BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-270P01
Chromosome2 (Build37)
Map Location 136,663,580 - 136,827,292
singlet/doubletdoublet
Overlap geneMkks, 2210009G21Rik
Upstream genePlcb4, 6330527O06Rik, Pak7, LOC668910, LOC100043492, BC034902, Ankrd5, Snap25, LOC668911
Downstream geneJag1
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-270P01.bB6Ng01-270P01.g
ACCGA073151GA073152
length117616
definitionB6Ng01-270P01.b B6Ng01-270P01.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(136,827,176 - 136,827,292)(136,663,580 - 136,664,195)
sequence
ttaaagtcaagaggtagaaagatagttagaaaccctagaataactgttga
ctcctcagtaacttaactttttaaggttttgactttgatgtgtgtgtgtg
tgtgtggtgtgtgtgtg

gaattctcagcaacttcagcaccaagcttgcacactgccatgctttctgc
catgataacaatggactaaacctctgaaactgtaagtcagccccaattag
atgttttcttttataagggttgctgtggtcatgtctcttcacagcaatga
aaccataactaagacaaccactatggcacttttagggatatggttccatg
ctggtgactaattgttcataggtgtcacagctacatgggttataaattgc
tctcccttgttggctacttgcaaagcacctttcaatactttgaaagctaa
tcttaaccttgacaagtctcaacaataaacagtgtccaatcctttccaat
aggacaacacccagctcctccccatgcatgagcaattttggtcaagtatt
tccttgtagagagataagtaaggctagcttaagccagaactgcccttggc
agaagggcatttactataaataatacaagtctgttcttaaaagcaacctg
tcaggggaaagtcctatttaccatcacacgtggatgcatggtggggatta
tagtgatttaaaagcatggaatgtatagcacagagagatgggggaaaaga
gagaggggggagaggg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_136827176_136827292
seq2: B6Ng01-270P01.b_50_166 (reverse)

seq1  CACACACACACCACACACACACACACACATCAAAGTCAAAACCTTAAAAA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACACACACACCACACACACACACACACATCAAAGTCAAAACCTTAAAAA  50

seq1  GTTAAGTTACTGAGGAGTCAACAGTTATTCTAGGGTTTCTAACTATCTTT  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTAAGTTACTGAGGAGTCAACAGTTATTCTAGGGTTTCTAACTATCTTT  100

seq1  CTACCTCTTGACTTTAA  117
      |||||||||||||||||
seq2  CTACCTCTTGACTTTAA  117


seq1: chr2_136663580_136664195
seq2: B6Ng01-270P01.g_67_682

seq1  GAATTCTCAGCAACTTCAGCACCAAGCTTGCACACTGCCATGCTTTCTGC  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCTCAGCAACTTCAGCACCAAGCTTGCACACTGCCATGCTTTCTGC  50

seq1  CATGATAACAATGGACTAAACCTCTGAAACTGTAAGTCAGCCCCAATTAG  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CATGATAACAATGGACTAAACCTCTGAAACTGTAAGTCAGCCCCAATTAG  100

seq1  ATGTTTTCTTTTATAAGGGTTGCTGTGGTCATGTCTCTTCACAGCAATGA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGTTTTCTTTTATAAGGGTTGCTGTGGTCATGTCTCTTCACAGCAATGA  150

seq1  AACCATAACTAAGACAACCACTATGGCACTTTTAGGGATATGGTTCCATG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACCATAACTAAGACAACCACTATGGCACTTTTAGGGATATGGTTCCATG  200

seq1  CTGGTGACTAATTGTTCATAGGTGTCACAGCTACATGGGTTATAAATTGC  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGGTGACTAATTGTTCATAGGTGTCACAGCTACATGGGTTATAAATTGC  250

seq1  TCTCCCTTGTTGGCTACTTGCAAAGCACCTTTCAATACTTTGAAAGCTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCCCTTGTTGGCTACTTGCAAAGCACCTTTCAATACTTTGAAAGCTAA  300

seq1  TCTTAACCTTGACAAGTCTCAACAATAAACAGTGTCCAATCCTTTCCAAT  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTTAACCTTGACAAGTCTCAACAATAAACAGTGTCCAATCCTTTCCAAT  350

seq1  AGGACAACACCCAGCTCCTCCCCATGCATGAGCAATTTTGGTCAAGTATT  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGGACAACACCCAGCTCCTCCCCATGCATGAGCAATTTTGGTCAAGTATT  400

seq1  TCCTTGTAGAGAGATAAGTAAGGCTAGCTTAAGCCAGAACTGCCCTTGGC  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTTGTAGAGAGATAAGTAAGGCTAGCTTAAGCCAGAACTGCCCTTGGC  450

seq1  AGAAGGGCATTTACTATAAATAATACAAGTCTGTTCTTAAAAGCAACCTG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAAGGGCATTTACTATAAATAATACAAGTCTGTTCTTAAAAGCAACCTG  500

seq1  TCAGGGGAAAGTCCTATTTACCATCACACGTGGATGCATGGTGGGGATTA  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGGGGAAAGTCCTATTTACCATCACACGTGGATGCATGGTGGGGATTA  550

seq1  TAGTGATTTAAAAGCATGGAATGTATAGCACAGAGAGATGGGGGAAAAGA  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAGTGATTTAAAAGCATGGAATGTATAGCACAGAGAGATGGGGGAAAAGA  600

seq1  GAGAGGGGGGAGAGGG  616
      ||||||||||||||||
seq2  GAGAGGGGGGAGAGGG  616


| Home | SequenceCutter | Blast | Download |