BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-272B15
Chromosome2 (Build37)
Map Location 43,101,205 - 43,244,379
singlet/doubletdoublet
Overlap genenone
Upstream geneLrp1b, LOC100041228
Downstream geneLOC100041245, Kynu, Arhgap15
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-272B15.bB6Ng01-272B15.g
ACCGA074011GA074012
length1,1891,165
definitionB6Ng01-272B15.b B6Ng01-272B15.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(43,243,187 - 43,244,379)(43,101,205 - 43,102,377)
sequence
gaattcagatttgcatacggtcttcttcaccttttcagaggtgtgagtac
atgaatgggcttgtgtctacattccagttctctcttgtgaagattctaag
tggagatagctcaaaatatgatggttggcttctgcttatatatatggagt
tgctacttctgttcacttgtggagggaccagcaaatactacagaaaacca
gatgagaactgatgagagcctgaagcaacactaggcaataggagatcaag
taaaaaagatccaatcagagtgttgttttcattatcaaattaattataaa
acacaaagcaagtctagaatattcctaggtttcagtctgatcaatataga
tttattctctttttctctgttgtcactagaggattatggtttattaagag
atgccattgctgtagggtcacacatagagatagagttgacctcattaacc
caatgtacacaaagtaagatcaaaagaaattatagccacactaaagagat
cagcttggtgccctagataaaatgatgcaatgaggctaaataaatgtaat
gcattctgcctgtcctttcaaccctgtttagttcttcaatggaatattta
tttgtgagggaatgtaagcacacaccatgctgcaagtatttactgtcaga
atatactgatgtcctcttaacctgtaataggaaacagaagcaagttgtgt
aagggataaaaatataaataatttgtaagcattctttataggcatcctgc
aagacaaatagctagatcatccttagatatgcaggtctctctagaactat
ttcaagaactgggagagaaagcttcacaaacaagtttaagtttaagtttg
cacaactataaagagttatttcttccttacagctgtgcaccgaggtaggc
aattatgtctgttagaaatgacaaagggcatgggaatgctggccctttcc
agctgctcatgaattgggctagtatttgtatgctcacctcaggtgcctgt
ctcaatagagctgtagtggggcttcaatctgtttcttaagaaaaaaaaat
ctctactagtctacggctgatatgcctgctgttatatcctctagcacaac
cttaaattattaaataacactcttcgagtttgaatgtgagaatggttcta
gaatgcaatgaaacttaggagcagaatttagaagttttg
gaattcctggtctgaggacagtgtacttgctaagatctcagttcttcatg
caaagcaaatttcagcctaatttcaccagggccagccaatgaatggtgaa
gagtgaaagaaatagcagagaaagaacaggctcatcactaattgctctac
agtaagttgccttgatgctgcagcagttctttccactaaccatccccctc
taacttaccccaggcaaggaggctcatgggaaccacagtgaagttgcaag
ctgaacaagagtaaatgtctgaagggaaaacagtggcctatgatgtgtaa
aaaaactggtgacctagattttctatgacagaaagaattgacagttgatg
acagcagttcattgtgaaatcactacatgtttacactggagtcttgattc
cacaggacaattataatctttcaggctattagatcttagtcagggtttgt
attcctgcaaaatccatcataaccaaacagcaagttaaggaggaaagcat
ttattcatcttatacttccacattgctgttcatcaccaaaggaagtcagg
acagaaactcacacagggcaggaacttggaggcagaagctgatgcagagg
ccatggaagtatgctccttacactattgttgcccctggcttacactactg
ttgcccctggcttgcttacttatagaacccacgactaccaacctaggact
tgtaccacccacaaaaggccgggccatcttcccttgaccactaattgaga
aaatgccttacagctgggtctcatgaaggcatttcctcaagggaaactcc
cttttctatcatagctccagcttgtgtcaaattgacacacaaaatcagcc
agtattcaaacacaaaggtaccacctgagtacacacatttgcctttaagt
cctcccttactttagtgggtaatgtgtgtagagtggtataccagctttcc
aactctaagctcctttctctatctcacagacatgcccacttttttgtctg
tgagtttaactctgtctgatgttgcttctaacagatacacactcaatcac
taggatgagttatactttcaagcagaaatctttgcctgtttaggatcata
cttaattctgttcccaaagttaatagcattctctggcatcctcatctctc
ccttcataaccatgc
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_43243187_43244379
seq2: B6Ng01-272B15.b_44_1232 (reverse)

seq1  CAAAA--TCTAA--TCTGCTCTTAATTTTCATTCCATTCAAGAACAATTC  46
      |||||  |||||  ||||||| ||| ||||||| ||||| ||||| ||||
seq2  CAAAACTTCTAAATTCTGCTCCTAAGTTTCATTGCATTCTAGAACCATTC  50

seq1  TCACATTCTAACTCGAAAGAGTGTTATTTTTAAATAAATT-AGGTTGTGC  95
      |||||||| |||||| |||||||||||||   ||||| || |||||||||
seq2  TCACATTCAAACTCG-AAGAGTGTTATTT---AATAATTTAAGGTTGTGC  96

seq1  TAGAGGAATTATAAACAGCAGGCAATATCAGCCCTTAGACTAGTAGAGA-  144
      |||||||  ||| |||||||||| ||||||| || |||||||||||||| 
seq2  TAGAGGA--TAT-AACAGCAGGC-ATATCAG-CCGTAGACTAGTAGAGAT  141

seq1  TTTTTTTTCTTAAGAAACAGGATTGAAGCCCAACTACAGCTCTATTGAGA  194
      ||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||
seq2  TTTTTTTTCTTAAGAAACA-GATTGAAGCCCCACTACAGCTCTATTGAGA  190

seq1  CAGGCACCTGGAGGTGAGCATACAAATACTAGCCAATTTCATGAGCAGCT  244
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||
seq2  CAGGCACCT-GAGGTGAGCATACAAATACTAGCCCAATTCATGAGCAGCT  239

seq1  GG-AAGGGCCAGCATTCCCATGCCCTTTGTCATTTCTAACAGACATAATT  293
      || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAAAGGGCCAGCATTCCCATGCCCTTTGTCATTTCTAACAGACATAATT  289

seq1  GCCTACCTCGGTGCACAGCTGTAAGGAAGAAATAACTCTTTATAGTTGTG  343
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCCTACCTCGGTGCACAGCTGTAAGGAAGAAATAACTCTTTATAGTTGTG  339

seq1  CAAACTTAAACTTAAACTTGTTTGTGAAGCTTTCTCTCCCAGTTCTTGAA  393
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAACTTAAACTTAAACTTGTTTGTGAAGCTTTCTCTCCCAGTTCTTGAA  389

seq1  ATAGTTCTAGAGAGACCTGCATATCTAAGGATGATCTAGCTATTTGTCTT  443
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATAGTTCTAGAGAGACCTGCATATCTAAGGATGATCTAGCTATTTGTCTT  439

seq1  GCAGGATGCCTATAAAGAATGCTTACAAATTATTTATATTTTTATCCCTT  493
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCAGGATGCCTATAAAGAATGCTTACAAATTATTTATATTTTTATCCCTT  489

seq1  ACACAACTTGCTTCTGTTTCCTATTACAGGTTAAGAGGACATCAGTATAT  543
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACACAACTTGCTTCTGTTTCCTATTACAGGTTAAGAGGACATCAGTATAT  539

seq1  TCTGACAGTAAATACTTGCAGCATGGTGTGTGCTTACATTCCCTCACAAA  593
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGACAGTAAATACTTGCAGCATGGTGTGTGCTTACATTCCCTCACAAA  589

seq1  TAAATATTCCATTGAAGAACTAAACAGGGTTGAAAGGACAGGCAGAATGC  643
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAAATATTCCATTGAAGAACTAAACAGGGTTGAAAGGACAGGCAGAATGC  639

seq1  ATTACATTTATTTAGCCTCATTGCATCATTTTATCTAGGGCACCAAGCTG  693
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTACATTTATTTAGCCTCATTGCATCATTTTATCTAGGGCACCAAGCTG  689

seq1  ATCTCTTTAGTGTGGCTATAATTTCTTTTGATCTTACTTTGTGTACATTG  743
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCTTTAGTGTGGCTATAATTTCTTTTGATCTTACTTTGTGTACATTG  739

seq1  GGTTAATGAGGTCAACTCTATCTCTATGTGTGACCCTACAGCAATGGCAT  793
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGTTAATGAGGTCAACTCTATCTCTATGTGTGACCCTACAGCAATGGCAT  789

seq1  CTCTTAATAAACCATAATCCTCTAGTGACAACAGAGAAAAAGAGAATAAA  843
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTCTTAATAAACCATAATCCTCTAGTGACAACAGAGAAAAAGAGAATAAA  839

seq1  TCTATATTGATCAGACTGAAACCTAGGAATATTCTAGACTTGCTTTGTGT  893
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTATATTGATCAGACTGAAACCTAGGAATATTCTAGACTTGCTTTGTGT  889

seq1  TTTATAATTAATTTGATAATGAAAACAACACTCTGATTGGATCTTTTTTA  943
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTTATAATTAATTTGATAATGAAAACAACACTCTGATTGGATCTTTTTTA  939

seq1  CTTGATCTCCTATTGCCTAGTGTTGCTTCAGGCTCTCATCAGTTCTCATC  993
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTGATCTCCTATTGCCTAGTGTTGCTTCAGGCTCTCATCAGTTCTCATC  989

seq1  TGGTTTTCTGTAGTATTTGCTGGTCCCTCCACAAGTGAACAGAAGTAGCA  1043
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGTTTTCTGTAGTATTTGCTGGTCCCTCCACAAGTGAACAGAAGTAGCA  1039

seq1  ACTCCATATATATAAGCAGAAGCCAACCATCATATTTTGAGCTATCTCCA  1093
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACTCCATATATATAAGCAGAAGCCAACCATCATATTTTGAGCTATCTCCA  1089

seq1  CTTAGAATCTTCACAAGAGAGAACTGGAATGTAGACACAAGCCCATTCAT  1143
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAGAATCTTCACAAGAGAGAACTGGAATGTAGACACAAGCCCATTCAT  1139

seq1  GTACTCACACCTCTGAAAAGGTGAAGAAGACCGTATGCAAATCTGAATTC  1193
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTACTCACACCTCTGAAAAGGTGAAGAAGACCGTATGCAAATCTGAATTC  1189

seq1: chr2_43101205_43102377
seq2: B6Ng01-272B15.g_64_1228

seq1  GAATTCCTGGTCTGAGGACAGTGTACTTGCTAAGATCTCAGTTCTTCATG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCCTGGTCTGAGGACAGTGTACTTGCTAAGATCTCAGTTCTTCATG  50

seq1  CAAAGCAAATTTCAGCCTAATTTCACCAGGGCCAGCCAATGAATGGTGAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAAAGCAAATTTCAGCCTAATTTCACCAGGGCCAGCCAATGAATGGTGAA  100

seq1  GAGTGAAAGAAATAGCAGAGAAAGAACAGGCTCATCACTAATTGCTCTAC  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGTGAAAGAAATAGCAGAGAAAGAACAGGCTCATCACTAATTGCTCTAC  150

seq1  AGTAAGTTGCCTTGATGCTGCAGCAGTTCTTTCCACTAACCATCCCCCTC  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTAAGTTGCCTTGATGCTGCAGCAGTTCTTTCCACTAACCATCCCCCTC  200

seq1  TAACTTACCCCAGGCAAGGAGGCTCATGGGAACCACAGTGAAGTTGCAAG  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TAACTTACCCCAGGCAAGGAGGCTCATGGGAACCACAGTGAAGTTGCAAG  250

seq1  CTGAACAAGAGTAAATGTCTGAAGGGAAAACAGTGGCCTATGATGTGTAA  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAACAAGAGTAAATGTCTGAAGGGAAAACAGTGGCCTATGATGTGTAA  300

seq1  AAAAACTGGTGACCTAGATTTTCTATGACAGAAAGAATTGACAGTTGATG  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACTGGTGACCTAGATTTTCTATGACAGAAAGAATTGACAGTTGATG  350

seq1  ACAGCAGTTCATTGTGAAATCACTACATGTTTACACTGGAGTCTTGATTC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCAGTTCATTGTGAAATCACTACATGTTTACACTGGAGTCTTGATTC  400

seq1  CACAGGACAATTATAATCTTTCAGGCTATTAGATCTTAGTCAGGGTTTGT  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACAGGACAATTATAATCTTTCAGGCTATTAGATCTTAGTCAGGGTTTGT  450

seq1  ATTCCTGCAAAATCCATCATAACCAAACAGCAAGTTAAGGAGGAAAGCAT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATTCCTGCAAAATCCATCATAACCAAACAGCAAGTTAAGGAGGAAAGCAT  500

seq1  TTATTCATCTTATACTTCCACATTGCTGTTCATCACCAAAGGAAGTCAGG  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTCATCTTATACTTCCACATTGCTGTTCATCACCAAAGGAAGTCAGG  550

seq1  ACAGAAACTCACACAGGGCAGGAACTTGGAGGCAGAAGCTGATGCAGAGG  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGAAACTCACACAGGGCAGGAACTTGGAGGCAGAAGCTGATGCAGAGG  600

seq1  CCATGGAAGTATGCTCCTTACACTATTGTTGCCCCTGGCTTACACTACTG  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCATGGAAGTATGCTCCTTACACTATTGTTGCCCCTGGCTTACACTACTG  650

seq1  TTGCCCCTGGCTTGCTTACTTATAGAACCCACGACTACCAACCTAGGACT  700
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTGCCCCTGGCTTGCTTACTTATAGAACCCACGACTACCAACCTAGGACT  700

seq1  TGTACCACCCACAAAAGGCCGGGCCATCTTCCCTTGACCACTAATTGAGA  750
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTACCACCCACAAAAGGCCGGGCCATCTTCCCTTGACCACTAATTGAGA  750

seq1  AAATGCCTTACAGCTGGGTCTCATGAAGGCATTTCCTCAAGGGAAACTCC  800
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAATGCCTTACAGCTGGGTCTCATGAAGGCATTTCCTCAAGGGAAACTCC  800

seq1  CTTTTCTATCATAGCTCCAGCTTGTGTCAAATTGACACACAAAATCAGCC  850
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTTTCTATCATAGCTCCAGCTTGTGTCAAATTGACACACAAAATCAGCC  850

seq1  AGTATTCAAACAC-AAGGTACCACCTGAGTACACACATTTGCCTTTAAGT  899
      ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AGTATTCAAACACAAAGGTACCACCTGAGTACACACATTTGCCTTTAAGT  900

seq1  CCTCCCTTACTTTAGTGGGTAATGTGTGTAGAGTGGTATACCAGCTTTCC  949
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CCTCCCTTACTTTAGTGGGTAATGTGTGTAGAGTGGTATACCAGCTTTCC  950

seq1  AACTCTAAGGCTCCTTTCTCTATCTCACAGACATGCCCACTTTTTTGTCT  999
      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AACTCTAA-GCTCCTTTCTCTATCTCACAGACATGCCCACTTTTTTGTCT  999

seq1  GTTGAGTTTAACTCTGTCTTGATGTTTGCTTCTAACAGGATACACACTCA  1049
      | |||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||
seq2  G-TGAGTTTAACTCTGTC-TGATG-TTGCTTCTAACA-GATACACACTCA  1045

seq1  TTCACTAGGAATGAGTTATTACCTTTCAAAGCCAGAAAATCTTGCCTGTT  1099
       |||||||| |||||||||   |||||||   ||||||   |||||||||
seq2  ATCACTAGG-ATGAGTTAT--ACTTTCAA--GCAGAAATCTTTGCCTGTT  1090

seq1  TAGGATCATACCTAAATTCTG-TCCAAAATTAAATAAGGCATTCTCTGGC  1148
      |||||||||| || ||||||| ||| ||| | ||||  ||||||||||||
seq2  TAGGATCATA-CTTAATTCTGTTCCCAAAGTTAATA--GCATTCTCTGGC  1137

seq1  TTCTTCA--TCTCCCTTC-TAACCATGC  1173
       || |||  ||||||||| |||||||||
seq2  ATCCTCATCTCTCCCTTCATAACCATGC  1165