BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-271A13
Chromosome2 (Build37)
Map Location 144,787,157 - 144,914,827
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneRrbp1, 4930517K23Rik, LOC627160, EG433481, Snx5, 8430406I07Rik, Ovol2, Ppia-ps2_1789.1, LOC635097, Csrp2bp, LOC100043552, 6330439K17Rik, Polr3f, Rbbp9, Sec23b, Gm561, Dtd1, 1700010M22Rik
Downstream geneSlc24a3, LOC627312, OTTMUSG00000015643, LOC433482, LOC100043810, Rin2, Nat5, Crnkl1, 4930529M08Rik, LOC100043563
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-271A13.bB6Ng01-271A13.g
ACCGA073221GA073222
length1,1211,121
definitionB6Ng01-271A13.b B6Ng01-271A13.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(144,913,698 - 144,914,827)(144,787,157 - 144,788,276)
sequence
gaattctacaggatctgccatcatttatccaaactcttagaacagcagtt
tcttgtcctgatagccaagcacaagactggcacatgtaaagtcttccatc
tgcatgagggatgatggcaggcttggtactaacataatccttcatttgtg
tgggattctgcacttattggtgggaaagaaaaccttaccatctcaccacc
cttctggctatgtaagtatgctgttcaaaatctcaagtgcttcccccagt
gtccaacatcaggccaactataaaacttctctcaaacagctttttgcttg
tctatttttggtcaccgttagtaggattggctgatgtgggcacataaaga
gaggacagcagcagagtgaaacagacgacaacagcggcagatgagatgag
caatggctgccaccccagtgtagcagtgagaaaacagctaggtcaaaaat
gataaggaacagaggtggctaagatgagggatagtaggagtggaaaacag
aaagggcagagaatagaaatggaaggattatagaaggctatagagaacca
gagacatgaagatataggccctggtcactggatgaattcaaggagtatac
ccaagtttagggcctaagggtctcagacactctagcctgagcactataaa
accagtcaccatcaaagcaggagattccagcacttggccatctgagggat
gtagcattagaagcattagtaccacgcagtgttacttgtggttgattctt
accaatgcctcctgcaattggaagctgaggattataatcactggctgaca
atgactggaatggctgggggttaaagatcagagggctaaagcctcaaccc
aggtctctagatcttaaatccttggtatctaaagccttgctacttcttgg
agtttctagcactaaacctctggatcttctagtacagtttctaggctttg
agtactcaaggctcaggacagccagcttctcatctacccagatctctgct
ctggcatcaaaaggatctcagccagtgattggtacaactgagctaataaa
caccttagtattccaccgggcaaagggtggagttgtcagagatccaagca
caccacaggcaagtataagtt
gaattcagctaagcaaggaactgataaattgacagatcagctaaatttca
cgtacctaaatgggaggtgggaaaatgtgagcaaagcatgccaaccttca
ggacaatgtcctatgggatacatgtcaatcttcaggacaatgtcatatgg
gatgcatgacaacctacaggacaatgtcatatggaatgcatgacaaccta
cgggacaatgtcctatgggatgcatgtcaacttacaggacaatgtcatat
gggatgcatgccaacctaaaggacaatgtcctatgggctatgggagcact
cgtgggagaggtgaagatggtgaaatcatagtgtataaaattctcaaaga
actaataaaacaatacaattctcaaagaattaataagtatatttaaaaga
aattttattttaaaaatcttccatttaaatatgacaatgaatatactgtt
tgattgataaaatgatggacttccaagtcttgattctgaattttgaagag
cctagaaataaaatgaccattgatagcttttggagtgggaagggtaggag
aagtcccatgtaagtcatggtaaaagcatgatgggaacctttagaatttt
agtaatatatggcaagtgtattggatgacatgaactagaatcatctgaaa
gtggggagcctcaattgagaaaatgcccccataagatctggctgtgagac
attttcttaattagtggttgatggaggaggtcccagcccactgtgggtga
ggccatccctgggctgatggtcctgggttccataagaaatcagttgagga
agctacaatgagcaagccagtaagcagcacacctctatgactgctgcatc
agctcctgcctccaggttccagccctacttgagttcctgtcctcactgtt
tttatgttaactggcatctggagctgtgagtgaaataaaccctttcctcc
ccaagttggctttggtcatggtattttattacactaatagtacctgatga
agaacacaagtcaaataaattccacctgactctggtattaaggataaacg
gagacatggggccccagcaaaaattatgagaataataaaatagaaatatt
tgttatagattgaatgagtgg
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_144913698_144914827
seq2: B6Ng01-271A13.b_38_1158 (reverse)

seq1  AACTGTATACCTTGCCTGTTGGTGTTTGCTTTGATCTCTTGACAACTCAC  50
      |||| |||| |||||||| |||||  ||||| |||||| |||||||||  
seq2  AACT-TATA-CTTGCCTG-TGGTG--TGCTTGGATCTC-TGACAACTCCA  44

seq1  CCTTTTGCCCGGTGG-ATACTTAGGTGTTTA-TAGCTCAGTTGTTACCAA  98
      || |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||
seq2  CCCTTTGCCCGGTGGAATACTAAGGTGTTTATTAGCTCAGTTG-TACCAA  93

seq1  TCAACTGGCTGAGATCCTTTTTGATGCCAGAGCAGAGATCCTGGGTAGAT  148
      || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||
seq2  TC-ACTGGCTGAGATCC-TTTTGATGCCAGAGCAGAGAT-CTGGGTAGAT  140

seq1  GAGAAGCTGGCTGTCCCTGAGCCTTGAGTACTCAAAGCCTAGAAACTGTA  198
      |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGAAGCTGGCTGT-CCTGAGCCTTGAGTACTCAAAGCCTAGAAACTGTA  189

seq1  CTAGAAGATCCAGAGGTTTAGTGCTAGAAACTCCAAGAAGTAGCAAGGCT  248
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTAGAAGATCCAGAGGTTTAGTGCTAGAAACTCCAAGAAGTAGCAAGGCT  239

seq1  TTAGATACCAAGGATTTAAGATCTAGAGACCTGGGTTGAGGCTTTAGCCC  298
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGATACCAAGGATTTAAGATCTAGAGACCTGGGTTGAGGCTTTAGCCC  289

seq1  TCTGATCTTTAACCCCCAGCCATTCCAGTCATTGTCAGCCAGTGATTATA  348
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGATCTTTAACCCCCAGCCATTCCAGTCATTGTCAGCCAGTGATTATA  339

seq1  ATCCTCAGCTTCCAATTGCAGGAGGCATTGGTAAGAATCAACCACAAGTA  398
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCTCAGCTTCCAATTGCAGGAGGCATTGGTAAGAATCAACCACAAGTA  389

seq1  ACACTGCGTGGTACTAATGCTTCTAATGCTACATCCCTCAGATGGCCAAG  448
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACTGCGTGGTACTAATGCTTCTAATGCTACATCCCTCAGATGGCCAAG  439

seq1  TGCTGGAATCTCCTGCTTTGATGGTGACTGGTTTTATAGTGCTCAGGCTA  498
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCTGGAATCTCCTGCTTTGATGGTGACTGGTTTTATAGTGCTCAGGCTA  489

seq1  GAGTGTCTGAGACCCTTAGGCCCTAAACTTGGGTATACTCCTTGAATTCA  548
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGTCTGAGACCCTTAGGCCCTAAACTTGGGTATACTCCTTGAATTCA  539

seq1  TCCAGTGACCAGGGCCTATATCTTCATGTCTCTGGTTCTCTATAGCCTTC  598
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCAGTGACCAGGGCCTATATCTTCATGTCTCTGGTTCTCTATAGCCTTC  589

seq1  TATAATCCTTCCATTTCTATTCTCTGCCCTTTCTGTTTTCCACTCCTACT  648
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATAATCCTTCCATTTCTATTCTCTGCCCTTTCTGTTTTCCACTCCTACT  639

seq1  ATCCCTCATCTTAGCCACCTCTGTTCCTTATCATTTTTGACCTAGCTGTT  698
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCCCTCATCTTAGCCACCTCTGTTCCTTATCATTTTTGACCTAGCTGTT  689

seq1  TTCTCACTGCTACACTGGGGTGGCAGCCATTGCTCATCTCATCTGCCGCT  748
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTCTCACTGCTACACTGGGGTGGCAGCCATTGCTCATCTCATCTGCCGCT  739

seq1  GTTGTCGTCTGTTTCACTCTGCTGCTGTCCTCTCTTTATGTGCCCACATC  798
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTTGTCGTCTGTTTCACTCTGCTGCTGTCCTCTCTTTATGTGCCCACATC  789

seq1  AGCCAATCCTACTAACGGTGACCAAAAATAGACAAGCAAAAAGCTGTTTG  848
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGCCAATCCTACTAACGGTGACCAAAAATAGACAAGCAAAAAGCTGTTTG  839

seq1  AGAGAAGTTTTATAGTTGGCCTGATGTTGGACACTGGGGGAAGCACTTGA  898
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGAGAAGTTTTATAGTTGGCCTGATGTTGGACACTGGGGGAAGCACTTGA  889

seq1  GATTTTGAACAGCATACTTACATAGCCAGAAGGGTGGTGAGATGGTAAGG  948
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATTTTGAACAGCATACTTACATAGCCAGAAGGGTGGTGAGATGGTAAGG  939

seq1  TTTTCTTTCCCACCAATAAGTGCAGAATCCCACACAAATGAAGGATTATG  998
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTCTTTCCCACCAATAAGTGCAGAATCCCACACAAATGAAGGATTATG  989

seq1  TTAGTACCAAGCCTGCCATCATCCCTCATGCAGATGGAAGACTTTACATG  1048
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTAGTACCAAGCCTGCCATCATCCCTCATGCAGATGGAAGACTTTACATG  1039

seq1  TGCCAGTCTTGTGCTTGGCTATCAGGACAAGAAACTGCTGTTCTAAGAGT  1098
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGCCAGTCTTGTGCTTGGCTATCAGGACAAGAAACTGCTGTTCTAAGAGT  1089

seq1  TTGGATAAATGATGGCAGATCCTGTAGAATTC  1130
      ||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGGATAAATGATGGCAGATCCTGTAGAATTC  1121

seq1: chr2_144787157_144788276
seq2: B6Ng01-271A13.g_64_1184

seq1  GAATTCAGCTAAGCAAGGAACTGATAAATTGACAGATCAGCTAAATTTCA  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAGCTAAGCAAGGAACTGATAAATTGACAGATCAGCTAAATTTCA  50

seq1  CGTACCTAAATGGGAGGTGGGAAAATGTGAGCAAAGCATGCCAACCTTCA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTACCTAAATGGGAGGTGGGAAAATGTGAGCAAAGCATGCCAACCTTCA  100

seq1  GGACAATGTCCTATGGGATACATGTCAATCTTCAGGACAATGTCATATGG  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGACAATGTCCTATGGGATACATGTCAATCTTCAGGACAATGTCATATGG  150

seq1  GATGCATGACAACCTACAGGACAATGTCATATGGAATGCATGACAACCTA  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GATGCATGACAACCTACAGGACAATGTCATATGGAATGCATGACAACCTA  200

seq1  CGGGACAATGTCCTATGGGATGCATGTCAACTTACAGGACAATGTCATAT  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGGGACAATGTCCTATGGGATGCATGTCAACTTACAGGACAATGTCATAT  250

seq1  GGGATGCATGCCAACCTAAAGGACAATGTCCTATGGGCTATGGGAGCACT  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGGATGCATGCCAACCTAAAGGACAATGTCCTATGGGCTATGGGAGCACT  300

seq1  CGTGGGAGAGGTGAAGATGGTGAAATCATAGTGTATAAAATTCTCAAAGA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CGTGGGAGAGGTGAAGATGGTGAAATCATAGTGTATAAAATTCTCAAAGA  350

seq1  ACTAATAAAACAATACAATTCTCAAAGAATTAATAAGTATATTTAAAAGA  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTAATAAAACAATACAATTCTCAAAGAATTAATAAGTATATTTAAAAGA  400

seq1  AATTTTATTTTAAAAATCTTCCATTTAAATATGACAATGAATATACTGTT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AATTTTATTTTAAAAATCTTCCATTTAAATATGACAATGAATATACTGTT  450

seq1  TGATTGATAAAATGATGGACTTCCAAGTCTTGATTCTGAATTTTGAAGAG  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGATTGATAAAATGATGGACTTCCAAGTCTTGATTCTGAATTTTGAAGAG  500

seq1  CCTAGAAATAAAATGACCATTGATAGCTTTTGGAGTGGGAAGGGTAGGAG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTAGAAATAAAATGACCATTGATAGCTTTTGGAGTGGGAAGGGTAGGAG  550

seq1  AAGTCCCATGTAAGTCATGGTAAAAGCATGATGGGAACCTTTAGAATTTT  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGTCCCATGTAAGTCATGGTAAAAGCATGATGGGAACCTTTAGAATTTT  600

seq1  AGTAATATATGGCAAGTGTATTGGATGACATGAACTAGAATCATCTGAAA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAATATATGGCAAGTGTATTGGATGACATGAACTAGAATCATCTGAAA  650

seq1  GTGGGGAGCCTCAATTGAGAAAATGCCCCCATAAGATCTGGCTGTGAGAC  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGGGGAGCCTCAATTGAGAAAATGCCCCCATAAGATCTGGCTGTGAGAC  700

seq1  ATTTTCTTAATTAGTGGTTGATGGAGGAGGTCCCAGCCCACTGTGGGTGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTTTCTTAATTAGTGGTTGATGGAGGAGGTCCCAGCCCACTGTGGGTGA  750

seq1  GGCCATCCCTGGGCTGATGGTCCTGGGTTCCATAAGAAATCAGGTTGAGG  800
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||
seq2  GGCCATCCCTGGGCTGATGGTCCTGGGTTCCATAAGAAATCA-GTTGAGG  799

seq1  AAGCTACAATGAGCAAGCCAGTAAGCAGCACACCTCTATGACTGCTGCAT  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGCTACAATGAGCAAGCCAGTAAGCAGCACACCTCTATGACTGCTGCAT  849

seq1  CAGCTCCTGCCTCCAGGTTCCAGCCCTACTTGAGTTCCTGTCCTCACTGT  900
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| 
seq2  CAGCTCCTGCCTCCAGGTTCCAGCCCTACTTGAGTTCCTGTCCTCACTG-  898

seq1  TTTTTATGTTAACTGGCATCTGGAGCTGTGAGTGAAATAAACCCTTTCCT  950
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTTTATGTTAACTGGCATCTGGAGCTGTGAGTGAAATAAACCCTTTCCT  948

seq1  CCCCAAGTTGGCTTTGGTCATGGTATTTTATTACACTAATAGTAACCCTG  1000
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||
seq2  CCCCAAGTTGGCTTTGGTCATGGTATTTTATTACACTAATAGTA--CCTG  996

seq1  ATGAAGACAACAAGTCAAATAAA-TCCA-CTGACTCTGGTAT--AAGATA  1046
      |||||||  |||||||||||||| |||| |||||||||||||  | ||||
seq2  ATGAAGAACACAAGTCAAATAAATTCCACCTGACTCTGGTATTAAGGATA  1046

seq1  AACGGAGACAATGGG-CCCAGCAAAAATTATGAGAATAATTAAAATAG-A  1094
      ||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |
seq2  AACGGAGACATGGGGCCCCAGCAAAAATTATGAGAATAA-TAAAATAGAA  1095

seq1  ATAATTGGTATAGATGGATTGAGTGG  1120
      ||| ||| ||||||| || |||||||
seq2  ATATTTGTTATAGATTGAATGAGTGG  1121