BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-268E07
Chromosome2 (Build37)
Map Location 171,496,177 - 171,636,125
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneDok5, LOC668955, LOC100043743
Downstream geneLOC100043744, Cbln4, Mc3r, 2010011I20Rik, Aurka, Cstf1, F730031O20Rik, 2410001C21Rik, A330041C17Rik, 1700029J11Rik, LOC629957, Tcfap2c, LOC100043750
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-268E07.bB6Ng01-268E07.g
ACCGA071171GA071172
length6441,164
definitionB6Ng01-268E07.b B6Ng01-268E07.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(171,635,482 - 171,636,125)(171,496,177 - 171,497,341)
sequence
gaattcccaattaaatgcctggaatatcaatggcatgtgagcgaattcat
attaaaagaattctaattttcaagcacagtcaaaaatgaaacattctatt
ttaagttagtttccctattataacggcattattaagttagctttctcatt
aatagagagttacatattgcatgtggtatttttagggttttattcgatag
ttttcatcttttgctctgagtgcaaaataaataaataaataaataaataa
ataaataaataaatgcaataaaatcccatcatatgtaatgatgggaagga
ataaaagagcagcagaagagaaaagtacctacactactcagacaataaat
ctgttgtggattccctggtggcctttctatagtcacacaagttcattctg
ggtccctccttttgttatttaatactgttgagacgacattgtgtctgggg
cccatttctactctaatcagttttatagaagaattatttttctgtgcctt
taactaactgtatcaggagacatttccccattggtcattccctgtgacat
cacacagatctccagacagtttcgaccacaggaaaacaaagaaacgctgt
gtcatcctcagttgcagatctgtccaggggggtggggtgggggg

gaattcataggtcctttcaaatctaagtgctaaacatgggtgaatataac
actatgaaaataaattgtgttcatattaaaacacacacacacacaaacac
acacataaaggttccaaaaatgcaatggtaatttcacttattaagtagct
gtgaaagattcttcagctatggaaaaacacacattggaacagaaaaaaaa
aagagtaatgagtaaacatgatgccctttgtaataataaaggttacatga
acatgtcaaacatgcttatatggatatgtacatgtcagataattcccttg
gaaaaaaatatgttccggttataaggtttgagttagagaaatgtaacatc
ctttcagtgccatctacttcacggctgaccttcctgttgcatttccatca
ccagggcaacgatgcttcctgcaagagccctggtctatctaacaaccccc
cagcaccaggcacaaagttgttccgacagaaacatagccaagtggtacac
atggtggcctagtttgctttctgctgctatgataagtctgaccaaaatca
accaatgggaggaaaaggcttaatccatcatccatgttttataatctatc
atcaggggactcacggcaggggcttggaggaagaacttaatgcagaggcc
atggaagcactcttcactggcctgttctcaggctcacatggagcatcctt
tctgacacagcccaggctcagctgcctagggatggtaccaccccccacca
tcaatgagcacctaggaaaacgctccacagacaggttcacagtccgaccc
aaatggaagcaactcttcagttgatgttcccttgcctgggtgtctgggtt
atgtcaagatgaccacgaaaatcagtcatcgcagatggataacttacctg
gcctaaataaacgtgggaagacgtgcttgtatgcagacctcataagacag
agcttcagaggctcgtttcaaggagttggtttagtggttgtgagtctggg
tgggtgacctcagaacaacactgggcggctagcaacgtgagctagactcc
aggccatgggtgaagctcctactatgtgctgctcaagtctagcaacatga
gctagactccaggacatgggtgaagcctctaactagtgctgctcaaggtc
taggcaaccatgag
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_171635482_171636125
seq2: B6Ng01-268E07.b_48_691 (reverse)

seq1  CCCCCCACCCCACCCCCCTGGACAGATCTGCAACTGAGGATGACACAGCG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCCCCACCCCACCCCCCTGGACAGATCTGCAACTGAGGATGACACAGCG  50

seq1  TTTCTTTGTTTTCCTGTGGTCGAAACTGTCTGGAGATCTGTGTGATGTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTCTTTGTTTTCCTGTGGTCGAAACTGTCTGGAGATCTGTGTGATGTCA  100

seq1  CAGGGAATGACCAATGGGGAAATGTCTCCTGATACAGTTAGTTAAAGGCA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGGGAATGACCAATGGGGAAATGTCTCCTGATACAGTTAGTTAAAGGCA  150

seq1  CAGAAAAATAATTCTTCTATAAAACTGATTAGAGTAGAAATGGGCCCCAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAAAAATAATTCTTCTATAAAACTGATTAGAGTAGAAATGGGCCCCAG  200

seq1  ACACAATGTCGTCTCAACAGTATTAAATAACAAAAGGAGGGACCCAGAAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAATGTCGTCTCAACAGTATTAAATAACAAAAGGAGGGACCCAGAAT  250

seq1  GAACTTGTGTGACTATAGAAAGGCCACCAGGGAATCCACAACAGATTTAT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAACTTGTGTGACTATAGAAAGGCCACCAGGGAATCCACAACAGATTTAT  300

seq1  TGTCTGAGTAGTGTAGGTACTTTTCTCTTCTGCTGCTCTTTTATTCCTTC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTCTGAGTAGTGTAGGTACTTTTCTCTTCTGCTGCTCTTTTATTCCTTC  350

seq1  CCATCATTACATATGATGGGATTTTATTGCATTTATTTATTTATTTATTT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATCATTACATATGATGGGATTTTATTGCATTTATTTATTTATTTATTT  400

seq1  ATTTATTTATTTATTTATTTTGCACTCAGAGCAAAAGATGAAAACTATCG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTATTTATTTATTTATTTTGCACTCAGAGCAAAAGATGAAAACTATCG  450

seq1  AATAAAACCCTAAAAATACCACATGCAATATGTAACTCTCTATTAATGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATAAAACCCTAAAAATACCACATGCAATATGTAACTCTCTATTAATGAG  500

seq1  AAAGCTAACTTAATAATGCCGTTATAATAGGGAAACTAACTTAAAATAGA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAGCTAACTTAATAATGCCGTTATAATAGGGAAACTAACTTAAAATAGA  550

seq1  ATGTTTCATTTTTGACTGTGCTTGAAAATTAGAATTCTTTTAATATGAAT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTCATTTTTGACTGTGCTTGAAAATTAGAATTCTTTTAATATGAAT  600

seq1  TCGCTCACATGCCATTGATATTCCAGGCATTTAATTGGGAATTC  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCGCTCACATGCCATTGATATTCCAGGCATTTAATTGGGAATTC  644


seq1: chr2_171496177_171497341
seq2: B6Ng01-268E07.g_67_1230

seq1  GAATTCATAGGTCCTTTCAAATCTAAGTGCTAAACATGGGTGAATATAAC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCATAGGTCCTTTCAAATCTAAGTGCTAAACATGGGTGAATATAAC  50

seq1  ACTATGAAAATAAATTGTGTTCATATTAAAACACACACACACACAAACAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTATGAAAATAAATTGTGTTCATATTAAAACACACACACACACAAACAC  100

seq1  ACACATAAAGGTTCCAAAAATGCAATGGTAATTTCACTTATTAAGTAGCT  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACATAAAGGTTCCAAAAATGCAATGGTAATTTCACTTATTAAGTAGCT  150

seq1  GTGAAAGATTCTTCAGCTATGGAAAAACACACATTGGAACAGAAAAAAAA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGAAAGATTCTTCAGCTATGGAAAAACACACATTGGAACAGAAAAAAAA  200

seq1  AAGAGTAATGAGTAAACATGATGCCCTTTGTAATAATAAAGGTTACATGA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGAGTAATGAGTAAACATGATGCCCTTTGTAATAATAAAGGTTACATGA  250

seq1  ACATGTCAAACATGCTTATATGGATATGTACATGTCAGATAATTCCCTTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGTCAAACATGCTTATATGGATATGTACATGTCAGATAATTCCCTTG  300

seq1  GAAAAAAATATGTTCCGGTTATAAGGTTTGAGTTAGAGAAATGTAACATC  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAAAAATATGTTCCGGTTATAAGGTTTGAGTTAGAGAAATGTAACATC  350

seq1  CTTTCAGTGCCATCTACTTCACGGCTGACCTTCCTGTTGCATTTCCATCA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTCAGTGCCATCTACTTCACGGCTGACCTTCCTGTTGCATTTCCATCA  400

seq1  CCAGGGCAACGATGCTTCCTGCAAGAGCCCTGGTCTATCTAACAACCCCC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGGCAACGATGCTTCCTGCAAGAGCCCTGGTCTATCTAACAACCCCC  450

seq1  CAGCACCAGGCACAAAGTTGTTCCGACAGAAACATAGCCAAGTGGTACAC  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGCACCAGGCACAAAGTTGTTCCGACAGAAACATAGCCAAGTGGTACAC  500

seq1  ATGGTGGCCTAGTTTGCTTTCTGCTGCTATGATAAGTCTGACCAAAATCA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGTGGCCTAGTTTGCTTTCTGCTGCTATGATAAGTCTGACCAAAATCA  550

seq1  ACCAATGGGAGGAAAAGGCTTAATCCATCATCCATGTTTTATAATCTATC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCAATGGGAGGAAAAGGCTTAATCCATCATCCATGTTTTATAATCTATC  600

seq1  ATCAGGGGACTCACGGCAGGGGCTTGGAGGAAGAACTTAATGCAGAGGCC  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCAGGGGACTCACGGCAGGGGCTTGGAGGAAGAACTTAATGCAGAGGCC  650

seq1  ATGGAAGCACTCTTCACTGGCCTGTTCTCAGGCTCACATGGAGCATCCTT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGAAGCACTCTTCACTGGCCTGTTCTCAGGCTCACATGGAGCATCCTT  700

seq1  TCTGACACAGCCCAGGCTCAGCTGCCTAGGGATGGTACCACCCCCCACCA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACACAGCCCAGGCTCAGCTGCCTAGGGATGGTACCACCCCCCACCA  750

seq1  TCAATGAGCACCTAGGAAAACGCTCCACAGACAGGTTCACAGTCCGACCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAATGAGCACCTAGGAAAACGCTCCACAGACAGGTTCACAGTCCGACCC  800

seq1  AAATGGAAGCAACTCTTCAGTTGATGTTCCCTTGCCTGGGTGTCTGGGTT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGGAAGCAACTCTTCAGTTGATGTTCCCTTGCCTGGGTGTCTGGGTT  850

seq1  ATGTCAAGATGACCACGAAAATCAGTCATCGCAGATGGATAACTTACCTG  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTCAAGATGACCACGAAAATCAGTCATCGCAGATGGATAACTTACCTG  900

seq1  GCCTAAATAAACGT-GGAAGACGTGCTTGTATGCAGACCTCATAAGACAG  949
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTAAATAAACGTGGGAAGACGTGCTTGTATGCAGACCTCATAAGACAG  950

seq1  AGCTTCAGAGGCTCGTTTCAAGGAGTTGGTTTAGGTGGTTGTGAGTCTGG  999
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||
seq2  AGCTTCAGAGGCTCGTTTCAAGGAGTTGGTTTA-GTGGTTGTGAGTCTGG  999

seq1  GTGGGTGACCTCAGAACACAACTGGGCGGCTAGCAACGTGAGCTAGGACT  1049
      ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| ||||
seq2  GTGGGTGACCTCAGAACAACACTGGGCGGCTAGCAACGTGAGCTA-GACT  1048

seq1  CCAGGCCATGGGTGAAAGCTCCTACTATGTGCTGCTCAAGTCTAGCAACA  1099
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCAGGCCATGGGTG-AAGCTCCTACTATGTGCTGCTCAAGTCTAGCAACA  1097

seq1  TGAGCTAGGACTCCAGGACATGGGTGAAAGCTCCTACTATGTGCTGCTCA  1149
      ||||||| ||||||||||||||||||||  |||  |||| ||||||||||
seq2  TGAGCTA-GACTCCAGGACATGGGTGAAGCCTCTAACTA-GTGCTGCTCA  1145

seq1  A-GTCTA-GCAA-CATGAG  1165
      | ||||| |||| ||||||
seq2  AGGTCTAGGCAACCATGAG  1164


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |