BAC Information

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BAC

Clone NameB6Ng01-267C04
Chromosome2 (Build37)
Map Location 8,354,789 - 8,495,457
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100040648, LOC672230
Downstream geneLOC100040710
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267C04.bB6Ng01-267C04.g
ACCGA070348GA070349
length8391,076
definitionB6Ng01-267C04.b B6Ng01-267C04.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(8,354,789 - 8,355,682)(8,494,400 - 8,495,457)
sequence
gaattcttagactttctatgtatccattggatgagactaattgttcaata
tatatgttgaatatgtatacaaacatgcatatacatgcatatatattcat
tctatttgtttctctaaagaacccttacacacacacacacactttattta
tatttatatttatatttatatttatatttatatttatatttatatttata
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aaacaagtgattctctgatgttcaatcctgtggtgagaaatagtgaattt
catccccaaaatgaaataaacgaaaaagttgaaatatttttgtttttctt
ggagtgttattttgaagaggaaaaag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_8354789_8355682
seq2: B6Ng01-267C04.b_45_883

seq1  GAATTCTTAGACTTTCTATGTATCCATTGGATGAGACTAATTGTTCAATA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TATATGTTGAATATGTATACAAACATGCATATACATGCATATATATTCAT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TCTATTTGTTTCTCTAAAGAACCCTTACACACACACACACACTTTATTTA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
seq2  TCTATTTGTTTCTCTAAAGAACCCTTACACACACACACACACTT------  144

seq1  TATTTATATTTATATTTATATTTATATTTATATTTATATTTATATTTATA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATATTTATATTTATATTTATATTTATATTTATATTTATATTTATA  194

seq1  TTTATATTTATATTTATATTTATATTTATTTATATTTATATTTATAGTCA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATATTTATATTTATATTTATATTTATTTATATTTATATTTATAGTCA  244

seq1  TATTTATAGTCGTATTTATAGTCATATTTATAGTCATATTCATATTCATA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTATAGTCGTATTTATAGTCATATTTATAGTCATATTCATATTCATA  294

seq1  CATTTATCACTCTTATAAATAAACATATTAAGATATATGTCAAGGACTAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATTTATCACTCTTATAAATAAACATATTAAGATATATGTCAAGGACTAT  344

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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGTGTAACTTATAAAACAATGAAATGGTCAGTTAGCATCTTAACTGC  394

seq1  CGTTCACAAAAGCCTCTACATCATGAATTAATTTTTATAAGTGCTGTTTC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTTCACAAAAGCCTCTACATCATGAATTAATTTTTATAAGTGCTGTTTC  444

seq1  ATTTAGTCAAAGATGGTTTTAGATAGACACAAACTTTTGTGCTTTCATTA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTAGTCAAAGATGGTTTTAGATAGACACAAACTTTTGTGCTTTCATTA  494

seq1  ACATAGCAATTGCCAATATAAATCCATATTCCTGCCAATTTCCTGTCCCA  550
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||
seq2  ACATAGCAATTGCCAATATAAATCCATATTCCTGCCAATTTCCTGT-CCA  543

seq1  TCTTGCTCTTCTGACAGTTTTACTCACAATTTTTGCATTAGTACAAGATG  600
      ||||||||||||||||| |||||||||||  || ||||||||||||||||
seq2  TCTTGCTCTTCTGACAG-TTTACTCACAA-CTTAGCATTAGTACAAGATG  591

seq1  AAATGTACTACAGACACAGAGGAGTAGAACAGCAAAATCATTAGAGTTCT  650
       ||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||
seq2  -AATGTACTACAGACACAGAGGAGTAGAACAGC--CATCATTAGAGTTCT  638

seq1  CTGCAAGAAACATGGCTTTTTTTGAAAACCTGAAAGATAGCATTCCTATT  700
      ||||||| ||||||||| |       |||||| |||||||||||||||||
seq2  CTGCAAG-AACATGGCTCT------GAACCTG-AAGATAGCATTCCTATT  680

seq1  GTATCTTTGAATCGCAAGGATATAGCAAACCCAATTGAAACAAAGAAAGA  750
      ||||| ||||||||||| ||||||||||  ||||||| |||||   ||||
seq2  GTATC-TTGAATCGCAA-GATATAGCAA--CCAATTG-AACAA--GAAGA  723

seq1  AAGGCAATTAATTGTCCTGCTCAACTCACTGTTTGTGTAACAGAATATTT  800
      |  || ||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||||   || |
seq2  A--GC-ATTAATTGT-CTGCTC-ACTCACTG-TTGTGT-ACAG---ATAT  763

seq1  TTCTAGTTTGGTTCCTAAAGAGTAAAGTCATAATGAGAGACAGAAACGAT  850
      ||||||||  ||  || |||||| ||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  TTCTAGTT--GT--CT-AAGAGT-AAGTCAT-ATGAGAGACAG-AACGAT  805

seq1  AAAACATACTAAGACTTCCAGACAATAGACAATTATTTATGATT  894
        |||||||| |||||  ||||| ||||||    || |||||||
seq2  --AACATACT-AGACT--CAGAC-ATAGAC----ATATATGATT  839

seq1: chr2_8494400_8495457
seq2: B6Ng01-267C04.g_70_1145 (reverse)

seq1  CTTTTTCCTCTTCAAA--TACACTC--AG-AACACAAAATATTTTCAAC-  44
      ||||||||||||||||   ||||||  || || ||||||   ||||||| 
seq2  CTTTTTCCTCTTCAAAATAACACTCCAAGAAAAACAAAAATATTTCAACT  50

seq1  -TTTCTGTTATTTCATTTT-GGGATGAAA-TCACTA-TTCTCACCACA-G  89
       ||||  |||||||||||| ||||||||| |||||| ||||||||||| |
seq2  TTTTCGTTTATTTCATTTTGGGGATGAAATTCACTATTTCTCACCACAGG  100

seq1  AATGAACATC--AGAATCACTTGTTTCAGACAGACTGCCTCTCCTT--AA  135
      | ||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||
seq2  ATTGAACATCAGAGAATCACTTGTTTCAGACAGACTGCCTCTTCTTTAAA  150

seq1  GTTTTGTTCACTAACTAGGTAGAATTTTTGGA-GGAGGGTGTGTGTGTGT  184
      |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||
seq2  GTTTTGTTCACTAACTAGGTAGAATTTTTGGAGGGAGGGTGTGTGTGTGT  200

seq1  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTGTCTCTACATG  234
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  GTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG-TGTCTCTACATG  249

seq1  CC--AAGGTTTAATTTTTA-CCAAGATTTTTTTTTTTGAGACAGGTTTTC  281
      ||  | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAAGGGTTTAATTTTTACCCAAGATTTTTTTTTTTGAGACAGGTTTTC  299

seq1  TCTGAATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGAAGACCAGGCTGGCC  331
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGAATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGAAGACCAGGCTGGCC  349

seq1  TCGAAATCAGAAATCCCCCTGCCTCTGCCTCCCCAGTGCTGGGATTAAAG  381
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGAAATCAGAAATCCCCCTGCCTCTGCCTCCCCAGTGCTGGGATTAAAG  399

seq1  GCGTGCACCACCATGCCCGACTTTACCAAGAATTTTAAAACAGAGGCAAC  431
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TCATTTCTAGAAATAATGGGAAATCTATTTCGAGAGGCAATTTTTAGTAA  481
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AAGTTATTGCTAAACACACTGTTATGAGAAAAAGGAAAGATTACTGACAA  531
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TTGAATACACTTAGTAAGGGAAGTGTTTTTAAATTAGTAGGCATTAGAGA  581
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAATACACTTAGTAAGGGAAGTGTTTTTAAATTAGTAGGCATTAGAGA  599

seq1  AATCAAGGACAAATGGTGAATAACATTGACAGATAAGGTATTACAACTTT  631
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  CCTGATGATTTCACAGCCCTGGTGAAAAGATGCATAACCAGTCTCTGAAC  681
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  CATACTTGGATGAAAATTTAGAGAATATTAAGTATTCACTGTACCCCTTC  731
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  TAAATGTTATCTGTAATTGTTAACATGTTCACATCAACATGGTAAAAATA  831
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GAAATTGGCTCCGAAGTGATTGCTTGCTATGAAATATAGATGAAATTGTG  881
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  GAAGATGTTTTAAAATAGAAAGAATCTTCTTAAACTGATCATGGTGTACA  931
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AATATACAAGCAATGTGGCTATCACAACAACCTAAACAACAGATTTAATG  981
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  AGATTGTATATTTTATTTCTTTCAGAAAGCCCATGAGTGCTGGAATTATG  1031
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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seq1  ACTCCACTAGTTATGCATCTTGAATTC  1058
      |||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCACTAGTTATGCATCTTGAATTC  1076