BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268A12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 30,746,508 - 30,872,395
singlet/doubletdoublet
Overlap genePtges, Ppia-ps2_387.1, Tor1b, Tor1a, BC005624, Usp20
Upstream geneOdf2, Gle1l, Spna2, LOC665532, Wdr34, Set, Pkn3, Zdhhc12, Zer1, LOC100041114, Tbc1d13, Slc39a1-ps, Endog, D2Wsu81e, Ccbl1, 1700084E18Rik, Lrrc8a, Phyhd1, Dolk, Nup188, Sh3glb2, 5730472N09Rik, Dolpp1, Crat, Ppp2r4, Ier5l, Cstad, EG665645, 1700001O22Rik, 2610205E22Rik, Asb6, Prrx2
Downstream geneFnbp1, Gpr107, Freq, LOC622345, LOC670182, LOC665700, BC034076, Ass1, Fubp3, LOC100041465, Prdm12, Exosc2, Abl1, BC094274, Fibcd1, Lamc3, 2810003C17Rik, Nup214
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268A12.bB6Ng01-268A12.g
ACCGA071001GA071002
length1,1591,090
definitionB6Ng01-268A12.b B6Ng01-268A12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(30,871,241 - 30,872,395)(30,746,508 - 30,747,604)
sequence
gaattctggcactggcttggggactctgaggagactctgcagcacactat
ccagccatagcctgggccttgtctgttccaactacaggagactgtaccag
ccacagctacactgctcccgttgggagctcagcaagccccaagagaagaa
tgaattcaagttcagggacacctgtcacaacggatccctctgtcaaccat
ccttggggtatctcaggcaggtttcacggccttctgtgtgtgtgcaggac
aggtgagtcttcaccctgcctcataggccactcacacaccctatccacag
ggaccctgacccaacaaggccagggtggctcactcacctcaggcagacat
aggactttacagtacttcacgccattccgaagcctacggaggaggacatg
agagcctcggtcagtgccttcccaactctagtcacctaggaagccagcac
agctagctgagggagccccaggcaagtgcaagcaagaggactctgggacc
gggaagctggggataggccccaaggacaacttacttcttacaccgctcac
ttacttcttacaccgctcacagctgtacatgttgtcacctgcacaggaga
gcagaaggccagaggtcagcagagataggagacacgaacagaaagggcaa
acgtgaattacattcaagggggaaagaaatccagcaggaagtgacaggat
tccagagatagtaccagaaagagaaaacaaatcaaacaaacaaaaacaga
ctatttgaccctagaagcactggaactcccctatgtgcagggctacaaca
aatgaaaaggtggaggcaaaacaggaggggacccaacactgagggcaggc
aggtgctgggctcacactgtttacaaaataaaccgactccctcaagttgt
cccctggccctccaattgcacaatgtggcttgtgaacacacatagagcaa
taaaaatatttttaaaatagatcaaaaatctaagtaaagggctggagaga
tggctcagtggttagagcactgactgctcttcaaaggtcctgagttcaat
cccagcaaccacatggtggcctcacagccattctataatgtgatctgatg
ccctcttctggtgcatctgaaagtcagctacaggtgtaccttatgttata
attaataaa
gaattcacctggtcttatctaaaatttaagtattaactggggcattgggg
ttggggtgacaatgacagatgaaggtcgcatccagcctaatgttcagcga
cagctggcattcaagaggggccccattctacagtttttgttttctcagat
gagcattccaagagcaaaggtttcaactcaccaccagagggcagtgctat
tcactcccagaacaccagctgtgtgaggctgaagcctaggccagcagggc
tttccagtaaaaccccctccccaaccccatagagcaggtctggggcacag
ggcttgccccgctgggaggagaagtggtgtggctaggcttgtgtgggaag
cctgggagcctgaatgtcccaggttctggagcacaccctatgccttcctt
caggtagtcacttccgtctccgtctgtagagcagaaaaccagcaccctac
aaggtggcagagctgcagaaagaatcgccacgtggaagacaggatttgga
catctctggatcccaagccaaacaccatcttgtcagggacttctctggag
cagcctggtggaagttgcctgtactggcttggcactatggtggtgcaggc
cggcgatcccagcacttaggaggcacaggtaggctgtcagctcaaggttg
tcctgactgtagagtaagtttgaggccaactcgggctaagtgagaccttg
tctcataaaagtaaaacatacacacaccggaacgtgaaaactcccatagg
taccaggccggctggcacagcatgggtcttagacaccgaacattcacagg
tcacactctgctgtttaatgactaaacctaaacaggtctcaggactctgg
agggacactgcacacacacaagtgagattttccacaggagtagacatttg
gcatcttcaaaccctcacagatgctgaagaagccaagttcccttccaggg
gttggtcaaagccatcctttccgtctttgaggagccaaagccatgcacaa
gaggctgagctgtggacattctcaccccccctgagctgtgctacctagtc
actcaaggacggtggtatcacagggacagggatgctctga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_30871241_30872395
seq2: B6Ng01-268A12.b_46_1204 (reverse)

seq1  TTTATT-ATTAT-ACATAA-GTACA-CTGTAGCTGAC-TTCAGATGCACC  45
      |||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||
seq2  TTTATTAATTATAACATAAGGTACACCTGTAGCTGACTTTCAGATGCACC  50

seq1  AGAAGAGGGCATCAGATCACATTATAG-ATGGCTGTGA-GCCACCATGTG  93
      ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||
seq2  AGAAGAGGGCATCAGATCACATTATAGAATGGCTGTGAGGCCACCATGTG  100

seq1  GTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTA  143
      |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||
seq2  GTTGCTGGGA-TTGAACTCAGGACCTTT-GAAGAGCAGTCAGTGCTC-TA  147

seq1  ACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCTTTACTTAGATTTTTGATCTATTTTA  193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  ACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCTTTACTTAGATTTTTGATCTATTTT-  196

seq1  AAAAATATTTTTATTGCTCTATGTGTGTTCACAAGCCACATTGTGCAATT  243
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAATATTTTTATTGCTCTATGTGTGTTCACAAGCCACATTGTGCAATT  246

seq1  GGA-GGCCAGGGGACAACTTGAGGGAGTCGGTTTATTTTGTAAACAGTGT  292
      ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGCCAGGGGACAACTTGAGGGAGTCGGTTTATTTTGTAAACAGTGT  296

seq1  GAGCCCAGCACCTGCCTGCCCTCAGTGTTGGGTCCCCTCCTGTTTTGCCT  342
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCCCAGCACCTGCCTGCCCTCAGTGTTGGGTCCCCTCCTGTTTTGCCT  346

seq1  CCACCTTTTCATTTGTTGTAGCCCTGCACATAGGGGAGTTCCAGTGCTTC  392
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCACCTTTTCATTTGTTGTAGCCCTGCACATAGGGGAGTTCCAGTGCTTC  396

seq1  TAGGGTCAAATAGTCTGTTTTTGTTTGTTTGATTTGTTTTCTCTTTCTGG  442
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGGGTCAAATAGTCTGTTTTTGTTTGTTTGATTTGTTTTCTCTTTCTGG  446

seq1  TACTATCTCTGGAATCCTGTCACTTCCTGCTGGATTTCTTTCCCCCTTGA  492
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACTATCTCTGGAATCCTGTCACTTCCTGCTGGATTTCTTTCCCCCTTGA  496

seq1  ATGTAATTCACGTTTGCCCTTTCTGTTCGTGTCTCCTATCTCTGCTGACC  542
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTAATTCACGTTTGCCCTTTCTGTTCGTGTCTCCTATCTCTGCTGACC  546

seq1  TCTGGCCTTCTGCTCTCCTGTGCAGGTGACAACATGTACAGCTGTGAGCG  592
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGGCCTTCTGCTCTCCTGTGCAGGTGACAACATGTACAGCTGTGAGCG  596

seq1  GTGTAAGAAGTAAGTGAGCGGTGTAAGAAGTAAGTTGTCCTTGGGGCCTA  642
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTAAGAAGTAAGTGAGCGGTGTAAGAAGTAAGTTGTCCTTGGGGCCTA  646

seq1  TCCCCAGCTTCCCGGTCCCAGAGTCCTCTTGCTTGCACTTGCCTGGGGCT  692
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCCAGCTTCCCGGTCCCAGAGTCCTCTTGCTTGCACTTGCCTGGGGCT  696

seq1  CCCTCAGCTAGCTGTGCTGGCTTCCTAGGTGACTAGAGTTGGGAAGGCAC  742
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTCAGCTAGCTGTGCTGGCTTCCTAGGTGACTAGAGTTGGGAAGGCAC  746

seq1  TGACCGAGGCTCTCATGTCCTCCTCCGTAGGCTTCGGAATGGCGTGAAGT  792
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACCGAGGCTCTCATGTCCTCCTCCGTAGGCTTCGGAATGGCGTGAAGT  796

seq1  ACTGTAAAGTCCTATGTCTGCCTGAGGTGAGTGAGCCACCCTGGCCTTGT  842
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTGTAAAGTCCTATGTCTGCCTGAGGTGAGTGAGCCACCCTGGCCTTGT  846

seq1  TGGGTCAGGGTCCCTGTGGATAGGGTGTGTGAGTGGCCTATGAGGCAGGG  892
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGTCAGGGTCCCTGTGGATAGGGTGTGTGAGTGGCCTATGAGGCAGGG  896

seq1  TGAAGACTCACCTGTCCTGCACACACACAGAAGGCCGTGAAACCTGCCTG  942
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGACTCACCTGTCCTGCACACACACAGAAGGCCGTGAAACCTGCCTG  946

seq1  AGATACCCCAAGGATGGTTGACAGAGGGATCCGTTGTGACAGGTGTCCCT  992
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGATACCCCAAGGATGGTTGACAGAGGGATCCGTTGTGACAGGTGTCCCT  996

seq1  GAACTTGAATTCATTCTTCTCTTGGGGCTTGCTGAGCTCCCAACGGGAGC  1042
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGAATTCATTCTTCTCTTGGGGCTTGCTGAGCTCCCAACGGGAGC  1046

seq1  AGTGTAGCTGTGGCTGGTACAGTCTCCTGTAGTTGGAACAGACAAGGCCC  1092
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTGTAGCTGTGGCTGGTACAGTCTCCTGTAGTTGGAACAGACAAGGCCC  1096

seq1  AGGCTATGGCTGGATAGTGTGCTGCAGAGTCTCCTCAGAGTCCCCAAGCC  1142
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGCTATGGCTGGATAGTGTGCTGCAGAGTCTCCTCAGAGTCCCCAAGCC  1146

seq1  AGTGCCAGAATTC  1155
      |||||||||||||
seq2  AGTGCCAGAATTC  1159

seq1: chr2_30746508_30747604
seq2: B6Ng01-268A12.g_67_1156

seq1  GAATTCACCTGGTCTTATCTAAAATTTAAGTATTAACTGGGGCATTGGGG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCACCTGGTCTTATCTAAAATTTAAGTATTAACTGGGGCATTGGGG  50

seq1  TTGGGGTGACAATGACAGATGAAGGTCGCATCCAGCCTAATGTTCAGCGA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGGGTGACAATGACAGATGAAGGTCGCATCCAGCCTAATGTTCAGCGA  100

seq1  CAGCTGGCATTCAAGAGGGGCCCCATTCTACAGTTTTTGTTTTCTCAGAT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCTGGCATTCAAGAGGGGCCCCATTCTACAGTTTTTGTTTTCTCAGAT  150

seq1  GAGCATTCCAAGAGCAAAGGTTTCAACTCACCACCAGAGGGCAGTGCTAT  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGCATTCCAAGAGCAAAGGTTTCAACTCACCACCAGAGGGCAGTGCTAT  200

seq1  TCACTCCCAGAACACCAGCTGTGTGAGGCTGAAGCCTAGGCCAGCAGGGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACTCCCAGAACACCAGCTGTGTGAGGCTGAAGCCTAGGCCAGCAGGGC  250

seq1  TTTCCAGTAAAACCCCCTCCCCAACCCCATAGAGCAGGTCTGGGGCACAG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCCAGTAAAACCCCCTCCCCAACCCCATAGAGCAGGTCTGGGGCACAG  300

seq1  GGCTTGCCCCGCTGGGAGGAGAAGTGGTGTGGCTAGGCTTGTGTGGGAAG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGCTTGCCCCGCTGGGAGGAGAAGTGGTGTGGCTAGGCTTGTGTGGGAAG  350

seq1  CCTGGGAGCCTGAATGTCCCAGGTTCTGGAGCACACCCTATGCCTTCCTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTGGGAGCCTGAATGTCCCAGGTTCTGGAGCACACCCTATGCCTTCCTT  400

seq1  CAGGTAGTCACTTCCGTCTCCGTCTGTAGAGCAGAAAACCAGCACCCTAC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGTAGTCACTTCCGTCTCCGTCTGTAGAGCAGAAAACCAGCACCCTAC  450

seq1  AAGGTGGCAGAGCTGCAGAAAGAATCGCCACGTGGAAGACAGGATTTGGA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGGTGGCAGAGCTGCAGAAAGAATCGCCACGTGGAAGACAGGATTTGGA  500

seq1  CATCTCTGGATCCCAAGCCAAACACCATCTTGTCAGGGACTTCTCTGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATCTCTGGATCCCAAGCCAAACACCATCTTGTCAGGGACTTCTCTGGAG  550

seq1  CAGCCTGGTGGAAGTTGCCTGTACTGGCTTGGCACTATGGTGGTGCAGGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCCTGGTGGAAGTTGCCTGTACTGGCTTGGCACTATGGTGGTGCAGGC  600

seq1  CGGCGATCCCAGCACTTAGGAGGCACAGGTAGGCTGTCAGCTCAAGGTTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGCGATCCCAGCACTTAGGAGGCACAGGTAGGCTGTCAGCTCAAGGTTG  650

seq1  TCCTGACTGTAGAGTAAGTTTGAGGCCAACTCGGGCTAAGTGAGACCTTG  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGACTGTAGAGTAAGTTTGAGGCCAACTCGGGCTAAGTGAGACCTTG  700

seq1  TCTCATAAAAGTAAAACATACACACACCGGAACGTGAAAACTCCCATAGG  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCATAAAAGTAAAACATACACACACCGGAACGTGAAAACTCCCATAGG  750

seq1  TACCAGGCCGGCTGGCACAGCATGGGTCTTAGACACCGAACATTCACAGG  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TACCAGGCCGGCTGGCACAGCATGGGTCTTAGACACCGAACATTCACAGG  800

seq1  TCACACTCTGCTGTTTAATGACTAAACCTAAACAGGTCTCAGGACTCTGG  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACACTCTGCTGTTTAATGACTAAACCTAAACAGGTCTCAGGACTCTGG  850

seq1  AGGGACACTGCACACACACAAGTGAGATTTTCCACAGGAGTAGACATTTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGGACACTGCACACACACAAGTGAGATTTTCCACAGGAGTAGACATTTG  900

seq1  GCATCTTCAAA-CCTCACAGATGCTGAAGAAGCCAAAGTTCCCTTCCAGG  949
      ||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||
seq2  GCATCTTCAAACCCTCACAGATGCTGAAGAAGCC-AAGTTCCCTTCCAGG  949

seq1  GGTTGGTCAAAGCCCATCCTTTCCGTCTTTGGAGGAGCCAAAGCCATGCA  999
      |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||
seq2  GGTTGGTCAAAG-CCATCCTTTCCGTCTTT-GAGGAGCCAAAGCCATGCA  997

seq1  CAAGGAGGCTGAGCTGTGGACATTCTCA-CCCCCCTGAGCCTGTGCTACC  1048
      ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||
seq2  CAA-GAGGCTGAGCTGTGGACATTCTCACCCCCCCTGAG-CTGTGCTACC  1045

seq1  TAAGGCACTCAAAGGACGGTGGTATCAACAGGGGACAGGGATGCTCTGA  1097
      | || ||||| ||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||
seq2  T-AGTCACTC-AAGGACGGTGGTATC-ACA-GGGACAGGGATGCTCTGA  1090