactgtg
cacactgggcaagtgctctgcctctcacctgcacccccagctccgcattt
cttagagagccatgctaatgcattgacagttgaggtaagaggtgtctggg
aaggtttcctctgtgatggagtccgtctaggtgcgataaatgccactgac
aggacaagtgttaatgaaggcccatggacacagttgttatactctgtcta
ctggcgtgtctcaatgcatccataatggaaaggaggagagaactttcttt
cattggaaaggaatacgtctgcttctcccactggatagagacctgcttca
gcagttaactccaccaagcaccaactctgctgttacgttagtaaagcagg
agggaatctgcttatgagatctaggcagcatgctcgcaccttgaggtctg
aatctcaaggtacgagctcacaggcagaatgttactgggaggaggaatct
g
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_173565431_173566617
seq2: B6Ng01-264G19.b_43_1235 (reverse)

seq1  GCTCT-GCCTC--TGTGTGTCAGAACCCAGGACAATTCAAATCCAGTTGG  47
      ||||| |||||  |||||||||||  ||| ||| |||| ||| |||||||
seq2  GCTCTGGCCTCCTTGTGTGTCAGA--CCAAGACCATTC-AATGCAGTTGG  47

seq1  TTGGTCTCGCCTCCTCTTCTCCGACACCCA-CCTCTCCTTTGCATCCAGG  96
       |||||| |    ||| ||| ||||||||| ||| |||||||||| ||||
seq2  -TGGTCTAG----CTC-TCTTCGACACCCACCCTTTCCTTTGCATTCAGG  91

seq1  GAAAAAGGGGG-CAGATGAGGTGACCCAGACTAGAGTGTGTTAGGAAACA  145
      ||||||||||| |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAGGGGGCCAGATGAGGTGGACCAGACTAGAGTGTGTTAGGAAACA  141

seq1  ACTT-CCCAGGGTGT-GGGAGGTCAGATCGTGA--CAGAGTAT-CACTGA  190
      |||| |||||||||| |||||||||||||||||   ||||||| ||||||
seq2  ACTTCCCCAGGGTGTGGGGAGGTCAGATCGTGAACAAGAGTATCCACTGA  191

seq1  ATCTGGTTAC-AAAGTT-CCAGTGACAGCAAGGGGG-AAGCAGATAGGAG  237
      |||||| ||| |||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  ATCTGGGTACAAAAGTTCCCAGTGACAGCAAGGGGGAAAGCAGATAGGAG  241

seq1  AGTCC-GGCAT-AGACAATAGTGTGCATAGAGGTCCAAAAGTGGGAGTAC  285
      ||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCCGGGCATAAGACAATAGTGTGCATAGAGGTCCAAAAGTGGGAGTAC  291

seq1  TTGCTTCTTGAGAGTGCTGTGGGTAGAAGGTGTGGGGCGGAGTAGAGGGC  335
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCTTCTTGAGAGTGCTGTGGGTAGAAGGTGTGGGGCGGAGTAGAGGGC  341

seq1  CAGACTGGCCAGTACATGAGAGTCAGATCTACACACCCACTTGACTGACC  385
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTGGCCAGTACATGAGAGTCAGATCTACACACCCACTTGACTGACC  391

seq1  TTCCTCAGGTTGATGCCTGAAGCCCCCACACACTGCTGTCTCTGAAGGAG  435
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTCAGGTTGATGCCTGAAGCCCCCACACACTGCTGTCTCTGAAGGAG  441

seq1  GGGACACCAGTGTTCCAGCTCTTCCAGTTTAGCATGTGTGACCTTGCCTG  485
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGACACCAGTGTTCCAGCTCTTCCAGTTTAGCATGTGTGACCTTGCCTG  491

seq1  CCATTTGCTCTCTTACCTTTGGGTTGGTGGCAGTGCTAAGAAGGTGACAC  535
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATTTGCTCTCTTACCTTTGGGTTGGTGGCAGTGCTAAGAAGGTGACAC  541

seq1  TTCTCCAGCCAACATCGCTGGTTGGCAAGGAGATAGTCCAAAGGTTTGGT  585
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCAGCCAACATCGCTGGTTGGCAAGGAGATAGTCCAAAGGTTTGGT  591

seq1  GTCCAAACGTCCTTACTCTGGAAGAGTCGTCCAGGGATGTGTGGAGACTT  635
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCCAAACGTCCTTACTCTGGAAGAGTCGTCCAGGGATGTGTGGAGACTT  641

seq1  GATGGGGGTCTTGGGAGTGCCAGCCATACATTAGCGTGTAGCCCTTGCCT  685
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGGGGGTCTTGGGAGTGCCAGCCATACATTAGCGTGTAGCCCTTGCCT  691

seq1  TGCGGATGAAGTCTCACTAAGCCTTCCAGGCTGGTATGGGGTGCGTGGCT  735
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGGATGAAGTCTCACTAAGCCTTCCAGGCTGGTATGGGGTGCGTGGCT  741

seq1  TTCCTGCCATAGCTTCCTGGTGCTGGGATTGGTGCCACCAAGCCCAACTG  785
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCTGCCATAGCTTCCTGGTGCTGGGATTGGTGCCACCAAGCCCAACTG  791

seq1  GGGTGTTGAGTTTCTTGGTTTGTTTGCTTGTTCCTTGGTTTGAGTGCCAA  835
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGTGTTGAGTTTCTTGGTTTGTTTGCTTGTTCCTTGGTTTGAGTGCCAA  841

seq1  GACATAGAACGAGAGACCCAGCAAGTTGGCTCATTATGTTAAGGGAATTC  885
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACATAGAACGAGAGACCCAGCAAGTTGGCTCATTATGTTAAGGGAATTC  891

seq1  ATTTCAGGGTGAGGACCTTCAGACTTAACTGGTCTCCTTCATGTTATCCA  935
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTCAGGGTGAGGACCTTCAGACTTAACTGGTCTCCTTCATGTTATCCA  941

seq1  GAATAATGTCTCTGATTTCTGAGGTTCCTGTAAATGAATTACACGTACAA  985
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATAATGTCTCTGATTTCTGAGGTTCCTGTAAATGAATTACACGTACAA  991

seq1  GCTAATCAAAGTACTTGTCATCCAGGGAATCATGGGTCTTTTGCTACAGT  1035
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATCAAAGTACTTGTCATCCAGGGAATCATGGGTCTTTTGCTACAGT  1041

seq1  TGAAGATGATGCTATGGGATTTAGTATTTGTCGTTAATCTTGGGAATTTT  1085
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGATGATGCTATGGGATTTAGTATTTGTCGTTAATCTTGGGAATTTT  1091

seq1  GCGTGATGTGTTAAATTTAAATATGTTATAGTCTGGGCGTGGTGGTGACA  1135
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCGTGATGTGTTAAATTTAAATATGTTATAGTCTGGGCGTGGTGGTGACA  1141

seq1  CATGCCTGTAAACTAAGTACTTTGGAAACTAAGGTAGGAAGATTGTGAAT  1185
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGCCTGTAAACTAAGTACTTTGGAAACTAAGGTAGGAAGATTGTGAAT  1191

seq1  TC  1187
      ||
seq2  TC  1193

seq1: chr2_173439887_173441048
seq2: B6Ng01-264G19.g_66_1216

seq1  GAATTCAAGTGTCAGAATCATATAGCCGACAAAGAAACAGTGGTCTCCAT  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAAGTGTCAGAATCATATAGCCGACAAAGAAACAGTGGTCTCCAT  50

seq1  GAGGACTACCATGGCTGCTCAAACTGATGAACAGCTGTCACATATAAGGT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGACTACCATGGCTGCTCAAACTGATGAACAGCTGTCACATATAAGGT  100

seq1  CAGATGACATCACCAGCACCCAGAAGCCACGCTCAGCATCTGAGAGAGAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGATGACATCACCAGCACCCAGAAGCCACGCTCAGCATCTGAGAGAGAA  150

seq1  ACTCCTAGAGCTCTATGCATCCCAACTTGACCCAGGACAGAGACAGGTCC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCTAGAGCTCTATGCATCCCAACTTGACCCAGGACAGAGACAGGTCC  200

seq1  CATCTCCACTCAGTGCCTACTTTATAGAAAATACCTGGGATGAAGGGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCCACTCAGTGCCTACTTTATAGAAAATACCTGGGATGAAGGGAAT  250

seq1  CTTAATGCTAGAGATGCAACTGCCCACCCGGGATGGGAGGTCAACGGGAC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAATGCTAGAGATGCAACTGCCCACCCGGGATGGGAGGTCAACGGGAC  300

seq1  AAACTTTCTGGGCTTTCAGTCAATCCACAGCTAGGAGGGGAGCAGCGGCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTTTCTGGGCTTTCAGTCAATCCACAGCTAGGAGGGGAGCAGCGGCA  350

seq1  CAGTTCTTACCAGCGTCAGAGACTAAGAAACTTACATAAACCCAATGTGC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTTCTTACCAGCGTCAGAGACTAAGAAACTTACATAAACCCAATGTGC  400

seq1  CAACCTTGTTTGTATTTGCACCCAAATGGATCATCTGGAAAAGTCAACTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAACCTTGTTTGTATTTGCACCCAAATGGATCATCTGGAAAAGTCAACTT  450

seq1  TCTTGCCAACTATGATGGTGAAGGTCCATAATCTAGCATCCCAAGGCAGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTGCCAACTATGATGGTGAAGGTCCATAATCTAGCATCCCAAGGCAGG  500

seq1  AGGACACAGAGATCAACGTCAGCACCCTCTGGCCTGTCTCAAAAACAGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACACAGAGATCAACGTCAGCACCCTCTGGCCTGTCTCAAAAACAGAG  550

seq1  ACCCAAACAAAATACACACTGATGAGCTACTGGACAGGCTGAGCAGAGAG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCAAACAAAATACACACTGATGAGCTACTGGACAGGCTGAGCAGAGAG  600

seq1  AGCAGAGGAGATGGGTTGGGTGAGCAGGGGCACGCTTTACAGCAGTGGTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCAGAGGAGATGGGTTGGGTGAGCAGGGGCACGCTTTACAGCAGTGGTG  650

seq1  AATCACTTTTCTCTATTTGCCATGCAGAGCACTGAAGATGGGGCACTGTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATCACTTTTCTCTATTTGCCATGCAGAGCACTGAAGATGGGGCACTGTG  700

seq1  CACACTGGGCAAGTGCTCTGCCTCTCACCTGCACCCCCAGCTCCGCATTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACTGGGCAAGTGCTCTGCCTCTCACCTGCACCCCCAGCTCCGCATTT  750

seq1  CTTAGAGAGCCATGCTAATGCATTGACAGTTGAGGTAAGAGGTGTCTGGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAGAGCCATGCTAATGCATTGACAGTTGAGGTAAGAGGTGTCTGGG  800

seq1  AAGGTTTCCTCTGTGATGGAGTCCGTCTAGGTGCGATAAATGCCACTGAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTTTCCTCTGTGATGGAGTCCGTCTAGGTGCGATAAATGCCACTGAC  850

seq1  AGGACAAGTGTTAATGAAGGCCCATGGACACAGTTGTTATACTCTGTCTA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAAGTGTTAATGAAGGCCCATGGACACAGTTGTTATACTCTGTCTA  900

seq1  CTGGCGTGTCTCAATGCATCCATAATGGAAAGGAGGAGAGAACTTTC-TT  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||
seq2  CTGGCGTGTCTCAATGCATCCATAATGGAAAGGAGGAGAGAACTTTCTTT  950

seq1  CATTGG-AAGGAATACGGTCTGCTTCTCCCACTGGATAAGAAGACCTGCT  998
      |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||
seq2  CATTGGAAAGGAATAC-GTCTGCTTCTCCCACTGGATA--GAGACCTGCT  997

seq1  TCAGGCAGTTAACTCCACCAAGGCACCAACTCTGCTGTTACGTTAGGTAA  1048
      ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||   |
seq2  TCA-GCAGTTAACTCCACCAA-GCACCAACTCTGCTGTTACGTTAG--TA  1043

seq1  AAGCAGGAGGGAATCTGCTAATGAGATCTTAAGGCAGCAGTGCTCGCACC  1098
      ||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||| ||||||||||
seq2  AAGCAGGAGGGAATCTGCTTATGAGATCT--AGGCAGCA-TGCTCGCACC  1090

seq1  TGGTTGTCTGGATCCTCAAGGTACCGAGCTCCACCAGGCAGGATG-TACT  1147
      | |  ||||| || ||||||||| |||||||   ||||||| ||| ||||
seq2  TTGAGGTCTGAAT-CTCAAGGTA-CGAGCTC--ACAGGCAGAATGTTACT  1136

seq1  GGGAGGAGGGATCTG  1162
      ||||||||| |||||
seq2  GGGAGGAGGAATCTG  1151