BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-267G01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 143,488,343 - 143,628,404
singlet/doubletdoublet
Overlap genePcsk2
Upstream geneKif16b, Snrpb2, Otor, LOC668915, LOC668916
Downstream geneBfsp1, LOC100043799, LOC100043534, Dstn, Rrbp1, 4930517K23Rik, LOC627160, EG433481, Snx5, 8430406I07Rik, Ovol2, Ppia-ps2_1789.1, LOC635097, Csrp2bp, LOC100043552, 6330439K17Rik, Polr3f, Rbbp9, Sec23b, Gm561, Dtd1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-267G01.bB6Ng01-267G01.g
ACCGA070514GA070515
length1,115957
definitionB6Ng01-267G01.b B6Ng01-267G01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(143,488,343 - 143,489,448)(143,627,470 - 143,628,404)
sequence
gaattctaattccagggcatccaatgccctcctctggcttccatgagcac
taggtatacacatgatacacgtgtatacacacatacagacaaagtgcaaa
tacacataaaattaaaaaataaatctttagaaaaaaaagagtcagagatc
aactgtgattgcctaccaagtagctgtgataggttctacaacatatggaa
aaagctttgggctctcaagtttgagggaaggttccttgtctactacgtgc
tgggactattctaaatctgcatttttctctctcactgaacttcatagtca
ttcaatacagctgtgcatccaccagccatttccagataacaaactaaaaa
gttgaccaaatctgaaacaacagacacttagttttgactaatgtgtatac
aatttggttatgtttgtggtaggctcagccagcacggttcaaagccacag
gctatgttcaggagcattttcattagtgtatatcctgttagtgaattgca
cacatctcatgacacacaaaaatgccctttactctggactcctaaatagc
agttatagaatcttggtaggaaagggaggattggagcagagaaagaaatg
cctccatggtcatctctagcaaagagccaagtgggattgaggataaggca
ttgaaagttggccagagggggctcactgatctacccgtcacatacatcta
tttgcacacaggttgctccagtacagtgattcctggtttggtcttccgga
ccagcagcaccaatatggcttaggagattgttaggattttgttagataca
tttctgatagtgaggccctacaatatgagtttcaacatgcttccagaaaa
ttcttaccattttgagagaccctgctagaagagagggggttggagataca
tgcaagattccactactgctgaccttgctgaaaggtcaattgtttcccat
ggtgacatccacattcttggttgcatgacctgtgcctttgttatatatta
tgtagagtagctgaaaaggtcatcagctttagttcctcatcttggtttct
tttcctctccaagtgaataaaatcacttctaaaaaaaggatctgagatag
ggaaaaagaatctgc
gaattcaggaccagacaactgagtattcagctgcagagcatctaagacca
aagggagacaggagtggataccgtcttcgtctgattaggtctctaagttc
agatgatcatcaggaaaggcaggagtgggaggtgcctgaaaggcacagca
cagccaggcagatttaagtggcatacatcacaggggtgaatcctcacaat
ggcaaactcatcaatgagagtgaaggagagattaccacatgcaacagtgg
gggcgcatctcacaactttaatgtcgagcgcaataaataggaaacagaaa
cacctatgtgatgagattctacctaaacgctagcaccggtataatgaatc
cacagtgagaggaatatgaataatggctgtaggtagggtgtgtgttctga
ctggaagggaacatgaggaacatttccaggtgggtgggatatactatctt
tctatgggtgatagttccccagttgcatatatttgtcaaaactcaaataa
gattctgctatggagcataccttcaagctcagcactctggaggctgagac
aggaggattgtgagttgaagtcagtctatattacattgtgatttcttatc
ttaatactgttccccacaaataaatacttgcattttgggatcttcagggt
atattcatgtattttcatggtgtggaatatagaaaattatttaatgtcat
cttattaacgaaccagtaaaggatagaaagaaattaagtgaagaggtctc
ttttactgactaattcgcttgtcacacagggcaagtggggatggagtgtg
atatttgatatttgagcgaatcatcggattcttgtgatgggggaactcac
ttcggatgtctttaaattctacagcctaacctcgttgatgaaataaatca
atgccggttccccttgtcccatcaaattagaggtgaacagttgtggtggg
taagccc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_143488343_143489448
seq2: B6Ng01-267G01.b_45_1159

seq1  GAATTCTAATTCCAGGGCATCCAATGCCCTCCTCTGGCTTCCATGAGCAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTAATTCCAGGGCATCCAATGCCCTCCTCTGGCTTCCATGAGCAC  50

seq1  TAGGTATACACATGATACACGTGTATACACACATACAGACAAAGTGCAAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGTATACACATGATACACGTGTATACACACATACAGACAAAGTGCAAA  100

seq1  TACACATAAAATTAAAAAATAAATCTTTAGAAAAAAAAGAGTCAGAGATC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACACATAAAATTAAAAAATAAATCTTTAGAAAAAAAAGAGTCAGAGATC  150

seq1  AACTGTGATTGCCTACCAAGTAGCTGTGATAGGTTCTACAACATATGGAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTGTGATTGCCTACCAAGTAGCTGTGATAGGTTCTACAACATATGGAA  200

seq1  AAAGCTTTGGGCTCTCAAGTTTGAGGGAAGGTTCCTTGTCTACTACGTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTTTGGGCTCTCAAGTTTGAGGGAAGGTTCCTTGTCTACTACGTGC  250

seq1  TGGGACTATTCTAAATCTGCATTTTTCTCTCTCACTGAACTTCATAGTCA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACTATTCTAAATCTGCATTTTTCTCTCTCACTGAACTTCATAGTCA  300

seq1  TTCAATACAGCTGTGCATCCACCAGCCATTTCCAGATAACAAACTAAAAA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCAATACAGCTGTGCATCCACCAGCCATTTCCAGATAACAAACTAAAAA  350

seq1  GTTGACCAAATCTGAAACAACAGACACTTAGTTTTGACTAATGTGTATAC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGACCAAATCTGAAACAACAGACACTTAGTTTTGACTAATGTGTATAC  400

seq1  AATTTGGTTATGTTTGTGGTAGGCTCAGCCAGCACGGTTCAAAGCCACAG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTGGTTATGTTTGTGGTAGGCTCAGCCAGCACGGTTCAAAGCCACAG  450

seq1  GCTATGTTCAGGAGCATTTTCATTAGTGTATATCCTGTTAGTGAATTGCA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTATGTTCAGGAGCATTTTCATTAGTGTATATCCTGTTAGTGAATTGCA  500

seq1  CACATCTCATGACACACAAAAATGCCCTTTACTCTGGACTCCTAAATAGC  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACATCTCATGACACACAAAAATGCCCTTTACTCTGGACTCCTAAATAGC  550

seq1  AGTTATAGAATCTTGGTAGGAAAGGGAGGATTGGAGCAGAGAAAGAAATG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTTATAGAATCTTGGTAGGAAAGGGAGGATTGGAGCAGAGAAAGAAATG  600

seq1  CCTCCATGGTCATCTCTAGCAAAGAGCCAAGTGGGATTGAGGATAAGGCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCATGGTCATCTCTAGCAAAGAGCCAAGTGGGATTGAGGATAAGGCA  650

seq1  TTGAAAGTTGGCCAGAGGGGGCTCACTGATCTACCCGTCACATACATCTA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGAAAGTTGGCCAGAGGGGGCTCACTGATCTACCCGTCACATACATCTA  700

seq1  TTTGCACACAGGTTGCTCCAGTACAGTGATTCCTGGTTTGGTCTTCCGGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTGCACACAGGTTGCTCCAGTACAGTGATTCCTGGTTTGGTCTTCCGGA  750

seq1  CCAGCAGCACCAATATGGCTTAGGAGATTGTTAGGATTTTGTTAGATACA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGCAGCACCAATATGGCTTAGGAGATTGTTAGGATTTTGTTAGATACA  800

seq1  TTTCTGATAGTGAGGCCCTACAATATGAGTTTCAACATGCTTCCAGAAAA  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTGATAGTGAGGCCCTACAATATGAGTTTCAACATGCTTCCAGAAAA  850

seq1  TTCTTACCATTTTGAGAGACCCTGCTAGAAGAGAGGGGGTTGGAGATACA  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTTACCATTTTGAGAGACCCTGCTAGAAGAGAGGGGGTTGGAGATACA  900

seq1  TGCAAGATT-CACTACTGCTGACC-TGCTGAAAGGTCAATTGTTTCCCAT  948
      ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCAAGATTCCACTACTGCTGACCTTGCTGAAAGGTCAATTGTTTCCCAT  950

seq1  GGTGACATCCACATTCTTGGTTGCATGACCTGTGCCTTTGTTATATATTA  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTGACATCCACATTCTTGGTTGCATGACCTGTGCCTTTGTTATATATTA  1000

seq1  TGTAGAGTAGCTGAAAAGGTCATCAGC-TTAG-TCCTCATCTTGGTTTCT  1046
      ||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||
seq2  TGTAGAGTAGCTGAAAAGGTCATCAGCTTTAGTTCCTCATCTTGGTTTCT  1050

seq1  TTTCCTCTCCAAGTG-ATAAAATCAC-TCTAACAAAAGGATCTGAG--AG  1092
      ||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||  ||
seq2  TTTCCTCTCCAAGTGAATAAAATCACTTCTAAAAAAAGGATCTGAGATAG  1100

seq1  GGAAAAAG-ATCTGC  1106
      |||||||| ||||||
seq2  GGAAAAAGAATCTGC  1115

seq1: chr2_143627470_143628404
seq2: B6Ng01-267G01.g_69_1025 (reverse)

seq1  GGGCTTACC--ACACTACTGTTCA-CTCTA--TTCGTGGGACAAGGG--A  43
      |||||||||   ||| |||||||| |||||  ||  |||||||||||  |
seq2  GGGCTTACCCACCACAACTGTTCACCTCTAATTTGATGGGACAAGGGGAA  50

seq1  ACGGC-TTGATTTA-TTCCTC-ACGAGG-TAGGCTGT--GATTTAAAGAC  87
       |||| |||||||| ||| || |||||| ||||||||   ||||||||||
seq2  CCGGCATTGATTTATTTCATCAACGAGGTTAGGCTGTAGAATTTAAAGAC  100

seq1  ATCCG-AGTGAGTTCCCC--ACAC-AGAATCCATTGATTCGCTCAAATAT  133
      ||||| ||||||||||||   ||| |||||||  ||||||||||||||||
seq2  ATCCGAAGTGAGTTCCCCCATCACAAGAATCCGATGATTCGCTCAAATAT  150

seq1  CAAATATCACACTCCAT-CCCACTTGCCCTGTGTGACAAGCGAATTAGTC  182
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAATATCACACTCCATCCCCACTTGCCCTGTGTGACAAGCGAATTAGTC  200

seq1  AGT-AAAGAGACCTCTTCACTTAATTTCTTTCTATCC-TTACTGGTTCGT  230
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||
seq2  AGTAAAAGAGACCTCTTCACTTAATTTCTTTCTATCCTTTACTGGTTCGT  250

seq1  TAATAAGATGACATT-AATAA-TTTCTATATTCCACACCATGAAAATACA  278
      ||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATAAGATGACATTAAATAATTTTCTATATTCCACACCATGAAAATACA  300

seq1  TGAATATACCCTGAAGATCCCAAAATGCAAGTATTTATTTGTGGGGAACA  328
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAATATACCCTGAAGATCCCAAAATGCAAGTATTTATTTGTGGGGAACA  350

seq1  GTATTAAGATAAGAAATCACAATGTAATATAGACTGACTTCAACTCACAA  378
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTATTAAGATAAGAAATCACAATGTAATATAGACTGACTTCAACTCACAA  400

seq1  TCCTCCTGTCTCAGCCTCCAGAGTGCTGAGCTTGAAGGTATGCTCCATAG  428
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTGTCTCAGCCTCCAGAGTGCTGAGCTTGAAGGTATGCTCCATAG  450

seq1  CAGAATCTTATTTGAGTTTTGACAAATATATGCAACTGGGGAACTATCAC  478
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAATCTTATTTGAGTTTTGACAAATATATGCAACTGGGGAACTATCAC  500

seq1  CCATAGAAAGATAGTATATCCCACCCACCTGGAAATGTTCCTCATGTTCC  528
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATAGAAAGATAGTATATCCCACCCACCTGGAAATGTTCCTCATGTTCC  550

seq1  CTTCCAGTCAGAACACACACCCTACCTACAGCCATTATTCATATTCCTCT  578
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCCAGTCAGAACACACACCCTACCTACAGCCATTATTCATATTCCTCT  600

seq1  CACTGTGGATTCATTATACCGGTGCTAGCGTTTAGGTAGAATCTCATCAC  628
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACTGTGGATTCATTATACCGGTGCTAGCGTTTAGGTAGAATCTCATCAC  650

seq1  ATAGGTGTTTCTGTTTCCTATTTATTGCGCTCGACATTAAAGTTGTGAGA  678
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGGTGTTTCTGTTTCCTATTTATTGCGCTCGACATTAAAGTTGTGAGA  700

seq1  TGCGCCCCCACTGTTGCATGTGGTAATCTCTCCTTCACTCTCATTGATGA  728
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCGCCCCCACTGTTGCATGTGGTAATCTCTCCTTCACTCTCATTGATGA  750

seq1  GTTTGCCATTGTGAGGATTCACCCCTGTGATGTATGCCACTTAAATCTGC  778
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTTGCCATTGTGAGGATTCACCCCTGTGATGTATGCCACTTAAATCTGC  800

seq1  CTGGCTGTGCTGTGCCTTTCAGGCACCTCCCACTCCTGCCTTTCCTGATG  828
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGCTGTGCTGTGCCTTTCAGGCACCTCCCACTCCTGCCTTTCCTGATG  850

seq1  ATCATCTGAACTTAGAGACCTAATCAGACGAAGACGGTATCCACTCCTGT  878
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCATCTGAACTTAGAGACCTAATCAGACGAAGACGGTATCCACTCCTGT  900

seq1  CTCCCTTTGGTCTTAGATGCTCTGCAGCTGAATACTCAGTTGTCTGGTCC  928
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCCCTTTGGTCTTAGATGCTCTGCAGCTGAATACTCAGTTGTCTGGTCC  950

seq1  TGAATTC  935
      |||||||
seq2  TGAATTC  957