BAC Information

Click to search

BAC

Clone NameB6Ng01-273F18
Chromosome2 (Build37)
Map Location 181,064,361 - 181,214,517
singlet/doubletdoublet
Overlap geneRtel1, Arfrp1, Zgpat, Lime1, Btbd4
Upstream geneGata5, EG622283, Slco4a1, Ntsr1, 1600027N09Rik, Ogfr, Col9a3, Tcfl5, Dido1, 2310003C23Rik, 1700019H03Rik, Bhlhb4, OTTMUSG00000016394, Ythdf1, Birc7, C030019F02Rik, LOC100039607, Arfgap1, Col20a1, Chrna4, Kcnq2, Eef1a2, 2700038C09Rik, Ptk6, Srms, LOC622592, BC051628, BC006779, Gmeb2, EG665467, Stmn3
Downstream geneBC050777, Tpd52l2, Dnajc5, Uckl1, Znf512b, Samd10, Prpf6, LOC100039697, Sox18, Tcea2, Rgs19, 4930526D03Rik, Oprl1, LOC665538, Myt1, Pcmtd2, Polr3k, EG432881, LOC672125
LinkOpen Mouse BAC browser



BAC End Information

BAC end BAC-end 1BAC-end 2
end nameB6Ng01-273F18.bB6Ng01-273F18.g
ACCGA074953GA074954
length1,147681
definitionB6Ng01-273F18.b B6Ng01-273F18.g
singlet/doubletdoubletdoublet
BLAST hituniqueunique
Map location.(181,213,361 - 181,214,517)(181,064,361 - 181,065,041)
sequence
gaattcctgggtattccctcttacagctctatgaacagatgcacagctct
gagggatggagattctggtagttaatgctgagagagaatcaaaaagatat
gagaaggtttaagactagaccatcaagtgatgtgattctagattggaaat
gcacctcagctgtagaatacttgccaatcctcaggttcaatacttagcac
cactaagaactgagtatggtggtgtgtgcctttaatcctagcacttggaa
agtagagacaggatgatctaaaaattaaagtcatcttcagaagtttgagg
ataatctggtctttatgagatactagctaatttttttttttttgagacag
ggtttctctgtagagctctgactgtcctggaactaaattttttttttttt
aatgcatgtttttttctgtgtagctctggctgtcctgaagctcactctgt
agaccaggccagcttcaaactcagagatccacctactaaatgctgcctca
tgagtactggtattataggcaagcaccaccatcatccagctgtaaacaaa
caaacaaaaaacaacaaaaaaccaccaaaccaagcaaacaaacaaaacta
atatttaggactggagacatagctcagtgattgagagcactggttactct
tccagaggtcccagaatcaattcccagcacgtgtaagtcagttcacaacc
atctgaaacttcagaggaatccaatgccattttctgtctttcctgggcac
aaagcgtgcacactgtgaacagatatacatgcgtaccaaacttacacatg
ttaaataaaaataaatctaaaaattgttcttgtttttgtgtgtctgtttt
gttgtttgtgagacaaggttttactatgtactcctatgtactttggctgt
tctgatcactctgtagatcacgctgggcctcgaactaaaaggatgtctgc
ctctgcctcccagtactgggattaagttgtatacttctatgcctggctta
gaaaaattgtttaaaaatttaatacacaaacctagtgtttagaaagatgg
catgattcatgtgccacagcttctgaagtgatgttcttggacatctgaac
ctggctgaaggtgctagctaagttccgaatgaacctaaaggagacca
gaattcaatttgtagatcaggctgaccttgaactcacagagatccacctg
cttctgctttccaagtgctaggattaaaggcatgcaccaccaccacccaa
ctgaaatttgtttttatggagggtttattggattttttttttttaggcaa
ggagggtatcatataacacaggctagctttgaactcactgtgtggttaag
atgaccacgagttccccccacccccacccctgtaaaaaaatgtttgtgta
tgtatgtatgataatgcatgtgggtgtataggtgccgtggcatatgtgtg
acagtcagaggacagccttgaatgttggttcttgctttctaccttgttta
tccctgagaatgctgggctaacttgtctgagaactcctgtctctgcctcc
cacctctctgagattacagtatctggctttctatggattctggggacctg
gactgtgttcttcatgcctctatgggaagtactttcctctctgagctgtt
tctgtattgatgaccttgaactgaccttttgctttcagtgtttgggtgct
gaggtggtgcatgcactggcaggtctgacttatatggttgtggggattgc
acatgctagctaagccttctgctgactgagcggcattcattctcagacca
ttattatttatgtgtggatggttggtgtgga
quality valuesOpen.Open.




Alignment Information

BAC End 1BAC End 2
seq1: chr2_181213361_181214517
seq2: B6Ng01-273F18.b_45_1191 (reverse)

seq1  TGGTCTTCCTTTAGTGTCCATCTGAGAACTTAGGCTAGCACC-TCAGCCA  49
      ||||| |||||||| || ||| |  ||||||| ||||||||| |||||||
seq2  TGGTC-TCCTTTAG-GTTCAT-TCGGAACTTA-GCTAGCACCTTCAGCCA  46

seq1  -GTTCAGATGT-CAAG-ACATCAACTTCAGAAGCCTGTGGCACCATGAAT  96
       |||||||||| |||| ||||| |||||||||| |||||||| |||||||
seq2  GGTTCAGATGTCCAAGAACATC-ACTTCAGAAG-CTGTGGCA-CATGAAT  93

seq1  CATGCCATCTTTCCTAAACACTTAGGTTTTTGTGTATTTAAATTTTTTAA  146
      |||||||||||| |||||||| ||||  ||||||||||  || |||||||
seq2  CATGCCATCTTT-CTAAACAC-TAGG--TTTGTGTATT--AAATTTTTAA  137

seq1  ACAATTTTTCTAAGCCAGGCATAGAAGTATACACCTTTAATCCCAGTACT  196
      ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| 
seq2  ACAATTTTTCTAAGCCAGGCATAGAAGTATACAAC-TTAATCCCAGTAC-  185

seq1  TGGGAGGCAGAGGCAGACATCCCTTTTAGTTCGAGG-CCAGCGTGATCTA  245
      |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||
seq2  TGGGAGGCAGAGGCAGACAT-CCTTTTAGTTCGAGGCCCAGCGTGATCTA  234

seq1  CAGAGTGATCAGAACAGCCAAAGTACATAGGAGTACATAGTAAAACCTTG  295
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGAGTGATCAGAACAGCCAAAGTACATAGGAGTACATAGTAAAACCTTG  284

seq1  TCTCACAAACAACAAAACAGACACACAAAAACAAGAACAATTTTTAGATT  345
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTCACAAACAACAAAACAGACACACAAAAACAAGAACAATTTTTAGATT  334

seq1  TATTTTTATTTAACATGTGTAAGTTTGGTACGCATGTATATCTGTTCACA  395
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TATTTTTATTTAACATGTGTAAGTTTGGTACGCATGTATATCTGTTCACA  384

seq1  GTGTGCACGCTTTGTGCCCAGG-AAGACAGAAAATGGCATTGGATTCCTC  444
      |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||
seq2  GTGTGCACGCTTTGTGCCCAGGAAAGACAGAAAATGGCATTGGATTCCTC  434

seq1  TGAAGTTTCAGATGGTTGTGAACTGACTTACACGTGCTGGGAATTGATTC  494
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGAAGTTTCAGATGGTTGTGAACTGACTTACACGTGCTGGGAATTGATTC  484

seq1  TGGGACCTCTGGAAGAGTAACCAGTGCTCTCAATCACTGAGCTATGTCTC  544
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGGGACCTCTGGAAGAGTAACCAGTGCTCTCAATCACTGAGCTATGTCTC  534

seq1  CAGTCCTAAATATTAGTTTTGTTTGTTTGCTTGGTTTGGTGGTTTTTTGT  594
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CAGTCCTAAATATTAGTTTTGTTTGTTTGCTTGGTTTGGTGGTTTTTTGT  584

seq1  TGTTTTTTGTTTGTTTGTTTACAGCTGGATGATGGTGGTGCTTGCCTATA  644
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTTTTTTGTTTGTTTGTTTACAGCTGGATGATGGTGGTGCTTGCCTATA  634

seq1  ATACCAGTACTCATGAGGCAGCATTTAGTAGGTGGATCTCTGAGTTTGAA  694
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATACCAGTACTCATGAGGCAGCATTTAGTAGGTGGATCTCTGAGTTTGAA  684

seq1  GCTGGCCTGGTCTACAGAGTGAGCTTCAGGACAGCCAGAGCTACACAGAA  744
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GCTGGCCTGGTCTACAGAGTGAGCTTCAGGACAGCCAGAGCTACACAGAA  734

seq1  AAAAACATGCATTAAAAAAAAAAAAATTTAGTTCCAGGACAGTCAGAGCT  794
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAAAACATGCATTAAAAAAAAAAAAATTTAGTTCCAGGACAGTCAGAGCT  784

seq1  CTACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAATTAGCTAGTATCTCATA  844
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAATTAGCTAGTATCTCATA  834

seq1  AAGACCAGATTATCCTCAAACTTCTGAAGATGACTTTAATTTTTAGATCA  894
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  AAGACCAGATTATCCTCAAACTTCTGAAGATGACTTTAATTTTTAGATCA  884

seq1  TCCTGTCTCTACTTTCCAAGTGCTAGGATTAAAGGCACACACCACCATAC  944
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCTGTCTCTACTTTCCAAGTGCTAGGATTAAAGGCACACACCACCATAC  934

seq1  TCAGTTCTTAGTGGTGCTAAGTATTGAACCTGAGGATTGGCAAGTATTCT  994
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCAGTTCTTAGTGGTGCTAAGTATTGAACCTGAGGATTGGCAAGTATTCT  984

seq1  ACAGCTGAGGTGCATTTCCAATCTAGAATCACATCACTTGATGGTCTAGT  1044
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGCTGAGGTGCATTTCCAATCTAGAATCACATCACTTGATGGTCTAGT  1034

seq1  CTTAAACCTTCTCATATCTTTTTGATTCTCTCTCAGCATTAACTACCAGA  1094
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTAAACCTTCTCATATCTTTTTGATTCTCTCTCAGCATTAACTACCAGA  1084

seq1  ATCTCCATCCCTCAGAGCTGTGCATCTGTTCATAGAGCTGTAAGAGGGAA  1144
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATCTCCATCCCTCAGAGCTGTGCATCTGTTCATAGAGCTGTAAGAGGGAA  1134

seq1  TACCCAGGAATTC  1157
      |||||||||||||
seq2  TACCCAGGAATTC  1147

seq1: chr2_181064361_181065041
seq2: B6Ng01-273F18.g_68_748

seq1  GAATTCAATTTGTAGATCAGGCTGACCTTGAACTCACAGAGATCCACCTG  50
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAATTCAATTTGTAGATCAGGCTGACCTTGAACTCACAGAGATCCACCTG  50

seq1  CTTCTGCTTTCCAAGTGCTAGGATTAAAGGCATGCACCACCACCACCCAA  100
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTTCTGCTTTCCAAGTGCTAGGATTAAAGGCATGCACCACCACCACCCAA  100

seq1  CTGAAATTTGTTTTTATGGAGGGTTTATTGGATTTTTTTTTTTTAGGCAA  150
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CTGAAATTTGTTTTTATGGAGGGTTTATTGGATTTTTTTTTTTTAGGCAA  150

seq1  GGAGGGTATCATATAACACAGGCTAGCTTTGAACTCACTGTGTGGTTAAG  200
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GGAGGGTATCATATAACACAGGCTAGCTTTGAACTCACTGTGTGGTTAAG  200

seq1  ATGACCACGAGTTCCCCCCACCCCCACCCCTGTAAAAAAATGTTTGTGTA  250
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ATGACCACGAGTTCCCCCCACCCCCACCCCTGTAAAAAAATGTTTGTGTA  250

seq1  TGTATGTATGATAATGCATGTGGGTGTATAGGTGCCGTGGCATATGTGTG  300
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TGTATGTATGATAATGCATGTGGGTGTATAGGTGCCGTGGCATATGTGTG  300

seq1  ACAGTCAGAGGACAGCCTTGAATGTTGGTTCTTGCTTTCTACCTTGTTTA  350
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACAGTCAGAGGACAGCCTTGAATGTTGGTTCTTGCTTTCTACCTTGTTTA  350

seq1  TCCCTGAGAATGCTGGGCTAACTTGTCTGAGAACTCCTGTCTCTGCCTCC  400
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCCCTGAGAATGCTGGGCTAACTTGTCTGAGAACTCCTGTCTCTGCCTCC  400

seq1  CACCTCTCTGAGATTACAGTATCTGGCTTTCTATGGATTCTGGGGACCTG  450
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  CACCTCTCTGAGATTACAGTATCTGGCTTTCTATGGATTCTGGGGACCTG  450

seq1  GACTGTGTTCTTCATGCCTCTATGGGAAGTACTTTCCTCTCTGAGCTGTT  500
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GACTGTGTTCTTCATGCCTCTATGGGAAGTACTTTCCTCTCTGAGCTGTT  500

seq1  TCTGTATTGATGACCTTGAACTGACCTTTTGCTTTCAGTGTTTGGGTGCT  550
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TCTGTATTGATGACCTTGAACTGACCTTTTGCTTTCAGTGTTTGGGTGCT  550

seq1  GAGGTGGTGCATGCACTGGCAGGTCTGACTTATATGGTTGTGGGGATTGC  600
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  GAGGTGGTGCATGCACTGGCAGGTCTGACTTATATGGTTGTGGGGATTGC  600

seq1  ACATGCTAGCTAAGCCTTCTGCTGACTGAGCGGCATTCATTCTCAGACCA  650
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  ACATGCTAGCTAAGCCTTCTGCTGACTGAGCGGCATTCATTCTCAGACCA  650

seq1  TTATTATTTATGTGTGGATGGTTGGTGTGGA  681
      |||||||||||||||||||||||||||||||
seq2  TTATTATTTATGTGTGGATGGTTGGTGTGGA  681