BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-269B12
Chromosome2 (Build37)
Map Location 95,991,166 - 96,121,466
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLOC100042843
Downstream geneLOC100043267
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-269B12.bB6Ng01-269B12.g
ACCGA071781GA071782
length9121,185
definitionB6Ng01-269B12.b B6Ng01-269B12.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(96,120,560 - 96,121,466)(95,991,166 - 95,992,327)
sequence
gaattctcaacaaacttgaacccctaagatctctcagactctgagccatc
aaccgggcaacatacactagctagttcagcccgctcccccccgcccccgc
ccccccccccccacacacacacatacacagcagaggactgactggtctgg
cctcaataagggaagttgcacctaacccttgagagatttgaggccacagg
gaatggggagacctggtgcagtattggaagtgtggagacatgtccttgga
gacagaggaggaatgggatgaagaactgtcagagggcagaacgggaaggt
gataacgactgaactgtaaaaatggattaaggataataaaaaaaaataaa
atagaatctttcacagtatatttaaaaaatttttccaagtgagactctga
ctatattttgtgtcttaagcacacccagtcattgttggttactacattag
agttgcaggatcagacagatgactgacgagcctttggggtgggcactgct
gtgttacatttcctgaagggatgcacattaatcccttttcattgcagatg
aagaaaagtctgacagggtaaatacatgattccacttacttatttctggt
aagctggtgggtttacaggtctttcttatacctgagtgacatttagccag
tccattgcagcaaaggtgacaggcccaccaaactgcatcagtaaagttca
atgaacaacttgaagaaagccacatcagagaggtcttgtcctcctgctct
ggcaattatttacagctaaagtggattctaggaaccccatgaatactgta
actgcgagggaaagagcatagagcagacccaaggcaatgacttgcttata
ggttggataaacccatgcaggatatttctgaagataattgggaagggtga
atccagaaataa
gaattcaactcagcatccccaatgtctgcaacctccatatatgaaagcag
tcacctgtgttgaggtaaggaaagcaaaggaaagggctggagagagtgac
gatagaatcagggtgttgagagagctcaattctgatctggaatccttcaa
atgggcagtcctgggttcctatgtttttttgttgtatctgttataagtca
ccctagcaaagaatttccttgaagtcctgttgaaacaagagagaaaactc
acaatgcaatacatttcttgacttttatttatgggttaagacattattaa
gatgtataagctagtttaattcagcagccctgtctaaaatccagtgtatt
taatggcagtgtcacctgtctcattgacatttaagacattttgaagttaa
taaggtatcatttatcccacctgcttagaataggcaagaaaggaaacacc
atgctaagctatgtgacatgtgtgtagaagcctggagaggtcttgctaaa
agagaggattttggggggagtggtgttgtttcatgctaaccatttaagat
taactgcgcaaaactcagaaactttagaaactaagtccctgaaattgatt
tgtttccatgaaggaaatactttagtttgaagattgctaactactagaat
gtgtcataggcagtattagttattagaaaaattatatacaataaaagaaa
tgacatgatgccaatatacagtattttttgaatagtcagcaatagcttgc
ctgtgtaaaataaactggttcaatcaaatggtattgtgtctattgcatta
attgaatactaaataatataaacaaaataaaatgataaaacatacctcac
tattaattttataccaattcccatattgatagaacacactagattatatt
tggtaaataaaaagtagttatcctagaatgattttcaccttattttttgt
ttagctttttaattgttgttttaataagaaaataaaaattatatgtagtt
taatttttatttcttattaaatagcactattttaagagcacagaccttta
ataaagttgattgattaccaaagtcaaatttgtttatgaacgccatgctt
gcagagaatgtctcaagagcaatttataagtagattagaattcctgggca
gccttttatcaaatccatgattctggtgtttttat
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_96120560_96121466
seq2: B6Ng01-269B12.b_51_962 (reverse)

seq1  TTCTTTCTTGATTCACCCTTCCC-ATTGTCTTCAGAAGTATCCTGC-TTG  48
      || ||||| |||||||||||||| ||| ||||||||| |||||||| | |
seq2  TTATTTCTGGATTCACCCTTCCCAATTATCTTCAGAAATATCCTGCATGG  50

seq1  GTTTATCC-ACCTCTAAGCAAGTCATTGCCTTGGGTCTGCTCTATGCTC-  96
      |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  GTTTATCCAACCTATAAGCAAGTCATTGCCTTGGGTCTGCTCTATGCTCT  100

seq1  TTCCCTCACAGTTACAGTATTCATGGGGTTCCTAGAATCCACTTTAGCTG  146
      ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCCCTCGCAGTTACAGTATTCATGGGGTTCCTAGAATCCACTTTAGCTG  150

seq1  TAAATAATTGCCAGAGCAGGAGGACAAGACCTCTCTGATGTGGCTTTCTT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATAATTGCCAGAGCAGGAGGACAAGACCTCTCTGATGTGGCTTTCTT  200

seq1  CAAGTTGTTCATTGAACTTTACTGATGCAGTTTGGTGGGCCTGTCACCTT  246
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAGTTGTTCATTGAACTTTACTGATGCAGTTTGGTGGGCCTGTCACCTT  250

seq1  TGCTGCAATGGACTGGCT-AATGTCACTCAGGTATAAGAAAGACCTGTAA  295
      |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGCAATGGACTGGCTAAATGTCACTCAGGTATAAGAAAGACCTGTAA  300

seq1  ACCCACCAGCTTACCAGAAATAAGTAAGTGGAATCATGTATTTACCCTGT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACCCACCAGCTTACCAGAAATAAGTAAGTGGAATCATGTATTTACCCTGT  350

seq1  CAGACTTTTCTTCATCTGCAATGAAAAGGGATTAATGTGCATCCCTTCAG  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGACTTTTCTTCATCTGCAATGAAAAGGGATTAATGTGCATCCCTTCAG  400

seq1  GAAATGTAACACAGCAGTGCCCACCCCAAAGGCTCGTCAGTCATCTGTCT  445
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAATGTAACACAGCAGTGCCCACCCCAAAGGCTCGTCAGTCATCTGTCT  450

seq1  GATCCTGCAACTCTAATGTAGTAACCAACAATGACTGGGTGTGCTTAAGA  495
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATCCTGCAACTCTAATGTAGTAACCAACAATGACTGGGTGTGCTTAAGA  500

seq1  CACAAAATATAGTCAGAGTCTCACTTGGAAAAATTTTTTAAATATACTGT  545
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAAAATATAGTCAGAGTCTCACTTGGAAAAATTTTTTAAATATACTGT  550

seq1  GAAAGATTCTATTTTATTTTTTTTTATTATCCTTAATCCATTTTTACAGT  595
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAAAGATTCTATTTTATTTTTTTTTATTATCCTTAATCCATTTTTACAGT  600

seq1  TCAGTCGTTATCACCTTCCCGTTCTGCCCTCTGACAGTTCTTCATCCCAT  645
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTCGTTATCACCTTCCCGTTCTGCCCTCTGACAGTTCTTCATCCCAT  650

seq1  TCCTCCTCTGTCTCCAAGGACATGTCTCCACACTTCCAATACTGCACCAG  695
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTCCTCTGTCTCCAAGGACATGTCTCCACACTTCCAATACTGCACCAG  700

seq1  GTCTCCCCATTCCCTGTGGCCTCAAATCTCTCAAGGGTTAGGTGCAACTT  745
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTCTCCCCATTCCCTGTGGCCTCAAATCTCTCAAGGGTTAGGTGCAACTT  750

seq1  CCCTTATTGAGGCCAGACCAGTCAGTCCTCTGCTGTGTATGTGTGTGTGT  795
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTTATTGAGGCCAGACCAGTCAGTCCTCTGCTGTGTATGTGTGTGTGT  800

seq1  GGGGGGGGGGGGGCGGGGGCGGGGGGGAGCGGGCTGAACTAGCTAGTGTA  845
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGGGGGGGGGGGCGGGGGCGGGGGGGAGCGGGCTGAACTAGCTAGTGTA  850

seq1  TGTTGCCCGGTTGATGGCTCAGAGTCTGAGAGATCTTAGGGGTTCAAGTT  895
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTGCCCGGTTGATGGCTCAGAGTCTGAGAGATCTTAGGGGTTCAAGTT  900

seq1  TGTTGAGAATTC  907
      ||||||||||||
seq2  TGTTGAGAATTC  912

seq1: chr2_95991166_95992327
seq2: B6Ng01-269B12.g_67_1251

seq1  GAATTCAACTCAGCATCCCCAATGTCTGCAACCTCCATATATGAAAGCAG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAACTCAGCATCCCCAATGTCTGCAACCTCCATATATGAAAGCAG  50

seq1  TCACCTGTGTTGAGGTAAGGAAAGCAAAGGAAAGGGCTGGAGAGAGTGAC  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCACCTGTGTTGAGGTAAGGAAAGCAAAGGAAAGGGCTGGAGAGAGTGAC  100

seq1  GATAGAATCAGGGTGTTGAGAGAGCTCAATTCTGATCTGGAATCCTTCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATAGAATCAGGGTGTTGAGAGAGCTCAATTCTGATCTGGAATCCTTCAA  150

seq1  ATGGGCAGTCCTGGGTTCCTATGTTTTTTTGTTGTATCTGTTATAAGTCA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGGGCAGTCCTGGGTTCCTATGTTTTTTTGTTGTATCTGTTATAAGTCA  200

seq1  CCCTAGCAAAGAATTTCCTTGAAGTCCTGTTGAAACAAGAGAGAAAACTC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCCTAGCAAAGAATTTCCTTGAAGTCCTGTTGAAACAAGAGAGAAAACTC  250

seq1  ACAATGCAATACATTTCTTGACTTTTATTTATGGGTTAAGACATTATTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAATGCAATACATTTCTTGACTTTTATTTATGGGTTAAGACATTATTAA  300

seq1  GATGTATAAGCTAGTTTAATTCAGCAGCCCTGTCTAAAATCCAGTGTATT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGTATAAGCTAGTTTAATTCAGCAGCCCTGTCTAAAATCCAGTGTATT  350

seq1  TAATGGCAGTGTCACCTGTCTCATTGACATTTAAGACATTTTGAAGTTAA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAATGGCAGTGTCACCTGTCTCATTGACATTTAAGACATTTTGAAGTTAA  400

seq1  TAAGGTATCATTTATCCCACCTGCTTAGAATAGGCAAGAAAGGAAACACC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAGGTATCATTTATCCCACCTGCTTAGAATAGGCAAGAAAGGAAACACC  450

seq1  ATGCTAAGCTATGTGACATGTGTGTAGAAGCCTGGAGAGGTCTTGCTAAA  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGCTAAGCTATGTGACATGTGTGTAGAAGCCTGGAGAGGTCTTGCTAAA  500

seq1  AGAGAGGATTTTGGGGGGAGTGGTGTTGTTTCATGCTAACCATTTAAGAT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAGGATTTTGGGGGGAGTGGTGTTGTTTCATGCTAACCATTTAAGAT  550

seq1  TAACTGCGCAAAACTCAGAAACTTTAGAAACTAAGTCCCTGAAATTGATT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTGCGCAAAACTCAGAAACTTTAGAAACTAAGTCCCTGAAATTGATT  600

seq1  TGTTTCCATGAAGGAAATACTTTAGTTTGAAGATTGCTAACTACTAGAAT  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTCCATGAAGGAAATACTTTAGTTTGAAGATTGCTAACTACTAGAAT  650

seq1  GTGTCATAGGCAGTATTAGTTATTAGAAAAATTATATACAATAAAAGAAA  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTCATAGGCAGTATTAGTTATTAGAAAAATTATATACAATAAAAGAAA  700

seq1  TGACATGATGCCAATATACAGTATTTTTTGAATAGTCAGCAATAGCTTGC  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGACATGATGCCAATATACAGTATTTTTTGAATAGTCAGCAATAGCTTGC  750

seq1  CTGTGTAAAATAAACTGGTTCAATCAAATGGTATTGTGTCTATTGCATTA  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGTGTAAAATAAACTGGTTCAATCAAATGGTATTGTGTCTATTGCATTA  800

seq1  ATTGAATACTAAATAATATAAACAAAATAAAATGATAAAACATACCTCAC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTGAATACTAAATAATATAAACAAAATAAAATGATAAAACATACCTCAC  850

seq1  TATTAATTTTATACCAATT-CCATATTGATAGAACACACTAGA-TATA-T  897
      ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |
seq2  TATTAATTTTATACCAATTCCCATATTGATAGAACACACTAGATTATATT  900

seq1  TGGTAAATAAAAAGTAG-TATCCTAGAATGATTTTCACC-TATTTTT--G  943
      ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||   
seq2  TGGTAAATAAAAAGTAGTTATCCTAGAATGATTTTCACCTTATTTTTTGT  950

seq1  TTAGCTTTTAATGTG----TTTAAT-AGAAAATAAAAATTATATGTAGTT  988
      ||||||||| |  ||    |||||| ||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGCTTTTTAATTGTTGTTTTAATAAGAAAATAAAAATTATATGTAGTT  1000

seq1  TAAATTTTATTTC-TATTAAATAGCACTA-TTTAAGAGCACAGACCTTTA  1036
      ||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||
seq2  TAATTTTTATTTCTTATTAAATAGCACTATTTTAAGAGCACAGACCTTTA  1050

seq1  ATTAAGTTGATTGA-TACCAAAGTCAAAATTGTTTATG-ACAGCATGCTT  1084
      || ||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||  |||||||
seq2  ATAAAGTTGATTGATTACCAAAGTCAAATTTGTTTATGAACGCCATGCTT  1100

seq1  GCAGAGAATGTCTCAAGAGCAATATA-AAGTAGATTAGAAT--CTGGGCA  1131
      ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||  |||||||
seq2  GCAGAGAATGTCTCAAGAGCAATTTATAAGTAGATTAGAATTCCTGGGCA  1150

seq1  GCC-TTTATCAA--TCATGATTCT-GTGTTTTTAT  1162
      ||| ||||||||   ||||||||| ||||||||||
seq2  GCCTTTTATCAAATCCATGATTCTGGTGTTTTTAT  1185