BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267F16
Chromosome2 (Build37)
Map Location 101,458,113 - 101,486,677
singlet/doubletdoublet
Overlap geneB230118H07Rik, Rag2, Rag1
Upstream geneLOC668705
Downstream geneLOC100042930, Traf6, 2600010E01Rik, LOC100043302, Commd9, Ldlrad3, LOC674202, Trim44, Fjx1, E430002G05Rik
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267F16.bB6Ng01-267F16.g
ACCGA070499GA070500
length1,1671,118
definitionB6Ng01-267F16.b B6Ng01-267F16.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(101,458,113 - 101,459,280)(101,485,557 - 101,486,677)
sequence
gaattcttcttgactttgatgcatgcttgtctcccaagaggaataaaaca
aaactaaaacaacagaactaatgttggatgaatgccatcatgcctccagc
tacaacccagcccatctaaattcaatacacatagggaatgagtgtatatg
tacactcaagagactaataaatatatagacctatacatctatagaccagt
aaatacacccaggaaaataaaaagagaacaaagaagagcagaaatataaa
gcaaaacatagtttatagaatagaaaagaacctgcagtcctctcctgttc
tttcatcagaacgagcatcaaaggatacagcacacttcaagttgcagact
tctagtgacatgcctttgcacacatgaaagccagggggacttcattaaca
cccagagatgagagtgtaagcatctggacccatatccccaggcacggcct
ctgtgatgaatagtaaaggaagcatttgagggaggtaggaaaggctttgg
gatgactgctgaccacagtttccaaagacagatgcactgtcttccagacc
ccggacttagaagtagggatatcctaaccactacccactttccttgacaa
acatagcatcttatggaaaagaggaagaaagcagcacaacggctctaaga
ctgtacaccagttaaaaaagtgggggccaagtgctatatgcgactgtaga
tatcacaatggcagcttcaacacacacctgtatccttcctaaagaggttt
aaaaattccttactctatacaaaagcccactttgctaataagaatgacta
tgaagaagcatccatgatggtttttaaattacaggaacatgaaattgagc
aaaagaatgctaaaaattatggaaggaatagaagtaggaataacagatcc
aggcaaaatttatgctgtaaagaaaacaggaaaaatgggaaagtcttcag
gccatcgggctcggtgaagagtaattctcaaactggagcccaagtgcgct
gcgcagagaaaaaatctgactcactttaagagaactaaaagtactcttct
gccagacctatcagatgcaaataaaagctgggagaaaaatactacatcca
catacctcaacaaaagagcagcattctagattgcgcctattccctcaatg
aaagtcagcattcatca

gaattcaaaagaaatgttgctagcagaatccaggactattctttagctcc
ttcacgatttccctgatgcccaaagtcccactcctggtcaaaatgtgttc
atctggggcatcgtgttcctgactacatggctagaaagctcattgagttg
gttaatctgttgaggggaaaatgagcttctagacataagttgtaggtcaa
aagagttaacgtaatcacagctgggaagcatgggtgagctagagaactgt
aggacatgtgatctaattccagaggactcagaggacactgcttactctcc
tctacacagtgtttgatatttatattgtaattggcatattttatttagtg
ttttttactactactattttttgttgttgttttagatttatttattttct
gtagatgagtacactgtagctatcttcagacacaccagaagagggcagca
gatccccttacggatggtcataagccaccatgtggttgctgggaactgaa
ctcaggacctctggaagagcagtcagtgctcttaccatggagccatctct
ccagtcccctgttttcactcttgaggcagggtttcattatttagtccagg
gtggcctagaactctctagagtcagccaggctggtctcagacttgtcttg
cttcttctgctcctcttctttagtactggattcacagacaagcaccatca
ttttcttctgtgattaaaaaaaaaatctttactttttgacattataatga
aactatatcacttccctcacctgtaatatttttaaccagaagataattat
tcctcgtatctcttatcattactaactggagtgctaatgacctttggttt
gcactgactttcaggatgacctgtgtgagttttgtctgaaactacttgaa
gttttcatcttaggagtctgtcagcctcttagtattctcgtgctatgggt
ttgttgcaggtttaaagagctctgtggttcttgtttccaatgtagaccca
gccttctaatttacagcagcattcgctaattaaaattgtaagcatatact
atccatgatacttattattagctacattcataagctcaaattcactcatc
ctttcaagtaagtgagta
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_101458113_101459280
seq2: B6Ng01-267F16.b_50_1216

seq1  GAATTCTTCTTGACTTTGATGCATGCTTGTCTCCCAAGAGGAATAAAACA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTTCTTGACTTTGATGCATGCTTGTCTCCCAAGAGGAATAAAACA  50

seq1  AAACTAAAACAACAGAACTAATGTTGGATGAATGCCATCATGCCTCCAGC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAACTAAAACAACAGAACTAATGTTGGATGAATGCCATCATGCCTCCAGC  100

seq1  TACAACCCAGCCCATCTAAATTCAATACACATAGGGAATGAGTGTATATG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACAACCCAGCCCATCTAAATTCAATACACATAGGGAATGAGTGTATATG  150

seq1  TACACTCAAGAGACTAATAAATATATAGACCTATACATCTATAGACCAGT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACTCAAGAGACTAATAAATATATAGACCTATACATCTATAGACCAGT  200

seq1  AAATACACCCAGGAAAATAAAAAGAGAACAAAGAAGAGCAGAAATATAAA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATACACCCAGGAAAATAAAAAGAGAACAAAGAAGAGCAGAAATATAAA  250

seq1  GCAAAACATAGTTTATAGAATAGAAAAGAACCTGCAGTCCTCTCCTGTTC  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAAAACATAGTTTATAGAATAGAAAAGAACCTGCAGTCCTCTCCTGTTC  300

seq1  TTTCATCAGAACGAGCATCAAAGGATACAGCACACTTCAAGTTGCAGACT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCATCAGAACGAGCATCAAAGGATACAGCACACTTCAAGTTGCAGACT  350

seq1  TCTAGTGACATGCCTTTGCACACATGAAAGCCAGGGGGACTTCATTAACA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTAGTGACATGCCTTTGCACACATGAAAGCCAGGGGGACTTCATTAACA  400

seq1  CCCAGAGATGAGAGTGTAAGCATCTGGACCCATATCCCCAGGCACGGCCT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCAGAGATGAGAGTGTAAGCATCTGGACCCATATCCCCAGGCACGGCCT  450

seq1  CTGTGATGAATAGTAAAGGAAGCATTTGAGGGAGGTAGGAAAGGCTTTGG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGATGAATAGTAAAGGAAGCATTTGAGGGAGGTAGGAAAGGCTTTGG  500

seq1  GATGACTGCTGACCACAGTTTCCAAAGACAGATGCACTGTCTTCCAGACC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGACTGCTGACCACAGTTTCCAAAGACAGATGCACTGTCTTCCAGACC  550

seq1  CCGGACTTAGAAGTAGGGATATCCTAACCACTACCCACTTTCCTTGACAA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCGGACTTAGAAGTAGGGATATCCTAACCACTACCCACTTTCCTTGACAA  600

seq1  ACATAGCATCTTATGGAAAAGAGGAAGAAAGCAGCACAACGGCTCTAAGA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATAGCATCTTATGGAAAAGAGGAAGAAAGCAGCACAACGGCTCTAAGA  650

seq1  CTGTACACCAGTTAAAAAAGTGGGGGCCAAGTGCTATATGCGACTGTAGA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTACACCAGTTAAAAAAGTGGGGGCCAAGTGCTATATGCGACTGTAGA  700

seq1  TATCACAATGGCAGCTTCAACACACACCTGTATCCTTCCTAAAGAGGTTT  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATCACAATGGCAGCTTCAACACACACCTGTATCCTTCCTAAAGAGGTTT  750

seq1  AAAAATTCCTTACTCTATACAAAAGCCCACTTTGCTAATAAGAATGACTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATTCCTTACTCTATACAAAAGCCCACTTTGCTAATAAGAATGACTA  800

seq1  TGAAGAAGCATCCATGATGGTTTTTAAATTACAGGAACATGAAATTGAGC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGAAGCATCCATGATGGTTTTTAAATTACAGGAACATGAAATTGAGC  850

seq1  AAAAGAATGCTAAAAATTATGGAAGGAATAGAAGTAGGAATAACAGATCC  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAGAATGCTAAAAATTATGGAAGGAATAGAAGTAGGAATAACAGATCC  900

seq1  AGGCAAAATTTATGCTGTAAAGAAAACAGGAAAAAT-GGAAAGTCTTCAG  949
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  AGGCAAAATTTATGCTGTAAAGAAAACAGGAAAAATGGGAAAGTCTTCAG  950

seq1  GCCATCGGGCTCGGTGAAGAGTAATTCTCAAACTGGAGCCCAAAGTGCGC  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||
seq2  GCCATCGGGCTCGGTGAAGAGTAATTCTCAAACTGGAGCCC-AAGTGCGC  999

seq1  TGCGCAGGAGAAAAATCTGACTCACTTAAAGAGAAACTAAAAGTACTCTT  1049
      |||||||   ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||
seq2  TGCGCAGAGAAAAAATCTGACTCACTTTAAGAG-AACTAAAAGTACTCTT  1048

seq1  CTGCCAAGACCTATCAAGATGCAAATAAAAGCTGGGAG-AAAATACTAAC  1098
      ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||  
seq2  CTGCC-AGACCTATC-AGATGCAAATAAAAGCTGGGAGAAAAATACTA--  1094

seq1  AAATCACATA-CTCAACAAAAGAGCAGCA-TCTAGAATGCG-CAAATCCC  1145
       |  |||||| |||||||||||||||||| |||||| |||| | | ||||
seq2  CATCCACATACCTCAACAAAAGAGCAGCATTCTAGATTGCGCCTATTCCC  1144

seq1  TC-ATGAAATTCAGCATTTCATCA  1168
      || |||||| |||||| |||||||
seq2  TCAATGAAAGTCAGCA-TTCATCA  1167


seq1: chr2_101485557_101486677
seq2: B6Ng01-267F16.g_66_1183 (reverse)

seq1  TACTCAC-TACTTGAAAGGATGAAGTGAATTTTGAGCTTTATGAATGTAA  49
      ||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||| |
seq2  TACTCACTTACTTGAAAGGATG-AGTGAA-TTTGAGC-TTATGAATGT-A  46

seq1  GCTAATAATAAGTATCATGGATAGTAATTATGCTTACAATTTTAATTAGC  99
      ||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAATAATAAGTATCATGGATAGTA--TATGCTTACAATTTTAATTAGC  94

seq1  GAATGCTGCTGTAAATTAGAAGGCTGGGTCTACATTGGAAAC-AGAACCA  148
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GAATGCTGCTGTAAATTAGAAGGCTGGGTCTACATTGGAAACAAGAACCA  144

seq1  CAGAGCTCTTTAAACCTGCAACAAA-CCATAGCACGAGAATACTAAGAGG  197
      ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGCTCTTTAAACCTGCAACAAACCCATAGCACGAGAATACTAAGAGG  194

seq1  CTGACAGACTCCTAAGATGAAAACTTCAAGTAGTTTCAGACAAAACTCAC  247
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGACAGACTCCTAAGATGAAAACTTCAAGTAGTTTCAGACAAAACTCAC  244

seq1  ACAGGTCATCCTGAAAGTCAGTGCAAACCAAAGGTCATTAGCACTCCAGT  297
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTCATCCTGAAAGTCAGTGCAAACCAAAGGTCATTAGCACTCCAGT  294

seq1  TAGTAATGATAAGAGATACGAGGAATAATTATCTTCTGGTTAAAAATATT  347
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTAATGATAAGAGATACGAGGAATAATTATCTTCTGGTTAAAAATATT  344

seq1  ACAGGTGAGGGAAGTGATATAGTTTCATTATAATGTCAAAAAGTAAAGAT  397
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGGTGAGGGAAGTGATATAGTTTCATTATAATGTCAAAAAGTAAAGAT  394

seq1  TTTTTTTTTAATCACAGAAGAAAATGATGGTGCTTGTCTGTGAATCCAGT  447
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTTAATCACAGAAGAAAATGATGGTGCTTGTCTGTGAATCCAGT  444

seq1  ACTAAAGAAGAGGAGCAGAAGAAGCAAGACAAGTCTGAGACCAGCCTGGC  497
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAAAGAAGAGGAGCAGAAGAAGCAAGACAAGTCTGAGACCAGCCTGGC  494

seq1  TGACTCTAGAGAGTTCTAGGCCACCCTGGACTAAATAATGAAACCCTGCC  547
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACTCTAGAGAGTTCTAGGCCACCCTGGACTAAATAATGAAACCCTGCC  544

seq1  TCAAGAGTGAAAACAGGGGACTGGAGAGATGGCTCCATGGTAAGAGCACT  597
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAAGAGTGAAAACAGGGGACTGGAGAGATGGCTCCATGGTAAGAGCACT  594

seq1  GACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAGTTCCCAGCAACCACATGGTGG  647
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAGTTCCCAGCAACCACATGGTGG  644

seq1  CTTATGACCATCCGTAAGGGGATCTGCTGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAA  697
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTATGACCATCCGTAAGGGGATCTGCTGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAA  694

seq1  GATAGCTACAGTGTACTCATCTACAGAAAATAAATAAATCTAAAACAACA  747
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGCTACAGTGTACTCATCTACAGAAAATAAATAAATCTAAAACAACA  744

seq1  ACAAAAAATAGTAGTAGTAAAAAACACTAAATAAAATATGCCAATTACAA  797
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAAAAAATAGTAGTAGTAAAAAACACTAAATAAAATATGCCAATTACAA  794

seq1  TATAAATATCAAACACTGTGTAGAGGAGAGTAAGCAGTGTCCTCTGAGTC  847
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAAATATCAAACACTGTGTAGAGGAGAGTAAGCAGTGTCCTCTGAGTC  844

seq1  CTCTGGAATTAGATCACATGTCCTACAGTTCTCTAGCTCACCCATGCTTC  897
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTGGAATTAGATCACATGTCCTACAGTTCTCTAGCTCACCCATGCTTC  894

seq1  CCAGCTGTGATTACGTTAACTCTTTTGACCTACAACTTATGTCTAGAAGC  947
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCTGTGATTACGTTAACTCTTTTGACCTACAACTTATGTCTAGAAGC  944

seq1  TCATTTTCCCCTCAACAGATTAACCAACTCAATGAGCTTTCTAGCCATGT  997
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCATTTTCCCCTCAACAGATTAACCAACTCAATGAGCTTTCTAGCCATGT  994

seq1  AGTCAGGAACACGATGCCCCAGATGAACACATTTTGACCAGGAGTGGGAC  1047
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTCAGGAACACGATGCCCCAGATGAACACATTTTGACCAGGAGTGGGAC  1044

seq1  TTTGGGCATCAGGGAAATCGTGAAGGAGCTAAAGAATAGTCCTGGATTCT  1097
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGGGCATCAGGGAAATCGTGAAGGAGCTAAAGAATAGTCCTGGATTCT  1094

seq1  GCTAGCAACATTTCTTTTGAATTC  1121
      ||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTAGCAACATTTCTTTTGAATTC  1118


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |