BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-266F10
Chromosome2 (Build37)
Map Location 107,158,705 - 107,283,653
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDcdc5, 9330126M15, C130023O10Rik, LOC677260, 2700007P21Rik, LOC383739, Fshb, Kcna4
Downstream genenone
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-266F10.bB6Ng01-266F10.g
ACCGA069759GA069760
length1,1411,176
definitionB6Ng01-266F10.b B6Ng01-266F10.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(107,282,500 - 107,283,653)(107,158,705 - 107,159,880)
sequence
gaattcttaggtctgcataataaaacaaatgaataaacaaacaaaaaccc
atcaaattatttaaccagtttcaaacatagaccctgatattgaaattcat
ggtcaagacaaagataaaaatgatgactatgcacagtctgtattattttt
attcatatataacacatcatataactattgactttattaacatatattta
ttatctcacactccttggaataataatctggcctggattagctaggactt
ctttccagggttacatagcctggaaacaaaatgtagactgatggtgttct
tttctactgttccatttcttcttcaaaactcagagggctgttggcagatg
tttacagctgaagtacttagtcccacaggtttgaccataagtttcctgcc
atctactcccaccaggaatttatcacacattagaagttttgtggaacagt
aaacctgataaaatagtctaatgcaacagtcattatcagagcaatgtctt
atgaactttgtcacttgtcatagacaagccaagaggtgcatgcttctcta
ttccatgttgtgttaactggaaacaagagaagatcccaccagtttccaag
aggagaaggctaaagaaaacagtgaatcattgggatttgcctagaatgca
gacatagtacttttcttcttattttgtctcccaatagaagagttctttaa
gcacatttgtccttattccattgaggacagatgcattaaagactttggct
tagatattgcataagaaaaataaatatgtagttataagcatgaaaaataa
attaaggaaattccagcccaaatctctgccatagtggagaatacttgctg
tgtcaccaaaggatttttatttcctttcagtattacacacccataggagg
atgttcagaaataagatcatagaacaacctttaagctttacacacatgag
gatcttctaaagaatttatgagctgctgatccttggttcctgtcacactc
tgcctatatagatgagtctatcaatttctaaatcagtttttatcctcatg
atactggaaatcctccagaatagtcatatgagaataagatgcttagtgaa
tcaaatccacactccactgaactgtggatcgaatacctcta

gaattcctatgtaggtttcttttctcctttcctttttcctttatttctcc
atgagtctccacctctttttccctcttcccctctcttaccctctctcacc
agctttacttccagtcaaaaagatcctttagggtgtgcttgaagatccaa
agggaattaatttgcacacatctttatcttgacatttttttcctgtgagt
ttttgctcttcttacatagaaatctcaacaatattgccagagtagttctg
catcctatactttggcagaactcctagaattaatcccagtgggatatttg
ctttagaagctgccttagtatctttgtagtagtattcagattgctatcca
aagagaactctagttaagtacatatccttaaaatattttgccaaaatact
tcaccacttaatcactgcaatggctatatataaaacacacaactgtattt
ttgtgtatgtgtagatgtatgtgtgtatgcatgtgtatgtgtgtaaaaca
ggacatcttcacttactgaaggaggtaatgaagccccacaaagccagttt
ctcctgtactccaacaacagtaatttcctcctccttgcagtggttttgaa
tgcacggtgtgaggctccagggatcttatttcattccatttcctgctaaa
ctaatatttcctgctaacagtattcatcagcttagtcatgatgatataac
agttagacatttggacttgtgcttccaaacagagacttgtcccctagtag
agttggttagtcattaaatggatttgccacttgttttttgaaataatgaa
ataatggaaagaattgttgttcatgtttggaggatgctggagacacgtta
ttagagtgaagtgaaagcaagagaattatgacaaatgttgatatattctt
tatagatgattctatgattacacactgatatttattatgaaaggttgcct
gtttgatttttgtgactggtatttaggacatggtagtgctactgtgatgg
gtaccacagaatataacctttgtaagcttagcatgggcatattgtgcaga
atgatctagtagggaaggccatagatccaataagcttcatcataggtgaa
tttagatctggagtgaatatctagtcgaatgacactggctgctcttcaga
agaacattggggttcatcaaaaccag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_107282500_107283653
seq2: B6Ng01-266F10.b_46_1186 (reverse)

seq1  TAGAGGTATTTGGATCAAACAGTTCAGTGAGTTGTGGAATTTGA-TCACT  49
      |||||||| || ||||  |||||||||||   ||||| |||||| |||||
seq2  TAGAGGTA-TTCGATC-CACAGTTCAGTGGAGTGTGG-ATTTGATTCACT  47

seq1  TAAAGCATCTTATTTCTCAATATGACTA-TCTGGAGAATTTTCCAGTTAT  98
        |||||||||| ||||| ||||||||| ||||||| | ||||||| |||
seq2  --AAGCATCTTA-TTCTC-ATATGACTATTCTGGAGGA-TTTCCAG-TAT  91

seq1  CATGAGGATTAAAAAACCTGAATTTAGAAATTGATAGACCTCATCTTATA  148
      |||||||||   |||| ||| ||||||||||||||||| |||||| ||||
seq2  CATGAGGAT---AAAAACTG-ATTTAGAAATTGATAGA-CTCATC-TATA  135

seq1  TAGGCAGAGTGTGACAGGAACCAAGGATCAGCAGCTTCATAAATTCTTTA  198
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||
seq2  TAGGCAGAGTGTGACAGGAACCAAGGATCAGCAGC-TCATAAATTCTTTA  184

seq1  GAAGATCCTCATGTGTGTAAAGCTT-AAGGTTGTTCTATGATCTTATTTC  247
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAGATCCTCATGTGTGTAAAGCTTAAAGGTTGTTCTATGATCTTATTTC  234

seq1  TGAACATCCTCCTATGGGTGTGTAATACTGAAAGGAAATAAAAATCCTTT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAACATCCTCCTATGGGTGTGTAATACTGAAAGGAAATAAAAATCCTTT  284

seq1  GGTGACACAGCAAGTATTCTCCACTATGGCAGAGATTTGGGCTGGAATTT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACACAGCAAGTATTCTCCACTATGGCAGAGATTTGGGCTGGAATTT  334

seq1  CCTTAATTTATTTTTCATGCTTATAACTACATATTTATTTTTCTTATGCA  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTTAATTTATTTTTCATGCTTATAACTACATATTTATTTTTCTTATGCA  384

seq1  ATATCTAAGCCAAAGTCTTTAATGCATCTGTCCTCAATGGAATAAGGACA  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATATCTAAGCCAAAGTCTTTAATGCATCTGTCCTCAATGGAATAAGGACA  434

seq1  AATGTGCTTAAAGAACTCTTCTATTGGGAGACAAAATAAGAAGAAAAGTA  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATGTGCTTAAAGAACTCTTCTATTGGGAGACAAAATAAGAAGAAAAGTA  484

seq1  CTATGTCTGCATTCTAGGCAAATCCCAATGATTCACTGTTTTCTTTAGCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTATGTCTGCATTCTAGGCAAATCCCAATGATTCACTGTTTTCTTTAGCC  534

seq1  TTCTCCTCTTGGAAACTGGTGGGATCTTCTCTTGTTTCCAGTTAACACAA  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCCTCTTGGAAACTGGTGGGATCTTCTCTTGTTTCCAGTTAACACAA  584

seq1  CATGGAATAGAGAAGCATGCACCTCTTGGCTTGTCTATGACAAGTGACAA  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGGAATAGAGAAGCATGCACCTCTTGGCTTGTCTATGACAAGTGACAA  634

seq1  AGTTCATAAGACATTGCTCTGATAATGACTGTTGCATTAGACTATTTTAT  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTCATAAGACATTGCTCTGATAATGACTGTTGCATTAGACTATTTTAT  684

seq1  CAGGTTTACTGTTCCACAAAACTTCTAATGTGTGATAAATTCCTGGTGGG  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTTTACTGTTCCACAAAACTTCTAATGTGTGATAAATTCCTGGTGGG  734

seq1  AGTAGATGGCAGGAAACTTATGGTCAAACCTGTGGGACTAAGTACTTCAG  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAGATGGCAGGAAACTTATGGTCAAACCTGTGGGACTAAGTACTTCAG  784

seq1  CTGTAAACATCTGCCAACAGCCCTCTGAGTTTTGAAGAAGAAATGGAACA  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTAAACATCTGCCAACAGCCCTCTGAGTTTTGAAGAAGAAATGGAACA  834

seq1  GTAGAAAAGAACACCATCAGTCTACATTTTGTTTCCAGGCTATGTAACCC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTAGAAAAGAACACCATCAGTCTACATTTTGTTTCCAGGCTATGTAACCC  884

seq1  TGGAAAGAAGTCCTAGCTAATCCAGGCCAGATTATTATTCCAAGGAGTGT  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGAAAGAAGTCCTAGCTAATCCAGGCCAGATTATTATTCCAAGGAGTGT  934

seq1  GAGATAATAAATATATGTTAATAAAGTCAATAGTTATATGATGTGTTATA  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGATAATAAATATATGTTAATAAAGTCAATAGTTATATGATGTGTTATA  984

seq1  TATGAATAAAAATAATACAGACTGTGCATAGTCATCATTTTTATCTTTGT  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATGAATAAAAATAATACAGACTGTGCATAGTCATCATTTTTATCTTTGT  1034

seq1  CTTGACCATGAATTTCAATATCAGGGTCTATGTTTGAAACTGGTTAAATA  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGACCATGAATTTCAATATCAGGGTCTATGTTTGAAACTGGTTAAATA  1084

seq1  ATTTGATGGGTTTTTGTTTGTTTATTCATTTGTTTTATTATGCAGACCTA  1147
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTGATGGGTTTTTGTTTGTTTATTCATTTGTTTTATTATGCAGACCTA  1134

seq1  AGAATTC  1154
      |||||||
seq2  AGAATTC  1141


seq1: chr2_107158705_107159880
seq2: B6Ng01-266F10.g_66_1241

seq1  GAATTCCTATGTAGGTTTCTTTTCTCCTTTCCTTTTTCCTTTATTTCTCC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTATGTAGGTTTCTTTTCTCCTTTCCTTTTTCCTTTATTTCTCC  50

seq1  ATGAGTCTCCACCTCTTTTTCCCTCTTCCCCTCTCTTACCCTCTCTCACC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGAGTCTCCACCTCTTTTTCCCTCTTCCCCTCTCTTACCCTCTCTCACC  100

seq1  AGCTTTACTTCCAGTCAAAAAGATCCTTTAGGGTGTGCTTGAAGATCCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCTTTACTTCCAGTCAAAAAGATCCTTTAGGGTGTGCTTGAAGATCCAA  150

seq1  AGGGAATTAATTTGCACACATCTTTATCTTGACATTTTTTTCCTGTGAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGAATTAATTTGCACACATCTTTATCTTGACATTTTTTTCCTGTGAGT  200

seq1  TTTTGCTCTTCTTACATAGAAATCTCAACAATATTGCCAGAGTAGTTCTG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTGCTCTTCTTACATAGAAATCTCAACAATATTGCCAGAGTAGTTCTG  250

seq1  CATCCTATACTTTGGCAGAACTCCTAGAATTAATCCCAGTGGGATATTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCCTATACTTTGGCAGAACTCCTAGAATTAATCCCAGTGGGATATTTG  300

seq1  CTTTAGAAGCTGCCTTAGTATCTTTGTAGTAGTATTCAGATTGCTATCCA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTAGAAGCTGCCTTAGTATCTTTGTAGTAGTATTCAGATTGCTATCCA  350

seq1  AAGAGAACTCTAGTTAAGTACATATCCTTAAAATATTTTGCCAAAATACT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGAACTCTAGTTAAGTACATATCCTTAAAATATTTTGCCAAAATACT  400

seq1  TCACCACTTAATCACTGCAATGGCTATATATAAAACACACAACTGTATTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCACTTAATCACTGCAATGGCTATATATAAAACACACAACTGTATTT  450

seq1  TTGTGTATGTGTAGATGTATGTGTGTATGCATGTGTATGTGTGTAAAACA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGTGTATGTGTAGATGTATGTGTGTATGCATGTGTATGTGTGTAAAACA  500

seq1  GGACATCTTCACTTACTGAAGGAGGTAATGAAGCCCCACAAAGCCAGTTT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACATCTTCACTTACTGAAGGAGGTAATGAAGCCCCACAAAGCCAGTTT  550

seq1  CTCCTGTACTCCAACAACAGTAATTTCCTCCTCCTTGCAGTGGTTTTGAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCTGTACTCCAACAACAGTAATTTCCTCCTCCTTGCAGTGGTTTTGAA  600

seq1  TGCACGGTGTGAGGCTCCAGGGATCTTATTTCATTCCATTTCCTGCTAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCACGGTGTGAGGCTCCAGGGATCTTATTTCATTCCATTTCCTGCTAAA  650

seq1  CTAATATTTCCTGCTAACAGTATTCATCAGCTTAGTCATGATGATATAAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAATATTTCCTGCTAACAGTATTCATCAGCTTAGTCATGATGATATAAC  700

seq1  AGTTAGACATTTGGACTTGTGCTTCCAAACAGAGACTTGTCCCCTAGTAG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTAGACATTTGGACTTGTGCTTCCAAACAGAGACTTGTCCCCTAGTAG  750

seq1  AGTTGGTTAGTCATTAAATGGATTTGCCACTTGTTTTTTGAAATAATGAA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTGGTTAGTCATTAAATGGATTTGCCACTTGTTTTTTGAAATAATGAA  800

seq1  ATAATGGAAAGAATTGTTGTTCATGTTTGGAGGATGCTGGAGACACGTTA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAATGGAAAGAATTGTTGTTCATGTTTGGAGGATGCTGGAGACACGTTA  850

seq1  TTAGAGTGAAGTGAAAGCAAGAGAATTATGACAAATGTTGATATATTCTT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGAGTGAAGTGAAAGCAAGAGAATTATGACAAATGTTGATATATTCTT  900

seq1  TATAGATGATTCTATGATTACACACTGATATTTATTATGAAAGGTTGCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAGATGATTCTATGATTACACACTGATATTTATTATGAAAGGTTGCCT  950

seq1  GTTTGATTTTTGTGACTGGTATTTTAGGACATGGTAGTGCTACTGTTGAT  1000
      ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTTTGATTTTTGTGACTGGTA-TTTAGGACATGGTAGTGCTACTG-TGAT  998

seq1  GGTTACCACAG-ATATAACCTTTGTAAGCTTAGCATTGGCATATTGTGCA  1049
      || |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  GGGTACCACAGAATATAACCTTTGTAAGCTTAGCATGGGCATATTGTGCA  1048

seq1  GAATGATCTAGTA-GGAAGG-CATAGATTCAAT-AGTTTCATTAATAGTG  1096
      ||||||||||||| |||||| ||||||| |||| || ||||| |   |||
seq2  GAATGATCTAGTAGGGAAGGCCATAGATCCAATAAGCTTCATCATAGGTG  1098

seq1  ATTTTAGATCTTGGAGTG-ATATCTTAGTCGTAATGAACACTGGCTGCTC  1145
      | |||||||| ||||||| ||||| |||||| |||| |||||||||||||
seq2  AATTTAGATC-TGGAGTGAATATC-TAGTCG-AATG-ACACTGGCTGCTC  1144

seq1  TTCAGAAG-ACAT--GGGTTCAATTCAAACCCAG  1176
      |||||||| ||||  |||||||  ||||| ||||
seq2  TTCAGAAGAACATTGGGGTTCA--TCAAAACCAG  1176


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |